ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50479

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.000, 0.005, 0.010, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.005 std_dev=0.005
C5 A 0, 0.000, 0.005, 0.011, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.005 std_dev=0.005
N7 A 0, 0.000, 0.009, 0.019, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.009 std_dev=0.009
C1' A 0, 0.000, 0.010, 0.019, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.010 std_dev=0.010
C6 A 0, 0.000, 0.012, 0.024, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.012 std_dev=0.012
N1 A 0, 0.000, 0.015, 0.031, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.015 std_dev=0.015
C4 A 0, 0.000, 0.018, 0.035, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.018 std_dev=0.018
N3 A 0, 0.000, 0.020, 0.039, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.020 std_dev=0.020
C8 A 0, 0.000, 0.020, 0.040, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.020 std_dev=0.020
N9 A 0, 0.000, 0.022, 0.044, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.022 std_dev=0.022
N6 A 0, 0.000, 0.022, 0.044, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.022 std_dev=0.022
N3 B 0, 0.000, 0.098, 0.196, 0.196 max_d=0.196 avg_d=0.098 std_dev=0.098
C4 B 0, 0.000, 0.169, 0.337, 0.337 max_d=0.337 avg_d=0.169 std_dev=0.169
C2' A 0, 0.000, 0.263, 0.526, 0.526 max_d=0.526 avg_d=0.263 std_dev=0.263
O2' A 0, 0.000, 0.283, 0.567, 0.567 max_d=0.567 avg_d=0.283 std_dev=0.283
O4' A 0, 0.000, 0.289, 0.578, 0.578 max_d=0.578 avg_d=0.289 std_dev=0.289
C2 B 0, 0.000, 0.293, 0.585, 0.585 max_d=0.585 avg_d=0.293 std_dev=0.293
N9 B 0, 0.000, 0.306, 0.612, 0.612 max_d=0.612 avg_d=0.306 std_dev=0.306
C5 B 0, 0.000, 0.311, 0.623, 0.623 max_d=0.623 avg_d=0.311 std_dev=0.311
C1' B 0, 0.000, 0.346, 0.692, 0.692 max_d=0.692 avg_d=0.346 std_dev=0.346
C2' B 0, 0.000, 0.349, 0.698, 0.698 max_d=0.698 avg_d=0.349 std_dev=0.349
O2' B 0, 0.000, 0.359, 0.719, 0.719 max_d=0.719 avg_d=0.359 std_dev=0.359
C6 B 0, 0.000, 0.388, 0.777, 0.777 max_d=0.777 avg_d=0.388 std_dev=0.388
N1 B 0, 0.000, 0.408, 0.815, 0.815 max_d=0.815 avg_d=0.408 std_dev=0.408
C3' B 0, 0.000, 0.446, 0.891, 0.891 max_d=0.891 avg_d=0.446 std_dev=0.446
C3' A 0, 0.000, 0.449, 0.897, 0.897 max_d=0.897 avg_d=0.449 std_dev=0.449
N7 B 0, 0.000, 0.452, 0.904, 0.904 max_d=0.904 avg_d=0.452 std_dev=0.452
C8 B 0, 0.000, 0.453, 0.906, 0.906 max_d=0.906 avg_d=0.453 std_dev=0.453
C4' A 0, 0.000, 0.458, 0.916, 0.916 max_d=0.916 avg_d=0.458 std_dev=0.458
O4' B 0, 0.000, 0.498, 0.995, 0.995 max_d=0.995 avg_d=0.498 std_dev=0.498
N6 B 0, 0.000, 0.541, 1.081, 1.081 max_d=1.081 avg_d=0.541 std_dev=0.541
C4' B 0, 0.000, 0.543, 1.086, 1.086 max_d=1.086 avg_d=0.543 std_dev=0.543
O3' B 0, 0.000, 0.551, 1.102, 1.102 max_d=1.102 avg_d=0.551 std_dev=0.551
O3' A 0, 0.000, 0.591, 1.183, 1.183 max_d=1.183 avg_d=0.591 std_dev=0.591
C5' B 0, 0.000, 0.658, 1.315, 1.315 max_d=1.315 avg_d=0.658 std_dev=0.658
O5' B 0, 0.000, 0.752, 1.505, 1.505 max_d=1.505 avg_d=0.752 std_dev=0.752
O5' A 0, 0.000, 0.784, 1.568, 1.568 max_d=1.568 avg_d=0.784 std_dev=0.784
C5' A 0, 0.000, 0.786, 1.571, 1.571 max_d=1.571 avg_d=0.786 std_dev=0.786
OP2 A 0, 0.000, 0.930, 1.861, 1.861 max_d=1.861 avg_d=0.930 std_dev=0.930
P A 0, 0.000, 0.935, 1.869, 1.869 max_d=1.869 avg_d=0.935 std_dev=0.935
P B 0, 0.000, 0.974, 1.949, 1.949 max_d=1.949 avg_d=0.974 std_dev=0.974
OP2 B 0, 0.000, 0.988, 1.976, 1.976 max_d=1.976 avg_d=0.988 std_dev=0.988
OP1 B 0, 0.000, 1.107, 2.215, 2.215 max_d=2.215 avg_d=1.107 std_dev=1.107
OP1 A 0, 0.000, 1.249, 2.498, 2.498 max_d=2.498 avg_d=1.249 std_dev=1.249

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.04 0.02 0.12 0.09
C2 0.01 0.00 0.12 0.17 0.01 0.04 0.00 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.18 0.04 0.18 0.21 0.36 0.25
C2' 0.00 0.12 0.00 0.00 0.06 0.00 0.02 0.00 0.05 0.05 0.09 0.12 0.03 0.04 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.08 0.02 0.01
C3' 0.01 0.17 0.00 0.00 0.11 0.00 0.10 0.01 0.14 0.01 0.17 0.15 0.13 0.05 0.05 0.01 0.00 0.00 0.04 0.11 0.08 0.05
C4 0.01 0.01 0.06 0.11 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.11 0.02 0.16 0.18 0.31 0.23
C4' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.07 0.06 0.07 0.03 0.09 0.07 0.04 0.04 0.02 0.00 0.00 0.05 0.02 0.02
C5 0.00 0.00 0.02 0.10 0.00 0.07 0.00 0.13 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.11 0.01 0.21 0.28 0.41 0.30
C5' 0.01 0.08 0.00 0.01 0.08 0.00 0.13 0.00 0.14 0.12 0.12 0.06 0.17 0.15 0.07 0.03 0.01 0.00 0.01 0.04 0.01 0.01
C6 0.00 0.01 0.05 0.14 0.00 0.07 0.01 0.14 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.04 0.15 0.00 0.24 0.32 0.46 0.34
C8 0.00 0.01 0.05 0.01 0.00 0.06 0.01 0.12 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.01 0.05 0.17 0.22 0.31 0.26
N1 0.00 0.01 0.09 0.17 0.01 0.07 0.01 0.12 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02 0.19 0.02 0.23 0.29 0.44 0.31
N3 0.01 0.00 0.12 0.15 0.00 0.03 0.01 0.06 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.15 0.04 0.14 0.15 0.30 0.20
N6 0.00 0.01 0.03 0.13 0.00 0.09 0.01 0.17 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.15 0.01 0.26 0.39 0.51 0.38
N7 0.00 0.00 0.04 0.05 0.01 0.07 0.00 0.15 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.06 0.06 0.04 0.21 0.31 0.42 0.32
N9 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.04 0.00 0.07 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.12 0.13 0.24 0.19
O2' 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.04 0.04 0.03 0.04 0.04 0.02 0.01 0.05 0.06 0.02 0.00 0.05 0.06 0.01 0.07 0.00 0.02
O3' 0.02 0.18 0.02 0.00 0.11 0.02 0.11 0.01 0.15 0.01 0.19 0.15 0.15 0.06 0.04 0.05 0.00 0.02 0.04 0.16 0.12 0.09
O4' 0.00 0.04 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.02 0.04 0.01 0.04 0.00 0.06 0.02 0.00 0.03 0.02 0.11 0.09
O5' 0.04 0.18 0.02 0.04 0.16 0.00 0.21 0.01 0.24 0.17 0.23 0.14 0.26 0.21 0.12 0.01 0.04 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.02 0.21 0.08 0.11 0.18 0.05 0.28 0.04 0.32 0.22 0.29 0.15 0.39 0.31 0.13 0.07 0.16 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.12 0.36 0.02 0.08 0.31 0.02 0.41 0.01 0.46 0.31 0.44 0.30 0.51 0.42 0.24 0.00 0.12 0.11 0.00 0.01 0.00 0.00
P 0.09 0.25 0.01 0.05 0.23 0.02 0.30 0.01 0.34 0.26 0.31 0.20 0.38 0.32 0.19 0.02 0.09 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.06 0.02 0.00 0.02 0.07 0.02 0.09 0.07 0.07 0.11 0.05 0.03 0.08 0.12 0.08 0.05 0.04 0.10 0.00 0.04 0.01 0.03
C2 0.02 0.06 0.13 0.15 0.09 0.13 0.15 0.05 0.15 0.15 0.12 0.03 0.18 0.18 0.08 0.20 0.20 0.01 0.07 0.06 0.00 0.03
C2' 0.07 0.19 0.14 0.14 0.11 0.07 0.09 0.01 0.13 0.02 0.17 0.17 0.12 0.04 0.06 0.18 0.15 0.00 0.06 0.02 0.06 0.02
C3' 0.10 0.15 0.19 0.22 0.09 0.16 0.07 0.10 0.09 0.04 0.12 0.14 0.08 0.03 0.07 0.24 0.26 0.05 0.15 0.09 0.12 0.10
C4 0.00 0.05 0.09 0.11 0.07 0.08 0.12 0.01 0.12 0.12 0.09 0.02 0.14 0.15 0.07 0.14 0.16 0.04 0.05 0.03 0.00 0.02
C4' 0.06 0.08 0.03 0.07 0.10 0.04 0.13 0.00 0.12 0.12 0.11 0.07 0.13 0.14 0.10 0.08 0.11 0.08 0.04 0.02 0.02 0.02
C5 0.01 0.07 0.10 0.13 0.09 0.11 0.14 0.04 0.15 0.13 0.12 0.03 0.18 0.17 0.07 0.16 0.19 0.01 0.07 0.06 0.01 0.02
C5' 0.03 0.12 0.07 0.13 0.11 0.11 0.15 0.08 0.16 0.11 0.16 0.09 0.18 0.14 0.09 0.13 0.19 0.03 0.11 0.11 0.08 0.09
C6 0.02 0.09 0.12 0.16 0.10 0.16 0.17 0.08 0.19 0.15 0.15 0.05 0.23 0.20 0.08 0.18 0.23 0.01 0.08 0.09 0.02 0.03
C8 0.01 0.05 0.07 0.10 0.07 0.07 0.12 0.00 0.12 0.11 0.09 0.03 0.13 0.14 0.06 0.12 0.14 0.04 0.05 0.02 0.00 0.01
N1 0.03 0.09 0.14 0.18 0.11 0.18 0.18 0.10 0.19 0.16 0.15 0.05 0.23 0.21 0.08 0.20 0.24 0.03 0.09 0.10 0.02 0.04
N3 0.01 0.04 0.09 0.11 0.08 0.07 0.12 0.00 0.11 0.13 0.08 0.02 0.13 0.15 0.08 0.16 0.15 0.05 0.04 0.02 0.01 0.01
N6 0.04 0.10 0.13 0.18 0.11 0.18 0.19 0.11 0.21 0.15 0.17 0.05 0.26 0.22 0.07 0.18 0.26 0.03 0.09 0.13 0.04 0.04
N7 0.00 0.06 0.09 0.12 0.08 0.10 0.14 0.03 0.14 0.12 0.12 0.03 0.17 0.16 0.07 0.14 0.18 0.02 0.06 0.05 0.01 0.02
N9 0.02 0.03 0.06 0.08 0.07 0.05 0.10 0.01 0.10 0.11 0.07 0.02 0.11 0.13 0.07 0.11 0.12 0.05 0.04 0.01 0.00 0.01
O2' 0.08 0.16 0.05 0.07 0.03 0.14 0.03 0.19 0.09 0.08 0.14 0.10 0.10 0.04 0.05 0.04 0.09 0.17 0.10 0.20 0.07 0.13
O3' 0.09 0.17 0.19 0.22 0.10 0.15 0.09 0.10 0.11 0.04 0.15 0.16 0.11 0.05 0.08 0.23 0.27 0.04 0.14 0.08 0.13 0.10
O4' 0.11 0.14 0.03 0.00 0.16 0.02 0.19 0.06 0.19 0.18 0.17 0.13 0.19 0.20 0.15 0.02 0.04 0.13 0.01 0.03 0.03 0.03
O5' 0.09 0.02 0.19 0.26 0.00 0.23 0.04 0.20 0.06 0.00 0.06 0.02 0.08 0.04 0.03 0.24 0.32 0.09 0.23 0.23 0.18 0.20
OP1 0.07 0.10 0.16 0.26 0.05 0.26 0.08 0.25 0.12 0.01 0.13 0.05 0.13 0.05 0.01 0.20 0.33 0.10 0.28 0.32 0.25 0.27
OP2 0.28 0.13 0.36 0.44 0.17 0.44 0.14 0.42 0.11 0.20 0.10 0.18 0.09 0.16 0.22 0.38 0.50 0.30 0.45 0.47 0.41 0.44
P 0.15 0.00 0.24 0.32 0.04 0.31 0.00 0.29 0.03 0.07 0.04 0.05 0.05 0.02 0.09 0.28 0.39 0.17 0.32 0.34 0.28 0.31

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.08 0.06 0.13 0.09
C2 0.01 0.00 0.06 0.03 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.11 0.04 0.00 0.05 0.06 0.12 0.07
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.03 0.03 0.05 0.06 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.08 0.04
C3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.03 0.02 0.07 0.00 0.03 0.04 0.07 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00
C4 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.00 0.01 0.05 0.06 0.13 0.07
C4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.03 0.07 0.01 0.02 0.05 0.07 0.03 0.04 0.01 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01
C5 0.00 0.01 0.01 0.04 0.00 0.04 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.02 0.02 0.04 0.11 0.05
C5' 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.05 0.00 0.03 0.04 0.06 0.01 0.04 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00
C6 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.01 0.01 0.01 0.04 0.09 0.04
C8 0.01 0.01 0.03 0.07 0.00 0.07 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.06 0.02 0.02 0.05 0.13 0.06
N1 0.01 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.09 0.02 0.01 0.03 0.05 0.10 0.05
N3 0.02 0.00 0.06 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.10 0.04 0.01 0.07 0.07 0.13 0.08
N6 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01 0.05 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.03 0.01 0.02 0.02 0.07 0.02
N7 0.01 0.01 0.01 0.07 0.00 0.07 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.02 0.01 0.03 0.10 0.03
N9 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.06 0.06 0.14 0.08
O2' 0.01 0.11 0.01 0.01 0.05 0.04 0.03 0.04 0.06 0.03 0.09 0.10 0.05 0.01 0.00 0.00 0.04 0.05 0.00 0.05 0.04 0.01
O3' 0.01 0.04 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.06 0.02 0.04 0.03 0.06 0.03 0.04 0.00 0.00 0.03 0.04 0.00 0.03
O4' 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.05 0.00 0.00 0.11 0.08 0.14 0.10
O5' 0.08 0.05 0.03 0.01 0.05 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.03 0.07 0.02 0.01 0.06 0.00 0.03 0.11 0.00 0.00 0.02 0.00
OP1 0.06 0.06 0.01 0.00 0.06 0.01 0.04 0.01 0.04 0.05 0.05 0.07 0.02 0.03 0.06 0.05 0.04 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.13 0.12 0.08 0.03 0.13 0.04 0.11 0.02 0.09 0.13 0.10 0.13 0.07 0.10 0.14 0.04 0.00 0.14 0.02 0.00 0.00 0.00
P 0.09 0.07 0.04 0.00 0.07 0.01 0.05 0.00 0.04 0.06 0.05 0.08 0.02 0.03 0.08 0.01 0.03 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00