ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50482

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, 0.000, 0.002, 0.003, 0.003 max_d=0.003 avg_d=0.002 std_dev=0.002
N3 A 0, 0.000, 0.004, 0.007, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.004 std_dev=0.004
C5 A 0, 0.000, 0.004, 0.008, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.004 std_dev=0.004
N7 A 0, 0.000, 0.004, 0.008, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.004 std_dev=0.004
C1' A 0, 0.000, 0.004, 0.009, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.004 std_dev=0.004
C6 A 0, 0.000, 0.005, 0.010, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.005 std_dev=0.005
C2 A 0, 0.000, 0.005, 0.010, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.005 std_dev=0.005
N9 A 0, 0.000, 0.005, 0.011, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.005 std_dev=0.005
N1 A 0, 0.000, 0.006, 0.012, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.006 std_dev=0.006
C5 B 0, 0.000, 0.006, 0.012, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.006 std_dev=0.006
C8 A 0, 0.000, 0.006, 0.012, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.006 std_dev=0.006
N6 A 0, 0.000, 0.007, 0.014, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C6 B 0, 0.000, 0.008, 0.017, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.008 std_dev=0.008
C4' A 0, 0.000, 0.010, 0.020, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.010 std_dev=0.010
N1 B 0, 0.000, 0.011, 0.022, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.011 std_dev=0.011
C4 B 0, 0.000, 0.011, 0.022, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.011 std_dev=0.011
N9 B 0, 0.000, 0.011, 0.023, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.011 std_dev=0.011
C8 B 0, 0.000, 0.012, 0.024, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.012 std_dev=0.012
O4' A 0, 0.000, 0.012, 0.024, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.012 std_dev=0.012
N7 B 0, 0.000, 0.012, 0.025, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.012 std_dev=0.012
O4' B 0, 0.000, 0.013, 0.027, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.013 std_dev=0.013
C1' B 0, 0.000, 0.014, 0.028, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.014 std_dev=0.014
C2 B 0, 0.000, 0.015, 0.030, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.015 std_dev=0.015
N3 B 0, 0.000, 0.015, 0.031, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.015 std_dev=0.015
N6 B 0, 0.000, 0.016, 0.032, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.016 std_dev=0.016
C5' A 0, 0.000, 0.019, 0.038, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.019 std_dev=0.019
C3' A 0, 0.000, 0.020, 0.040, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.020 std_dev=0.020
C2' A 0, 0.000, 0.022, 0.044, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.022 std_dev=0.022
C2' B 0, 0.000, 0.026, 0.052, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.026 std_dev=0.026
O3' A 0, 0.000, 0.027, 0.054, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.027 std_dev=0.027
O2' B 0, 0.000, 0.027, 0.055, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.027 std_dev=0.027
OP2 A 0, 0.000, 0.029, 0.059, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.029 std_dev=0.029
C4' B 0, 0.000, 0.031, 0.062, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.031 std_dev=0.031
P A 0, 0.000, 0.031, 0.063, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.031 std_dev=0.031
O5' B 0, 0.000, 0.032, 0.064, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.032 std_dev=0.032
C5' B 0, 0.000, 0.032, 0.065, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.032 std_dev=0.032
P B 0, 0.000, 0.033, 0.066, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.033 std_dev=0.033
OP2 B 0, 0.000, 0.034, 0.067, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.034 std_dev=0.034
O5' A 0, 0.000, 0.035, 0.071, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.035 std_dev=0.035
OP1 A 0, 0.000, 0.036, 0.072, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.036 std_dev=0.036
OP1 B 0, 0.000, 0.036, 0.072, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.036 std_dev=0.036
C3' B 0, 0.000, 0.036, 0.073, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.036 std_dev=0.036
O2' A 0, 0.000, 0.042, 0.083, 0.083 max_d=0.083 avg_d=0.042 std_dev=0.042
O3' B 0, 0.000, 0.043, 0.086, 0.086 max_d=0.086 avg_d=0.043 std_dev=0.043

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00
C2 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01
C2' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01
C3' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01
C4 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01
C4' 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01
C5 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01
C5' 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00
C6 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01
C8 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02
N1 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01
N3 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01
N6 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01
N7 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02
N9 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01
O2' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01
O3' 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00
O4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01
O5' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00
OP1 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02
C2 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01
C2' 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.03
C3' 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02
C4 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01
C4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02
C5 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01
C5' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02
C6 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01
C8 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01
N1 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01
N3 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01
N6 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01
N7 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01
N9 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01
O2' 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.04 0.04 0.03 0.04
O3' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01
O5' 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02
OP1 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02
OP2 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02
P 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
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