ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50491

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 4, 4, 6, 4, 4, 0, 4, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.000, 0.010, 0.020, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.010 std_dev=0.010
C5 A 0, 0.002, 0.014, 0.025, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.014 std_dev=0.012
C4 A 0, 0.005, 0.018, 0.032, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.018 std_dev=0.013
C2 A 0, -0.001, 0.015, 0.031, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.015 std_dev=0.016
N1 A 0, 0.004, 0.020, 0.036, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.020 std_dev=0.016
N3 A 0, 0.005, 0.021, 0.037, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.021 std_dev=0.016
N9 A 0, 0.006, 0.024, 0.041, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.024 std_dev=0.018
C1' A 0, 0.002, 0.020, 0.039, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.020 std_dev=0.018
N7 A 0, 0.006, 0.025, 0.044, 0.093 max_d=0.093 avg_d=0.025 std_dev=0.019
C8 A 0, 0.009, 0.029, 0.049, 0.084 max_d=0.084 avg_d=0.029 std_dev=0.020
N6 A 0, 0.003, 0.030, 0.057, 0.126 max_d=0.126 avg_d=0.030 std_dev=0.027
O4' A 0, 0.034, 0.081, 0.129, 0.195 max_d=0.195 avg_d=0.081 std_dev=0.047
C2' A 0, 0.037, 0.102, 0.167, 0.269 max_d=0.269 avg_d=0.102 std_dev=0.065
C3' A 0, 0.048, 0.161, 0.273, 0.450 max_d=0.450 avg_d=0.161 std_dev=0.113
C4' A 0, 0.052, 0.166, 0.280, 0.434 max_d=0.434 avg_d=0.166 std_dev=0.114
O2' A 0, 0.068, 0.194, 0.320, 0.537 max_d=0.537 avg_d=0.194 std_dev=0.126
O3' A 0, 0.063, 0.255, 0.447, 0.799 max_d=0.799 avg_d=0.255 std_dev=0.192
C1' B 0, 0.120, 0.323, 0.525, 1.036 max_d=1.036 avg_d=0.323 std_dev=0.202
N9 B 0, 0.191, 0.406, 0.621, 1.039 max_d=1.039 avg_d=0.406 std_dev=0.215
C5' A 0, 0.071, 0.287, 0.503, 0.885 max_d=0.885 avg_d=0.287 std_dev=0.216
C4 B 0, 0.223, 0.445, 0.667, 0.922 max_d=0.922 avg_d=0.445 std_dev=0.222
N3 B 0, 0.199, 0.430, 0.662, 1.039 max_d=1.039 avg_d=0.430 std_dev=0.232
C2' B 0, 0.167, 0.399, 0.631, 1.013 max_d=1.013 avg_d=0.399 std_dev=0.232
O4' B 0, 0.136, 0.386, 0.637, 1.225 max_d=1.225 avg_d=0.386 std_dev=0.250
O5' A 0, 0.038, 0.315, 0.591, 1.106 max_d=1.106 avg_d=0.315 std_dev=0.277
C5 B 0, 0.283, 0.569, 0.856, 1.106 max_d=1.106 avg_d=0.569 std_dev=0.287
O2' B 0, 0.189, 0.477, 0.765, 1.014 max_d=1.014 avg_d=0.477 std_dev=0.288
C3' B 0, 0.166, 0.460, 0.754, 1.180 max_d=1.180 avg_d=0.460 std_dev=0.294
C8 B 0, 0.226, 0.524, 0.823, 1.360 max_d=1.360 avg_d=0.524 std_dev=0.299
C2 B 0, 0.216, 0.526, 0.836, 1.251 max_d=1.251 avg_d=0.526 std_dev=0.310
C4' B 0, 0.159, 0.491, 0.822, 1.402 max_d=1.402 avg_d=0.491 std_dev=0.332
N7 B 0, 0.288, 0.621, 0.954, 1.347 max_d=1.347 avg_d=0.621 std_dev=0.333
C6 B 0, 0.310, 0.660, 1.011, 1.473 max_d=1.473 avg_d=0.660 std_dev=0.350
N1 B 0, 0.260, 0.622, 0.984, 1.500 max_d=1.500 avg_d=0.622 std_dev=0.362
N2 B 0, 0.214, 0.583, 0.953, 1.463 max_d=1.463 avg_d=0.583 std_dev=0.369
O3' B 0, 0.178, 0.556, 0.934, 1.265 max_d=1.265 avg_d=0.556 std_dev=0.378
O6 B 0, 0.368, 0.791, 1.215, 1.806 max_d=1.806 avg_d=0.791 std_dev=0.423
O5' B 0, 0.178, 0.602, 1.026, 1.930 max_d=1.930 avg_d=0.602 std_dev=0.424
P A 0, 0.028, 0.473, 0.917, 1.795 max_d=1.795 avg_d=0.473 std_dev=0.444
P B 0, 0.178, 0.677, 1.177, 1.861 max_d=1.861 avg_d=0.677 std_dev=0.500
OP2 B 0, 0.210, 0.720, 1.230, 1.860 max_d=1.860 avg_d=0.720 std_dev=0.510
OP2 A 0, 0.025, 0.584, 1.142, 2.210 max_d=2.210 avg_d=0.584 std_dev=0.559
C5' B 0, 0.186, 0.757, 1.327, 1.826 max_d=1.826 avg_d=0.757 std_dev=0.571
OP1 B 0, 0.196, 0.792, 1.387, 2.143 max_d=2.143 avg_d=0.792 std_dev=0.595
OP1 A 0, -0.007, 0.623, 1.252, 2.708 max_d=2.708 avg_d=0.623 std_dev=0.630

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.01 0.04 0.04 0.03 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.07 0.10 0.16 0.11
C2 0.04 0.00 0.09 0.07 0.01 0.04 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.17 0.10 0.04 0.18 0.19 0.40 0.25
C2' 0.00 0.09 0.00 0.01 0.06 0.01 0.05 0.02 0.07 0.04 0.09 0.09 0.07 0.05 0.02 0.00 0.01 0.01 0.05 0.05 0.11 0.06
C3' 0.01 0.07 0.01 0.00 0.06 0.01 0.08 0.02 0.08 0.10 0.08 0.07 0.09 0.11 0.06 0.02 0.01 0.01 0.05 0.09 0.08 0.05
C4 0.02 0.01 0.06 0.06 0.00 0.04 0.00 0.10 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.09 0.06 0.02 0.19 0.20 0.37 0.24
C4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.04 0.00 0.07 0.01 0.06 0.10 0.05 0.05 0.08 0.10 0.04 0.05 0.01 0.01 0.02 0.07 0.03 0.04
C5 0.02 0.01 0.05 0.08 0.00 0.07 0.00 0.16 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.08 0.02 0.26 0.29 0.47 0.33
C5' 0.03 0.08 0.02 0.02 0.10 0.01 0.16 0.00 0.16 0.19 0.12 0.07 0.19 0.21 0.11 0.06 0.03 0.02 0.01 0.06 0.02 0.02
C6 0.03 0.01 0.07 0.08 0.01 0.06 0.01 0.16 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.11 0.09 0.02 0.26 0.31 0.51 0.35
C8 0.01 0.01 0.04 0.10 0.01 0.10 0.01 0.19 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.03 0.11 0.03 0.26 0.27 0.39 0.30
N1 0.04 0.00 0.09 0.08 0.02 0.05 0.01 0.12 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.15 0.09 0.03 0.23 0.26 0.47 0.31
N3 0.04 0.00 0.09 0.07 0.00 0.05 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.15 0.09 0.04 0.15 0.16 0.34 0.21
N6 0.03 0.02 0.07 0.09 0.01 0.08 0.01 0.19 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.11 0.10 0.03 0.30 0.38 0.57 0.40
N7 0.02 0.01 0.05 0.11 0.01 0.10 0.01 0.21 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.05 0.12 0.03 0.29 0.35 0.51 0.37
N9 0.00 0.02 0.02 0.06 0.01 0.04 0.01 0.11 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.03 0.05 0.01 0.17 0.17 0.30 0.21
O2' 0.01 0.17 0.00 0.02 0.09 0.05 0.08 0.06 0.11 0.03 0.15 0.15 0.11 0.05 0.03 0.00 0.04 0.07 0.06 0.08 0.10 0.07
O3' 0.01 0.10 0.01 0.01 0.06 0.01 0.08 0.03 0.09 0.11 0.09 0.09 0.10 0.12 0.05 0.04 0.00 0.01 0.06 0.17 0.09 0.08
O4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.03 0.04 0.03 0.03 0.01 0.07 0.01 0.00 0.05 0.14 0.11 0.11
O5' 0.07 0.18 0.05 0.05 0.19 0.02 0.26 0.01 0.26 0.26 0.23 0.15 0.30 0.29 0.17 0.06 0.06 0.05 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.10 0.19 0.05 0.09 0.20 0.07 0.29 0.06 0.31 0.27 0.26 0.16 0.38 0.35 0.17 0.08 0.17 0.14 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.16 0.40 0.11 0.08 0.37 0.03 0.47 0.02 0.51 0.39 0.47 0.34 0.57 0.51 0.30 0.10 0.09 0.11 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.11 0.25 0.06 0.05 0.24 0.04 0.33 0.02 0.35 0.30 0.31 0.21 0.40 0.37 0.21 0.07 0.08 0.11 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.12 0.15 0.23 0.15 0.11 0.20 0.11 0.33 0.11 0.14 0.12 0.20 0.14 0.14 0.12 0.32 0.20 0.18 0.16 0.12 0.26 0.17 0.15
C2 0.10 0.12 0.17 0.11 0.11 0.22 0.13 0.43 0.13 0.15 0.12 0.15 0.13 0.16 0.11 0.32 0.15 0.17 0.20 0.15 0.28 0.17 0.19
C2' 0.19 0.24 0.29 0.22 0.20 0.20 0.20 0.27 0.21 0.19 0.23 0.28 0.23 0.20 0.19 0.33 0.26 0.20 0.16 0.21 0.25 0.20 0.14
C3' 0.20 0.32 0.31 0.25 0.24 0.22 0.24 0.31 0.27 0.21 0.30 0.37 0.28 0.22 0.21 0.34 0.30 0.21 0.18 0.26 0.28 0.20 0.16
C4 0.10 0.11 0.20 0.12 0.07 0.23 0.09 0.43 0.08 0.13 0.08 0.16 0.11 0.13 0.09 0.34 0.17 0.19 0.18 0.10 0.29 0.16 0.18
C4' 0.16 0.27 0.28 0.21 0.20 0.20 0.20 0.30 0.22 0.17 0.25 0.33 0.24 0.19 0.17 0.33 0.26 0.18 0.16 0.22 0.26 0.18 0.14
C5 0.09 0.12 0.19 0.12 0.08 0.24 0.09 0.50 0.08 0.14 0.08 0.17 0.12 0.14 0.09 0.33 0.17 0.18 0.20 0.11 0.32 0.17 0.21
C5' 0.16 0.30 0.29 0.21 0.20 0.22 0.20 0.35 0.24 0.16 0.28 0.38 0.26 0.18 0.17 0.34 0.27 0.19 0.19 0.24 0.33 0.18 0.19
C6 0.10 0.12 0.17 0.13 0.10 0.24 0.12 0.54 0.11 0.16 0.10 0.16 0.12 0.16 0.11 0.33 0.17 0.17 0.23 0.14 0.34 0.19 0.23
C8 0.11 0.14 0.21 0.14 0.09 0.25 0.09 0.46 0.09 0.13 0.11 0.20 0.13 0.12 0.10 0.33 0.20 0.19 0.19 0.10 0.31 0.16 0.19
N1 0.11 0.13 0.17 0.13 0.12 0.23 0.15 0.52 0.14 0.18 0.13 0.16 0.13 0.18 0.12 0.32 0.17 0.17 0.23 0.16 0.31 0.19 0.22
N3 0.10 0.10 0.20 0.12 0.08 0.22 0.09 0.39 0.09 0.13 0.08 0.14 0.11 0.13 0.09 0.34 0.16 0.19 0.19 0.11 0.27 0.17 0.18
N6 0.11 0.13 0.18 0.16 0.11 0.25 0.14 0.58 0.13 0.18 0.11 0.17 0.13 0.19 0.12 0.32 0.20 0.17 0.26 0.15 0.37 0.24 0.27
N7 0.10 0.13 0.20 0.13 0.08 0.25 0.09 0.50 0.08 0.13 0.10 0.19 0.13 0.13 0.09 0.33 0.19 0.18 0.20 0.10 0.33 0.17 0.21
N9 0.11 0.13 0.22 0.14 0.09 0.23 0.09 0.41 0.09 0.13 0.10 0.18 0.13 0.13 0.10 0.33 0.19 0.19 0.18 0.10 0.29 0.16 0.17
O2' 0.25 0.28 0.32 0.28 0.27 0.22 0.27 0.25 0.27 0.26 0.27 0.28 0.28 0.27 0.26 0.33 0.30 0.24 0.20 0.26 0.25 0.29 0.19
O3' 0.25 0.43 0.36 0.31 0.34 0.24 0.35 0.28 0.39 0.28 0.42 0.48 0.38 0.31 0.29 0.34 0.36 0.23 0.19 0.39 0.28 0.25 0.17
O4' 0.12 0.17 0.24 0.15 0.12 0.20 0.12 0.34 0.12 0.14 0.14 0.22 0.15 0.14 0.12 0.32 0.21 0.18 0.17 0.13 0.27 0.18 0.17
O5' 0.19 0.26 0.29 0.23 0.17 0.30 0.16 0.46 0.19 0.18 0.24 0.34 0.22 0.17 0.17 0.35 0.29 0.26 0.29 0.18 0.45 0.25 0.31
OP1 0.16 0.38 0.29 0.23 0.22 0.29 0.23 0.47 0.30 0.16 0.37 0.49 0.30 0.19 0.16 0.35 0.31 0.22 0.27 0.31 0.47 0.21 0.31
OP2 0.32 0.23 0.36 0.37 0.22 0.49 0.22 0.69 0.19 0.32 0.20 0.32 0.22 0.28 0.28 0.42 0.41 0.44 0.51 0.18 0.71 0.49 0.58
P 0.20 0.26 0.29 0.24 0.16 0.34 0.15 0.53 0.18 0.19 0.24 0.36 0.22 0.16 0.17 0.36 0.30 0.29 0.33 0.18 0.53 0.28 0.38

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.02 0.01 0.02 0.04 0.03 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.10 0.03 0.14 0.18 0.06
C2 0.03 0.00 0.10 0.16 0.01 0.08 0.01 0.20 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.10 0.16 0.03 0.20 0.01 0.17 0.20 0.13
C2' 0.00 0.10 0.00 0.00 0.05 0.02 0.04 0.03 0.06 0.06 0.08 0.12 0.10 0.05 0.02 0.00 0.03 0.01 0.16 0.06 0.21 0.16 0.12
C3' 0.01 0.16 0.00 0.00 0.11 0.00 0.11 0.04 0.13 0.08 0.15 0.18 0.15 0.09 0.05 0.02 0.01 0.02 0.26 0.14 0.28 0.16 0.20
C4 0.01 0.01 0.05 0.11 0.00 0.08 0.01 0.20 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.10 0.02 0.22 0.02 0.18 0.20 0.14
C4' 0.01 0.08 0.02 0.00 0.08 0.00 0.11 0.01 0.11 0.10 0.10 0.08 0.07 0.11 0.06 0.06 0.02 0.00 0.02 0.13 0.15 0.22 0.04
C5 0.01 0.01 0.04 0.11 0.01 0.11 0.00 0.26 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.11 0.03 0.29 0.02 0.22 0.23 0.20
C5' 0.04 0.20 0.03 0.04 0.20 0.01 0.26 0.00 0.28 0.23 0.25 0.17 0.17 0.28 0.16 0.06 0.04 0.02 0.01 0.32 0.16 0.31 0.02
C6 0.02 0.01 0.06 0.13 0.01 0.11 0.01 0.28 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.07 0.14 0.03 0.29 0.01 0.23 0.25 0.21
C8 0.01 0.02 0.06 0.08 0.01 0.10 0.01 0.23 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.04 0.09 0.04 0.30 0.03 0.21 0.21 0.19
N1 0.02 0.00 0.08 0.15 0.01 0.10 0.01 0.25 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.09 0.16 0.02 0.25 0.01 0.20 0.22 0.18
N2 0.04 0.01 0.12 0.18 0.01 0.08 0.01 0.17 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.13 0.19 0.05 0.17 0.01 0.16 0.19 0.11
N3 0.03 0.01 0.10 0.15 0.00 0.07 0.01 0.17 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.09 0.14 0.03 0.17 0.02 0.16 0.18 0.10
N7 0.01 0.01 0.05 0.09 0.01 0.11 0.01 0.28 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.05 0.10 0.04 0.33 0.03 0.24 0.25 0.23
N9 0.01 0.02 0.02 0.05 0.01 0.06 0.01 0.16 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.05 0.01 0.21 0.03 0.17 0.19 0.12
O2' 0.02 0.10 0.00 0.02 0.06 0.06 0.05 0.06 0.07 0.04 0.09 0.13 0.09 0.05 0.03 0.00 0.06 0.04 0.06 0.07 0.19 0.15 0.06
O3' 0.02 0.16 0.03 0.01 0.10 0.02 0.11 0.04 0.14 0.09 0.16 0.19 0.14 0.10 0.05 0.06 0.00 0.01 0.21 0.15 0.28 0.16 0.18
O4' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.00 0.03 0.02 0.03 0.04 0.02 0.05 0.03 0.04 0.01 0.04 0.01 0.00 0.08 0.05 0.14 0.22 0.07
O5' 0.10 0.20 0.16 0.26 0.22 0.02 0.29 0.01 0.29 0.30 0.25 0.17 0.17 0.33 0.21 0.06 0.21 0.08 0.00 0.33 0.01 0.02 0.01
O6 0.03 0.01 0.06 0.14 0.02 0.13 0.02 0.32 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.03 0.03 0.07 0.15 0.05 0.33 0.00 0.27 0.29 0.26
OP1 0.14 0.17 0.21 0.28 0.18 0.15 0.22 0.16 0.23 0.21 0.20 0.16 0.16 0.24 0.17 0.19 0.28 0.14 0.01 0.27 0.00 0.02 0.01
OP2 0.18 0.20 0.16 0.16 0.20 0.22 0.23 0.31 0.25 0.21 0.22 0.19 0.18 0.25 0.19 0.15 0.16 0.22 0.02 0.29 0.02 0.00 0.01
P 0.06 0.13 0.12 0.20 0.14 0.04 0.20 0.02 0.21 0.19 0.18 0.11 0.10 0.23 0.12 0.06 0.18 0.07 0.01 0.26 0.01 0.01 0.00