ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50493

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 2, 3, 5, 4, 5, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.002, 0.008, 0.014, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.008 std_dev=0.006
C6 A 0, 0.005, 0.013, 0.020, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.013 std_dev=0.007
C1' A 0, 0.008, 0.017, 0.026, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.017 std_dev=0.009
N3 A 0, 0.010, 0.020, 0.031, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.020 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.010, 0.021, 0.033, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.021 std_dev=0.011
C5 A 0, 0.007, 0.021, 0.036, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.021 std_dev=0.014
C4 A 0, 0.012, 0.028, 0.045, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.028 std_dev=0.017
N9 A 0, 0.008, 0.030, 0.053, 0.080 max_d=0.080 avg_d=0.030 std_dev=0.022
N6 A 0, 0.017, 0.041, 0.065, 0.092 max_d=0.092 avg_d=0.041 std_dev=0.024
N7 A 0, 0.011, 0.039, 0.067, 0.101 max_d=0.101 avg_d=0.039 std_dev=0.028
C8 A 0, 0.012, 0.044, 0.076, 0.119 max_d=0.119 avg_d=0.044 std_dev=0.032
O2' B 0, 0.206, 0.375, 0.544, 0.655 max_d=0.655 avg_d=0.375 std_dev=0.169
C2' B 0, 0.195, 0.414, 0.632, 0.974 max_d=0.974 avg_d=0.414 std_dev=0.219
C1' B 0, 0.224, 0.449, 0.674, 0.959 max_d=0.959 avg_d=0.449 std_dev=0.225
C3' B 0, 0.101, 0.494, 0.887, 1.654 max_d=1.654 avg_d=0.494 std_dev=0.393
O4' B 0, 0.142, 0.546, 0.950, 1.641 max_d=1.641 avg_d=0.546 std_dev=0.404
O3' B 0, 0.083, 0.541, 0.999, 1.747 max_d=1.747 avg_d=0.541 std_dev=0.458
N9 B 0, 0.097, 0.638, 1.180, 2.318 max_d=2.318 avg_d=0.638 std_dev=0.541
C4' B 0, 0.037, 0.647, 1.257, 1.947 max_d=1.947 avg_d=0.647 std_dev=0.610
O4' A 0, -0.382, 0.279, 0.941, 2.427 max_d=2.427 avg_d=0.279 std_dev=0.661
C2' A 0, -0.392, 0.319, 1.031, 2.636 max_d=2.636 avg_d=0.319 std_dev=0.711
C8 B 0, -0.005, 0.812, 1.629, 3.135 max_d=3.135 avg_d=0.812 std_dev=0.817
C4' A 0, -0.479, 0.416, 1.311, 3.305 max_d=3.305 avg_d=0.416 std_dev=0.895
C4 B 0, -0.147, 0.771, 1.690, 3.829 max_d=3.829 avg_d=0.771 std_dev=0.918
C3' A 0, -0.524, 0.470, 1.464, 3.675 max_d=3.675 avg_d=0.470 std_dev=0.994
O2' A 0, -0.588, 0.482, 1.551, 3.974 max_d=3.974 avg_d=0.482 std_dev=1.070
C5' B 0, -0.179, 0.932, 2.044, 3.750 max_d=3.750 avg_d=0.932 std_dev=1.111
N3 B 0, -0.294, 0.841, 1.976, 4.601 max_d=4.601 avg_d=0.841 std_dev=1.135
N7 B 0, -0.165, 0.977, 2.119, 4.490 max_d=4.490 avg_d=0.977 std_dev=1.142
O3' A 0, -0.469, 0.677, 1.824, 4.305 max_d=4.305 avg_d=0.677 std_dev=1.147
C5 B 0, -0.249, 0.953, 2.156, 4.882 max_d=4.882 avg_d=0.953 std_dev=1.203
O5' B 0, -0.247, 1.009, 2.265, 4.285 max_d=4.285 avg_d=1.009 std_dev=1.256
C2 B 0, -0.511, 1.072, 2.654, 6.258 max_d=6.258 avg_d=1.072 std_dev=1.582
C6 B 0, -0.482, 1.158, 2.798, 6.553 max_d=6.553 avg_d=1.158 std_dev=1.640
C5' A 0, -0.943, 0.748, 2.439, 6.227 max_d=6.227 avg_d=0.748 std_dev=1.691
N1 B 0, -0.585, 1.198, 2.980, 7.065 max_d=7.065 avg_d=1.198 std_dev=1.783
P B 0, -0.470, 1.351, 3.171, 6.447 max_d=6.447 avg_d=1.351 std_dev=1.820
N2 B 0, -0.694, 1.244, 3.183, 7.462 max_d=7.462 avg_d=1.244 std_dev=1.939
O6 B 0, -0.607, 1.345, 3.297, 7.717 max_d=7.717 avg_d=1.345 std_dev=1.952
OP2 B 0, -0.512, 1.507, 3.527, 7.266 max_d=7.266 avg_d=1.507 std_dev=2.020
OP1 B 0, -0.670, 1.444, 3.558, 7.329 max_d=7.329 avg_d=1.444 std_dev=2.114
O5' A 0, -1.222, 0.922, 3.067, 7.873 max_d=7.873 avg_d=0.922 std_dev=2.145
P A 0, -1.668, 1.234, 4.137, 10.642 max_d=10.642 avg_d=1.234 std_dev=2.903
OP2 A 0, -1.616, 1.338, 4.292, 10.929 max_d=10.929 avg_d=1.338 std_dev=2.954
OP1 A 0, -1.974, 1.417, 4.808, 12.399 max_d=12.399 avg_d=1.417 std_dev=3.391

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.20 0.01 0.21 0.19 0.24 0.07
C2 0.02 0.00 0.12 0.22 0.01 0.48 0.01 0.97 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.16 0.34 0.62 0.92 0.96 0.97
C2' 0.00 0.12 0.00 0.00 0.06 0.01 0.04 0.15 0.06 0.07 0.09 0.12 0.05 0.05 0.02 0.00 0.01 0.01 0.07 0.21 0.65 0.32
C3' 0.01 0.22 0.00 0.00 0.06 0.00 0.17 0.02 0.11 0.36 0.12 0.23 0.18 0.33 0.15 0.01 0.01 0.02 0.07 0.20 0.51 0.20
C4 0.01 0.01 0.06 0.06 0.00 0.20 0.00 0.45 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.10 0.09 0.18 0.15 0.23 0.32 0.26
C4' 0.01 0.48 0.01 0.00 0.20 0.00 0.08 0.01 0.18 0.28 0.36 0.46 0.11 0.19 0.04 0.20 0.02 0.00 0.01 0.16 0.31 0.07
C5 0.01 0.01 0.04 0.17 0.00 0.08 0.00 0.26 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.17 0.12 0.09 0.36 0.29 0.29 0.25
C5' 0.07 0.97 0.15 0.02 0.45 0.01 0.26 0.00 0.45 0.37 0.77 0.89 0.33 0.23 0.09 0.06 0.15 0.02 0.01 0.24 0.18 0.01
C6 0.01 0.01 0.06 0.11 0.01 0.18 0.01 0.45 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.16 0.13 0.16 0.21 0.24 0.24 0.24
C8 0.01 0.01 0.07 0.36 0.01 0.28 0.01 0.37 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.21 0.15 0.17 0.93 0.88 0.78 0.84
N1 0.02 0.00 0.09 0.12 0.01 0.36 0.01 0.77 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.10 0.11 0.27 0.37 0.63 0.60 0.65
N3 0.02 0.00 0.12 0.23 0.00 0.46 0.01 0.89 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.18 0.33 0.55 0.77 0.91 0.86
N6 0.01 0.01 0.05 0.18 0.01 0.11 0.01 0.33 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.19 0.18 0.12 0.33 0.27 0.36 0.26
N7 0.01 0.01 0.05 0.33 0.01 0.19 0.01 0.23 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.22 0.19 0.08 0.83 0.80 0.81 0.78
N9 0.01 0.01 0.02 0.15 0.00 0.04 0.00 0.09 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.12 0.07 0.02 0.41 0.34 0.18 0.25
O2' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.10 0.20 0.17 0.06 0.16 0.21 0.10 0.04 0.19 0.22 0.12 0.00 0.04 0.13 0.06 0.17 0.77 0.31
O3' 0.20 0.16 0.01 0.01 0.09 0.02 0.12 0.15 0.13 0.15 0.11 0.18 0.18 0.19 0.07 0.04 0.00 0.16 0.12 0.32 0.42 0.14
O4' 0.01 0.34 0.01 0.02 0.18 0.00 0.09 0.02 0.16 0.17 0.27 0.33 0.12 0.08 0.02 0.13 0.16 0.00 0.23 0.27 0.11 0.16
O5' 0.21 0.62 0.07 0.07 0.15 0.01 0.36 0.01 0.21 0.93 0.37 0.55 0.33 0.83 0.41 0.06 0.12 0.23 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.19 0.92 0.21 0.20 0.23 0.16 0.29 0.24 0.24 0.88 0.63 0.77 0.27 0.80 0.34 0.17 0.32 0.27 0.02 0.00 0.00 0.00
OP2 0.24 0.96 0.65 0.51 0.32 0.31 0.29 0.18 0.24 0.78 0.60 0.91 0.36 0.81 0.18 0.77 0.42 0.11 0.02 0.00 0.00 0.00
P 0.07 0.97 0.32 0.20 0.26 0.07 0.25 0.01 0.24 0.84 0.65 0.86 0.26 0.78 0.25 0.31 0.14 0.16 0.01 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.15 0.95 0.17 0.35 0.47 0.61 0.38 1.06 0.56 0.27 0.82 1.23 0.79 0.24 0.22 0.15 0.41 0.33 0.94 0.52 1.52 1.04 1.21
C2 0.18 1.12 0.12 0.22 0.70 0.48 0.68 0.61 0.86 0.30 1.05 1.31 0.96 0.46 0.40 0.14 0.33 0.27 0.38 0.85 0.64 0.32 0.43
C2' 0.14 0.78 0.18 0.36 0.33 0.65 0.23 1.16 0.36 0.38 0.62 1.07 0.66 0.31 0.18 0.16 0.54 0.44 1.05 0.30 1.58 1.15 1.33
C3' 0.47 1.00 0.53 0.65 0.63 0.40 0.49 0.77 0.61 0.33 0.84 1.23 0.91 0.34 0.44 0.49 0.98 0.28 0.76 0.53 1.29 0.92 1.04
C4 0.18 1.18 0.13 0.28 0.67 0.57 0.62 0.86 0.84 0.23 1.09 1.46 0.98 0.36 0.34 0.14 0.37 0.31 0.65 0.82 1.07 0.60 0.80
C4' 0.91 1.46 0.83 0.89 1.12 0.60 0.99 0.63 1.12 0.70 1.34 1.67 1.38 0.77 0.91 0.71 1.15 0.68 0.67 1.05 1.18 0.84 0.89
C5 0.20 1.38 0.12 0.26 0.79 0.55 0.79 0.81 1.05 0.31 1.32 1.69 1.11 0.50 0.42 0.14 0.35 0.31 0.58 1.06 0.98 0.51 0.71
C5' 1.72 2.15 1.62 1.67 1.88 1.35 1.76 1.02 1.86 1.48 2.04 2.29 2.09 1.54 1.70 1.45 1.92 1.48 1.10 1.79 1.07 1.07 1.00
C6 0.21 1.47 0.12 0.22 0.87 0.50 0.91 0.68 1.19 0.41 1.44 1.78 1.16 0.63 0.49 0.13 0.32 0.29 0.43 1.21 0.75 0.37 0.51
C8 0.18 1.29 0.13 0.30 0.69 0.59 0.65 0.96 0.92 0.24 1.21 1.62 1.03 0.37 0.34 0.14 0.38 0.32 0.78 0.90 1.32 0.79 1.00
N1 0.21 1.37 0.12 0.20 0.85 0.46 0.87 0.57 1.11 0.42 1.32 1.61 1.12 0.63 0.49 0.14 0.30 0.27 0.34 1.12 0.58 0.32 0.37
N3 0.16 1.02 0.13 0.28 0.59 0.56 0.54 0.78 0.72 0.20 0.93 1.23 0.87 0.31 0.31 0.14 0.37 0.29 0.57 0.69 0.91 0.51 0.68
N6 0.22 1.60 0.13 0.21 0.95 0.48 1.03 0.64 1.36 0.50 1.62 1.94 1.22 0.75 0.54 0.14 0.31 0.30 0.40 1.42 0.69 0.37 0.46
N7 0.20 1.41 0.12 0.28 0.79 0.57 0.79 0.89 1.07 0.30 1.36 1.76 1.12 0.48 0.41 0.14 0.36 0.32 0.67 1.09 1.15 0.63 0.85
N9 0.17 1.14 0.14 0.31 0.61 0.60 0.54 0.97 0.77 0.22 1.04 1.43 0.93 0.29 0.29 0.14 0.39 0.32 0.80 0.74 1.31 0.82 1.01
O2' 0.42 0.44 0.41 0.60 0.18 1.08 0.36 1.67 0.20 0.81 0.26 0.78 0.30 0.72 0.46 0.26 0.42 0.87 1.57 0.29 2.17 1.72 1.91
O3' 0.22 0.72 0.31 0.47 0.33 0.44 0.24 0.97 0.29 0.42 0.54 0.99 0.64 0.39 0.22 0.30 0.78 0.31 1.00 0.25 1.58 1.25 1.37
O4' 0.68 1.43 0.50 0.55 1.01 0.39 0.92 0.66 1.09 0.56 1.32 1.66 1.29 0.67 0.75 0.36 0.76 0.46 0.64 1.04 1.24 0.80 0.90
O5' 1.74 1.94 1.75 1.94 1.80 1.61 1.71 1.33 1.76 1.55 1.87 2.02 1.92 1.57 1.70 1.49 2.17 1.58 1.38 1.71 1.23 1.30 1.23
OP1 2.35 2.36 2.55 2.80 2.32 2.40 2.26 2.18 2.26 2.20 2.32 2.38 2.37 2.18 2.30 2.24 2.81 2.19 2.25 2.22 2.04 2.12 2.06
OP2 2.04 2.23 2.27 2.46 2.09 1.88 2.00 1.64 2.05 1.86 2.16 2.30 2.21 1.87 2.00 2.12 2.71 1.75 1.79 1.99 1.63 1.76 1.63
P 2.27 2.37 2.43 2.65 2.28 2.17 2.20 1.88 2.23 2.08 2.32 2.42 2.37 2.09 2.22 2.18 2.85 2.05 1.98 2.18 1.74 1.89 1.79

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.05 0.02 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.22 0.01 0.13 0.02 0.12 0.21 0.15
C2 0.02 0.00 0.13 0.13 0.01 0.03 0.02 0.05 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.16 0.21 0.06 0.09 0.01 0.12 0.22 0.16
C2' 0.00 0.13 0.00 0.01 0.07 0.01 0.05 0.13 0.08 0.05 0.11 0.15 0.13 0.03 0.02 0.00 0.03 0.01 0.28 0.07 0.29 0.35 0.30
C3' 0.01 0.13 0.01 0.00 0.15 0.00 0.20 0.02 0.21 0.21 0.18 0.10 0.10 0.23 0.14 0.02 0.01 0.01 0.06 0.24 0.14 0.12 0.09
C4 0.02 0.01 0.07 0.15 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.16 0.12 0.04 0.09 0.01 0.12 0.22 0.17
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.05 0.08 0.04 0.03 0.03 0.08 0.04 0.19 0.02 0.00 0.01 0.06 0.08 0.02 0.02
C5 0.02 0.02 0.05 0.20 0.00 0.05 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.19 0.06 0.03 0.09 0.01 0.15 0.24 0.18
C5' 0.05 0.05 0.13 0.02 0.04 0.01 0.05 0.00 0.05 0.06 0.04 0.05 0.05 0.07 0.04 0.06 0.15 0.01 0.01 0.06 0.06 0.01 0.02
C6 0.02 0.01 0.08 0.21 0.01 0.05 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.20 0.08 0.04 0.08 0.01 0.15 0.24 0.18
C8 0.01 0.02 0.05 0.21 0.01 0.08 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.00 0.16 0.09 0.03 0.09 0.01 0.15 0.24 0.18
N1 0.03 0.01 0.11 0.18 0.01 0.04 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.19 0.14 0.05 0.08 0.01 0.14 0.23 0.17
N2 0.02 0.00 0.15 0.10 0.01 0.03 0.02 0.05 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.14 0.27 0.06 0.09 0.01 0.12 0.21 0.16
N3 0.02 0.00 0.13 0.10 0.01 0.03 0.01 0.05 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.14 0.23 0.05 0.10 0.01 0.12 0.22 0.16
N7 0.01 0.02 0.03 0.23 0.01 0.08 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.00 0.19 0.11 0.02 0.10 0.01 0.17 0.25 0.19
N9 0.01 0.01 0.02 0.14 0.01 0.04 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.12 0.07 0.01 0.10 0.01 0.12 0.22 0.16
O2' 0.01 0.16 0.00 0.02 0.16 0.19 0.19 0.06 0.20 0.16 0.19 0.14 0.14 0.19 0.12 0.00 0.05 0.13 0.20 0.21 0.24 0.38 0.24
O3' 0.22 0.21 0.03 0.01 0.12 0.02 0.06 0.15 0.08 0.09 0.14 0.27 0.23 0.11 0.07 0.05 0.00 0.17 0.22 0.10 0.43 0.36 0.33
O4' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.04 0.00 0.03 0.01 0.04 0.03 0.05 0.06 0.05 0.02 0.01 0.13 0.17 0.00 0.06 0.03 0.06 0.11 0.09
O5' 0.13 0.09 0.28 0.06 0.09 0.01 0.09 0.01 0.08 0.09 0.08 0.09 0.10 0.10 0.10 0.20 0.22 0.06 0.00 0.09 0.02 0.01 0.00
O6 0.02 0.01 0.07 0.24 0.01 0.06 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.21 0.10 0.03 0.09 0.00 0.17 0.24 0.19
OP1 0.12 0.12 0.29 0.14 0.12 0.08 0.15 0.06 0.15 0.15 0.14 0.12 0.12 0.17 0.12 0.24 0.43 0.06 0.02 0.17 0.00 0.01 0.00
OP2 0.21 0.22 0.35 0.12 0.22 0.02 0.24 0.01 0.24 0.24 0.23 0.21 0.22 0.25 0.22 0.38 0.36 0.11 0.01 0.24 0.01 0.00 0.00
P 0.15 0.16 0.30 0.09 0.17 0.02 0.18 0.02 0.18 0.18 0.17 0.16 0.16 0.19 0.16 0.24 0.33 0.09 0.00 0.19 0.00 0.00 0.00