ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50499

back

Distances from reference structure (by RMSD)

3, 10, 4, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.007, 0.009, 0.012, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.009 std_dev=0.003
C2 A 0, 0.002, 0.007, 0.012, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.007 std_dev=0.005
C1' A 0, 0.007, 0.012, 0.017, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.012 std_dev=0.005
N3 A 0, 0.010, 0.016, 0.022, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.016 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.010, 0.016, 0.023, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.016 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.011, 0.019, 0.027, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.019 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.012, 0.021, 0.029, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.021 std_dev=0.008
N9 A 0, 0.013, 0.023, 0.033, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.023 std_dev=0.010
N6 A 0, 0.020, 0.032, 0.045, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.032 std_dev=0.013
N7 A 0, 0.021, 0.039, 0.057, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.039 std_dev=0.018
C8 A 0, 0.021, 0.042, 0.062, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.042 std_dev=0.021
C2' A 0, 0.035, 0.068, 0.102, 0.134 max_d=0.134 avg_d=0.068 std_dev=0.034
O4' A 0, 0.015, 0.060, 0.105, 0.164 max_d=0.164 avg_d=0.060 std_dev=0.045
O2' A 0, 0.071, 0.117, 0.162, 0.214 max_d=0.214 avg_d=0.117 std_dev=0.046
C4' A 0, 0.046, 0.113, 0.181, 0.259 max_d=0.259 avg_d=0.113 std_dev=0.067
C3' A 0, 0.040, 0.109, 0.179, 0.253 max_d=0.253 avg_d=0.109 std_dev=0.070
C2 B 0, 0.106, 0.188, 0.270, 0.377 max_d=0.377 avg_d=0.188 std_dev=0.082
N3 B 0, 0.081, 0.164, 0.248, 0.276 max_d=0.276 avg_d=0.164 std_dev=0.084
C5' A 0, 0.087, 0.173, 0.259, 0.367 max_d=0.367 avg_d=0.173 std_dev=0.086
C2' B 0, 0.094, 0.182, 0.269, 0.345 max_d=0.345 avg_d=0.182 std_dev=0.087
C4 B 0, 0.099, 0.186, 0.273, 0.302 max_d=0.302 avg_d=0.186 std_dev=0.087
C1' B 0, 0.117, 0.208, 0.300, 0.345 max_d=0.345 avg_d=0.208 std_dev=0.092
N9 B 0, 0.108, 0.202, 0.297, 0.344 max_d=0.344 avg_d=0.202 std_dev=0.095
P A 0, 0.099, 0.198, 0.297, 0.536 max_d=0.536 avg_d=0.198 std_dev=0.099
O5' A 0, 0.087, 0.187, 0.287, 0.460 max_d=0.460 avg_d=0.187 std_dev=0.100
C3' B 0, 0.124, 0.228, 0.331, 0.436 max_d=0.436 avg_d=0.228 std_dev=0.103
N2 B 0, 0.116, 0.222, 0.329, 0.405 max_d=0.405 avg_d=0.222 std_dev=0.106
O3' A 0, 0.051, 0.161, 0.272, 0.390 max_d=0.390 avg_d=0.161 std_dev=0.111
C5 B 0, 0.163, 0.274, 0.386, 0.418 max_d=0.418 avg_d=0.274 std_dev=0.112
N1 B 0, 0.134, 0.249, 0.364, 0.534 max_d=0.534 avg_d=0.249 std_dev=0.115
O3' B 0, 0.129, 0.251, 0.373, 0.578 max_d=0.578 avg_d=0.251 std_dev=0.122
O2' B 0, 0.049, 0.173, 0.297, 0.525 max_d=0.525 avg_d=0.173 std_dev=0.124
OP2 A 0, 0.101, 0.228, 0.355, 0.633 max_d=0.633 avg_d=0.228 std_dev=0.127
C8 B 0, 0.140, 0.267, 0.394, 0.478 max_d=0.478 avg_d=0.267 std_dev=0.127
C6 B 0, 0.191, 0.320, 0.448, 0.561 max_d=0.561 avg_d=0.320 std_dev=0.128
OP1 A 0, 0.107, 0.236, 0.366, 0.589 max_d=0.589 avg_d=0.236 std_dev=0.130
N7 B 0, 0.191, 0.329, 0.467, 0.554 max_d=0.554 avg_d=0.329 std_dev=0.138
C4' B 0, 0.148, 0.296, 0.444, 0.517 max_d=0.517 avg_d=0.296 std_dev=0.148
O4' B 0, 0.166, 0.319, 0.472, 0.551 max_d=0.551 avg_d=0.319 std_dev=0.153
O6 B 0, 0.263, 0.426, 0.589, 0.711 max_d=0.711 avg_d=0.426 std_dev=0.163
P B 0, 0.191, 0.369, 0.548, 0.679 max_d=0.679 avg_d=0.369 std_dev=0.178
OP1 B 0, 0.196, 0.378, 0.560, 0.743 max_d=0.743 avg_d=0.378 std_dev=0.182
OP2 B 0, 0.187, 0.390, 0.593, 0.920 max_d=0.920 avg_d=0.390 std_dev=0.203
C5' B 0, 0.125, 0.373, 0.621, 1.037 max_d=1.037 avg_d=0.373 std_dev=0.248
O5' B 0, 0.153, 0.418, 0.684, 1.092 max_d=1.092 avg_d=0.418 std_dev=0.266

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.06 0.10 0.08
C2 0.01 0.00 0.05 0.05 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.07 0.02 0.07 0.09 0.14 0.10
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.04 0.04 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.05 0.09 0.06
C3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.04 0.00 0.04 0.02 0.05 0.04 0.05 0.04 0.05 0.04 0.03 0.01 0.01 0.01 0.05 0.05 0.07 0.06
C4 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.04 0.01 0.06 0.08 0.13 0.10
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.04 0.02 0.00 0.02 0.04 0.04 0.03
C5 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.05 0.01 0.07 0.09 0.14 0.10
C5' 0.02 0.03 0.02 0.02 0.03 0.01 0.04 0.00 0.04 0.04 0.04 0.03 0.05 0.05 0.03 0.05 0.04 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.06 0.02 0.07 0.10 0.15 0.10
C8 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.05 0.02 0.07 0.09 0.13 0.10
N1 0.01 0.00 0.04 0.05 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.07 0.02 0.07 0.10 0.15 0.10
N3 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.06 0.02 0.06 0.08 0.13 0.09
N6 0.01 0.01 0.03 0.05 0.01 0.03 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.06 0.02 0.08 0.11 0.14 0.10
N7 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.02 0.07 0.10 0.14 0.10
N9 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.06 0.08 0.13 0.09
O2' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.03 0.04 0.02 0.05 0.03 0.02 0.04 0.05 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.04 0.05 0.07 0.08 0.07
O3' 0.01 0.07 0.01 0.01 0.04 0.02 0.05 0.04 0.06 0.05 0.07 0.06 0.06 0.05 0.03 0.03 0.00 0.01 0.07 0.07 0.07 0.07
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.04 0.01 0.00 0.04 0.07 0.08 0.07
O5' 0.04 0.07 0.05 0.05 0.06 0.02 0.07 0.01 0.07 0.07 0.07 0.06 0.08 0.07 0.06 0.05 0.07 0.04 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.06 0.09 0.05 0.05 0.08 0.04 0.09 0.04 0.10 0.09 0.10 0.08 0.11 0.10 0.08 0.07 0.07 0.07 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.10 0.14 0.09 0.07 0.13 0.04 0.14 0.01 0.15 0.13 0.15 0.13 0.14 0.14 0.13 0.08 0.07 0.08 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.08 0.10 0.06 0.06 0.10 0.03 0.10 0.01 0.10 0.10 0.10 0.09 0.10 0.10 0.09 0.07 0.07 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.07 0.11 0.10 0.10 0.06 0.08 0.06 0.12 0.07 0.07 0.09 0.15 0.09 0.06 0.06 0.13 0.09 0.07 0.16 0.08 0.13 0.13 0.09
C2 0.07 0.10 0.07 0.09 0.07 0.08 0.07 0.09 0.08 0.07 0.09 0.13 0.09 0.07 0.07 0.08 0.10 0.09 0.16 0.08 0.15 0.14 0.10
C2' 0.08 0.11 0.10 0.11 0.07 0.10 0.06 0.15 0.07 0.07 0.09 0.14 0.10 0.07 0.07 0.10 0.09 0.08 0.20 0.08 0.08 0.14 0.09
C3' 0.07 0.09 0.10 0.11 0.06 0.10 0.06 0.16 0.06 0.07 0.08 0.13 0.08 0.07 0.06 0.10 0.10 0.08 0.20 0.07 0.07 0.14 0.09
C4 0.07 0.11 0.09 0.10 0.06 0.07 0.06 0.10 0.07 0.06 0.09 0.15 0.08 0.06 0.06 0.12 0.10 0.08 0.16 0.08 0.13 0.13 0.09
C4' 0.07 0.09 0.10 0.10 0.06 0.08 0.06 0.13 0.07 0.07 0.08 0.13 0.08 0.07 0.06 0.10 0.08 0.07 0.15 0.07 0.10 0.11 0.07
C5 0.07 0.10 0.09 0.10 0.06 0.07 0.06 0.10 0.07 0.06 0.09 0.15 0.08 0.06 0.06 0.11 0.10 0.08 0.16 0.08 0.13 0.14 0.09
C5' 0.07 0.10 0.10 0.10 0.07 0.08 0.07 0.13 0.08 0.07 0.09 0.14 0.08 0.08 0.07 0.11 0.08 0.07 0.15 0.09 0.10 0.11 0.07
C6 0.07 0.10 0.08 0.09 0.06 0.07 0.06 0.09 0.07 0.06 0.09 0.14 0.08 0.06 0.06 0.09 0.10 0.09 0.16 0.07 0.13 0.14 0.10
C8 0.07 0.12 0.10 0.10 0.06 0.08 0.07 0.12 0.08 0.07 0.11 0.17 0.09 0.07 0.06 0.13 0.10 0.08 0.16 0.09 0.11 0.13 0.09
N1 0.07 0.10 0.07 0.09 0.07 0.08 0.07 0.08 0.07 0.07 0.09 0.13 0.08 0.07 0.07 0.08 0.10 0.09 0.16 0.08 0.14 0.14 0.10
N3 0.07 0.11 0.08 0.09 0.07 0.07 0.07 0.09 0.08 0.07 0.09 0.14 0.09 0.06 0.06 0.11 0.10 0.08 0.16 0.08 0.15 0.14 0.10
N6 0.07 0.10 0.07 0.09 0.06 0.08 0.06 0.09 0.07 0.06 0.09 0.13 0.08 0.06 0.06 0.09 0.10 0.09 0.16 0.07 0.13 0.14 0.10
N7 0.07 0.11 0.10 0.10 0.06 0.07 0.07 0.11 0.08 0.07 0.10 0.16 0.08 0.06 0.06 0.12 0.10 0.08 0.17 0.09 0.12 0.13 0.09
N9 0.07 0.11 0.10 0.10 0.06 0.08 0.06 0.11 0.08 0.06 0.10 0.16 0.09 0.06 0.06 0.13 0.10 0.08 0.16 0.08 0.13 0.13 0.09
O2' 0.08 0.13 0.10 0.10 0.10 0.10 0.10 0.16 0.11 0.08 0.12 0.14 0.12 0.09 0.08 0.08 0.08 0.08 0.19 0.11 0.10 0.14 0.08
O3' 0.06 0.08 0.10 0.11 0.05 0.11 0.06 0.18 0.08 0.07 0.08 0.12 0.07 0.08 0.05 0.09 0.10 0.08 0.21 0.09 0.07 0.14 0.09
O4' 0.08 0.10 0.11 0.10 0.07 0.08 0.07 0.11 0.07 0.07 0.09 0.14 0.08 0.07 0.07 0.13 0.09 0.08 0.14 0.08 0.14 0.12 0.09
O5' 0.07 0.11 0.10 0.10 0.06 0.08 0.06 0.12 0.07 0.06 0.10 0.17 0.09 0.06 0.06 0.11 0.09 0.07 0.16 0.09 0.10 0.11 0.08
OP1 0.07 0.10 0.09 0.09 0.06 0.07 0.07 0.11 0.10 0.07 0.11 0.15 0.08 0.08 0.06 0.11 0.09 0.08 0.17 0.12 0.10 0.11 0.08
OP2 0.09 0.09 0.14 0.14 0.07 0.11 0.06 0.15 0.06 0.08 0.08 0.15 0.09 0.07 0.08 0.16 0.12 0.09 0.16 0.08 0.13 0.12 0.09
P 0.07 0.09 0.11 0.11 0.05 0.08 0.05 0.12 0.06 0.06 0.08 0.14 0.07 0.06 0.06 0.13 0.09 0.07 0.15 0.08 0.11 0.11 0.08

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.07 0.02 0.17 0.11 0.06
C2 0.01 0.00 0.07 0.04 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.12 0.05 0.05 0.08 0.01 0.16 0.10 0.08
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.04 0.04 0.04 0.05 0.08 0.06 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.22 0.03 0.15 0.17 0.13
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.03 0.03 0.05 0.04 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.19 0.03 0.14 0.17 0.10
C4 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.06 0.03 0.03 0.08 0.01 0.16 0.09 0.08
C4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.02 0.03 0.03 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.19 0.13 0.03
C5 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.03 0.02 0.09 0.01 0.15 0.08 0.08
C5' 0.02 0.03 0.04 0.02 0.03 0.00 0.04 0.00 0.05 0.05 0.04 0.03 0.03 0.05 0.03 0.04 0.02 0.01 0.01 0.05 0.23 0.16 0.01
C6 0.01 0.00 0.04 0.02 0.01 0.03 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.03 0.03 0.09 0.00 0.15 0.08 0.08
C8 0.00 0.00 0.04 0.03 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.02 0.03 0.09 0.02 0.16 0.09 0.08
N1 0.01 0.00 0.05 0.03 0.01 0.03 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.10 0.04 0.05 0.08 0.00 0.15 0.09 0.08
N2 0.01 0.00 0.08 0.05 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.14 0.06 0.06 0.08 0.01 0.16 0.11 0.08
N3 0.01 0.00 0.06 0.04 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.11 0.05 0.05 0.07 0.01 0.16 0.10 0.08
N7 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.02 0.02 0.09 0.01 0.16 0.09 0.08
N9 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.08 0.01 0.16 0.10 0.07
O2' 0.01 0.12 0.00 0.01 0.06 0.01 0.04 0.04 0.06 0.05 0.10 0.14 0.11 0.04 0.02 0.00 0.04 0.01 0.24 0.06 0.15 0.17 0.15
O3' 0.02 0.05 0.01 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.04 0.06 0.05 0.02 0.02 0.04 0.00 0.02 0.12 0.03 0.14 0.14 0.07
O4' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.05 0.06 0.05 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.09 0.03 0.21 0.11 0.09
O5' 0.07 0.08 0.22 0.19 0.08 0.01 0.09 0.01 0.09 0.09 0.08 0.08 0.07 0.09 0.08 0.24 0.12 0.09 0.00 0.10 0.02 0.01 0.00
O6 0.02 0.01 0.03 0.03 0.01 0.03 0.01 0.05 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.03 0.03 0.10 0.00 0.15 0.08 0.09
OP1 0.17 0.16 0.15 0.14 0.16 0.19 0.15 0.23 0.15 0.16 0.15 0.16 0.16 0.16 0.16 0.15 0.14 0.21 0.02 0.15 0.00 0.01 0.00
OP2 0.11 0.10 0.17 0.17 0.09 0.13 0.08 0.16 0.08 0.09 0.09 0.11 0.10 0.09 0.10 0.17 0.14 0.11 0.01 0.08 0.01 0.00 0.00
P 0.06 0.08 0.13 0.10 0.08 0.03 0.08 0.01 0.08 0.08 0.08 0.08 0.08 0.08 0.07 0.15 0.07 0.09 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00