ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50501

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 1, 1, 2, 3, 1, 4, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.005, 0.008, 0.010, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.008 std_dev=0.003
N3 A 0, 0.005, 0.010, 0.015, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.010 std_dev=0.005
C5 A 0, 0.003, 0.009, 0.014, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.009 std_dev=0.005
C2 A 0, 0.001, 0.006, 0.011, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.006 std_dev=0.005
N1 A 0, 0.004, 0.010, 0.016, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.010 std_dev=0.006
C1' A 0, 0.007, 0.013, 0.020, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.013 std_dev=0.006
C4 A 0, 0.005, 0.011, 0.018, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.011 std_dev=0.007
N9 A 0, 0.005, 0.013, 0.020, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.013 std_dev=0.008
N7 A 0, 0.006, 0.014, 0.022, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.014 std_dev=0.008
N6 A 0, 0.011, 0.019, 0.027, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.019 std_dev=0.008
C8 A 0, 0.007, 0.018, 0.029, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.018 std_dev=0.011
O4' A 0, 0.025, 0.088, 0.151, 0.266 max_d=0.266 avg_d=0.088 std_dev=0.063
C2' A 0, 0.032, 0.108, 0.184, 0.259 max_d=0.259 avg_d=0.108 std_dev=0.076
C4' A 0, 0.051, 0.140, 0.230, 0.368 max_d=0.368 avg_d=0.140 std_dev=0.090
O2' A 0, 0.054, 0.153, 0.252, 0.360 max_d=0.360 avg_d=0.153 std_dev=0.099
C3' A 0, 0.055, 0.164, 0.274, 0.411 max_d=0.411 avg_d=0.164 std_dev=0.110
O3' A 0, 0.076, 0.235, 0.394, 0.583 max_d=0.583 avg_d=0.235 std_dev=0.159
C5' A 0, 0.096, 0.260, 0.424, 0.648 max_d=0.648 avg_d=0.260 std_dev=0.164
O5' A 0, 0.123, 0.328, 0.534, 0.701 max_d=0.701 avg_d=0.328 std_dev=0.206
O4' B 0, 0.209, 0.427, 0.645, 0.908 max_d=0.908 avg_d=0.427 std_dev=0.218
O2' B 0, 0.329, 0.559, 0.789, 0.862 max_d=0.862 avg_d=0.559 std_dev=0.230
C4' B 0, 0.245, 0.489, 0.732, 0.955 max_d=0.955 avg_d=0.489 std_dev=0.243
C1' B 0, 0.258, 0.506, 0.754, 0.963 max_d=0.963 avg_d=0.506 std_dev=0.248
C5' B 0, 0.260, 0.537, 0.815, 1.202 max_d=1.202 avg_d=0.537 std_dev=0.278
C2' B 0, 0.325, 0.604, 0.882, 0.987 max_d=0.987 avg_d=0.604 std_dev=0.279
P A 0, 0.198, 0.487, 0.775, 0.905 max_d=0.905 avg_d=0.487 std_dev=0.289
O5' B 0, 0.311, 0.613, 0.914, 1.099 max_d=1.099 avg_d=0.613 std_dev=0.302
C3' B 0, 0.320, 0.630, 0.939, 1.142 max_d=1.142 avg_d=0.630 std_dev=0.309
N9 B 0, 0.297, 0.617, 0.937, 1.159 max_d=1.159 avg_d=0.617 std_dev=0.320
OP2 A 0, 0.239, 0.568, 0.896, 1.025 max_d=1.025 avg_d=0.568 std_dev=0.329
N3 B 0, 0.315, 0.649, 0.983, 1.086 max_d=1.086 avg_d=0.649 std_dev=0.334
O3' B 0, 0.400, 0.737, 1.074, 1.268 max_d=1.268 avg_d=0.737 std_dev=0.337
P B 0, 0.326, 0.682, 1.038, 1.428 max_d=1.428 avg_d=0.682 std_dev=0.356
C4 B 0, 0.327, 0.687, 1.048, 1.187 max_d=1.187 avg_d=0.687 std_dev=0.360
OP1 A 0, 0.205, 0.571, 0.936, 1.271 max_d=1.271 avg_d=0.571 std_dev=0.366
C8 B 0, 0.323, 0.698, 1.073, 1.351 max_d=1.351 avg_d=0.698 std_dev=0.375
N2 B 0, 0.342, 0.726, 1.111, 1.249 max_d=1.249 avg_d=0.726 std_dev=0.384
C2 B 0, 0.351, 0.745, 1.139, 1.254 max_d=1.254 avg_d=0.745 std_dev=0.394
OP1 B 0, 0.344, 0.766, 1.188, 1.733 max_d=1.733 avg_d=0.766 std_dev=0.422
OP2 B 0, 0.385, 0.809, 1.232, 1.813 max_d=1.813 avg_d=0.809 std_dev=0.424
C5 B 0, 0.379, 0.816, 1.253, 1.405 max_d=1.405 avg_d=0.816 std_dev=0.437
N7 B 0, 0.378, 0.821, 1.264, 1.508 max_d=1.508 avg_d=0.821 std_dev=0.443
N1 B 0, 0.408, 0.881, 1.353, 1.484 max_d=1.484 avg_d=0.881 std_dev=0.473
C6 B 0, 0.433, 0.931, 1.430, 1.556 max_d=1.556 avg_d=0.931 std_dev=0.499
O6 B 0, 0.503, 1.072, 1.641, 1.778 max_d=1.778 avg_d=1.072 std_dev=0.569

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.04 0.13 0.08
C2 0.02 0.00 0.05 0.05 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.07 0.07 0.01 0.06 0.11 0.23 0.14
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.04 0.05 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.03 0.13 0.08
C3' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.02 0.07 0.03 0.05 0.03 0.06 0.02 0.01 0.00 0.00 0.07 0.04 0.11 0.08
C4 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01 0.06 0.11 0.21 0.14
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.05 0.01 0.02 0.03 0.04 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.04 0.05 0.03
C5 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01 0.09 0.15 0.24 0.17
C5' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.04 0.00 0.06 0.00 0.06 0.08 0.04 0.02 0.07 0.08 0.04 0.03 0.02 0.01 0.01 0.05 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.03 0.01 0.09 0.16 0.25 0.18
C8 0.01 0.00 0.04 0.07 0.00 0.05 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.07 0.01 0.10 0.14 0.20 0.16
N1 0.02 0.00 0.04 0.03 0.01 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.05 0.02 0.07 0.14 0.25 0.17
N3 0.02 0.00 0.05 0.05 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.07 0.02 0.05 0.09 0.21 0.13
N6 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.04 0.01 0.10 0.19 0.26 0.19
N7 0.01 0.01 0.03 0.06 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.07 0.01 0.11 0.18 0.24 0.18
N9 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.06 0.09 0.18 0.12
O2' 0.01 0.07 0.00 0.01 0.03 0.02 0.03 0.03 0.04 0.02 0.06 0.06 0.03 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.04 0.10 0.05
O3' 0.01 0.07 0.01 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.07 0.05 0.07 0.04 0.07 0.02 0.02 0.00 0.01 0.09 0.07 0.12 0.08
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.05 0.05 0.10 0.07
O5' 0.03 0.06 0.04 0.07 0.06 0.01 0.09 0.01 0.09 0.10 0.07 0.05 0.10 0.11 0.06 0.03 0.09 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.04 0.11 0.03 0.04 0.11 0.04 0.15 0.05 0.16 0.14 0.14 0.09 0.19 0.18 0.09 0.04 0.07 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.13 0.23 0.13 0.11 0.21 0.05 0.24 0.01 0.25 0.20 0.25 0.21 0.26 0.24 0.18 0.10 0.12 0.10 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.08 0.14 0.08 0.08 0.14 0.03 0.17 0.01 0.18 0.16 0.17 0.13 0.19 0.18 0.12 0.05 0.08 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.15 0.21 0.16 0.15 0.18 0.14 0.18 0.14 0.19 0.16 0.20 0.23 0.20 0.16 0.16 0.17 0.15 0.14 0.10 0.18 0.11 0.12 0.09
C2 0.16 0.17 0.17 0.16 0.16 0.16 0.16 0.15 0.16 0.14 0.17 0.18 0.17 0.15 0.15 0.20 0.17 0.16 0.07 0.16 0.08 0.09 0.07
C2' 0.16 0.22 0.16 0.15 0.18 0.14 0.18 0.14 0.19 0.16 0.21 0.24 0.20 0.17 0.17 0.17 0.15 0.15 0.11 0.19 0.11 0.13 0.10
C3' 0.16 0.23 0.17 0.14 0.19 0.13 0.19 0.12 0.20 0.16 0.22 0.26 0.21 0.17 0.17 0.17 0.14 0.15 0.10 0.20 0.10 0.12 0.09
C4 0.14 0.17 0.15 0.14 0.15 0.13 0.15 0.13 0.16 0.14 0.17 0.19 0.17 0.14 0.14 0.17 0.14 0.14 0.07 0.15 0.09 0.09 0.07
C4' 0.16 0.23 0.16 0.15 0.19 0.13 0.19 0.13 0.21 0.16 0.23 0.26 0.21 0.18 0.17 0.17 0.14 0.15 0.10 0.21 0.10 0.12 0.09
C5 0.13 0.17 0.14 0.13 0.15 0.13 0.15 0.13 0.16 0.14 0.16 0.18 0.16 0.15 0.13 0.17 0.14 0.14 0.08 0.16 0.12 0.09 0.08
C5' 0.16 0.24 0.16 0.14 0.19 0.12 0.19 0.12 0.21 0.16 0.23 0.27 0.22 0.17 0.17 0.17 0.14 0.15 0.09 0.21 0.11 0.11 0.08
C6 0.14 0.16 0.14 0.14 0.15 0.14 0.16 0.14 0.17 0.16 0.17 0.17 0.16 0.17 0.15 0.17 0.15 0.15 0.10 0.17 0.13 0.10 0.10
C8 0.13 0.18 0.13 0.13 0.15 0.12 0.16 0.13 0.17 0.14 0.18 0.20 0.17 0.15 0.13 0.16 0.14 0.13 0.07 0.17 0.11 0.09 0.07
N1 0.15 0.17 0.16 0.15 0.17 0.15 0.17 0.15 0.18 0.16 0.18 0.18 0.17 0.17 0.16 0.19 0.16 0.16 0.09 0.18 0.10 0.09 0.08
N3 0.16 0.18 0.17 0.16 0.16 0.15 0.15 0.15 0.15 0.14 0.17 0.19 0.18 0.14 0.15 0.19 0.16 0.15 0.08 0.15 0.09 0.10 0.08
N6 0.14 0.16 0.15 0.15 0.16 0.15 0.17 0.16 0.18 0.17 0.17 0.17 0.16 0.18 0.15 0.17 0.17 0.16 0.13 0.19 0.18 0.13 0.14
N7 0.12 0.17 0.13 0.13 0.14 0.12 0.15 0.13 0.16 0.14 0.17 0.19 0.16 0.15 0.13 0.16 0.15 0.13 0.08 0.16 0.13 0.09 0.08
N9 0.14 0.19 0.15 0.14 0.16 0.13 0.16 0.13 0.17 0.14 0.18 0.21 0.18 0.15 0.14 0.17 0.14 0.14 0.08 0.17 0.10 0.10 0.07
O2' 0.16 0.23 0.16 0.16 0.19 0.15 0.19 0.16 0.21 0.17 0.22 0.25 0.21 0.18 0.17 0.17 0.16 0.16 0.13 0.21 0.13 0.15 0.13
O3' 0.17 0.24 0.17 0.15 0.20 0.13 0.20 0.12 0.22 0.17 0.24 0.27 0.22 0.18 0.18 0.17 0.14 0.16 0.12 0.22 0.11 0.14 0.11
O4' 0.16 0.23 0.16 0.15 0.19 0.14 0.19 0.14 0.20 0.16 0.22 0.25 0.21 0.17 0.17 0.17 0.15 0.15 0.10 0.20 0.10 0.12 0.09
O5' 0.14 0.22 0.14 0.12 0.18 0.10 0.18 0.10 0.19 0.15 0.22 0.25 0.20 0.16 0.15 0.15 0.13 0.13 0.09 0.19 0.13 0.09 0.09
OP1 0.13 0.24 0.14 0.12 0.18 0.10 0.17 0.11 0.19 0.14 0.22 0.28 0.21 0.15 0.15 0.16 0.14 0.11 0.11 0.19 0.19 0.08 0.12
OP2 0.18 0.22 0.18 0.19 0.20 0.19 0.20 0.21 0.21 0.19 0.22 0.24 0.21 0.20 0.19 0.19 0.22 0.18 0.23 0.21 0.32 0.20 0.25
P 0.13 0.20 0.13 0.12 0.16 0.12 0.16 0.13 0.17 0.14 0.20 0.24 0.19 0.15 0.14 0.15 0.15 0.11 0.14 0.17 0.23 0.11 0.15

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.01 0.05 0.04 0.03
C2 0.02 0.00 0.04 0.04 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.05 0.02 0.07 0.01 0.08 0.14 0.10
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.03 0.04 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.03 0.04 0.05 0.03
C3' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.05 0.05 0.05 0.05 0.04 0.05 0.03 0.01 0.00 0.01 0.05 0.05 0.04 0.05 0.05
C4 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.04 0.01 0.07 0.00 0.08 0.13 0.09
C4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.03 0.05 0.03 0.03 0.02 0.05 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.04 0.05 0.02 0.01
C5 0.01 0.00 0.02 0.05 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.05 0.01 0.09 0.00 0.11 0.16 0.13
C5' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.06 0.00 0.08 0.00 0.08 0.09 0.07 0.04 0.05 0.10 0.06 0.02 0.01 0.01 0.01 0.09 0.07 0.03 0.01
C6 0.01 0.01 0.03 0.05 0.00 0.03 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.06 0.01 0.10 0.00 0.13 0.18 0.14
C8 0.00 0.00 0.02 0.05 0.00 0.05 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.01 0.09 0.01 0.10 0.12 0.11
N1 0.02 0.00 0.03 0.05 0.01 0.03 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.06 0.06 0.02 0.09 0.00 0.11 0.17 0.12
N2 0.02 0.00 0.04 0.05 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.07 0.06 0.02 0.06 0.01 0.08 0.13 0.09
N3 0.02 0.00 0.03 0.04 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.04 0.02 0.06 0.00 0.07 0.12 0.08
N7 0.00 0.00 0.02 0.05 0.00 0.05 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.06 0.01 0.10 0.01 0.13 0.17 0.14
N9 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.06 0.01 0.07 0.10 0.08
O2' 0.01 0.06 0.00 0.01 0.04 0.02 0.03 0.02 0.05 0.01 0.06 0.07 0.06 0.02 0.02 0.00 0.02 0.03 0.03 0.05 0.03 0.05 0.03
O3' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.04 0.01 0.05 0.01 0.06 0.05 0.06 0.06 0.04 0.06 0.03 0.02 0.00 0.01 0.09 0.06 0.07 0.08 0.08
O4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.06 0.01 0.08 0.04 0.05
O5' 0.04 0.07 0.03 0.05 0.07 0.01 0.09 0.01 0.10 0.09 0.09 0.06 0.06 0.10 0.06 0.03 0.09 0.06 0.00 0.10 0.01 0.00 0.00
O6 0.01 0.01 0.03 0.05 0.00 0.04 0.00 0.09 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.06 0.01 0.10 0.00 0.15 0.20 0.15
OP1 0.05 0.08 0.04 0.04 0.08 0.05 0.11 0.07 0.13 0.10 0.11 0.08 0.07 0.13 0.07 0.03 0.07 0.08 0.01 0.15 0.00 0.01 0.00
OP2 0.04 0.14 0.05 0.05 0.13 0.02 0.16 0.03 0.18 0.12 0.17 0.13 0.12 0.17 0.10 0.05 0.08 0.04 0.00 0.20 0.01 0.00 0.00
P 0.03 0.10 0.03 0.05 0.09 0.01 0.13 0.01 0.14 0.11 0.12 0.09 0.08 0.14 0.08 0.03 0.08 0.05 0.00 0.15 0.00 0.00 0.00