Doublet Group distance statistics: 50502

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 6, 3, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
C5	A	0, 0.003, 0.008, 0.013, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.008 std_dev=0.005
C2	A	0, 0.001, 0.007, 0.013, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.007 std_dev=0.006
C6	A	0, 0.002, 0.008, 0.013, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.008 std_dev=0.006
N1	A	0, 0.005, 0.012, 0.020, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.012 std_dev=0.008
C1'	A	0, 0.003, 0.012, 0.020, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.012 std_dev=0.009
N3	A	0, 0.003, 0.013, 0.022, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.013 std_dev=0.010
C4	A	0, 0.003, 0.013, 0.024, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.013 std_dev=0.010
N7	A	0, 0.005, 0.016, 0.026, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.016 std_dev=0.010
N9	A	0, 0.004, 0.014, 0.024, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.014 std_dev=0.010
C8	A	0, 0.006, 0.020, 0.034, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.020 std_dev=0.014
N6	A	0, 0.000, 0.021, 0.041, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.021 std_dev=0.021
O2'	B	0, 0.089, 0.305, 0.522, 0.814 max_d=0.814 avg_d=0.305 std_dev=0.217
C2'	B	0, 0.011, 0.318, 0.624, 1.120 max_d=1.120 avg_d=0.318 std_dev=0.306
C1'	B	0, -0.045, 0.340, 0.726, 1.377 max_d=1.377 avg_d=0.340 std_dev=0.385
N9	B	0, -0.062, 0.381, 0.825, 1.574 max_d=1.574 avg_d=0.381 std_dev=0.443
C4	B	0, -0.066, 0.430, 0.927, 1.742 max_d=1.742 avg_d=0.430 std_dev=0.496
O4'	B	0, -0.129, 0.369, 0.868, 1.736 max_d=1.736 avg_d=0.369 std_dev=0.499
C5	B	0, -0.041, 0.469, 0.980, 1.832 max_d=1.832 avg_d=0.469 std_dev=0.510
C4'	B	0, -0.174, 0.378, 0.930, 1.894 max_d=1.894 avg_d=0.378 std_dev=0.552
N7	B	0, -0.127, 0.515, 1.156, 2.261 max_d=2.261 avg_d=0.515 std_dev=0.642
C6	B	0, -0.089, 0.567, 1.223, 2.326 max_d=2.326 avg_d=0.567 std_dev=0.656
O6	B	0, -0.054, 0.615, 1.284, 2.405 max_d=2.405 avg_d=0.615 std_dev=0.669
C8	B	0, -0.195, 0.486, 1.166, 2.346 max_d=2.346 avg_d=0.486 std_dev=0.681
C3'	B	0, -0.291, 0.458, 1.208, 2.507 max_d=2.507 avg_d=0.458 std_dev=0.749
N3	B	0, -0.209, 0.543, 1.295, 2.567 max_d=2.567 avg_d=0.543 std_dev=0.752
O4'	A	0, -0.455, 0.339, 1.134, 2.515 max_d=2.515 avg_d=0.339 std_dev=0.794
C5'	B	0, -0.343, 0.499, 1.340, 2.798 max_d=2.798 avg_d=0.499 std_dev=0.841
C2'	A	0, -0.489, 0.379, 1.246, 2.753 max_d=2.753 avg_d=0.379 std_dev=0.868
N1	B	0, -0.271, 0.674, 1.619, 3.239 max_d=3.239 avg_d=0.674 std_dev=0.945
C4'	A	0, -0.559, 0.461, 1.481, 3.250 max_d=3.250 avg_d=0.461 std_dev=1.020
C2	B	0, -0.344, 0.676, 1.697, 3.448 max_d=3.448 avg_d=0.676 std_dev=1.021
O3'	B	0, -0.474, 0.597, 1.668, 3.508 max_d=3.508 avg_d=0.597 std_dev=1.071
O2'	A	0, -0.609, 0.512, 1.634, 3.592 max_d=3.592 avg_d=0.512 std_dev=1.122
O5'	B	0, -0.543, 0.604, 1.750, 3.729 max_d=3.729 avg_d=0.604 std_dev=1.146
C3'	A	0, -0.716, 0.572, 1.860, 4.099 max_d=4.099 avg_d=0.572 std_dev=1.288
N2	B	0, -0.571, 0.853, 2.277, 4.738 max_d=4.738 avg_d=0.853 std_dev=1.424
P	B	0, -0.849, 0.822, 2.493, 5.382 max_d=5.382 avg_d=0.822 std_dev=1.671
OP1	B	0, -0.796, 0.916, 2.629, 5.581 max_d=5.581 avg_d=0.916 std_dev=1.712
O3'	A	0, -0.966, 0.815, 2.596, 5.696 max_d=5.696 avg_d=0.815 std_dev=1.781
C5'	A	0, -1.059, 0.826, 2.711, 5.982 max_d=5.982 avg_d=0.826 std_dev=1.885
OP2	B	0, -1.078, 1.013, 3.104, 6.722 max_d=6.722 avg_d=1.013 std_dev=2.091
O5'	A	0, -1.269, 0.940, 3.149, 6.989 max_d=6.989 avg_d=0.940 std_dev=2.209
P	A	0, -1.861, 1.345, 4.552, 10.125 max_d=10.125 avg_d=1.345 std_dev=3.207
OP1	A	0, -2.035, 1.523, 5.081, 11.276 max_d=11.276 avg_d=1.523 std_dev=3.558
OP2	A	0, -2.075, 1.503, 5.081, 11.305 max_d=11.305 avg_d=1.503 std_dev=3.578

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.02	0.00	0.02	0.01	0.02	0.01	0.01	0.01	0.00	0.02	0.02	0.01	0.01	0.00	0.01	0.02	0.00	0.03	0.04	0.06	0.04
C2	0.02	0.00	0.08	0.29	0.00	0.45	0.00	0.72	0.01	0.01	0.00	0.00	0.02	0.01	0.00	0.31	0.20	0.45	0.95	1.28	0.98	1.25
C2'	0.00	0.08	0.00	0.00	0.05	0.01	0.03	0.01	0.05	0.03	0.07	0.08	0.04	0.02	0.02	0.00	0.02	0.00	0.04	0.11	0.22	0.07
C3'	0.02	0.29	0.00	0.00	0.06	0.00	0.10	0.01	0.03	0.34	0.16	0.31	0.09	0.29	0.12	0.02	0.00	0.01	0.08	0.18	0.32	0.06
C4	0.01	0.00	0.05	0.06	0.00	0.16	0.00	0.22	0.01	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.11	0.03	0.23	0.29	0.41	0.14	0.37
C4'	0.02	0.45	0.01	0.00	0.16	0.00	0.02	0.00	0.10	0.35	0.30	0.45	0.03	0.27	0.07	0.05	0.01	0.00	0.02	0.10	0.27	0.04
C5	0.01	0.00	0.03	0.10	0.00	0.02	0.00	0.06	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.03	0.12	0.09	0.08	0.07	0.40	0.07
C5'	0.01	0.72	0.01	0.01	0.22	0.00	0.06	0.00	0.14	0.59	0.48	0.69	0.05	0.49	0.14	0.05	0.01	0.01	0.01	0.13	0.30	0.01
C6	0.01	0.01	0.05	0.03	0.01	0.10	0.00	0.14	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.08	0.08	0.18	0.18	0.39	0.15	0.27
C8	0.00	0.01	0.03	0.34	0.00	0.35	0.01	0.59	0.01	0.00	0.01	0.00	0.02	0.00	0.00	0.22	0.27	0.27	0.75	0.73	1.08	0.84
N1	0.02	0.00	0.07	0.16	0.00	0.30	0.00	0.48	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.21	0.09	0.34	0.64	0.96	0.52	0.87
N3	0.02	0.00	0.08	0.31	0.00	0.45	0.01	0.69	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.00	0.30	0.21	0.46	0.90	1.09	0.90	1.10
N6	0.01	0.02	0.04	0.09	0.00	0.03	0.00	0.05	0.00	0.02	0.01	0.01	0.00	0.02	0.01	0.04	0.14	0.11	0.05	0.16	0.49	0.06
N7	0.01	0.01	0.02	0.29	0.01	0.27	0.00	0.49	0.01	0.00	0.01	0.01	0.02	0.00	0.01	0.16	0.27	0.15	0.63	0.61	1.12	0.74
N9	0.00	0.00	0.02	0.12	0.00	0.07	0.00	0.14	0.00	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.00	0.05	0.09	0.01	0.16	0.11	0.31	0.16
O2'	0.01	0.31	0.00	0.02	0.11	0.05	0.03	0.05	0.08	0.22	0.21	0.30	0.04	0.16	0.05	0.00	0.08	0.08	0.06	0.17	0.27	0.04
O3'	0.02	0.20	0.02	0.00	0.03	0.01	0.12	0.01	0.08	0.27	0.09	0.21	0.14	0.27	0.09	0.08	0.00	0.01	0.12	0.31	0.43	0.05
O4'	0.00	0.45	0.00	0.01	0.23	0.00	0.09	0.01	0.18	0.27	0.34	0.46	0.11	0.15	0.01	0.08	0.01	0.00	0.13	0.09	0.13	0.10
O5'	0.03	0.95	0.04	0.08	0.29	0.02	0.08	0.01	0.18	0.75	0.64	0.90	0.05	0.63	0.16	0.06	0.12	0.13	0.00	0.01	0.01	0.00
OP1	0.04	1.28	0.11	0.18	0.41	0.10	0.07	0.13	0.39	0.73	0.96	1.09	0.16	0.61	0.11	0.17	0.31	0.09	0.01	0.00	0.01	0.00
OP2	0.06	0.98	0.22	0.32	0.14	0.27	0.40	0.30	0.15	1.08	0.52	0.90	0.49	1.12	0.31	0.27	0.43	0.13	0.01	0.01	0.00	0.00
P	0.04	1.25	0.07	0.06	0.37	0.04	0.07	0.01	0.27	0.84	0.87	1.10	0.06	0.74	0.16	0.04	0.05	0.10	0.00	0.00	0.00	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N2	N3	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	O6	OP1	OP2	P
C1'	0.10	0.33	0.14	0.53	0.18	0.18	0.14	0.10	0.19	0.09	0.28	0.42	0.29	0.09	0.11	0.11	1.05	0.08	0.10	0.17	0.17	0.08	0.06
C2	0.15	0.62	0.09	0.25	0.38	0.06	0.30	0.24	0.39	0.08	0.53	0.73	0.57	0.12	0.19	0.18	0.65	0.09	0.21	0.35	0.28	0.28	0.34
C2'	0.15	0.65	0.14	0.40	0.39	0.06	0.36	0.19	0.47	0.13	0.60	0.79	0.55	0.21	0.22	0.07	0.83	0.09	0.09	0.46	0.17	0.06	0.18
C3'	0.80	1.20	0.90	1.13	1.01	0.62	0.98	0.44	1.07	0.76	1.17	1.29	1.14	0.84	0.86	0.78	1.55	0.54	0.60	1.05	0.50	0.69	0.47
C4	0.11	0.56	0.12	0.39	0.29	0.11	0.22	0.14	0.32	0.10	0.47	0.71	0.49	0.08	0.13	0.14	0.89	0.08	0.14	0.28	0.19	0.24	0.29
C4'	0.88	0.94	1.05	1.46	0.91	0.97	0.88	0.86	0.89	0.82	0.92	0.94	0.94	0.83	0.87	0.87	1.94	0.74	0.95	0.88	1.00	1.03	0.86
C5	0.09	0.70	0.08	0.29	0.33	0.06	0.23	0.25	0.38	0.14	0.59	0.91	0.60	0.07	0.11	0.16	0.77	0.10	0.29	0.32	0.38	0.49	0.50
C5'	1.43	1.34	1.73	2.16	1.39	1.59	1.38	1.49	1.36	1.38	1.34	1.29	1.38	1.37	1.41	1.55	2.63	1.27	1.61	1.35	1.67	1.71	1.52
C6	0.08	0.80	0.06	0.16	0.39	0.09	0.28	0.38	0.45	0.16	0.68	1.02	0.68	0.07	0.12	0.18	0.58	0.12	0.43	0.39	0.56	0.68	0.67
C8	0.08	0.58	0.11	0.42	0.26	0.12	0.18	0.14	0.30	0.14	0.48	0.77	0.49	0.08	0.09	0.13	0.94	0.09	0.16	0.25	0.21	0.32	0.34
N1	0.11	0.77	0.06	0.12	0.42	0.12	0.32	0.40	0.46	0.11	0.67	0.94	0.68	0.08	0.16	0.19	0.48	0.12	0.42	0.41	0.53	0.59	0.61
N3	0.14	0.50	0.13	0.40	0.30	0.11	0.24	0.11	0.31	0.09	0.43	0.60	0.45	0.11	0.16	0.15	0.88	0.08	0.08	0.28	0.12	0.11	0.18
N6	0.07	0.89	0.06	0.07	0.40	0.15	0.28	0.48	0.49	0.22	0.77	1.15	0.74	0.09	0.09	0.20	0.46	0.15	0.58	0.42	0.77	0.93	0.88
N7	0.08	0.70	0.09	0.32	0.31	0.07	0.21	0.23	0.35	0.17	0.58	0.92	0.58	0.09	0.09	0.15	0.82	0.11	0.29	0.30	0.37	0.51	0.51
N9	0.10	0.49	0.13	0.46	0.24	0.15	0.18	0.10	0.26	0.10	0.41	0.63	0.42	0.08	0.11	0.12	0.99	0.08	0.09	0.23	0.12	0.16	0.21
O2'	0.31	0.20	0.36	0.08	0.12	0.39	0.13	0.49	0.11	0.30	0.18	0.32	0.12	0.23	0.24	0.53	0.36	0.44	0.39	0.11	0.42	0.30	0.46
O3'	0.76	1.27	0.84	1.01	1.04	0.48	1.03	0.31	1.15	0.78	1.25	1.37	1.17	0.89	0.87	0.77	1.34	0.46	0.52	1.15	0.39	0.68	0.40
O4'	0.66	0.65	0.81	1.29	0.64	0.90	0.59	0.80	0.59	0.56	0.62	0.66	0.67	0.55	0.62	0.58	1.83	0.61	0.81	0.56	0.91	0.80	0.72
O5'	1.79	1.66	2.11	2.56	1.72	1.97	1.69	1.82	1.67	1.69	1.65	1.60	1.71	1.67	1.74	1.88	3.06	1.63	1.91	1.65	1.92	1.95	1.78
OP1	2.56	2.22	3.03	3.55	2.44	2.89	2.49	2.90	2.41	2.62	2.28	2.04	2.29	2.58	2.55	2.66	3.78	2.44	3.08	2.43	3.20	3.24	3.02
OP2	2.41	2.43	2.96	3.15	2.45	2.32	2.43	2.11	2.43	2.34	2.44	2.37	2.45	2.36	2.42	2.92	3.49	2.02	2.34	2.41	2.20	2.45	2.15
P	2.48	2.24	2.94	3.38	2.38	2.65	2.37	2.52	2.33	2.42	2.27	2.12	2.31	2.39	2.44	2.70	3.79	2.27	2.67	2.31	2.64	2.74	2.52

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N2	N3	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	O6	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.02	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.02	0.01	0.01	0.02	0.03	0.02	0.01	0.00	0.01	0.18	0.00	0.07	0.01	0.06	0.08	0.06
C2	0.02	0.00	0.27	0.30	0.01	0.07	0.00	0.06	0.00	0.00	0.00	0.01	0.01	0.00	0.01	0.05	0.11	0.08	0.11	0.01	0.16	0.20	0.12
C2'	0.00	0.27	0.00	0.01	0.14	0.02	0.08	0.10	0.13	0.11	0.22	0.32	0.25	0.05	0.01	0.00	0.01	0.01	0.24	0.11	0.23	0.40	0.28
C3'	0.01	0.30	0.01	0.00	0.26	0.00	0.31	0.01	0.35	0.21	0.35	0.29	0.25	0.28	0.19	0.01	0.01	0.02	0.01	0.37	0.04	0.08	0.02
C4	0.01	0.01	0.14	0.26	0.00	0.07	0.00	0.06	0.01	0.00	0.01	0.01	0.00	0.00	0.00	0.11	0.09	0.05	0.10	0.01	0.13	0.17	0.10
C4'	0.01	0.07	0.02	0.00	0.07	0.00	0.10	0.01	0.11	0.11	0.09	0.07	0.06	0.12	0.07	0.24	0.02	0.00	0.01	0.12	0.03	0.02	0.02
C5	0.01	0.00	0.08	0.31	0.00	0.10	0.00	0.09	0.01	0.00	0.01	0.01	0.00	0.00	0.00	0.18	0.18	0.03	0.14	0.01	0.20	0.26	0.16
C5'	0.02	0.06	0.10	0.01	0.06	0.01	0.09	0.00	0.10	0.10	0.09	0.06	0.05	0.11	0.05	0.13	0.13	0.02	0.00	0.12	0.04	0.02	0.01
C6	0.01	0.00	0.13	0.35	0.01	0.11	0.01	0.10	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.17	0.23	0.04	0.16	0.00	0.24	0.31	0.18
C8	0.01	0.00	0.11	0.21	0.00	0.11	0.00	0.10	0.01	0.00	0.01	0.01	0.00	0.00	0.00	0.22	0.13	0.05	0.11	0.01	0.13	0.17	0.12
N1	0.02	0.00	0.22	0.35	0.01	0.09	0.01	0.09	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.10	0.19	0.07	0.15	0.00	0.21	0.27	0.16
N2	0.03	0.01	0.32	0.29	0.01	0.07	0.01	0.06	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.09	0.09	0.09	0.11	0.01	0.15	0.19	0.12
N3	0.02	0.01	0.25	0.25	0.00	0.06	0.00	0.05	0.00	0.00	0.01	0.01	0.00	0.00	0.01	0.05	0.06	0.08	0.08	0.01	0.11	0.14	0.09
N7	0.01	0.00	0.05	0.28	0.00	0.12	0.00	0.11	0.01	0.00	0.01	0.01	0.00	0.00	0.00	0.24	0.21	0.02	0.16	0.01	0.21	0.28	0.17
N9	0.00	0.01	0.01	0.19	0.00	0.07	0.00	0.05	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.00	0.14	0.03	0.01	0.07	0.01	0.08	0.10	0.07
O2'	0.01	0.05	0.00	0.01	0.11	0.24	0.18	0.13	0.17	0.22	0.10	0.09	0.05	0.24	0.14	0.00	0.03	0.16	0.12	0.19	0.11	0.40	0.18
O3'	0.18	0.11	0.01	0.01	0.09	0.02	0.18	0.13	0.23	0.13	0.19	0.09	0.06	0.21	0.03	0.03	0.00	0.13	0.15	0.28	0.23	0.10	0.17
O4'	0.00	0.08	0.01	0.02	0.05	0.00	0.03	0.02	0.04	0.05	0.07	0.09	0.08	0.02	0.01	0.16	0.13	0.00	0.03	0.03	0.03	0.08	0.06
O5'	0.07	0.11	0.24	0.01	0.10	0.01	0.14	0.00	0.16	0.11	0.15	0.11	0.08	0.16	0.07	0.12	0.15	0.03	0.00	0.19	0.01	0.01	0.00
O6	0.01	0.01	0.11	0.37	0.01	0.12	0.01	0.12	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.19	0.28	0.03	0.19	0.00	0.29	0.36	0.21
OP1	0.06	0.16	0.23	0.04	0.13	0.03	0.20	0.04	0.24	0.13	0.21	0.15	0.11	0.21	0.08	0.11	0.23	0.03	0.01	0.29	0.00	0.00	0.00
OP2	0.08	0.20	0.40	0.08	0.17	0.02	0.26	0.02	0.31	0.17	0.27	0.19	0.14	0.28	0.10	0.40	0.10	0.08	0.01	0.36	0.00	0.00	0.00
P	0.06	0.12	0.28	0.02	0.10	0.02	0.16	0.01	0.18	0.12	0.16	0.12	0.09	0.17	0.07	0.18	0.17	0.06	0.00	0.21	0.00	0.00	0.00