ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50504

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 5, 3, 2, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C1' A 0, 0.007, 0.012, 0.016, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.012 std_dev=0.005
C2 A 0, 0.004, 0.009, 0.014, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.009 std_dev=0.005
C6 A 0, 0.002, 0.009, 0.016, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.009 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.006, 0.014, 0.021, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.014 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.006, 0.014, 0.022, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.014 std_dev=0.008
N9 A 0, 0.009, 0.017, 0.025, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.017 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.007, 0.016, 0.025, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.016 std_dev=0.009
N3 A 0, 0.006, 0.016, 0.027, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.016 std_dev=0.011
C8 A 0, 0.014, 0.031, 0.048, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.031 std_dev=0.017
N7 A 0, 0.012, 0.030, 0.047, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.030 std_dev=0.017
N6 A 0, 0.004, 0.031, 0.057, 0.112 max_d=0.112 avg_d=0.031 std_dev=0.026
C2' A 0, 0.031, 0.061, 0.091, 0.133 max_d=0.133 avg_d=0.061 std_dev=0.030
O4' A 0, 0.019, 0.053, 0.087, 0.113 max_d=0.113 avg_d=0.053 std_dev=0.034
C3' A 0, 0.028, 0.078, 0.128, 0.202 max_d=0.202 avg_d=0.078 std_dev=0.050
O2' A 0, 0.054, 0.104, 0.155, 0.178 max_d=0.178 avg_d=0.104 std_dev=0.050
C4' A 0, 0.026, 0.078, 0.131, 0.191 max_d=0.191 avg_d=0.078 std_dev=0.052
O3' A 0, 0.047, 0.120, 0.193, 0.278 max_d=0.278 avg_d=0.120 std_dev=0.073
C5' A 0, 0.042, 0.131, 0.219, 0.298 max_d=0.298 avg_d=0.131 std_dev=0.088
OP1 B 0, 0.130, 0.265, 0.400, 0.497 max_d=0.497 avg_d=0.265 std_dev=0.135
P B 0, 0.117, 0.259, 0.402, 0.551 max_d=0.551 avg_d=0.259 std_dev=0.142
C5' B 0, 0.083, 0.235, 0.387, 0.606 max_d=0.606 avg_d=0.235 std_dev=0.152
C4' B 0, 0.063, 0.219, 0.374, 0.628 max_d=0.628 avg_d=0.219 std_dev=0.155
OP2 B 0, 0.115, 0.273, 0.431, 0.581 max_d=0.581 avg_d=0.273 std_dev=0.158
O4' B 0, 0.071, 0.232, 0.392, 0.659 max_d=0.659 avg_d=0.232 std_dev=0.160
O5' A 0, 0.006, 0.170, 0.334, 0.658 max_d=0.658 avg_d=0.170 std_dev=0.164
O5' B 0, 0.106, 0.272, 0.438, 0.678 max_d=0.678 avg_d=0.272 std_dev=0.166
C3' B 0, 0.063, 0.239, 0.415, 0.688 max_d=0.688 avg_d=0.239 std_dev=0.176
C1' B 0, 0.078, 0.262, 0.447, 0.746 max_d=0.746 avg_d=0.262 std_dev=0.185
O3' B 0, 0.058, 0.250, 0.441, 0.790 max_d=0.790 avg_d=0.250 std_dev=0.192
C2' B 0, 0.071, 0.268, 0.465, 0.751 max_d=0.751 avg_d=0.268 std_dev=0.197
N9 B 0, 0.095, 0.294, 0.493, 0.796 max_d=0.796 avg_d=0.294 std_dev=0.199
C8 B 0, 0.114, 0.315, 0.516, 0.728 max_d=0.728 avg_d=0.315 std_dev=0.201
P A 0, -0.011, 0.206, 0.423, 0.859 max_d=0.859 avg_d=0.206 std_dev=0.217
N7 B 0, 0.132, 0.356, 0.581, 0.790 max_d=0.790 avg_d=0.356 std_dev=0.224
OP2 A 0, 0.001, 0.228, 0.454, 0.945 max_d=0.945 avg_d=0.228 std_dev=0.227
C4 B 0, 0.096, 0.325, 0.555, 0.947 max_d=0.947 avg_d=0.325 std_dev=0.230
O2' B 0, 0.074, 0.308, 0.541, 0.881 max_d=0.881 avg_d=0.308 std_dev=0.234
C5 B 0, 0.121, 0.360, 0.599, 0.946 max_d=0.946 avg_d=0.360 std_dev=0.239
N3 B 0, 0.087, 0.334, 0.581, 1.028 max_d=1.028 avg_d=0.334 std_dev=0.247
OP1 A 0, 0.055, 0.312, 0.570, 1.022 max_d=1.022 avg_d=0.312 std_dev=0.257
C2 B 0, 0.108, 0.368, 0.629, 1.094 max_d=1.094 avg_d=0.368 std_dev=0.261
N1 B 0, 0.133, 0.398, 0.664, 1.106 max_d=1.106 avg_d=0.398 std_dev=0.266
C6 B 0, 0.136, 0.404, 0.672, 1.080 max_d=1.080 avg_d=0.404 std_dev=0.268
N2 B 0, 0.116, 0.386, 0.655, 1.092 max_d=1.092 avg_d=0.386 std_dev=0.269
O6 B 0, 0.163, 0.450, 0.737, 1.114 max_d=1.114 avg_d=0.450 std_dev=0.287

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.05 0.06 0.05
C2 0.01 0.00 0.03 0.04 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.05 0.04 0.02 0.08 0.09 0.11 0.09
C2' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.04 0.05 0.03
C3' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.04 0.04 0.03 0.04 0.04 0.02 0.02 0.00 0.01 0.05 0.06 0.06 0.05
C4 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.03 0.01 0.08 0.09 0.10 0.08
C4' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.04 0.02 0.02 0.03 0.04 0.02 0.04 0.01 0.00 0.01 0.03 0.03 0.02
C5 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.03 0.00 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.03 0.01 0.09 0.10 0.11 0.09
C5' 0.02 0.04 0.01 0.01 0.04 0.01 0.05 0.00 0.06 0.06 0.05 0.04 0.06 0.07 0.04 0.04 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01
C6 0.01 0.01 0.03 0.03 0.01 0.03 0.01 0.06 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.04 0.02 0.09 0.11 0.12 0.10
C8 0.01 0.01 0.03 0.04 0.00 0.04 0.01 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.02 0.04 0.02 0.09 0.10 0.09 0.09
N1 0.01 0.00 0.03 0.04 0.01 0.02 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.04 0.02 0.09 0.10 0.12 0.10
N3 0.01 0.00 0.03 0.03 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.04 0.04 0.02 0.08 0.08 0.10 0.08
N6 0.01 0.02 0.03 0.04 0.01 0.03 0.01 0.06 0.00 0.03 0.02 0.02 0.00 0.03 0.01 0.04 0.04 0.02 0.08 0.11 0.13 0.10
N7 0.01 0.01 0.03 0.04 0.01 0.04 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.03 0.04 0.02 0.09 0.11 0.11 0.10
N9 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.07 0.07 0.08 0.07
O2' 0.01 0.05 0.00 0.02 0.03 0.04 0.03 0.04 0.04 0.02 0.04 0.04 0.04 0.03 0.01 0.00 0.03 0.03 0.03 0.05 0.04 0.03
O3' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.02 0.03 0.00 0.01 0.08 0.08 0.09 0.07
O4' 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.05 0.04 0.06 0.05
O5' 0.05 0.08 0.03 0.05 0.08 0.01 0.09 0.01 0.09 0.09 0.09 0.08 0.08 0.09 0.07 0.03 0.08 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.05 0.09 0.04 0.06 0.09 0.03 0.10 0.03 0.11 0.10 0.10 0.08 0.11 0.11 0.07 0.05 0.08 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.06 0.11 0.05 0.06 0.10 0.03 0.11 0.01 0.12 0.09 0.12 0.10 0.13 0.11 0.08 0.04 0.09 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.05 0.09 0.03 0.05 0.08 0.02 0.09 0.01 0.10 0.09 0.10 0.08 0.10 0.10 0.07 0.03 0.07 0.05 0.00 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.08 0.08 0.07 0.09 0.08 0.09 0.11 0.10 0.12 0.12 0.10 0.10 0.07 0.13 0.09 0.09 0.09 0.08 0.10 0.15 0.10 0.09 0.08
C2 0.07 0.07 0.08 0.09 0.06 0.10 0.07 0.11 0.09 0.08 0.07 0.10 0.07 0.08 0.07 0.08 0.09 0.08 0.11 0.11 0.12 0.09 0.09
C2' 0.08 0.09 0.07 0.08 0.10 0.08 0.12 0.10 0.13 0.12 0.11 0.11 0.08 0.13 0.10 0.08 0.08 0.08 0.10 0.16 0.11 0.09 0.08
C3' 0.07 0.09 0.06 0.06 0.09 0.07 0.12 0.09 0.13 0.12 0.11 0.10 0.08 0.13 0.09 0.07 0.06 0.08 0.09 0.16 0.10 0.07 0.07
C4 0.07 0.07 0.07 0.08 0.06 0.09 0.08 0.10 0.09 0.10 0.07 0.10 0.06 0.10 0.07 0.07 0.08 0.07 0.10 0.12 0.10 0.08 0.08
C4' 0.08 0.10 0.07 0.07 0.10 0.08 0.12 0.08 0.13 0.12 0.11 0.12 0.09 0.13 0.10 0.09 0.08 0.08 0.09 0.16 0.09 0.07 0.07
C5 0.07 0.07 0.07 0.08 0.06 0.08 0.08 0.09 0.08 0.09 0.07 0.10 0.07 0.09 0.07 0.07 0.09 0.07 0.09 0.11 0.10 0.08 0.08
C5' 0.08 0.10 0.06 0.05 0.10 0.06 0.12 0.06 0.14 0.12 0.12 0.12 0.08 0.14 0.10 0.08 0.07 0.07 0.08 0.17 0.09 0.05 0.05
C6 0.08 0.08 0.08 0.09 0.08 0.09 0.08 0.09 0.09 0.09 0.08 0.10 0.08 0.09 0.08 0.08 0.10 0.08 0.09 0.11 0.09 0.08 0.08
C8 0.07 0.07 0.07 0.08 0.07 0.08 0.09 0.10 0.10 0.10 0.08 0.10 0.06 0.11 0.08 0.07 0.09 0.07 0.10 0.12 0.10 0.09 0.08
N1 0.08 0.09 0.08 0.09 0.08 0.09 0.08 0.10 0.09 0.09 0.08 0.11 0.09 0.09 0.08 0.08 0.09 0.08 0.09 0.11 0.11 0.08 0.08
N3 0.07 0.07 0.08 0.10 0.06 0.10 0.08 0.11 0.09 0.10 0.07 0.10 0.06 0.10 0.07 0.08 0.09 0.08 0.11 0.12 0.11 0.09 0.09
N6 0.10 0.09 0.10 0.11 0.10 0.10 0.10 0.09 0.11 0.10 0.10 0.10 0.10 0.10 0.10 0.10 0.13 0.10 0.08 0.13 0.08 0.08 0.08
N7 0.07 0.07 0.07 0.08 0.07 0.08 0.08 0.09 0.09 0.10 0.08 0.10 0.07 0.10 0.07 0.07 0.10 0.07 0.09 0.11 0.10 0.09 0.08
N9 0.07 0.07 0.07 0.08 0.07 0.08 0.09 0.09 0.10 0.10 0.08 0.10 0.06 0.11 0.08 0.07 0.09 0.07 0.10 0.13 0.10 0.08 0.08
O2' 0.11 0.12 0.11 0.12 0.12 0.12 0.14 0.12 0.15 0.14 0.14 0.14 0.11 0.15 0.12 0.13 0.13 0.11 0.13 0.17 0.13 0.12 0.11
O3' 0.08 0.10 0.06 0.06 0.10 0.07 0.12 0.09 0.14 0.12 0.12 0.11 0.09 0.13 0.10 0.07 0.05 0.08 0.09 0.16 0.11 0.08 0.07
O4' 0.08 0.08 0.07 0.08 0.09 0.08 0.11 0.09 0.12 0.12 0.10 0.11 0.08 0.13 0.09 0.09 0.09 0.08 0.10 0.15 0.10 0.08 0.08
O5' 0.08 0.09 0.06 0.04 0.11 0.05 0.14 0.06 0.15 0.13 0.12 0.09 0.08 0.15 0.11 0.07 0.06 0.08 0.08 0.19 0.10 0.04 0.05
OP1 0.09 0.10 0.07 0.05 0.11 0.06 0.14 0.07 0.15 0.14 0.12 0.10 0.09 0.15 0.11 0.08 0.07 0.08 0.09 0.18 0.12 0.06 0.07
OP2 0.09 0.09 0.07 0.06 0.11 0.07 0.15 0.08 0.16 0.14 0.12 0.09 0.08 0.16 0.11 0.07 0.05 0.09 0.11 0.20 0.12 0.08 0.08
P 0.08 0.08 0.06 0.04 0.10 0.05 0.13 0.06 0.15 0.13 0.11 0.08 0.08 0.15 0.10 0.06 0.05 0.07 0.09 0.18 0.11 0.05 0.06

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01 0.07 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.06 0.04 0.06 0.03
C2 0.03 0.00 0.03 0.04 0.02 0.04 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.06 0.08 0.04 0.05 0.04 0.05 0.09 0.06
C2' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.05 0.03 0.03 0.06 0.03 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.07 0.06 0.07 0.04
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.04 0.03 0.02 0.09 0.04 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.07 0.06 0.05 0.02
C4 0.01 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.04 0.04 0.02 0.04 0.05 0.04 0.09 0.05
C4' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.05 0.03 0.02 0.08 0.03 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.07 0.06 0.02 0.01
C5 0.02 0.01 0.04 0.03 0.00 0.03 0.00 0.05 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.05 0.03 0.03 0.05 0.04 0.06 0.11 0.07
C5' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.05 0.00 0.06 0.05 0.03 0.07 0.03 0.05 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.08 0.05 0.01 0.01
C6 0.04 0.02 0.05 0.04 0.03 0.05 0.02 0.06 0.00 0.04 0.01 0.03 0.03 0.03 0.03 0.07 0.05 0.05 0.06 0.02 0.07 0.11 0.07
C8 0.01 0.01 0.03 0.03 0.00 0.03 0.02 0.05 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.04 0.01 0.02 0.06 0.06 0.06 0.11 0.06
N1 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.06 0.06 0.03 0.05 0.03 0.05 0.10 0.06
N2 0.07 0.00 0.06 0.09 0.03 0.08 0.01 0.07 0.03 0.02 0.03 0.00 0.04 0.01 0.04 0.09 0.14 0.08 0.08 0.07 0.08 0.10 0.07
N3 0.02 0.01 0.03 0.04 0.01 0.03 0.00 0.03 0.03 0.01 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.06 0.07 0.04 0.05 0.05 0.05 0.09 0.05
N7 0.00 0.01 0.03 0.03 0.01 0.03 0.01 0.05 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.02 0.02 0.07 0.06 0.08 0.13 0.08
N9 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.03 0.00 0.01 0.04 0.02 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.04 0.06 0.04 0.08 0.04
O2' 0.01 0.06 0.00 0.01 0.04 0.01 0.05 0.01 0.07 0.04 0.06 0.09 0.06 0.05 0.02 0.00 0.04 0.01 0.05 0.08 0.07 0.10 0.06
O3' 0.02 0.08 0.01 0.00 0.04 0.02 0.03 0.02 0.05 0.01 0.06 0.14 0.07 0.02 0.02 0.04 0.00 0.02 0.03 0.06 0.06 0.05 0.02
O4' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.05 0.02 0.03 0.08 0.04 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.07 0.04 0.05 0.02
O5' 0.03 0.05 0.04 0.03 0.04 0.01 0.05 0.01 0.06 0.06 0.05 0.08 0.05 0.07 0.04 0.05 0.03 0.03 0.00 0.08 0.01 0.01 0.00
O6 0.06 0.04 0.07 0.07 0.05 0.07 0.04 0.08 0.02 0.06 0.03 0.07 0.05 0.06 0.06 0.08 0.06 0.07 0.08 0.00 0.10 0.13 0.10
OP1 0.04 0.05 0.06 0.06 0.04 0.06 0.06 0.05 0.07 0.06 0.05 0.08 0.05 0.08 0.04 0.07 0.06 0.04 0.01 0.10 0.00 0.01 0.01
OP2 0.06 0.09 0.07 0.05 0.09 0.02 0.11 0.01 0.11 0.11 0.10 0.10 0.09 0.13 0.08 0.10 0.05 0.05 0.01 0.13 0.01 0.00 0.00
P 0.03 0.06 0.04 0.02 0.05 0.01 0.07 0.01 0.07 0.06 0.06 0.07 0.05 0.08 0.04 0.06 0.02 0.02 0.00 0.10 0.01 0.00 0.00