ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50505

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 2, 4, 3, 3, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.003, 0.007, 0.011, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.007 std_dev=0.004
C2 A 0, 0.003, 0.008, 0.013, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.008 std_dev=0.005
N1 A 0, 0.007, 0.013, 0.019, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.013 std_dev=0.006
N3 A 0, 0.007, 0.014, 0.020, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.014 std_dev=0.006
C1' A 0, 0.005, 0.012, 0.019, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.012 std_dev=0.007
C4 A 0, 0.008, 0.015, 0.023, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.015 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.003, 0.012, 0.020, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.012 std_dev=0.008
N9 A 0, 0.010, 0.018, 0.027, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.018 std_dev=0.009
N6 A 0, 0.007, 0.024, 0.041, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.024 std_dev=0.017
C8 A 0, 0.011, 0.030, 0.050, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.030 std_dev=0.019
N7 A 0, 0.007, 0.027, 0.047, 0.083 max_d=0.083 avg_d=0.027 std_dev=0.020
O4' A 0, 0.027, 0.079, 0.130, 0.187 max_d=0.187 avg_d=0.079 std_dev=0.052
C2' A 0, 0.037, 0.098, 0.159, 0.218 max_d=0.218 avg_d=0.098 std_dev=0.061
C4' A 0, 0.059, 0.140, 0.220, 0.291 max_d=0.291 avg_d=0.140 std_dev=0.080
O2' A 0, 0.067, 0.151, 0.235, 0.331 max_d=0.331 avg_d=0.151 std_dev=0.084
C3' A 0, 0.057, 0.147, 0.237, 0.320 max_d=0.320 avg_d=0.147 std_dev=0.090
O3' A 0, 0.090, 0.210, 0.330, 0.477 max_d=0.477 avg_d=0.210 std_dev=0.120
O2' B 0, 0.208, 0.353, 0.498, 0.601 max_d=0.601 avg_d=0.353 std_dev=0.145
C5' A 0, 0.082, 0.233, 0.385, 0.598 max_d=0.598 avg_d=0.233 std_dev=0.151
N2 B 0, 0.128, 0.297, 0.465, 0.631 max_d=0.631 avg_d=0.297 std_dev=0.169
O5' A 0, 0.089, 0.260, 0.430, 0.684 max_d=0.684 avg_d=0.260 std_dev=0.171
C2' B 0, 0.227, 0.407, 0.587, 0.691 max_d=0.691 avg_d=0.407 std_dev=0.180
P A 0, 0.101, 0.323, 0.546, 0.885 max_d=0.885 avg_d=0.323 std_dev=0.222
OP2 A 0, 0.074, 0.325, 0.576, 0.981 max_d=0.981 avg_d=0.325 std_dev=0.251
N3 B 0, 0.098, 0.352, 0.606, 0.918 max_d=0.918 avg_d=0.352 std_dev=0.254
C1' B 0, 0.206, 0.477, 0.749, 1.080 max_d=1.080 avg_d=0.477 std_dev=0.272
C2 B 0, 0.099, 0.373, 0.646, 0.988 max_d=0.988 avg_d=0.373 std_dev=0.274
C3' B 0, 0.234, 0.517, 0.800, 1.173 max_d=1.173 avg_d=0.517 std_dev=0.283
C4' B 0, 0.260, 0.546, 0.832, 1.048 max_d=1.048 avg_d=0.546 std_dev=0.286
O3' B 0, 0.254, 0.569, 0.884, 1.356 max_d=1.356 avg_d=0.569 std_dev=0.315
O4' B 0, 0.227, 0.577, 0.926, 1.405 max_d=1.405 avg_d=0.577 std_dev=0.349
C4 B 0, 0.102, 0.487, 0.872, 1.413 max_d=1.413 avg_d=0.487 std_dev=0.385
N9 B 0, 0.147, 0.544, 0.941, 1.469 max_d=1.469 avg_d=0.544 std_dev=0.397
N1 B 0, 0.082, 0.505, 0.929, 1.523 max_d=1.523 avg_d=0.505 std_dev=0.423
C5' B 0, 0.194, 0.657, 1.120, 1.629 max_d=1.629 avg_d=0.657 std_dev=0.463
OP1 A 0, 0.039, 0.523, 1.007, 1.780 max_d=1.780 avg_d=0.523 std_dev=0.484
C5 B 0, 0.081, 0.616, 1.151, 1.967 max_d=1.967 avg_d=0.616 std_dev=0.535
C8 B 0, 0.138, 0.695, 1.251, 2.078 max_d=2.078 avg_d=0.695 std_dev=0.557
C6 B 0, 0.064, 0.627, 1.190, 2.039 max_d=2.039 avg_d=0.627 std_dev=0.563
O5' B 0, 0.115, 0.755, 1.395, 2.298 max_d=2.298 avg_d=0.755 std_dev=0.640
N7 B 0, 0.095, 0.740, 1.384, 2.383 max_d=2.383 avg_d=0.740 std_dev=0.644
O6 B 0, 0.053, 0.744, 1.436, 2.485 max_d=2.485 avg_d=0.744 std_dev=0.692
P B 0, -0.056, 0.975, 2.006, 3.456 max_d=3.456 avg_d=0.975 std_dev=1.031
OP2 B 0, -0.044, 1.074, 2.191, 3.802 max_d=3.802 avg_d=1.074 std_dev=1.117
OP1 B 0, -0.086, 1.103, 2.293, 3.931 max_d=3.931 avg_d=1.103 std_dev=1.189

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.02 0.09 0.04
C2 0.02 0.00 0.04 0.04 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.08 0.05 0.02 0.06 0.08 0.19 0.09
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.04 0.04 0.03 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.04 0.07 0.03
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.05 0.05 0.04 0.04 0.06 0.05 0.03 0.01 0.01 0.01 0.03 0.05 0.10 0.03
C4 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.03 0.01 0.06 0.08 0.18 0.08
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.04 0.05 0.03 0.02 0.05 0.05 0.02 0.02 0.03 0.00 0.01 0.05 0.04 0.01
C5 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.04 0.02 0.08 0.12 0.22 0.11
C5' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.04 0.00 0.06 0.00 0.07 0.08 0.05 0.02 0.08 0.09 0.04 0.02 0.03 0.01 0.01 0.08 0.02 0.01
C6 0.01 0.00 0.03 0.05 0.01 0.04 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.05 0.02 0.09 0.14 0.24 0.12
C8 0.01 0.01 0.02 0.05 0.00 0.05 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.05 0.03 0.08 0.10 0.19 0.10
N1 0.02 0.00 0.04 0.04 0.01 0.03 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.05 0.02 0.08 0.12 0.22 0.11
N3 0.02 0.00 0.04 0.04 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.07 0.05 0.02 0.05 0.06 0.16 0.07
N6 0.01 0.00 0.03 0.06 0.01 0.05 0.01 0.08 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.06 0.03 0.11 0.18 0.28 0.15
N7 0.01 0.01 0.02 0.05 0.00 0.05 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.05 0.03 0.10 0.14 0.24 0.13
N9 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.05 0.05 0.15 0.07
O2' 0.01 0.08 0.00 0.01 0.04 0.02 0.04 0.02 0.05 0.02 0.07 0.07 0.05 0.03 0.02 0.00 0.06 0.03 0.03 0.05 0.07 0.03
O3' 0.03 0.05 0.03 0.01 0.03 0.03 0.04 0.03 0.05 0.05 0.05 0.05 0.06 0.05 0.03 0.06 0.00 0.03 0.05 0.09 0.13 0.05
O4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.02 0.03 0.03 0.01 0.03 0.03 0.00 0.04 0.07 0.08 0.04
O5' 0.04 0.06 0.03 0.03 0.06 0.01 0.08 0.01 0.09 0.08 0.08 0.05 0.11 0.10 0.05 0.03 0.05 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.02 0.08 0.04 0.05 0.08 0.05 0.12 0.08 0.14 0.10 0.12 0.06 0.18 0.14 0.05 0.05 0.09 0.07 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.09 0.19 0.07 0.10 0.18 0.04 0.22 0.02 0.24 0.19 0.22 0.16 0.28 0.24 0.15 0.07 0.13 0.08 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.04 0.09 0.03 0.03 0.08 0.01 0.11 0.01 0.12 0.10 0.11 0.07 0.15 0.13 0.07 0.03 0.05 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.08 0.09 0.07 0.09 0.05 0.06 0.07 0.06 0.10 0.05 0.11 0.12 0.06 0.06 0.06 0.06 0.13 0.09 0.12 0.12 0.15 0.24 0.13
C2 0.18 0.15 0.10 0.09 0.19 0.13 0.20 0.14 0.18 0.21 0.15 0.12 0.17 0.21 0.20 0.12 0.13 0.19 0.13 0.17 0.15 0.20 0.19
C2' 0.10 0.20 0.13 0.17 0.16 0.10 0.20 0.13 0.25 0.16 0.26 0.21 0.14 0.19 0.13 0.07 0.19 0.11 0.23 0.28 0.32 0.37 0.25
C3' 0.10 0.18 0.13 0.18 0.14 0.10 0.19 0.13 0.24 0.14 0.24 0.19 0.13 0.18 0.11 0.07 0.22 0.10 0.23 0.28 0.33 0.38 0.25
C4 0.15 0.10 0.07 0.08 0.14 0.11 0.14 0.11 0.12 0.16 0.10 0.10 0.12 0.15 0.15 0.09 0.14 0.17 0.10 0.11 0.11 0.18 0.15
C4' 0.07 0.11 0.08 0.11 0.07 0.06 0.11 0.08 0.15 0.07 0.16 0.12 0.07 0.10 0.06 0.05 0.15 0.08 0.16 0.18 0.22 0.30 0.17
C5 0.22 0.12 0.10 0.09 0.19 0.17 0.20 0.18 0.17 0.24 0.13 0.10 0.16 0.23 0.22 0.11 0.15 0.25 0.16 0.16 0.19 0.21 0.23
C5' 0.07 0.09 0.08 0.12 0.06 0.05 0.08 0.07 0.11 0.05 0.12 0.10 0.06 0.07 0.05 0.07 0.18 0.09 0.14 0.14 0.19 0.27 0.14
C6 0.27 0.15 0.13 0.11 0.25 0.22 0.26 0.24 0.22 0.31 0.17 0.11 0.19 0.29 0.28 0.14 0.15 0.31 0.22 0.22 0.27 0.27 0.31
C8 0.16 0.08 0.07 0.08 0.13 0.12 0.13 0.12 0.10 0.17 0.09 0.10 0.10 0.15 0.16 0.09 0.15 0.19 0.10 0.10 0.11 0.18 0.15
N1 0.27 0.16 0.13 0.12 0.25 0.21 0.26 0.23 0.22 0.30 0.18 0.12 0.20 0.29 0.28 0.15 0.14 0.29 0.22 0.22 0.26 0.27 0.29
N3 0.12 0.11 0.07 0.07 0.12 0.08 0.12 0.08 0.11 0.13 0.11 0.11 0.11 0.13 0.13 0.09 0.13 0.13 0.09 0.11 0.10 0.18 0.13
N6 0.32 0.17 0.15 0.14 0.28 0.27 0.30 0.32 0.25 0.37 0.19 0.11 0.21 0.35 0.33 0.15 0.16 0.37 0.29 0.25 0.37 0.35 0.40
N7 0.21 0.11 0.09 0.09 0.18 0.17 0.19 0.18 0.15 0.24 0.12 0.10 0.14 0.22 0.21 0.11 0.16 0.25 0.15 0.15 0.18 0.20 0.22
N9 0.12 0.07 0.07 0.08 0.09 0.08 0.09 0.08 0.08 0.11 0.08 0.10 0.08 0.10 0.11 0.08 0.14 0.14 0.09 0.08 0.10 0.18 0.12
O2' 0.15 0.27 0.13 0.16 0.24 0.13 0.30 0.18 0.36 0.24 0.35 0.25 0.20 0.30 0.20 0.11 0.14 0.15 0.29 0.40 0.39 0.45 0.33
O3' 0.12 0.21 0.15 0.20 0.19 0.13 0.25 0.18 0.30 0.20 0.29 0.19 0.15 0.25 0.16 0.08 0.22 0.13 0.29 0.35 0.43 0.46 0.34
O4' 0.08 0.06 0.06 0.08 0.06 0.06 0.06 0.06 0.08 0.07 0.08 0.08 0.06 0.06 0.07 0.06 0.12 0.10 0.11 0.10 0.13 0.23 0.12
O5' 0.07 0.09 0.11 0.14 0.06 0.05 0.07 0.06 0.11 0.07 0.12 0.12 0.06 0.07 0.06 0.10 0.23 0.10 0.12 0.13 0.16 0.25 0.12
OP1 0.07 0.09 0.14 0.19 0.07 0.07 0.09 0.08 0.11 0.08 0.12 0.10 0.06 0.09 0.07 0.14 0.30 0.09 0.15 0.14 0.21 0.26 0.14
OP2 0.09 0.13 0.19 0.23 0.09 0.11 0.10 0.11 0.13 0.08 0.15 0.17 0.10 0.09 0.08 0.20 0.32 0.10 0.17 0.14 0.19 0.28 0.15
P 0.08 0.09 0.12 0.16 0.06 0.06 0.08 0.07 0.10 0.08 0.11 0.12 0.06 0.08 0.07 0.12 0.26 0.11 0.12 0.12 0.15 0.24 0.12

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.01 0.07 0.11 0.06
C2 0.02 0.00 0.04 0.04 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.09 0.06 0.03 0.13 0.00 0.17 0.26 0.16
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.02 0.03 0.01 0.03 0.03 0.03 0.05 0.04 0.03 0.01 0.00 0.02 0.01 0.04 0.04 0.08 0.10 0.06
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.05 0.08 0.04 0.05 0.04 0.08 0.04 0.02 0.00 0.01 0.06 0.07 0.11 0.07 0.07
C4 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.04 0.02 0.12 0.01 0.14 0.23 0.15
C4' 0.01 0.02 0.02 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.03 0.06 0.02 0.03 0.02 0.05 0.03 0.06 0.01 0.00 0.01 0.03 0.07 0.04 0.03
C5 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.04 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.07 0.01 0.15 0.01 0.19 0.27 0.19
C5' 0.02 0.06 0.01 0.01 0.07 0.00 0.10 0.00 0.09 0.12 0.08 0.06 0.06 0.12 0.07 0.06 0.04 0.01 0.01 0.10 0.08 0.02 0.01
C6 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.03 0.00 0.09 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.07 0.02 0.15 0.00 0.21 0.30 0.21
C8 0.01 0.01 0.03 0.08 0.00 0.06 0.00 0.12 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.09 0.01 0.16 0.01 0.17 0.20 0.17
N1 0.02 0.00 0.03 0.04 0.00 0.02 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.08 0.06 0.02 0.14 0.00 0.20 0.30 0.19
N2 0.03 0.00 0.05 0.05 0.01 0.03 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.10 0.07 0.03 0.12 0.01 0.17 0.26 0.16
N3 0.02 0.00 0.04 0.04 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.08 0.05 0.02 0.11 0.01 0.13 0.23 0.13
N7 0.01 0.00 0.03 0.08 0.00 0.05 0.00 0.12 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.09 0.01 0.17 0.01 0.20 0.27 0.21
N9 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.03 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.05 0.01 0.11 0.01 0.11 0.18 0.12
O2' 0.01 0.09 0.00 0.02 0.05 0.06 0.04 0.06 0.06 0.03 0.08 0.10 0.08 0.03 0.02 0.00 0.04 0.05 0.05 0.06 0.09 0.07 0.05
O3' 0.01 0.06 0.02 0.00 0.04 0.01 0.07 0.04 0.07 0.09 0.06 0.07 0.05 0.09 0.05 0.04 0.00 0.01 0.10 0.09 0.16 0.07 0.09
O4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.05 0.01 0.00 0.06 0.02 0.13 0.09 0.09
O5' 0.05 0.13 0.04 0.06 0.12 0.01 0.15 0.01 0.15 0.16 0.14 0.12 0.11 0.17 0.11 0.05 0.10 0.06 0.00 0.15 0.01 0.02 0.00
O6 0.01 0.00 0.04 0.07 0.01 0.03 0.01 0.10 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.09 0.02 0.15 0.00 0.24 0.32 0.23
OP1 0.07 0.17 0.08 0.11 0.14 0.07 0.19 0.08 0.21 0.17 0.20 0.17 0.13 0.20 0.11 0.09 0.16 0.13 0.01 0.24 0.00 0.01 0.00
OP2 0.11 0.26 0.10 0.07 0.23 0.04 0.27 0.02 0.30 0.20 0.30 0.26 0.23 0.27 0.18 0.07 0.07 0.09 0.02 0.32 0.01 0.00 0.00
P 0.06 0.16 0.06 0.07 0.15 0.03 0.19 0.01 0.21 0.17 0.19 0.16 0.13 0.21 0.12 0.05 0.09 0.09 0.00 0.23 0.00 0.00 0.00