ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50506

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 2, 2, 1, 3, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.002, 0.005, 0.008, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.005 std_dev=0.003
C2 A 0, 0.001, 0.005, 0.009, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.005 std_dev=0.004
N1 A 0, 0.004, 0.009, 0.014, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.009 std_dev=0.005
C5 A 0, 0.004, 0.009, 0.014, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.009 std_dev=0.005
N3 A 0, 0.004, 0.009, 0.015, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.009 std_dev=0.005
C1' A 0, 0.002, 0.008, 0.015, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.008 std_dev=0.006
C4 A 0, 0.004, 0.011, 0.017, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.011 std_dev=0.007
N9 A 0, 0.004, 0.011, 0.018, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.011 std_dev=0.007
N6 A 0, 0.006, 0.015, 0.024, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.015 std_dev=0.009
N7 A 0, 0.005, 0.017, 0.028, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.017 std_dev=0.012
C8 A 0, 0.006, 0.019, 0.033, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.019 std_dev=0.013
O4' A 0, 0.005, 0.064, 0.123, 0.237 max_d=0.237 avg_d=0.064 std_dev=0.059
C2' A 0, 0.008, 0.070, 0.132, 0.223 max_d=0.223 avg_d=0.070 std_dev=0.062
C4' A 0, 0.006, 0.093, 0.180, 0.318 max_d=0.318 avg_d=0.093 std_dev=0.087
O2' A 0, 0.024, 0.111, 0.198, 0.303 max_d=0.303 avg_d=0.111 std_dev=0.087
C3' A 0, -0.001, 0.102, 0.205, 0.379 max_d=0.379 avg_d=0.102 std_dev=0.103
C5' A 0, 0.023, 0.168, 0.314, 0.562 max_d=0.562 avg_d=0.168 std_dev=0.146
O3' A 0, 0.002, 0.158, 0.313, 0.573 max_d=0.573 avg_d=0.158 std_dev=0.156
OP2 A 0, 0.102, 0.259, 0.416, 0.679 max_d=0.679 avg_d=0.259 std_dev=0.157
O5' A 0, 0.022, 0.181, 0.340, 0.646 max_d=0.646 avg_d=0.181 std_dev=0.159
O4' B 0, 0.222, 0.424, 0.625, 0.733 max_d=0.733 avg_d=0.424 std_dev=0.201
P A 0, 0.044, 0.254, 0.463, 0.883 max_d=0.883 avg_d=0.254 std_dev=0.209
C1' B 0, 0.206, 0.420, 0.634, 0.763 max_d=0.763 avg_d=0.420 std_dev=0.214
C2' B 0, 0.196, 0.410, 0.624, 0.822 max_d=0.822 avg_d=0.410 std_dev=0.214
O2' B 0, 0.193, 0.431, 0.669, 0.786 max_d=0.786 avg_d=0.431 std_dev=0.238
OP1 A 0, 0.046, 0.317, 0.589, 1.159 max_d=1.159 avg_d=0.317 std_dev=0.272
C4' B 0, 0.198, 0.472, 0.747, 1.192 max_d=1.192 avg_d=0.472 std_dev=0.274
C5' B 0, 0.186, 0.480, 0.775, 1.304 max_d=1.304 avg_d=0.480 std_dev=0.294
C3' B 0, 0.163, 0.479, 0.795, 1.365 max_d=1.365 avg_d=0.479 std_dev=0.316
N9 B 0, 0.093, 0.447, 0.800, 1.487 max_d=1.487 avg_d=0.447 std_dev=0.354
O3' B 0, 0.149, 0.559, 0.969, 1.762 max_d=1.762 avg_d=0.559 std_dev=0.410
C8 B 0, -0.008, 0.469, 0.946, 1.997 max_d=1.997 avg_d=0.469 std_dev=0.477
C4 B 0, -0.011, 0.531, 1.073, 2.267 max_d=2.267 avg_d=0.531 std_dev=0.542
N3 B 0, 0.007, 0.620, 1.232, 2.585 max_d=2.585 avg_d=0.620 std_dev=0.612
N7 B 0, -0.149, 0.533, 1.215, 2.793 max_d=2.793 avg_d=0.533 std_dev=0.682
C5 B 0, -0.153, 0.565, 1.283, 2.945 max_d=2.945 avg_d=0.565 std_dev=0.718
OP1 B 0, -0.091, 0.648, 1.387, 3.131 max_d=3.131 avg_d=0.648 std_dev=0.739
C2 B 0, -0.105, 0.732, 1.569, 3.493 max_d=3.493 avg_d=0.732 std_dev=0.837
O5' B 0, -0.245, 0.597, 1.440, 3.467 max_d=3.467 avg_d=0.597 std_dev=0.843
P B 0, -0.287, 0.624, 1.535, 3.736 max_d=3.736 avg_d=0.624 std_dev=0.911
C6 B 0, -0.271, 0.679, 1.628, 3.863 max_d=3.863 avg_d=0.679 std_dev=0.949
N2 B 0, -0.109, 0.865, 1.839, 4.082 max_d=4.082 avg_d=0.865 std_dev=0.974
N1 B 0, -0.230, 0.752, 1.734, 4.035 max_d=4.035 avg_d=0.752 std_dev=0.982
O6 B 0, -0.390, 0.747, 1.884, 4.584 max_d=4.584 avg_d=0.747 std_dev=1.137
OP2 B 0, -0.814, 0.740, 2.293, 6.106 max_d=6.106 avg_d=0.740 std_dev=1.554

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.05 0.05 0.04
C2 0.01 0.00 0.06 0.04 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.06 0.03 0.05 0.07 0.09 0.07
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.03 0.05 0.06 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.05 0.04 0.03
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.06 0.03 0.04 0.02 0.05 0.02 0.01 0.00 0.00 0.03 0.05 0.05 0.03
C4 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.02 0.02 0.06 0.07 0.08 0.07
C4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.04 0.01 0.01
C5 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.01 0.07 0.09 0.10 0.09
C5' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.05 0.04 0.02 0.05 0.05 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.02 0.02 0.07 0.09 0.11 0.09
C8 0.01 0.00 0.03 0.06 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.07 0.01 0.08 0.09 0.09 0.08
N1 0.01 0.00 0.05 0.03 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.04 0.02 0.06 0.08 0.10 0.09
N3 0.01 0.00 0.06 0.04 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.06 0.02 0.05 0.06 0.08 0.07
N6 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.03 0.02 0.07 0.10 0.12 0.10
N7 0.01 0.00 0.02 0.05 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.06 0.01 0.08 0.10 0.11 0.10
N9 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.06 0.07 0.07 0.06
O2' 0.01 0.08 0.00 0.01 0.04 0.03 0.03 0.03 0.05 0.02 0.07 0.08 0.04 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.05 0.04 0.03
O3' 0.01 0.06 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.07 0.04 0.06 0.03 0.06 0.02 0.02 0.00 0.01 0.03 0.08 0.08 0.05
O4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.05 0.04 0.04
O5' 0.03 0.05 0.02 0.03 0.06 0.01 0.07 0.01 0.07 0.08 0.06 0.05 0.07 0.08 0.06 0.03 0.03 0.03 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.05 0.07 0.05 0.05 0.07 0.04 0.09 0.04 0.09 0.09 0.08 0.06 0.10 0.10 0.07 0.05 0.08 0.05 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.05 0.09 0.04 0.05 0.08 0.01 0.10 0.01 0.11 0.09 0.10 0.08 0.12 0.11 0.07 0.04 0.08 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.04 0.07 0.03 0.03 0.07 0.01 0.09 0.01 0.09 0.08 0.09 0.07 0.10 0.10 0.06 0.03 0.05 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.05 0.80 0.20 0.22 0.35 0.17 0.33 0.26 0.64 0.15 0.87 0.97 0.56 0.09 0.08 0.15 0.10 0.06 0.83 0.67 0.72 1.08 0.70
C2 0.06 0.66 0.18 0.24 0.41 0.19 0.43 0.26 0.59 0.16 0.69 0.71 0.53 0.24 0.17 0.12 0.14 0.09 0.76 0.56 0.67 0.81 0.56
C2' 0.11 0.91 0.14 0.15 0.44 0.10 0.42 0.21 0.77 0.09 1.00 1.07 0.66 0.08 0.15 0.10 0.07 0.06 0.80 0.83 0.67 1.13 0.71
C3' 0.12 0.92 0.14 0.16 0.47 0.10 0.48 0.21 0.81 0.05 1.02 1.08 0.67 0.15 0.18 0.11 0.07 0.07 0.82 0.91 0.69 1.22 0.76
C4 0.05 0.78 0.18 0.24 0.43 0.19 0.49 0.27 0.74 0.11 0.86 0.87 0.58 0.23 0.16 0.12 0.14 0.06 0.82 0.77 0.72 1.04 0.68
C4' 0.06 0.82 0.18 0.20 0.37 0.14 0.36 0.24 0.66 0.10 0.89 1.01 0.58 0.08 0.11 0.15 0.09 0.04 0.83 0.73 0.72 1.17 0.74
C5 0.07 0.75 0.16 0.27 0.47 0.21 0.56 0.28 0.78 0.17 0.85 0.82 0.57 0.37 0.22 0.11 0.19 0.07 0.82 0.85 0.75 1.10 0.70
C5' 0.06 0.82 0.19 0.23 0.39 0.16 0.41 0.25 0.71 0.06 0.90 0.99 0.58 0.14 0.13 0.16 0.12 0.04 0.85 0.79 0.74 1.23 0.77
C6 0.10 0.68 0.15 0.28 0.47 0.23 0.57 0.29 0.74 0.24 0.77 0.72 0.53 0.43 0.26 0.12 0.22 0.09 0.79 0.79 0.74 1.01 0.66
C8 0.06 0.81 0.17 0.25 0.45 0.20 0.53 0.28 0.80 0.11 0.92 0.92 0.59 0.28 0.19 0.12 0.16 0.06 0.85 0.89 0.76 1.18 0.75
N1 0.09 0.62 0.16 0.27 0.44 0.22 0.51 0.28 0.64 0.22 0.68 0.65 0.50 0.37 0.24 0.11 0.20 0.10 0.76 0.66 0.70 0.85 0.58
N3 0.04 0.75 0.19 0.22 0.39 0.18 0.40 0.26 0.63 0.15 0.79 0.84 0.56 0.17 0.11 0.14 0.12 0.07 0.79 0.61 0.68 0.90 0.61
N6 0.12 0.65 0.14 0.30 0.48 0.25 0.60 0.29 0.75 0.31 0.76 0.67 0.50 0.51 0.29 0.14 0.27 0.11 0.75 0.82 0.75 1.01 0.65
N7 0.08 0.78 0.15 0.27 0.48 0.21 0.58 0.29 0.82 0.18 0.90 0.86 0.58 0.38 0.23 0.11 0.19 0.07 0.84 0.92 0.76 1.18 0.74
N9 0.05 0.81 0.18 0.24 0.42 0.18 0.46 0.27 0.74 0.09 0.90 0.93 0.58 0.19 0.14 0.13 0.13 0.06 0.84 0.80 0.73 1.11 0.71
O2' 0.11 0.88 0.14 0.12 0.36 0.08 0.26 0.19 0.58 0.19 0.92 1.09 0.62 0.14 0.10 0.11 0.11 0.08 0.76 0.56 0.63 1.03 0.65
O3' 0.16 0.95 0.11 0.12 0.49 0.07 0.48 0.17 0.81 0.05 1.04 1.13 0.70 0.14 0.21 0.09 0.09 0.12 0.79 0.89 0.65 1.23 0.75
O4' 0.05 0.76 0.22 0.24 0.32 0.18 0.31 0.27 0.60 0.14 0.82 0.94 0.52 0.09 0.07 0.18 0.13 0.07 0.84 0.64 0.73 1.09 0.71
O5' 0.06 0.84 0.19 0.26 0.44 0.18 0.50 0.27 0.80 0.07 0.95 0.98 0.60 0.24 0.17 0.16 0.16 0.04 0.88 0.92 0.77 1.30 0.82
OP1 0.07 0.84 0.19 0.27 0.45 0.18 0.52 0.27 0.81 0.10 0.95 0.98 0.60 0.28 0.19 0.17 0.18 0.05 0.88 0.94 0.77 1.36 0.84
OP2 0.08 0.83 0.19 0.30 0.48 0.22 0.59 0.31 0.87 0.15 0.97 0.94 0.60 0.37 0.22 0.15 0.23 0.07 0.89 1.02 0.80 1.38 0.86
P 0.06 0.82 0.20 0.29 0.44 0.21 0.53 0.29 0.82 0.09 0.95 0.96 0.59 0.29 0.18 0.17 0.21 0.05 0.89 0.95 0.80 1.34 0.84

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.22 0.01 0.20 0.07 0.04
C2 0.02 0.00 0.04 0.03 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.08 0.05 0.04 0.25 0.01 0.15 0.04 0.03
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.04 0.02 0.03 0.03 0.06 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.20 0.01 0.21 0.16 0.10
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.05 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.26 0.40 0.17
C4 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.02 0.29 0.01 0.14 0.12 0.04
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.04 0.02 0.04 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.21 0.24 0.08
C5 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01 0.34 0.01 0.10 0.27 0.09
C5' 0.03 0.04 0.04 0.01 0.05 0.00 0.07 0.00 0.07 0.10 0.05 0.04 0.04 0.10 0.06 0.04 0.02 0.01 0.00 0.08 0.15 0.07 0.01
C6 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.03 0.02 0.34 0.00 0.10 0.27 0.09
C8 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.04 0.00 0.10 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.02 0.03 0.36 0.01 0.09 0.33 0.11
N1 0.02 0.00 0.03 0.03 0.01 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.04 0.02 0.30 0.00 0.12 0.15 0.05
N2 0.03 0.00 0.06 0.05 0.00 0.04 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.11 0.07 0.05 0.21 0.01 0.16 0.08 0.05
N3 0.02 0.00 0.04 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.08 0.05 0.04 0.23 0.01 0.16 0.04 0.04
N7 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.10 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.02 0.03 0.38 0.01 0.08 0.40 0.13
N9 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.30 0.01 0.14 0.13 0.05
O2' 0.02 0.08 0.00 0.01 0.03 0.01 0.03 0.04 0.03 0.05 0.06 0.11 0.08 0.05 0.01 0.00 0.03 0.02 0.18 0.04 0.21 0.26 0.16
O3' 0.02 0.05 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.04 0.07 0.05 0.02 0.02 0.03 0.00 0.03 0.05 0.03 0.29 0.54 0.20
O4' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.05 0.04 0.03 0.01 0.02 0.03 0.00 0.18 0.02 0.20 0.05 0.03
O5' 0.22 0.25 0.20 0.03 0.29 0.01 0.34 0.00 0.34 0.36 0.30 0.21 0.23 0.38 0.30 0.18 0.05 0.18 0.00 0.37 0.01 0.01 0.00
O6 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.08 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.03 0.02 0.37 0.00 0.09 0.36 0.12
OP1 0.20 0.15 0.21 0.26 0.14 0.21 0.10 0.15 0.10 0.09 0.12 0.16 0.16 0.08 0.14 0.21 0.29 0.20 0.01 0.09 0.00 0.01 0.00
OP2 0.07 0.04 0.16 0.40 0.12 0.24 0.27 0.07 0.27 0.33 0.15 0.08 0.04 0.40 0.13 0.26 0.54 0.05 0.01 0.36 0.01 0.00 0.00
P 0.04 0.03 0.10 0.17 0.04 0.08 0.09 0.01 0.09 0.11 0.05 0.05 0.04 0.13 0.05 0.16 0.20 0.03 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00