ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50507

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 3, 4, 3, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 A 0, 0.014, 0.023, 0.031, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.023 std_dev=0.008
C6 A 0, 0.019, 0.028, 0.038, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.028 std_dev=0.009
C5 A 0, 0.022, 0.033, 0.045, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.033 std_dev=0.012
C1' A 0, 0.025, 0.038, 0.051, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.038 std_dev=0.013
C2 A 0, 0.026, 0.039, 0.052, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.039 std_dev=0.013
N9 A 0, 0.020, 0.034, 0.047, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.034 std_dev=0.013
N3 A 0, 0.031, 0.046, 0.060, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.046 std_dev=0.014
C4 A 0, 0.029, 0.045, 0.061, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.045 std_dev=0.016
N7 A 0, 0.032, 0.056, 0.079, 0.096 max_d=0.096 avg_d=0.056 std_dev=0.024
C8 A 0, 0.038, 0.067, 0.096, 0.115 max_d=0.115 avg_d=0.067 std_dev=0.029
C2' A 0, 0.056, 0.090, 0.125, 0.130 max_d=0.130 avg_d=0.090 std_dev=0.035
N6 A 0, 0.092, 0.132, 0.172, 0.163 max_d=0.163 avg_d=0.132 std_dev=0.040
O4' A 0, 0.040, 0.089, 0.138, 0.170 max_d=0.170 avg_d=0.089 std_dev=0.049
C4' A 0, 0.052, 0.113, 0.174, 0.229 max_d=0.229 avg_d=0.113 std_dev=0.061
C3' A 0, 0.073, 0.137, 0.200, 0.213 max_d=0.213 avg_d=0.137 std_dev=0.064
O2' A 0, 0.072, 0.138, 0.203, 0.214 max_d=0.214 avg_d=0.138 std_dev=0.065
C5' A 0, 0.050, 0.124, 0.198, 0.321 max_d=0.321 avg_d=0.124 std_dev=0.074
O3' A 0, 0.074, 0.173, 0.271, 0.308 max_d=0.308 avg_d=0.173 std_dev=0.098
C4 B 0, 0.206, 0.339, 0.472, 0.591 max_d=0.591 avg_d=0.339 std_dev=0.133
P A 0, 0.158, 0.291, 0.425, 0.597 max_d=0.597 avg_d=0.291 std_dev=0.134
N2 B 0, 0.190, 0.325, 0.461, 0.617 max_d=0.617 avg_d=0.325 std_dev=0.136
N3 B 0, 0.193, 0.329, 0.464, 0.593 max_d=0.593 avg_d=0.329 std_dev=0.136
N9 B 0, 0.222, 0.358, 0.494, 0.589 max_d=0.589 avg_d=0.358 std_dev=0.136
O5' A 0, 0.155, 0.291, 0.428, 0.498 max_d=0.498 avg_d=0.291 std_dev=0.136
C2 B 0, 0.187, 0.324, 0.461, 0.609 max_d=0.609 avg_d=0.324 std_dev=0.137
C5 B 0, 0.261, 0.399, 0.538, 0.615 max_d=0.615 avg_d=0.399 std_dev=0.138
C8 B 0, 0.277, 0.419, 0.560, 0.617 max_d=0.617 avg_d=0.419 std_dev=0.141
N7 B 0, 0.318, 0.465, 0.611, 0.636 max_d=0.636 avg_d=0.465 std_dev=0.147
OP2 A 0, 0.178, 0.333, 0.487, 0.643 max_d=0.643 avg_d=0.333 std_dev=0.154
N1 B 0, 0.220, 0.375, 0.530, 0.631 max_d=0.631 avg_d=0.375 std_dev=0.155
C6 B 0, 0.274, 0.433, 0.592, 0.636 max_d=0.636 avg_d=0.433 std_dev=0.159
C1' B 0, 0.205, 0.365, 0.525, 0.598 max_d=0.598 avg_d=0.365 std_dev=0.160
OP1 A 0, 0.169, 0.333, 0.498, 0.664 max_d=0.664 avg_d=0.333 std_dev=0.164
O4' B 0, 0.140, 0.308, 0.475, 0.578 max_d=0.578 avg_d=0.308 std_dev=0.167
C4' B 0, 0.190, 0.361, 0.532, 0.701 max_d=0.701 avg_d=0.361 std_dev=0.171
C5' B 0, 0.208, 0.393, 0.578, 0.732 max_d=0.732 avg_d=0.393 std_dev=0.185
C2' B 0, 0.319, 0.505, 0.691, 0.750 max_d=0.750 avg_d=0.505 std_dev=0.186
O5' B 0, 0.230, 0.422, 0.614, 0.731 max_d=0.731 avg_d=0.422 std_dev=0.192
O6 B 0, 0.333, 0.532, 0.731, 0.809 max_d=0.809 avg_d=0.532 std_dev=0.199
C3' B 0, 0.311, 0.512, 0.713, 0.822 max_d=0.822 avg_d=0.512 std_dev=0.201
P B 0, 0.256, 0.469, 0.682, 0.745 max_d=0.745 avg_d=0.469 std_dev=0.213
O2' B 0, 0.473, 0.691, 0.909, 0.942 max_d=0.942 avg_d=0.691 std_dev=0.218
OP2 B 0, 0.281, 0.501, 0.721, 0.770 max_d=0.770 avg_d=0.501 std_dev=0.220
O3' B 0, 0.398, 0.622, 0.845, 0.964 max_d=0.964 avg_d=0.622 std_dev=0.223
OP1 B 0, 0.293, 0.533, 0.774, 0.824 max_d=0.824 avg_d=0.533 std_dev=0.241

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.06 0.05 0.08 0.03
C2 0.02 0.00 0.06 0.05 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.08 0.05 0.04 0.12 0.14 0.10 0.09
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.02 0.04 0.01 0.05 0.05 0.04 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.05 0.05 0.05 0.03
C3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.05 0.05 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.06 0.01
C4 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.03 0.02 0.10 0.10 0.06 0.05
C4' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.03 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.08 0.02
C5 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.03 0.02 0.10 0.12 0.07 0.06
C5' 0.01 0.06 0.02 0.01 0.04 0.01 0.04 0.00 0.05 0.02 0.06 0.05 0.05 0.03 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.06 0.01
C6 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.04 0.03 0.11 0.14 0.08 0.07
C8 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.04 0.02 0.09 0.08 0.09 0.05
N1 0.02 0.00 0.05 0.05 0.01 0.03 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.08 0.04 0.04 0.11 0.15 0.09 0.08
N3 0.02 0.00 0.05 0.05 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.07 0.04 0.03 0.11 0.11 0.07 0.07
N6 0.01 0.01 0.04 0.03 0.01 0.03 0.01 0.05 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.04 0.03 0.11 0.15 0.09 0.08
N7 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.04 0.02 0.10 0.10 0.09 0.06
N9 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.08 0.08 0.08 0.04
O2' 0.01 0.08 0.00 0.01 0.05 0.01 0.05 0.02 0.06 0.03 0.08 0.07 0.06 0.03 0.02 0.00 0.04 0.01 0.04 0.05 0.05 0.03
O3' 0.03 0.05 0.02 0.00 0.03 0.02 0.03 0.02 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.03 0.04 0.00 0.02 0.04 0.04 0.07 0.03
O4' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.04 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.05 0.05 0.10 0.04
O5' 0.06 0.12 0.05 0.01 0.10 0.01 0.10 0.01 0.11 0.09 0.11 0.11 0.11 0.10 0.08 0.04 0.04 0.05 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.05 0.14 0.05 0.03 0.10 0.02 0.12 0.03 0.14 0.08 0.15 0.11 0.15 0.10 0.08 0.05 0.04 0.05 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.08 0.10 0.05 0.06 0.06 0.08 0.07 0.06 0.08 0.09 0.09 0.07 0.09 0.09 0.08 0.05 0.07 0.10 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.03 0.09 0.03 0.01 0.05 0.02 0.06 0.01 0.07 0.05 0.08 0.07 0.08 0.06 0.04 0.03 0.03 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.09 0.07 0.08 0.09 0.08 0.07 0.09 0.08 0.09 0.09 0.09 0.07 0.08 0.09 0.09 0.10 0.12 0.07 0.08 0.11 0.09 0.05 0.06
C2 0.08 0.09 0.07 0.08 0.05 0.08 0.04 0.09 0.06 0.07 0.08 0.13 0.08 0.06 0.07 0.07 0.08 0.08 0.08 0.07 0.08 0.05 0.05
C2' 0.11 0.08 0.11 0.11 0.10 0.09 0.09 0.08 0.09 0.10 0.08 0.08 0.09 0.10 0.10 0.13 0.15 0.09 0.08 0.09 0.11 0.06 0.07
C3' 0.09 0.07 0.09 0.09 0.08 0.07 0.08 0.07 0.08 0.08 0.08 0.07 0.08 0.08 0.08 0.12 0.13 0.07 0.07 0.09 0.10 0.06 0.06
C4 0.07 0.06 0.06 0.07 0.06 0.07 0.07 0.09 0.08 0.08 0.08 0.10 0.05 0.08 0.07 0.07 0.09 0.07 0.08 0.10 0.09 0.05 0.06
C4' 0.07 0.07 0.06 0.07 0.06 0.06 0.07 0.07 0.08 0.07 0.08 0.07 0.06 0.07 0.07 0.09 0.11 0.06 0.07 0.09 0.10 0.05 0.06
C5 0.06 0.08 0.06 0.06 0.05 0.07 0.06 0.09 0.08 0.07 0.09 0.12 0.06 0.07 0.06 0.05 0.07 0.07 0.09 0.11 0.08 0.07 0.07
C5' 0.06 0.08 0.06 0.07 0.06 0.06 0.06 0.07 0.08 0.05 0.08 0.10 0.07 0.05 0.06 0.08 0.10 0.06 0.07 0.09 0.11 0.06 0.07
C6 0.07 0.11 0.07 0.07 0.05 0.08 0.04 0.10 0.08 0.06 0.11 0.14 0.08 0.05 0.06 0.06 0.07 0.07 0.09 0.10 0.08 0.08 0.07
C8 0.08 0.09 0.07 0.07 0.08 0.07 0.09 0.09 0.11 0.09 0.11 0.10 0.07 0.09 0.08 0.08 0.10 0.07 0.08 0.13 0.09 0.07 0.07
N1 0.08 0.12 0.08 0.08 0.07 0.08 0.04 0.10 0.07 0.07 0.10 0.14 0.11 0.05 0.07 0.08 0.08 0.08 0.09 0.09 0.08 0.06 0.06
N3 0.08 0.06 0.07 0.07 0.05 0.07 0.05 0.08 0.06 0.08 0.06 0.10 0.05 0.07 0.07 0.07 0.09 0.07 0.08 0.08 0.09 0.05 0.05
N6 0.07 0.12 0.09 0.09 0.07 0.09 0.05 0.11 0.09 0.07 0.13 0.14 0.10 0.05 0.07 0.09 0.07 0.08 0.11 0.12 0.09 0.10 0.09
N7 0.07 0.08 0.06 0.06 0.07 0.07 0.08 0.09 0.11 0.08 0.11 0.11 0.06 0.08 0.07 0.06 0.08 0.06 0.09 0.14 0.09 0.08 0.07
N9 0.08 0.07 0.07 0.08 0.08 0.07 0.08 0.08 0.09 0.09 0.09 0.09 0.07 0.09 0.08 0.08 0.11 0.07 0.08 0.11 0.09 0.06 0.06
O2' 0.16 0.15 0.16 0.15 0.15 0.13 0.15 0.11 0.14 0.15 0.14 0.14 0.15 0.15 0.15 0.19 0.19 0.13 0.10 0.14 0.13 0.09 0.09
O3' 0.10 0.09 0.09 0.09 0.09 0.07 0.09 0.07 0.10 0.10 0.09 0.09 0.09 0.10 0.10 0.13 0.13 0.07 0.07 0.11 0.10 0.06 0.06
O4' 0.08 0.07 0.07 0.07 0.07 0.07 0.08 0.07 0.09 0.08 0.09 0.08 0.07 0.08 0.08 0.09 0.11 0.07 0.07 0.12 0.09 0.06 0.06
O5' 0.11 0.10 0.10 0.10 0.11 0.09 0.13 0.09 0.14 0.13 0.13 0.09 0.10 0.13 0.12 0.10 0.12 0.10 0.09 0.16 0.11 0.06 0.07
OP1 0.12 0.15 0.12 0.10 0.14 0.11 0.15 0.11 0.17 0.14 0.16 0.15 0.14 0.15 0.13 0.11 0.10 0.12 0.12 0.18 0.12 0.11 0.11
OP2 0.14 0.09 0.15 0.17 0.09 0.17 0.09 0.17 0.11 0.12 0.11 0.12 0.09 0.10 0.11 0.15 0.18 0.15 0.16 0.13 0.16 0.11 0.13
P 0.07 0.09 0.07 0.09 0.07 0.08 0.09 0.09 0.11 0.08 0.10 0.10 0.07 0.09 0.07 0.08 0.11 0.07 0.08 0.13 0.11 0.06 0.07

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01 0.06 0.05 0.04
C2 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.06 0.05 0.09 0.00 0.09 0.09 0.09
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.04 0.01 0.02 0.01 0.04 0.02 0.00 0.01 0.01 0.04 0.03 0.08 0.08 0.06
C3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.02 0.09 0.08 0.06
C4 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.02 0.07 0.01 0.07 0.07 0.07
C4' 0.00 0.04 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.02 0.04 0.04 0.03 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.06 0.03 0.02
C5 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.04 0.02 0.08 0.01 0.08 0.10 0.09
C5' 0.02 0.08 0.02 0.01 0.06 0.00 0.07 0.00 0.09 0.05 0.09 0.09 0.07 0.06 0.04 0.02 0.01 0.01 0.00 0.09 0.03 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.03 0.00 0.09 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.04 0.03 0.09 0.00 0.09 0.12 0.10
C8 0.01 0.01 0.04 0.03 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.08 0.05 0.02 0.06 0.01 0.07 0.08 0.07
N1 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.00 0.09 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.05 0.04 0.09 0.00 0.09 0.11 0.10
N2 0.02 0.00 0.02 0.03 0.01 0.04 0.01 0.09 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.06 0.07 0.05 0.09 0.01 0.10 0.09 0.09
N3 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.06 0.04 0.07 0.00 0.08 0.07 0.07
N7 0.01 0.01 0.04 0.03 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.07 0.04 0.02 0.08 0.01 0.08 0.10 0.09
N9 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.01 0.05 0.01 0.06 0.06 0.05
O2' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.04 0.02 0.04 0.08 0.04 0.06 0.04 0.07 0.03 0.00 0.03 0.01 0.05 0.05 0.09 0.11 0.08
O3' 0.03 0.06 0.01 0.00 0.04 0.01 0.04 0.01 0.04 0.05 0.05 0.07 0.06 0.04 0.04 0.03 0.00 0.03 0.03 0.04 0.12 0.09 0.07
O4' 0.00 0.05 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.04 0.05 0.04 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.03 0.05 0.04 0.03
O5' 0.03 0.09 0.04 0.03 0.07 0.01 0.08 0.00 0.09 0.06 0.09 0.09 0.07 0.08 0.05 0.05 0.03 0.03 0.00 0.10 0.01 0.01 0.00
O6 0.01 0.00 0.03 0.02 0.01 0.04 0.01 0.09 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.04 0.03 0.10 0.00 0.10 0.14 0.12
OP1 0.06 0.09 0.08 0.09 0.07 0.06 0.08 0.03 0.09 0.07 0.09 0.10 0.08 0.08 0.06 0.09 0.12 0.05 0.01 0.10 0.00 0.01 0.00
OP2 0.05 0.09 0.08 0.08 0.07 0.03 0.10 0.01 0.12 0.08 0.11 0.09 0.07 0.10 0.06 0.11 0.09 0.04 0.01 0.14 0.01 0.00 0.00
P 0.04 0.09 0.06 0.06 0.07 0.02 0.09 0.01 0.10 0.07 0.10 0.09 0.07 0.09 0.05 0.08 0.07 0.03 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00