ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50508

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 1, 1, 2, 0, 0, 0, 1, 3, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.005, 0.011, 0.017, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.011 std_dev=0.006
C5 A 0, 0.007, 0.016, 0.026, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.016 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.010, 0.021, 0.032, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.021 std_dev=0.011
C2 A 0, 0.009, 0.021, 0.033, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.021 std_dev=0.012
C1' A 0, 0.011, 0.025, 0.039, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.025 std_dev=0.014
C4 A 0, 0.011, 0.025, 0.039, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.025 std_dev=0.014
N3 A 0, 0.010, 0.025, 0.039, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.025 std_dev=0.014
N6 A 0, 0.020, 0.038, 0.057, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.038 std_dev=0.018
N7 A 0, 0.007, 0.026, 0.045, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.026 std_dev=0.019
C8 A 0, 0.013, 0.034, 0.055, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.034 std_dev=0.021
N9 A 0, 0.010, 0.035, 0.060, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.035 std_dev=0.025
O4' A 0, 0.065, 0.191, 0.318, 0.396 max_d=0.396 avg_d=0.191 std_dev=0.127
C4' A 0, 0.131, 0.278, 0.425, 0.437 max_d=0.437 avg_d=0.278 std_dev=0.147
C2' A 0, 0.062, 0.210, 0.357, 0.468 max_d=0.468 avg_d=0.210 std_dev=0.148
C2' B 0, 0.238, 0.465, 0.692, 0.778 max_d=0.778 avg_d=0.465 std_dev=0.227
C3' A 0, 0.110, 0.346, 0.581, 0.758 max_d=0.758 avg_d=0.346 std_dev=0.235
O2' A 0, 0.089, 0.331, 0.573, 0.795 max_d=0.795 avg_d=0.331 std_dev=0.242
C5' A 0, 0.227, 0.515, 0.803, 0.949 max_d=0.949 avg_d=0.515 std_dev=0.288
O3' A 0, 0.134, 0.502, 0.870, 1.137 max_d=1.137 avg_d=0.502 std_dev=0.368
C1' B 0, 0.171, 0.554, 0.938, 1.252 max_d=1.252 avg_d=0.554 std_dev=0.384
C3' B 0, 0.280, 0.722, 1.164, 1.448 max_d=1.448 avg_d=0.722 std_dev=0.442
O4' B 0, 0.079, 0.575, 1.070, 1.613 max_d=1.613 avg_d=0.575 std_dev=0.496
O2' B 0, 0.356, 0.859, 1.362, 1.484 max_d=1.484 avg_d=0.859 std_dev=0.503
C4' B 0, 0.183, 0.765, 1.347, 1.776 max_d=1.776 avg_d=0.765 std_dev=0.582
O3' B 0, 0.315, 1.047, 1.778, 2.152 max_d=2.152 avg_d=1.047 std_dev=0.732
N9 B 0, 0.110, 0.889, 1.668, 2.582 max_d=2.582 avg_d=0.889 std_dev=0.779
C5' B 0, 0.118, 1.094, 2.069, 2.559 max_d=2.559 avg_d=1.094 std_dev=0.975
C4 B 0, 0.038, 1.100, 2.161, 3.416 max_d=3.416 avg_d=1.100 std_dev=1.061
C8 B 0, 0.179, 1.248, 2.316, 3.398 max_d=3.398 avg_d=1.248 std_dev=1.068
N3 B 0, -0.047, 1.056, 2.159, 3.471 max_d=3.471 avg_d=1.056 std_dev=1.103
O5' B 0, 0.113, 1.236, 2.358, 3.311 max_d=3.311 avg_d=1.236 std_dev=1.123
O5' A 0, 0.311, 1.470, 2.629, 2.844 max_d=2.844 avg_d=1.470 std_dev=1.159
C5 B 0, 0.120, 1.521, 2.922, 4.446 max_d=4.446 avg_d=1.521 std_dev=1.401
C2 B 0, -0.023, 1.406, 2.836, 4.508 max_d=4.508 avg_d=1.406 std_dev=1.429
N7 B 0, 0.183, 1.614, 3.044, 4.478 max_d=4.478 avg_d=1.614 std_dev=1.431
P B 0, 0.079, 1.570, 3.061, 4.416 max_d=4.416 avg_d=1.570 std_dev=1.491
N2 B 0, -0.059, 1.551, 3.161, 5.011 max_d=5.011 avg_d=1.551 std_dev=1.610
OP1 A 0, 0.536, 2.192, 3.848, 4.387 max_d=4.387 avg_d=2.192 std_dev=1.656
OP2 B 0, 0.037, 1.696, 3.355, 5.210 max_d=5.210 avg_d=1.696 std_dev=1.659
N1 B 0, 0.060, 1.749, 3.437, 5.341 max_d=5.341 avg_d=1.749 std_dev=1.689
C6 B 0, 0.132, 1.859, 3.587, 5.450 max_d=5.450 avg_d=1.859 std_dev=1.728
OP1 B 0, 0.145, 1.885, 3.625, 5.040 max_d=5.040 avg_d=1.885 std_dev=1.740
P A 0, 0.335, 2.121, 3.906, 4.833 max_d=4.833 avg_d=2.121 std_dev=1.785
O6 B 0, 0.203, 2.276, 4.349, 6.468 max_d=6.468 avg_d=2.276 std_dev=2.073
OP2 A 0, 0.450, 2.649, 4.848, 5.938 max_d=5.938 avg_d=2.649 std_dev=2.199

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.02 0.04 0.04 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.36 0.15 0.72 0.11
C2 0.05 0.00 0.13 0.11 0.01 0.06 0.01 0.08 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.18 0.15 0.04 0.67 0.38 0.65 0.39
C2' 0.00 0.13 0.00 0.00 0.06 0.02 0.04 0.02 0.05 0.07 0.10 0.14 0.04 0.06 0.01 0.00 0.02 0.01 0.34 0.34 0.44 0.11
C3' 0.01 0.11 0.00 0.00 0.05 0.01 0.09 0.02 0.07 0.19 0.07 0.11 0.10 0.18 0.08 0.02 0.01 0.01 0.38 0.45 0.33 0.23
C4 0.02 0.01 0.06 0.05 0.00 0.02 0.00 0.07 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.10 0.05 0.01 0.71 0.38 0.70 0.40
C4' 0.01 0.06 0.02 0.01 0.02 0.00 0.04 0.01 0.04 0.10 0.04 0.06 0.06 0.09 0.04 0.08 0.02 0.01 0.02 0.24 0.58 0.23
C5 0.01 0.01 0.04 0.09 0.00 0.04 0.00 0.11 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.07 0.10 0.02 0.88 0.58 0.86 0.64
C5' 0.03 0.08 0.02 0.02 0.07 0.01 0.11 0.00 0.11 0.16 0.09 0.07 0.15 0.16 0.08 0.08 0.04 0.01 0.01 0.23 0.41 0.02
C6 0.02 0.01 0.05 0.07 0.01 0.04 0.01 0.11 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.10 0.09 0.03 0.90 0.63 0.89 0.69
C8 0.02 0.02 0.07 0.19 0.01 0.10 0.01 0.16 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01 0.03 0.20 0.04 0.87 0.55 0.90 0.60
N1 0.04 0.01 0.10 0.07 0.02 0.04 0.01 0.09 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.15 0.10 0.03 0.80 0.51 0.76 0.56
N3 0.04 0.01 0.14 0.11 0.01 0.06 0.01 0.07 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.17 0.15 0.04 0.59 0.29 0.62 0.28
N6 0.02 0.01 0.04 0.10 0.02 0.06 0.02 0.15 0.01 0.04 0.01 0.02 0.00 0.04 0.02 0.08 0.12 0.05 1.00 0.78 1.03 0.84
N7 0.02 0.01 0.06 0.18 0.02 0.09 0.01 0.16 0.02 0.01 0.02 0.01 0.04 0.00 0.02 0.03 0.20 0.04 0.97 0.71 1.02 0.77
N9 0.01 0.02 0.01 0.08 0.01 0.04 0.01 0.08 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.00 0.03 0.07 0.01 0.66 0.31 0.72 0.32
O2' 0.02 0.18 0.00 0.02 0.10 0.08 0.07 0.08 0.10 0.03 0.15 0.17 0.08 0.03 0.03 0.00 0.03 0.05 0.10 0.53 0.55 0.31
O3' 0.02 0.15 0.02 0.01 0.05 0.02 0.10 0.04 0.09 0.20 0.10 0.15 0.12 0.20 0.07 0.03 0.00 0.02 0.28 0.65 0.32 0.28
O4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.04 0.03 0.04 0.05 0.04 0.01 0.05 0.02 0.00 0.24 0.15 0.90 0.28
O5' 0.36 0.67 0.34 0.38 0.71 0.02 0.88 0.01 0.90 0.87 0.80 0.59 1.00 0.97 0.66 0.10 0.28 0.24 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.15 0.38 0.34 0.45 0.38 0.24 0.58 0.23 0.63 0.55 0.51 0.29 0.78 0.71 0.31 0.53 0.65 0.15 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.72 0.65 0.44 0.33 0.70 0.58 0.86 0.41 0.89 0.90 0.76 0.62 1.03 1.02 0.72 0.55 0.32 0.90 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.11 0.39 0.11 0.23 0.40 0.23 0.64 0.02 0.69 0.60 0.56 0.28 0.84 0.77 0.32 0.31 0.28 0.28 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.30 0.93 0.23 0.24 0.76 0.32 0.89 0.42 1.03 0.63 1.04 0.96 0.78 0.82 0.57 0.44 0.51 0.17 0.18 1.11 0.40 0.14 0.18
C2 0.14 0.25 0.21 0.15 0.33 0.17 0.47 0.22 0.48 0.49 0.37 0.18 0.20 0.56 0.32 0.45 0.30 0.19 0.21 0.55 0.29 0.14 0.11
C2' 0.43 1.16 0.29 0.22 0.90 0.30 0.97 0.48 1.12 0.66 1.21 1.25 1.00 0.83 0.67 0.39 0.51 0.23 0.26 1.17 0.54 0.22 0.32
C3' 0.44 1.27 0.34 0.23 0.93 0.31 0.98 0.55 1.17 0.63 1.29 1.42 1.08 0.81 0.67 0.42 0.51 0.23 0.31 1.21 0.66 0.30 0.42
C4 0.18 0.49 0.23 0.20 0.46 0.24 0.60 0.33 0.66 0.50 0.60 0.47 0.41 0.62 0.37 0.46 0.39 0.15 0.22 0.74 0.37 0.13 0.17
C4' 0.38 1.20 0.26 0.23 0.90 0.31 1.01 0.49 1.20 0.67 1.28 1.31 0.99 0.87 0.65 0.38 0.52 0.20 0.24 1.28 0.55 0.19 0.30
C5 0.13 0.34 0.22 0.18 0.36 0.21 0.52 0.31 0.56 0.47 0.47 0.31 0.27 0.59 0.30 0.45 0.34 0.16 0.26 0.66 0.42 0.14 0.19
C5' 0.35 1.16 0.28 0.23 0.85 0.30 0.96 0.50 1.15 0.61 1.24 1.29 0.96 0.82 0.60 0.42 0.52 0.17 0.27 1.24 0.62 0.20 0.35
C6 0.12 0.23 0.20 0.15 0.31 0.16 0.49 0.26 0.51 0.50 0.38 0.14 0.17 0.59 0.29 0.44 0.28 0.18 0.28 0.61 0.44 0.15 0.18
C8 0.19 0.61 0.23 0.22 0.52 0.27 0.66 0.37 0.76 0.51 0.72 0.61 0.49 0.66 0.39 0.46 0.43 0.14 0.27 0.86 0.47 0.16 0.23
N1 0.14 0.24 0.19 0.14 0.32 0.14 0.49 0.23 0.50 0.52 0.38 0.16 0.20 0.60 0.32 0.43 0.27 0.20 0.27 0.59 0.40 0.15 0.16
N3 0.18 0.46 0.23 0.19 0.46 0.23 0.58 0.30 0.62 0.50 0.56 0.43 0.39 0.61 0.38 0.47 0.38 0.16 0.18 0.68 0.30 0.13 0.13
N6 0.15 0.26 0.18 0.14 0.34 0.15 0.53 0.27 0.56 0.53 0.42 0.17 0.21 0.64 0.32 0.42 0.27 0.20 0.31 0.67 0.51 0.17 0.21
N7 0.15 0.43 0.22 0.19 0.40 0.23 0.56 0.34 0.63 0.47 0.55 0.41 0.34 0.61 0.32 0.45 0.37 0.15 0.28 0.73 0.47 0.16 0.23
N9 0.22 0.69 0.24 0.23 0.58 0.28 0.72 0.38 0.82 0.54 0.79 0.69 0.57 0.70 0.44 0.46 0.45 0.14 0.23 0.90 0.42 0.14 0.20
O2' 0.56 1.43 0.33 0.20 1.14 0.26 1.22 0.40 1.39 0.85 1.49 1.52 1.24 1.05 0.86 0.34 0.52 0.30 0.24 1.45 0.46 0.24 0.27
O3' 0.56 1.55 0.43 0.25 1.11 0.32 1.15 0.59 1.37 0.72 1.55 1.75 1.31 0.92 0.80 0.44 0.52 0.29 0.37 1.41 0.78 0.38 0.51
O4' 0.30 0.98 0.24 0.25 0.78 0.31 0.92 0.42 1.08 0.64 1.10 1.03 0.81 0.84 0.57 0.44 0.52 0.17 0.19 1.18 0.44 0.14 0.20
O5' 0.36 1.09 0.52 0.67 0.70 0.77 0.78 0.94 1.03 0.38 1.17 1.26 0.85 0.58 0.43 0.70 0.95 0.41 0.85 1.13 1.31 0.74 0.98
OP1 0.41 1.43 0.48 0.54 0.98 0.60 1.11 0.78 1.41 0.61 1.54 1.61 1.14 0.90 0.64 0.68 0.87 0.24 0.64 1.54 1.18 0.49 0.77
OP2 0.67 1.56 0.56 0.54 1.21 0.66 1.40 0.92 1.65 1.04 1.71 1.68 1.28 1.28 0.95 0.65 0.71 0.65 0.74 1.80 1.15 0.82 0.90
P 0.33 1.37 0.35 0.39 0.95 0.49 1.10 0.70 1.39 0.61 1.50 1.53 1.08 0.90 0.61 0.57 0.72 0.13 0.58 1.52 1.10 0.44 0.71

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.02 0.04 0.02 0.04 0.07 0.06 0.02 0.01 0.02 0.02 0.00 0.10 0.03 0.12 0.09 0.12
C2 0.05 0.00 0.09 0.06 0.01 0.05 0.02 0.04 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.14 0.09 0.04 0.29 0.02 0.32 0.37 0.31
C2' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.05 0.02 0.04 0.01 0.06 0.03 0.07 0.12 0.08 0.03 0.02 0.01 0.02 0.01 0.21 0.05 0.24 0.12 0.20
C3' 0.02 0.06 0.00 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.06 0.08 0.06 0.09 0.06 0.07 0.04 0.01 0.01 0.02 0.31 0.07 0.34 0.11 0.26
C4 0.03 0.01 0.05 0.04 0.00 0.02 0.01 0.04 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.07 0.05 0.02 0.29 0.02 0.31 0.34 0.31
C4' 0.01 0.05 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.04 0.06 0.03 0.08 0.06 0.06 0.02 0.04 0.02 0.00 0.02 0.05 0.08 0.16 0.02
C5 0.02 0.02 0.04 0.05 0.01 0.04 0.00 0.07 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.06 0.07 0.03 0.37 0.02 0.41 0.45 0.40
C5' 0.02 0.04 0.01 0.01 0.04 0.00 0.07 0.00 0.07 0.08 0.05 0.06 0.05 0.09 0.04 0.04 0.03 0.01 0.01 0.09 0.13 0.30 0.02
C6 0.04 0.01 0.06 0.06 0.02 0.04 0.01 0.07 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.09 0.07 0.03 0.39 0.00 0.45 0.51 0.43
C8 0.02 0.02 0.03 0.08 0.01 0.06 0.01 0.08 0.02 0.00 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.03 0.09 0.04 0.36 0.03 0.37 0.36 0.37
N1 0.04 0.01 0.07 0.06 0.01 0.03 0.01 0.05 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.12 0.08 0.03 0.35 0.01 0.39 0.46 0.38
N2 0.07 0.01 0.12 0.09 0.02 0.08 0.02 0.06 0.02 0.03 0.02 0.00 0.02 0.03 0.03 0.19 0.13 0.07 0.26 0.03 0.28 0.34 0.29
N3 0.06 0.01 0.08 0.06 0.00 0.06 0.01 0.05 0.02 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.12 0.08 0.05 0.25 0.02 0.27 0.30 0.27
N7 0.02 0.02 0.03 0.07 0.02 0.06 0.00 0.09 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.00 0.02 0.04 0.08 0.04 0.41 0.03 0.45 0.49 0.44
N9 0.01 0.02 0.02 0.04 0.01 0.02 0.01 0.04 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.00 0.02 0.05 0.01 0.26 0.02 0.27 0.26 0.27
O2' 0.02 0.14 0.01 0.01 0.07 0.04 0.06 0.04 0.09 0.03 0.12 0.19 0.12 0.04 0.02 0.00 0.04 0.03 0.08 0.09 0.12 0.05 0.07
O3' 0.02 0.09 0.02 0.01 0.05 0.02 0.07 0.03 0.07 0.09 0.08 0.13 0.08 0.08 0.05 0.04 0.00 0.02 0.30 0.08 0.39 0.13 0.27
O4' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.04 0.03 0.07 0.05 0.04 0.01 0.03 0.02 0.00 0.09 0.04 0.09 0.14 0.10
O5' 0.10 0.29 0.21 0.31 0.29 0.02 0.37 0.01 0.39 0.36 0.35 0.26 0.25 0.41 0.26 0.08 0.30 0.09 0.00 0.42 0.02 0.02 0.00
O6 0.03 0.02 0.05 0.07 0.02 0.05 0.02 0.09 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.09 0.08 0.04 0.42 0.00 0.50 0.58 0.48
OP1 0.12 0.32 0.24 0.34 0.31 0.08 0.41 0.13 0.45 0.37 0.39 0.28 0.27 0.45 0.27 0.12 0.39 0.09 0.02 0.50 0.00 0.01 0.01
OP2 0.09 0.37 0.12 0.11 0.34 0.16 0.45 0.30 0.51 0.36 0.46 0.34 0.30 0.49 0.26 0.05 0.13 0.14 0.02 0.58 0.01 0.00 0.01
P 0.12 0.31 0.20 0.26 0.31 0.02 0.40 0.02 0.43 0.37 0.38 0.29 0.27 0.44 0.27 0.07 0.27 0.10 0.00 0.48 0.01 0.01 0.00