ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50509

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 4, 1, 3, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.001, 0.004, 0.006, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.004 std_dev=0.002
C6 A 0, 0.001, 0.007, 0.013, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.007 std_dev=0.006
C1' A 0, 0.001, 0.008, 0.015, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.008 std_dev=0.007
N3 A 0, -0.001, 0.010, 0.020, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.010 std_dev=0.010
N1 A 0, -0.001, 0.012, 0.024, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.012 std_dev=0.012
C5 A 0, -0.001, 0.011, 0.024, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.011 std_dev=0.013
C4 A 0, -0.001, 0.015, 0.031, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.015 std_dev=0.016
N9 A 0, 0.000, 0.018, 0.036, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.018 std_dev=0.018
N6 A 0, 0.000, 0.022, 0.043, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.022 std_dev=0.022
N7 A 0, -0.002, 0.027, 0.056, 0.087 max_d=0.087 avg_d=0.027 std_dev=0.029
C8 A 0, 0.001, 0.035, 0.069, 0.104 max_d=0.104 avg_d=0.035 std_dev=0.034
O4' A 0, -0.008, 0.067, 0.142, 0.287 max_d=0.287 avg_d=0.067 std_dev=0.075
C2' A 0, 0.013, 0.092, 0.171, 0.286 max_d=0.286 avg_d=0.092 std_dev=0.079
O2' A 0, 0.043, 0.130, 0.216, 0.271 max_d=0.271 avg_d=0.130 std_dev=0.086
C4' A 0, 0.002, 0.117, 0.231, 0.458 max_d=0.458 avg_d=0.117 std_dev=0.114
C3' A 0, 0.027, 0.144, 0.261, 0.473 max_d=0.473 avg_d=0.144 std_dev=0.117
N7 B 0, 0.066, 0.196, 0.325, 0.475 max_d=0.475 avg_d=0.196 std_dev=0.130
O6 B 0, 0.104, 0.237, 0.369, 0.450 max_d=0.450 avg_d=0.237 std_dev=0.133
C6 B 0, 0.081, 0.222, 0.363, 0.501 max_d=0.501 avg_d=0.222 std_dev=0.141
C5 B 0, 0.065, 0.209, 0.352, 0.519 max_d=0.519 avg_d=0.209 std_dev=0.143
C8 B 0, 0.058, 0.206, 0.355, 0.523 max_d=0.523 avg_d=0.206 std_dev=0.148
O3' A 0, 0.057, 0.206, 0.354, 0.588 max_d=0.588 avg_d=0.206 std_dev=0.148
N1 B 0, 0.085, 0.257, 0.429, 0.582 max_d=0.582 avg_d=0.257 std_dev=0.172
C4 B 0, 0.060, 0.240, 0.420, 0.599 max_d=0.599 avg_d=0.240 std_dev=0.180
N9 B 0, 0.054, 0.236, 0.419, 0.594 max_d=0.594 avg_d=0.236 std_dev=0.183
C2 B 0, 0.080, 0.291, 0.502, 0.734 max_d=0.734 avg_d=0.291 std_dev=0.211
C5' A 0, -0.023, 0.197, 0.418, 0.854 max_d=0.854 avg_d=0.197 std_dev=0.220
N3 B 0, 0.063, 0.285, 0.507, 0.767 max_d=0.767 avg_d=0.285 std_dev=0.222
O5' B 0, 0.194, 0.417, 0.640, 0.772 max_d=0.772 avg_d=0.417 std_dev=0.223
C1' B 0, 0.043, 0.274, 0.504, 0.791 max_d=0.791 avg_d=0.274 std_dev=0.230
O4' B 0, 0.038, 0.269, 0.501, 0.755 max_d=0.755 avg_d=0.269 std_dev=0.231
C5' B 0, 0.085, 0.330, 0.575, 0.861 max_d=0.861 avg_d=0.330 std_dev=0.245
P B 0, 0.049, 0.299, 0.550, 0.891 max_d=0.891 avg_d=0.299 std_dev=0.251
OP2 B 0, 0.164, 0.417, 0.670, 0.882 max_d=0.882 avg_d=0.417 std_dev=0.253
N2 B 0, 0.093, 0.347, 0.601, 0.919 max_d=0.919 avg_d=0.347 std_dev=0.254
C4' B 0, 0.040, 0.303, 0.566, 0.891 max_d=0.891 avg_d=0.303 std_dev=0.263
C2' B 0, 0.039, 0.304, 0.568, 0.956 max_d=0.956 avg_d=0.304 std_dev=0.265
C3' B 0, 0.040, 0.312, 0.584, 0.973 max_d=0.973 avg_d=0.312 std_dev=0.272
O5' A 0, -0.005, 0.273, 0.551, 1.089 max_d=1.089 avg_d=0.273 std_dev=0.278
O2' B 0, 0.052, 0.351, 0.651, 1.063 max_d=1.063 avg_d=0.351 std_dev=0.299
O3' B 0, 0.046, 0.354, 0.663, 1.111 max_d=1.111 avg_d=0.354 std_dev=0.308
OP1 B 0, 0.092, 0.402, 0.713, 1.098 max_d=1.098 avg_d=0.402 std_dev=0.310
P A 0, -0.083, 0.354, 0.791, 1.646 max_d=1.646 avg_d=0.354 std_dev=0.437
OP1 A 0, -0.118, 0.446, 1.011, 2.146 max_d=2.146 avg_d=0.446 std_dev=0.565
OP2 A 0, -0.196, 0.457, 1.110, 2.409 max_d=2.409 avg_d=0.457 std_dev=0.653

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.06 0.11 0.18 0.10
C2 0.00 0.00 0.05 0.10 0.00 0.06 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.11 0.02 0.14 0.13 0.38 0.21
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.05 0.05 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.09 0.15 0.07
C3' 0.01 0.10 0.00 0.00 0.07 0.00 0.06 0.01 0.08 0.03 0.10 0.09 0.08 0.04 0.03 0.01 0.01 0.00 0.02 0.05 0.15 0.04
C4 0.00 0.00 0.03 0.07 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.07 0.01 0.13 0.13 0.35 0.20
C4' 0.00 0.06 0.01 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.05 0.02 0.06 0.06 0.05 0.03 0.02 0.03 0.02 0.00 0.01 0.07 0.09 0.04
C5 0.00 0.00 0.03 0.06 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.06 0.01 0.16 0.16 0.40 0.24
C5' 0.01 0.10 0.01 0.01 0.07 0.00 0.08 0.00 0.09 0.04 0.10 0.09 0.09 0.05 0.04 0.03 0.02 0.01 0.01 0.02 0.09 0.01
C6 0.01 0.00 0.04 0.08 0.00 0.05 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.09 0.02 0.17 0.17 0.44 0.26
C8 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.14 0.15 0.32 0.21
N1 0.01 0.00 0.05 0.10 0.00 0.06 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.11 0.02 0.16 0.16 0.43 0.25
N3 0.01 0.00 0.05 0.09 0.00 0.06 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.10 0.02 0.12 0.11 0.34 0.19
N6 0.01 0.00 0.04 0.08 0.00 0.05 0.00 0.09 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.09 0.02 0.19 0.19 0.47 0.29
N7 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01 0.16 0.17 0.39 0.25
N9 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.11 0.12 0.29 0.17
O2' 0.01 0.06 0.00 0.01 0.04 0.03 0.03 0.03 0.04 0.01 0.05 0.05 0.04 0.02 0.02 0.00 0.02 0.03 0.05 0.13 0.10 0.07
O3' 0.01 0.11 0.01 0.01 0.07 0.02 0.06 0.02 0.09 0.03 0.11 0.10 0.09 0.04 0.03 0.02 0.00 0.01 0.05 0.05 0.12 0.03
O4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.06 0.11 0.14 0.09
O5' 0.06 0.14 0.03 0.02 0.13 0.01 0.16 0.01 0.17 0.14 0.16 0.12 0.19 0.16 0.11 0.05 0.05 0.06 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.11 0.13 0.09 0.05 0.13 0.07 0.16 0.02 0.17 0.15 0.16 0.11 0.19 0.17 0.12 0.13 0.05 0.11 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.18 0.38 0.15 0.15 0.35 0.09 0.40 0.09 0.44 0.32 0.43 0.34 0.47 0.39 0.29 0.10 0.12 0.14 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.10 0.21 0.07 0.04 0.20 0.04 0.24 0.01 0.26 0.21 0.25 0.19 0.29 0.25 0.17 0.07 0.03 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.06 0.09 0.06 0.06 0.07 0.06 0.08 0.07 0.09 0.06 0.09 0.09 0.08 0.07 0.06 0.07 0.06 0.06 0.16 0.09 0.09 0.11 0.09
C2 0.11 0.13 0.09 0.06 0.11 0.06 0.09 0.09 0.10 0.07 0.11 0.13 0.13 0.07 0.10 0.11 0.06 0.09 0.19 0.09 0.12 0.10 0.11
C2' 0.06 0.08 0.07 0.08 0.07 0.08 0.08 0.09 0.08 0.08 0.08 0.09 0.07 0.09 0.07 0.07 0.08 0.07 0.16 0.09 0.11 0.12 0.11
C3' 0.09 0.09 0.10 0.10 0.09 0.11 0.10 0.12 0.10 0.11 0.09 0.09 0.08 0.12 0.10 0.10 0.10 0.11 0.18 0.10 0.12 0.12 0.12
C4 0.09 0.10 0.08 0.07 0.09 0.07 0.09 0.08 0.09 0.08 0.10 0.11 0.10 0.08 0.09 0.09 0.07 0.08 0.19 0.09 0.09 0.08 0.08
C4' 0.07 0.08 0.07 0.07 0.07 0.08 0.08 0.08 0.08 0.07 0.08 0.08 0.07 0.08 0.07 0.08 0.07 0.08 0.14 0.10 0.09 0.11 0.09
C5 0.09 0.10 0.08 0.08 0.09 0.08 0.08 0.10 0.09 0.08 0.09 0.10 0.10 0.08 0.08 0.09 0.08 0.08 0.21 0.09 0.10 0.07 0.09
C5' 0.10 0.09 0.10 0.10 0.09 0.11 0.09 0.11 0.09 0.10 0.09 0.09 0.09 0.10 0.10 0.11 0.10 0.11 0.16 0.10 0.10 0.11 0.10
C6 0.09 0.10 0.09 0.08 0.09 0.08 0.09 0.11 0.09 0.08 0.10 0.11 0.10 0.08 0.09 0.10 0.09 0.09 0.21 0.09 0.10 0.06 0.08
C8 0.08 0.08 0.08 0.08 0.08 0.08 0.08 0.10 0.08 0.08 0.08 0.09 0.08 0.08 0.08 0.08 0.08 0.08 0.21 0.09 0.13 0.11 0.12
N1 0.10 0.12 0.09 0.08 0.10 0.08 0.09 0.10 0.09 0.07 0.11 0.13 0.12 0.07 0.09 0.11 0.08 0.09 0.20 0.09 0.12 0.09 0.10
N3 0.10 0.12 0.08 0.06 0.11 0.06 0.10 0.07 0.10 0.08 0.11 0.13 0.12 0.08 0.10 0.10 0.06 0.08 0.18 0.09 0.09 0.10 0.09
N6 0.09 0.10 0.09 0.09 0.09 0.09 0.08 0.11 0.09 0.07 0.10 0.11 0.10 0.08 0.08 0.11 0.10 0.09 0.21 0.09 0.12 0.06 0.08
N7 0.08 0.09 0.08 0.08 0.08 0.09 0.08 0.11 0.08 0.08 0.08 0.09 0.09 0.08 0.08 0.09 0.09 0.08 0.22 0.09 0.13 0.09 0.11
N9 0.08 0.09 0.07 0.07 0.08 0.07 0.08 0.08 0.09 0.07 0.09 0.10 0.09 0.08 0.08 0.08 0.07 0.07 0.19 0.09 0.10 0.10 0.10
O2' 0.07 0.09 0.06 0.06 0.08 0.06 0.08 0.06 0.09 0.07 0.09 0.10 0.09 0.07 0.07 0.07 0.06 0.06 0.11 0.09 0.09 0.12 0.09
O3' 0.10 0.09 0.10 0.11 0.10 0.12 0.11 0.12 0.10 0.12 0.09 0.09 0.09 0.13 0.10 0.10 0.10 0.12 0.16 0.11 0.11 0.12 0.11
O4' 0.06 0.08 0.06 0.06 0.07 0.06 0.07 0.06 0.08 0.06 0.08 0.08 0.07 0.07 0.06 0.06 0.06 0.06 0.14 0.09 0.08 0.11 0.08
O5' 0.09 0.05 0.08 0.09 0.05 0.11 0.05 0.12 0.05 0.07 0.05 0.05 0.05 0.06 0.07 0.09 0.09 0.11 0.16 0.07 0.11 0.12 0.10
OP1 0.09 0.04 0.08 0.09 0.04 0.11 0.05 0.11 0.06 0.07 0.06 0.05 0.04 0.06 0.07 0.09 0.10 0.11 0.12 0.09 0.14 0.21 0.13
OP2 0.29 0.21 0.27 0.28 0.22 0.32 0.20 0.32 0.18 0.24 0.19 0.22 0.23 0.20 0.25 0.30 0.28 0.33 0.33 0.18 0.26 0.15 0.23
P 0.15 0.07 0.14 0.14 0.09 0.18 0.07 0.18 0.06 0.12 0.07 0.08 0.09 0.09 0.12 0.15 0.15 0.18 0.21 0.08 0.15 0.10 0.13

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.06 0.11 0.04
C2 0.01 0.00 0.05 0.06 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.08 0.07 0.01 0.06 0.00 0.07 0.12 0.07
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.04 0.02 0.04 0.05 0.04 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.03 0.09 0.15 0.06
C3' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.06 0.04 0.06 0.07 0.05 0.04 0.03 0.02 0.00 0.00 0.05 0.06 0.10 0.15 0.06
C4 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.04 0.01 0.05 0.01 0.07 0.11 0.06
C4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.04 0.03 0.03 0.04 0.03 0.03 0.02 0.05 0.01 0.00 0.01 0.04 0.06 0.09 0.03
C5 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.05 0.01 0.06 0.01 0.08 0.12 0.08
C5' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.04 0.00 0.05 0.00 0.06 0.04 0.05 0.05 0.04 0.05 0.03 0.05 0.01 0.01 0.00 0.06 0.04 0.04 0.01
C6 0.01 0.00 0.04 0.06 0.01 0.04 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.06 0.01 0.07 0.00 0.09 0.13 0.09
C8 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01 0.06 0.01 0.07 0.10 0.07
N1 0.01 0.00 0.04 0.06 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.08 0.07 0.01 0.07 0.00 0.09 0.13 0.08
N2 0.01 0.00 0.05 0.07 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.10 0.08 0.01 0.07 0.01 0.08 0.13 0.07
N3 0.01 0.00 0.04 0.05 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.06 0.01 0.05 0.00 0.07 0.12 0.06
N7 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.01 0.06 0.01 0.08 0.12 0.09
N9 0.00 0.01 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.04 0.01 0.06 0.10 0.05
O2' 0.01 0.08 0.00 0.02 0.05 0.05 0.04 0.05 0.06 0.01 0.08 0.10 0.08 0.02 0.02 0.00 0.04 0.04 0.04 0.06 0.11 0.15 0.07
O3' 0.01 0.07 0.01 0.00 0.04 0.01 0.05 0.01 0.06 0.04 0.07 0.08 0.06 0.05 0.02 0.04 0.00 0.01 0.07 0.07 0.11 0.14 0.06
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.00 0.05 0.02 0.05 0.08 0.03
O5' 0.03 0.06 0.03 0.05 0.05 0.01 0.06 0.00 0.07 0.06 0.07 0.07 0.05 0.06 0.04 0.04 0.07 0.05 0.00 0.08 0.01 0.00 0.00
O6 0.01 0.00 0.03 0.06 0.01 0.04 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.07 0.02 0.08 0.00 0.11 0.15 0.11
OP1 0.06 0.07 0.09 0.10 0.07 0.06 0.08 0.04 0.09 0.07 0.09 0.08 0.07 0.08 0.06 0.11 0.11 0.05 0.01 0.11 0.00 0.01 0.00
OP2 0.11 0.12 0.15 0.15 0.11 0.09 0.12 0.04 0.13 0.10 0.13 0.13 0.12 0.12 0.10 0.15 0.14 0.08 0.00 0.15 0.01 0.00 0.00
P 0.04 0.07 0.06 0.06 0.06 0.03 0.08 0.01 0.09 0.07 0.08 0.07 0.06 0.09 0.05 0.07 0.06 0.03 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00