ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50510

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 1, 0, 4, 0, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.007, 0.013, 0.019, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.013 std_dev=0.006
C2 A 0, 0.006, 0.013, 0.021, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.013 std_dev=0.008
N3 A 0, 0.009, 0.018, 0.027, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.018 std_dev=0.009
C1' A 0, 0.006, 0.015, 0.024, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.015 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.010, 0.020, 0.030, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.020 std_dev=0.010
C5 A 0, 0.008, 0.020, 0.032, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.020 std_dev=0.012
N9 A 0, 0.007, 0.020, 0.032, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.020 std_dev=0.012
C4 A 0, 0.011, 0.023, 0.036, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.023 std_dev=0.013
N6 A 0, 0.017, 0.039, 0.061, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.039 std_dev=0.022
N7 A 0, 0.016, 0.038, 0.060, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.038 std_dev=0.022
C8 A 0, 0.012, 0.035, 0.059, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.035 std_dev=0.024
C2' A 0, 0.060, 0.107, 0.154, 0.153 max_d=0.153 avg_d=0.107 std_dev=0.047
O4' A 0, 0.043, 0.101, 0.160, 0.207 max_d=0.207 avg_d=0.101 std_dev=0.058
C4' A 0, 0.083, 0.158, 0.233, 0.282 max_d=0.282 avg_d=0.158 std_dev=0.075
O2' A 0, 0.060, 0.136, 0.212, 0.241 max_d=0.241 avg_d=0.136 std_dev=0.076
C3' A 0, 0.097, 0.174, 0.251, 0.267 max_d=0.267 avg_d=0.174 std_dev=0.077
O3' A 0, 0.149, 0.269, 0.389, 0.407 max_d=0.407 avg_d=0.269 std_dev=0.120
O5' A 0, 0.091, 0.220, 0.348, 0.430 max_d=0.430 avg_d=0.220 std_dev=0.128
OP2 A 0, 0.104, 0.238, 0.371, 0.500 max_d=0.500 avg_d=0.238 std_dev=0.133
C5' A 0, 0.121, 0.255, 0.390, 0.467 max_d=0.467 avg_d=0.255 std_dev=0.135
P A 0, 0.105, 0.250, 0.395, 0.483 max_d=0.483 avg_d=0.250 std_dev=0.145
O2' B 0, 0.117, 0.302, 0.486, 0.571 max_d=0.571 avg_d=0.302 std_dev=0.184
OP1 A 0, 0.128, 0.321, 0.514, 0.606 max_d=0.606 avg_d=0.321 std_dev=0.193
C1' B 0, 0.127, 0.336, 0.544, 0.644 max_d=0.644 avg_d=0.336 std_dev=0.209
O4' B 0, 0.133, 0.344, 0.556, 0.650 max_d=0.650 avg_d=0.344 std_dev=0.212
C4' B 0, 0.141, 0.354, 0.568, 0.665 max_d=0.665 avg_d=0.354 std_dev=0.213
C2' B 0, 0.137, 0.361, 0.586, 0.683 max_d=0.683 avg_d=0.361 std_dev=0.224
C5' B 0, 0.181, 0.411, 0.641, 0.740 max_d=0.740 avg_d=0.411 std_dev=0.230
O3' B 0, 0.174, 0.410, 0.647, 0.752 max_d=0.752 avg_d=0.410 std_dev=0.237
C3' B 0, 0.162, 0.400, 0.637, 0.735 max_d=0.735 avg_d=0.400 std_dev=0.238
N3 B 0, 0.138, 0.387, 0.637, 0.799 max_d=0.799 avg_d=0.387 std_dev=0.249
OP1 B 0, 0.165, 0.423, 0.681, 0.795 max_d=0.795 avg_d=0.423 std_dev=0.258
O5' B 0, 0.186, 0.444, 0.703, 0.799 max_d=0.799 avg_d=0.444 std_dev=0.258
N9 B 0, 0.156, 0.421, 0.686, 0.782 max_d=0.782 avg_d=0.421 std_dev=0.265
N2 B 0, 0.139, 0.411, 0.682, 0.877 max_d=0.877 avg_d=0.411 std_dev=0.271
C2 B 0, 0.159, 0.435, 0.711, 0.886 max_d=0.886 avg_d=0.435 std_dev=0.276
C4 B 0, 0.159, 0.439, 0.719, 0.852 max_d=0.852 avg_d=0.439 std_dev=0.280
P B 0, 0.191, 0.475, 0.759, 0.865 max_d=0.865 avg_d=0.475 std_dev=0.284
N1 B 0, 0.202, 0.521, 0.839, 1.020 max_d=1.020 avg_d=0.521 std_dev=0.319
C8 B 0, 0.197, 0.519, 0.841, 0.983 max_d=0.983 avg_d=0.519 std_dev=0.322
C5 B 0, 0.205, 0.552, 0.899, 1.010 max_d=1.010 avg_d=0.552 std_dev=0.347
C6 B 0, 0.233, 0.596, 0.959, 1.107 max_d=1.107 avg_d=0.596 std_dev=0.363
OP2 B 0, 0.230, 0.607, 0.984, 1.159 max_d=1.159 avg_d=0.607 std_dev=0.377
N7 B 0, 0.223, 0.608, 0.992, 1.119 max_d=1.119 avg_d=0.608 std_dev=0.385
O6 B 0, 0.286, 0.703, 1.119, 1.261 max_d=1.261 avg_d=0.703 std_dev=0.417

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.08 0.05
C2 0.02 0.00 0.03 0.03 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.06 0.04 0.02 0.03 0.05 0.09 0.06
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.03 0.03 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.05 0.07 0.04
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.02 0.05 0.03 0.04 0.03 0.06 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.07 0.05 0.03
C4 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01 0.03 0.04 0.09 0.05
C4' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.03 0.02 0.02 0.04 0.03 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.05 0.04 0.02
C5 0.01 0.01 0.02 0.04 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.04 0.01 0.05 0.06 0.09 0.06
C5' 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.00 0.04 0.00 0.04 0.04 0.03 0.02 0.06 0.04 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.04 0.02 0.01
C6 0.01 0.01 0.03 0.05 0.01 0.03 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.06 0.01 0.06 0.07 0.10 0.08
C8 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.02 0.04 0.04 0.09 0.05
N1 0.01 0.00 0.03 0.04 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.05 0.01 0.05 0.06 0.10 0.07
N3 0.02 0.00 0.03 0.03 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.05 0.04 0.02 0.03 0.04 0.09 0.05
N6 0.01 0.01 0.04 0.06 0.01 0.04 0.01 0.06 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.08 0.01 0.08 0.09 0.11 0.09
N7 0.00 0.01 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.04 0.02 0.05 0.06 0.09 0.07
N9 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.03 0.09 0.05
O2' 0.01 0.06 0.00 0.01 0.03 0.03 0.03 0.03 0.04 0.01 0.05 0.05 0.04 0.02 0.01 0.00 0.03 0.03 0.03 0.07 0.05 0.03
O3' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.03 0.01 0.04 0.02 0.06 0.03 0.05 0.04 0.08 0.04 0.02 0.03 0.00 0.01 0.03 0.10 0.05 0.04
O4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.03 0.03 0.09 0.05
O5' 0.02 0.03 0.03 0.03 0.03 0.01 0.05 0.01 0.06 0.04 0.05 0.03 0.08 0.05 0.03 0.03 0.03 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.03 0.05 0.05 0.07 0.04 0.05 0.06 0.04 0.07 0.04 0.06 0.04 0.09 0.06 0.03 0.07 0.10 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.08 0.09 0.07 0.05 0.09 0.04 0.09 0.02 0.10 0.09 0.10 0.09 0.11 0.09 0.09 0.05 0.05 0.09 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.05 0.06 0.04 0.03 0.05 0.02 0.06 0.01 0.08 0.05 0.07 0.05 0.09 0.07 0.05 0.03 0.04 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.07 0.08 0.08 0.07 0.07 0.07 0.07 0.07 0.07 0.07 0.08 0.09 0.08 0.07 0.07 0.09 0.08 0.07 0.07 0.08 0.08 0.08 0.08
C2 0.06 0.07 0.06 0.06 0.06 0.06 0.06 0.06 0.07 0.06 0.07 0.07 0.06 0.07 0.06 0.06 0.07 0.07 0.06 0.07 0.07 0.07 0.07
C2' 0.07 0.07 0.07 0.07 0.07 0.07 0.07 0.07 0.07 0.07 0.07 0.08 0.07 0.07 0.07 0.09 0.07 0.07 0.07 0.07 0.08 0.07 0.07
C3' 0.07 0.07 0.08 0.07 0.06 0.07 0.06 0.07 0.06 0.07 0.06 0.07 0.07 0.07 0.07 0.09 0.07 0.07 0.06 0.06 0.08 0.07 0.07
C4 0.06 0.06 0.06 0.05 0.06 0.05 0.06 0.05 0.06 0.06 0.06 0.07 0.06 0.06 0.06 0.07 0.05 0.06 0.06 0.07 0.07 0.07 0.07
C4' 0.07 0.08 0.08 0.08 0.07 0.07 0.07 0.08 0.07 0.07 0.07 0.09 0.07 0.07 0.07 0.10 0.09 0.07 0.07 0.07 0.09 0.08 0.08
C5 0.06 0.07 0.06 0.06 0.06 0.06 0.07 0.06 0.08 0.07 0.07 0.07 0.06 0.07 0.06 0.06 0.05 0.07 0.06 0.09 0.07 0.07 0.07
C5' 0.07 0.08 0.09 0.08 0.07 0.08 0.07 0.08 0.07 0.07 0.07 0.09 0.07 0.07 0.07 0.10 0.09 0.08 0.07 0.07 0.09 0.08 0.08
C6 0.09 0.08 0.09 0.09 0.08 0.09 0.09 0.08 0.10 0.09 0.09 0.08 0.08 0.10 0.08 0.09 0.08 0.09 0.08 0.11 0.08 0.09 0.09
C8 0.06 0.06 0.06 0.05 0.06 0.05 0.06 0.05 0.07 0.06 0.07 0.07 0.06 0.06 0.05 0.08 0.06 0.06 0.05 0.08 0.06 0.07 0.07
N1 0.08 0.07 0.10 0.10 0.07 0.09 0.07 0.08 0.08 0.08 0.08 0.07 0.07 0.08 0.07 0.11 0.10 0.08 0.08 0.09 0.08 0.08 0.08
N3 0.07 0.07 0.06 0.05 0.07 0.06 0.07 0.06 0.07 0.07 0.07 0.08 0.07 0.07 0.07 0.07 0.04 0.07 0.06 0.08 0.07 0.07 0.07
N6 0.12 0.12 0.12 0.11 0.12 0.11 0.13 0.10 0.14 0.14 0.13 0.10 0.11 0.14 0.12 0.12 0.10 0.11 0.11 0.16 0.10 0.11 0.11
N7 0.06 0.07 0.06 0.05 0.06 0.06 0.07 0.06 0.08 0.07 0.07 0.07 0.06 0.08 0.06 0.07 0.05 0.07 0.06 0.10 0.07 0.08 0.07
N9 0.06 0.07 0.07 0.06 0.06 0.06 0.06 0.06 0.06 0.06 0.07 0.08 0.06 0.06 0.06 0.08 0.07 0.06 0.06 0.07 0.07 0.07 0.07
O2' 0.08 0.10 0.08 0.07 0.09 0.08 0.09 0.08 0.09 0.09 0.09 0.11 0.09 0.09 0.08 0.08 0.08 0.08 0.08 0.09 0.10 0.09 0.09
O3' 0.08 0.08 0.08 0.08 0.08 0.08 0.08 0.09 0.07 0.09 0.07 0.08 0.08 0.08 0.08 0.09 0.08 0.09 0.08 0.08 0.10 0.08 0.08
O4' 0.08 0.09 0.09 0.08 0.08 0.07 0.07 0.07 0.08 0.07 0.08 0.10 0.08 0.07 0.07 0.10 0.10 0.07 0.07 0.08 0.09 0.08 0.08
O5' 0.08 0.08 0.09 0.08 0.07 0.08 0.07 0.08 0.07 0.07 0.07 0.09 0.07 0.07 0.07 0.10 0.09 0.08 0.07 0.07 0.09 0.08 0.08
OP1 0.08 0.08 0.09 0.09 0.08 0.09 0.07 0.09 0.08 0.07 0.08 0.09 0.08 0.07 0.08 0.11 0.10 0.09 0.08 0.08 0.11 0.09 0.10
OP2 0.11 0.11 0.10 0.10 0.11 0.10 0.11 0.10 0.12 0.11 0.11 0.11 0.11 0.12 0.11 0.10 0.09 0.12 0.10 0.13 0.10 0.10 0.10
P 0.09 0.08 0.09 0.08 0.08 0.08 0.08 0.08 0.08 0.08 0.08 0.09 0.08 0.08 0.08 0.09 0.09 0.10 0.08 0.09 0.09 0.08 0.08

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.04 0.02
C2 0.03 0.00 0.07 0.06 0.01 0.05 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.10 0.08 0.03 0.04 0.01 0.05 0.07 0.05
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.04 0.01 0.03 0.01 0.04 0.03 0.06 0.09 0.07 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.04 0.04 0.05 0.03
C3' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.04 0.07 0.05 0.08 0.06 0.06 0.03 0.01 0.00 0.01 0.03 0.05 0.04 0.04 0.03
C4 0.02 0.01 0.04 0.04 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.04 0.01 0.04 0.01 0.05 0.07 0.05
C4' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.03 0.04 0.03 0.06 0.05 0.04 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.04 0.03 0.02 0.01
C5 0.01 0.01 0.03 0.04 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.05 0.01 0.06 0.01 0.07 0.08 0.07
C5' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.04 0.00 0.05 0.00 0.05 0.06 0.04 0.05 0.04 0.06 0.04 0.03 0.02 0.01 0.01 0.05 0.02 0.01 0.01
C6 0.02 0.01 0.04 0.04 0.01 0.03 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.05 0.01 0.06 0.01 0.07 0.08 0.07
C8 0.01 0.01 0.03 0.07 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.08 0.02 0.07 0.02 0.07 0.08 0.07
N1 0.02 0.01 0.06 0.05 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.06 0.02 0.05 0.01 0.06 0.08 0.06
N2 0.04 0.01 0.09 0.08 0.01 0.06 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.12 0.10 0.03 0.05 0.01 0.05 0.07 0.06
N3 0.03 0.01 0.07 0.06 0.01 0.05 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.09 0.07 0.03 0.04 0.01 0.04 0.07 0.05
N7 0.00 0.01 0.03 0.06 0.01 0.04 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.08 0.01 0.08 0.02 0.09 0.09 0.08
N9 0.00 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.04 0.01 0.04 0.02 0.04 0.06 0.05
O2' 0.01 0.10 0.00 0.01 0.05 0.02 0.04 0.03 0.05 0.02 0.08 0.12 0.09 0.02 0.02 0.00 0.03 0.02 0.03 0.05 0.05 0.04 0.03
O3' 0.01 0.08 0.01 0.00 0.04 0.01 0.05 0.02 0.05 0.08 0.06 0.10 0.07 0.08 0.04 0.03 0.00 0.01 0.04 0.06 0.06 0.04 0.04
O4' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.02 0.02 0.04 0.03
O5' 0.02 0.04 0.03 0.03 0.04 0.01 0.06 0.01 0.06 0.07 0.05 0.05 0.04 0.08 0.04 0.03 0.04 0.03 0.00 0.07 0.02 0.02 0.00
O6 0.02 0.01 0.04 0.05 0.01 0.04 0.01 0.05 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.05 0.06 0.02 0.07 0.00 0.09 0.10 0.08
OP1 0.02 0.05 0.04 0.04 0.05 0.03 0.07 0.02 0.07 0.07 0.06 0.05 0.04 0.09 0.04 0.05 0.06 0.02 0.02 0.09 0.00 0.01 0.01
OP2 0.04 0.07 0.05 0.04 0.07 0.02 0.08 0.01 0.08 0.08 0.08 0.07 0.07 0.09 0.06 0.04 0.04 0.04 0.02 0.10 0.01 0.00 0.00
P 0.02 0.05 0.03 0.03 0.05 0.01 0.07 0.01 0.07 0.07 0.06 0.06 0.05 0.08 0.05 0.03 0.04 0.03 0.00 0.08 0.01 0.00 0.00