ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50512

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 2, 1, 1, 3, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.002, 0.006, 0.010, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.006 std_dev=0.004
N9 A 0, 0.008, 0.015, 0.021, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.015 std_dev=0.006
C4 A 0, 0.006, 0.012, 0.018, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.012 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.007, 0.014, 0.021, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.014 std_dev=0.007
N3 A 0, 0.010, 0.018, 0.026, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.018 std_dev=0.008
C2 A 0, 0.012, 0.021, 0.030, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.021 std_dev=0.009
C1' A 0, 0.011, 0.021, 0.032, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.021 std_dev=0.010
C5 A 0, -0.001, 0.010, 0.021, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.010 std_dev=0.011
C8 A 0, 0.008, 0.020, 0.031, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.020 std_dev=0.011
N6 A 0, 0.011, 0.023, 0.036, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.023 std_dev=0.013
N7 A 0, 0.000, 0.018, 0.036, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.018 std_dev=0.018
O4' A 0, 0.006, 0.115, 0.224, 0.338 max_d=0.338 avg_d=0.115 std_dev=0.109
C2' A 0, -0.034, 0.115, 0.264, 0.414 max_d=0.414 avg_d=0.115 std_dev=0.149
C4' A 0, 0.067, 0.235, 0.403, 0.575 max_d=0.575 avg_d=0.235 std_dev=0.168
C3' A 0, 0.045, 0.235, 0.424, 0.609 max_d=0.609 avg_d=0.235 std_dev=0.190
O2' A 0, 0.022, 0.219, 0.416, 0.602 max_d=0.602 avg_d=0.219 std_dev=0.197
O5' A 0, 0.135, 0.373, 0.612, 0.801 max_d=0.801 avg_d=0.373 std_dev=0.238
O2' B 0, 0.323, 0.571, 0.818, 0.853 max_d=0.853 avg_d=0.571 std_dev=0.247
C1' B 0, 0.240, 0.490, 0.740, 0.847 max_d=0.847 avg_d=0.490 std_dev=0.250
C2' B 0, 0.306, 0.575, 0.845, 0.895 max_d=0.895 avg_d=0.575 std_dev=0.270
C5' A 0, 0.110, 0.385, 0.659, 0.947 max_d=0.947 avg_d=0.385 std_dev=0.275
N9 B 0, 0.205, 0.485, 0.764, 0.888 max_d=0.888 avg_d=0.485 std_dev=0.279
O3' A 0, 0.086, 0.375, 0.664, 0.932 max_d=0.932 avg_d=0.375 std_dev=0.289
O4' B 0, 0.230, 0.527, 0.823, 0.967 max_d=0.967 avg_d=0.527 std_dev=0.296
P B 0, 0.263, 0.560, 0.857, 1.093 max_d=1.093 avg_d=0.560 std_dev=0.297
O5' B 0, 0.205, 0.506, 0.807, 0.998 max_d=0.998 avg_d=0.506 std_dev=0.301
N3 B 0, 0.230, 0.534, 0.838, 1.106 max_d=1.106 avg_d=0.534 std_dev=0.304
C4 B 0, 0.201, 0.505, 0.810, 1.062 max_d=1.062 avg_d=0.505 std_dev=0.304
OP2 A 0, 0.193, 0.506, 0.819, 1.052 max_d=1.052 avg_d=0.506 std_dev=0.313
OP1 B 0, 0.303, 0.617, 0.931, 1.199 max_d=1.199 avg_d=0.617 std_dev=0.314
P A 0, 0.157, 0.472, 0.786, 1.036 max_d=1.036 avg_d=0.472 std_dev=0.315
OP2 B 0, 0.329, 0.647, 0.964, 1.160 max_d=1.160 avg_d=0.647 std_dev=0.317
C8 B 0, 0.200, 0.518, 0.836, 1.010 max_d=1.010 avg_d=0.518 std_dev=0.318
C3' B 0, 0.307, 0.668, 1.029, 1.069 max_d=1.069 avg_d=0.668 std_dev=0.361
C4' B 0, 0.272, 0.635, 0.997, 1.092 max_d=1.092 avg_d=0.635 std_dev=0.363
C5 B 0, 0.164, 0.529, 0.895, 1.243 max_d=1.243 avg_d=0.529 std_dev=0.366
C2 B 0, 0.228, 0.597, 0.966, 1.325 max_d=1.325 avg_d=0.597 std_dev=0.369
N7 B 0, 0.162, 0.532, 0.901, 1.212 max_d=1.212 avg_d=0.532 std_dev=0.369
OP1 A 0, 0.159, 0.551, 0.943, 1.245 max_d=1.245 avg_d=0.551 std_dev=0.392
O3' B 0, 0.388, 0.796, 1.204, 1.213 max_d=1.213 avg_d=0.796 std_dev=0.408
N2 B 0, 0.251, 0.662, 1.072, 1.430 max_d=1.430 avg_d=0.662 std_dev=0.411
C5' B 0, 0.292, 0.714, 1.135, 1.270 max_d=1.270 avg_d=0.714 std_dev=0.422
N1 B 0, 0.200, 0.622, 1.044, 1.483 max_d=1.483 avg_d=0.622 std_dev=0.422
C6 B 0, 0.163, 0.586, 1.009, 1.463 max_d=1.463 avg_d=0.586 std_dev=0.423
O6 B 0, 0.136, 0.620, 1.105, 1.643 max_d=1.643 avg_d=0.620 std_dev=0.485

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.03 0.06 0.11 0.06
C2 0.02 0.00 0.12 0.10 0.01 0.02 0.02 0.04 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.16 0.14 0.05 0.11 0.13 0.23 0.15
C2' 0.01 0.12 0.00 0.00 0.07 0.01 0.04 0.01 0.06 0.04 0.10 0.12 0.05 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.10 0.12 0.05
C3' 0.01 0.10 0.00 0.00 0.07 0.00 0.07 0.01 0.08 0.09 0.09 0.10 0.09 0.09 0.05 0.02 0.01 0.01 0.09 0.14 0.13 0.10
C4 0.01 0.01 0.07 0.07 0.00 0.02 0.00 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.08 0.08 0.03 0.11 0.13 0.21 0.14
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.04 0.08 0.02 0.02 0.07 0.08 0.04 0.03 0.02 0.00 0.02 0.09 0.05 0.01
C5 0.00 0.02 0.04 0.07 0.00 0.05 0.00 0.11 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.06 0.08 0.03 0.16 0.19 0.27 0.21
C5' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.06 0.01 0.11 0.00 0.11 0.13 0.07 0.03 0.14 0.14 0.07 0.03 0.03 0.01 0.00 0.10 0.01 0.02
C6 0.01 0.01 0.06 0.08 0.01 0.04 0.00 0.11 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.09 0.10 0.03 0.17 0.22 0.30 0.23
C8 0.01 0.02 0.04 0.09 0.01 0.08 0.01 0.13 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.03 0.11 0.02 0.15 0.17 0.21 0.17
N1 0.02 0.00 0.10 0.09 0.01 0.02 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.14 0.13 0.04 0.14 0.18 0.28 0.20
N3 0.02 0.00 0.12 0.10 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.15 0.13 0.04 0.08 0.09 0.19 0.12
N6 0.01 0.01 0.05 0.09 0.01 0.07 0.01 0.14 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.07 0.11 0.04 0.21 0.27 0.35 0.28
N7 0.01 0.03 0.02 0.09 0.01 0.08 0.01 0.14 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.00 0.00 0.01 0.10 0.02 0.18 0.23 0.28 0.23
N9 0.00 0.01 0.01 0.05 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.05 0.02 0.09 0.10 0.17 0.12
O2' 0.02 0.16 0.00 0.02 0.08 0.03 0.06 0.03 0.09 0.03 0.14 0.15 0.07 0.01 0.02 0.00 0.03 0.02 0.05 0.13 0.09 0.04
O3' 0.02 0.14 0.01 0.01 0.08 0.02 0.08 0.03 0.10 0.11 0.13 0.13 0.11 0.10 0.05 0.03 0.00 0.02 0.11 0.22 0.17 0.15
O4' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.04 0.04 0.04 0.02 0.02 0.02 0.02 0.00 0.07 0.10 0.11 0.10
O5' 0.03 0.11 0.05 0.09 0.11 0.02 0.16 0.00 0.17 0.15 0.14 0.08 0.21 0.18 0.09 0.05 0.11 0.07 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.06 0.13 0.10 0.14 0.13 0.09 0.19 0.10 0.22 0.17 0.18 0.09 0.27 0.23 0.10 0.13 0.22 0.10 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.11 0.23 0.12 0.13 0.21 0.05 0.27 0.01 0.30 0.21 0.28 0.19 0.35 0.28 0.17 0.09 0.17 0.11 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.06 0.15 0.05 0.10 0.14 0.01 0.21 0.02 0.23 0.17 0.20 0.12 0.28 0.23 0.12 0.04 0.15 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.22 0.20 0.30 0.25 0.19 0.18 0.18 0.16 0.17 0.18 0.18 0.22 0.21 0.17 0.19 0.38 0.33 0.10 0.10 0.17 0.19 0.13 0.12
C2 0.27 0.19 0.34 0.29 0.19 0.24 0.16 0.16 0.14 0.18 0.16 0.20 0.21 0.15 0.21 0.41 0.35 0.16 0.10 0.12 0.13 0.13 0.11
C2' 0.29 0.32 0.36 0.30 0.31 0.19 0.30 0.11 0.31 0.28 0.32 0.33 0.31 0.29 0.29 0.43 0.36 0.17 0.14 0.31 0.20 0.21 0.19
C3' 0.29 0.32 0.37 0.31 0.30 0.19 0.29 0.11 0.29 0.26 0.31 0.34 0.32 0.27 0.28 0.45 0.39 0.17 0.14 0.29 0.20 0.19 0.18
C4 0.25 0.18 0.32 0.29 0.18 0.24 0.15 0.20 0.13 0.17 0.14 0.19 0.20 0.15 0.20 0.40 0.36 0.15 0.14 0.12 0.21 0.14 0.15
C4' 0.24 0.25 0.33 0.27 0.23 0.17 0.21 0.14 0.21 0.20 0.23 0.27 0.25 0.19 0.22 0.41 0.35 0.10 0.10 0.20 0.20 0.13 0.13
C5 0.27 0.18 0.34 0.33 0.19 0.29 0.15 0.26 0.13 0.19 0.14 0.19 0.20 0.16 0.21 0.41 0.40 0.20 0.20 0.11 0.28 0.18 0.20
C5' 0.22 0.23 0.31 0.25 0.20 0.17 0.17 0.16 0.18 0.16 0.21 0.26 0.23 0.15 0.19 0.40 0.34 0.09 0.10 0.17 0.20 0.10 0.11
C6 0.30 0.20 0.36 0.36 0.21 0.33 0.18 0.30 0.16 0.21 0.17 0.21 0.22 0.18 0.23 0.41 0.42 0.25 0.23 0.14 0.29 0.20 0.22
C8 0.25 0.17 0.32 0.30 0.17 0.25 0.14 0.23 0.13 0.18 0.14 0.19 0.19 0.15 0.20 0.40 0.38 0.16 0.17 0.11 0.28 0.17 0.19
N1 0.30 0.21 0.36 0.35 0.21 0.32 0.18 0.25 0.16 0.20 0.18 0.22 0.23 0.17 0.23 0.41 0.40 0.25 0.18 0.14 0.20 0.15 0.16
N3 0.24 0.18 0.31 0.26 0.18 0.19 0.15 0.15 0.14 0.17 0.15 0.19 0.20 0.15 0.19 0.40 0.32 0.11 0.08 0.13 0.14 0.13 0.11
N6 0.32 0.22 0.37 0.40 0.24 0.38 0.22 0.36 0.20 0.25 0.20 0.22 0.24 0.22 0.26 0.41 0.46 0.29 0.31 0.19 0.39 0.27 0.30
N7 0.26 0.17 0.33 0.32 0.18 0.28 0.15 0.27 0.12 0.19 0.14 0.18 0.19 0.15 0.21 0.40 0.40 0.20 0.21 0.10 0.32 0.20 0.22
N9 0.24 0.18 0.31 0.28 0.18 0.22 0.15 0.20 0.14 0.17 0.15 0.20 0.20 0.15 0.19 0.40 0.36 0.13 0.13 0.13 0.23 0.14 0.15
O2' 0.32 0.39 0.39 0.33 0.37 0.21 0.38 0.14 0.39 0.35 0.40 0.40 0.38 0.37 0.35 0.45 0.39 0.20 0.19 0.40 0.21 0.26 0.23
O3' 0.37 0.44 0.46 0.40 0.40 0.27 0.39 0.18 0.40 0.35 0.42 0.47 0.43 0.36 0.37 0.52 0.47 0.25 0.21 0.39 0.23 0.26 0.24
O4' 0.22 0.21 0.30 0.26 0.18 0.21 0.16 0.21 0.16 0.17 0.19 0.23 0.21 0.15 0.19 0.39 0.34 0.13 0.14 0.15 0.22 0.12 0.13
O5' 0.19 0.19 0.27 0.23 0.16 0.17 0.14 0.18 0.14 0.13 0.17 0.22 0.19 0.12 0.16 0.37 0.31 0.09 0.13 0.14 0.22 0.11 0.13
OP1 0.18 0.20 0.27 0.22 0.15 0.17 0.13 0.22 0.14 0.11 0.17 0.23 0.19 0.10 0.14 0.37 0.31 0.09 0.16 0.13 0.26 0.09 0.14
OP2 0.21 0.19 0.27 0.29 0.17 0.29 0.16 0.36 0.16 0.16 0.18 0.22 0.20 0.15 0.17 0.35 0.37 0.22 0.30 0.16 0.36 0.21 0.26
P 0.16 0.15 0.25 0.22 0.12 0.20 0.09 0.25 0.10 0.08 0.13 0.19 0.16 0.07 0.12 0.34 0.31 0.12 0.19 0.09 0.27 0.10 0.15

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.06 0.05
C2 0.02 0.00 0.12 0.12 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.13 0.17 0.05 0.04 0.01 0.05 0.09 0.06
C2' 0.01 0.12 0.00 0.00 0.06 0.01 0.03 0.02 0.05 0.06 0.09 0.15 0.12 0.04 0.01 0.00 0.02 0.01 0.06 0.05 0.12 0.12 0.08
C3' 0.01 0.12 0.00 0.00 0.05 0.00 0.03 0.02 0.05 0.11 0.09 0.15 0.11 0.08 0.03 0.02 0.00 0.01 0.09 0.05 0.17 0.17 0.13
C4 0.01 0.01 0.06 0.05 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.07 0.07 0.03 0.05 0.01 0.06 0.09 0.07
C4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.07 0.02 0.04 0.03 0.06 0.02 0.03 0.01 0.00 0.02 0.03 0.04 0.04 0.01
C5 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.04 0.03 0.07 0.01 0.08 0.10 0.08
C5' 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.00 0.05 0.00 0.05 0.08 0.03 0.03 0.01 0.08 0.04 0.03 0.03 0.02 0.01 0.06 0.04 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.05 0.05 0.00 0.02 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.07 0.03 0.06 0.00 0.08 0.10 0.09
C8 0.01 0.00 0.06 0.11 0.01 0.07 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.12 0.05 0.09 0.02 0.08 0.09 0.07
N1 0.02 0.00 0.09 0.09 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.11 0.13 0.04 0.05 0.01 0.06 0.10 0.07
N2 0.02 0.00 0.15 0.15 0.01 0.04 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.17 0.23 0.05 0.04 0.02 0.04 0.09 0.06
N3 0.02 0.00 0.12 0.11 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.13 0.15 0.05 0.04 0.01 0.04 0.08 0.06
N7 0.01 0.00 0.04 0.08 0.00 0.06 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.09 0.04 0.09 0.03 0.10 0.11 0.09
N9 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.02 0.05 0.02 0.05 0.08 0.06
O2' 0.01 0.13 0.00 0.02 0.07 0.03 0.04 0.03 0.07 0.04 0.11 0.17 0.13 0.03 0.02 0.00 0.04 0.04 0.07 0.06 0.13 0.11 0.07
O3' 0.02 0.17 0.02 0.00 0.07 0.01 0.04 0.03 0.07 0.12 0.13 0.23 0.15 0.09 0.03 0.04 0.00 0.01 0.13 0.07 0.26 0.24 0.20
O4' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.02 0.03 0.05 0.04 0.05 0.05 0.04 0.02 0.04 0.01 0.00 0.05 0.04 0.08 0.10 0.11
O5' 0.02 0.04 0.06 0.09 0.05 0.02 0.07 0.01 0.06 0.09 0.05 0.04 0.04 0.09 0.05 0.07 0.13 0.05 0.00 0.07 0.01 0.01 0.01
O6 0.02 0.01 0.05 0.05 0.01 0.03 0.01 0.06 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.06 0.07 0.04 0.07 0.00 0.09 0.11 0.10
OP1 0.02 0.05 0.12 0.17 0.06 0.04 0.08 0.04 0.08 0.08 0.06 0.04 0.04 0.10 0.05 0.13 0.26 0.08 0.01 0.09 0.00 0.02 0.00
OP2 0.06 0.09 0.12 0.17 0.09 0.04 0.10 0.01 0.10 0.09 0.10 0.09 0.08 0.11 0.08 0.11 0.24 0.10 0.01 0.11 0.02 0.00 0.00
P 0.05 0.06 0.08 0.13 0.07 0.01 0.08 0.01 0.09 0.07 0.07 0.06 0.06 0.09 0.06 0.07 0.20 0.11 0.01 0.10 0.00 0.00 0.00