ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50514

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.003, 0.008, 0.013, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.008 std_dev=0.005
N1 A 0, 0.007, 0.013, 0.019, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.013 std_dev=0.006
N3 A 0, 0.009, 0.016, 0.022, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.016 std_dev=0.007
C2 A 0, 0.010, 0.017, 0.024, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.017 std_dev=0.007
C1' A 0, 0.010, 0.017, 0.025, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.017 std_dev=0.008
C5 A 0, 0.004, 0.012, 0.020, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.012 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.003, 0.013, 0.022, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.013 std_dev=0.009
N6 A 0, 0.014, 0.025, 0.036, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.025 std_dev=0.011
N9 A 0, 0.006, 0.017, 0.027, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.017 std_dev=0.011
N7 A 0, 0.006, 0.018, 0.029, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.018 std_dev=0.012
C8 A 0, 0.006, 0.021, 0.036, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.021 std_dev=0.015
O4' A 0, 0.069, 0.164, 0.260, 0.264 max_d=0.264 avg_d=0.164 std_dev=0.096
C2' A 0, 0.064, 0.170, 0.276, 0.306 max_d=0.306 avg_d=0.170 std_dev=0.106
O2' A 0, 0.111, 0.242, 0.374, 0.470 max_d=0.470 avg_d=0.242 std_dev=0.131
C3' A 0, 0.194, 0.339, 0.484, 0.456 max_d=0.456 avg_d=0.339 std_dev=0.145
C4' A 0, 0.135, 0.289, 0.443, 0.477 max_d=0.477 avg_d=0.289 std_dev=0.154
O3' A 0, 0.324, 0.538, 0.753, 0.690 max_d=0.690 avg_d=0.538 std_dev=0.215
C5' A 0, 0.180, 0.465, 0.749, 0.827 max_d=0.827 avg_d=0.465 std_dev=0.284
O2' B 0, 0.400, 0.739, 1.077, 1.218 max_d=1.218 avg_d=0.739 std_dev=0.338
O5' A 0, 0.088, 0.444, 0.801, 0.924 max_d=0.924 avg_d=0.444 std_dev=0.356
P A 0, 0.241, 0.681, 1.122, 1.272 max_d=1.272 avg_d=0.681 std_dev=0.440
C2' B 0, 0.398, 0.854, 1.311, 1.416 max_d=1.416 avg_d=0.854 std_dev=0.456
OP2 A 0, 0.411, 0.871, 1.331, 1.540 max_d=1.540 avg_d=0.871 std_dev=0.460
O4' B 0, 0.275, 0.805, 1.336, 1.482 max_d=1.482 avg_d=0.805 std_dev=0.531
C1' B 0, 0.354, 0.893, 1.433, 1.520 max_d=1.520 avg_d=0.893 std_dev=0.539
OP1 A 0, 0.366, 0.917, 1.467, 1.684 max_d=1.684 avg_d=0.917 std_dev=0.550
C3' B 0, 0.387, 0.979, 1.571, 1.940 max_d=1.940 avg_d=0.979 std_dev=0.592
O3' B 0, 0.485, 1.077, 1.669, 2.102 max_d=2.102 avg_d=1.077 std_dev=0.592
C4' B 0, 0.317, 0.912, 1.506, 1.835 max_d=1.835 avg_d=0.912 std_dev=0.595
N9 B 0, 0.396, 1.238, 2.079, 2.322 max_d=2.322 avg_d=1.238 std_dev=0.841
C5' B 0, 0.251, 1.161, 2.070, 2.567 max_d=2.567 avg_d=1.161 std_dev=0.910
C8 B 0, 0.418, 1.452, 2.485, 2.861 max_d=2.861 avg_d=1.452 std_dev=1.033
C4 B 0, 0.427, 1.486, 2.546, 2.816 max_d=2.816 avg_d=1.486 std_dev=1.059
N3 B 0, 0.413, 1.496, 2.580, 2.830 max_d=2.830 avg_d=1.496 std_dev=1.084
O5' B 0, 0.211, 1.340, 2.468, 3.048 max_d=3.048 avg_d=1.340 std_dev=1.128
N7 B 0, 0.476, 1.770, 3.064, 3.522 max_d=3.522 avg_d=1.770 std_dev=1.294
C5 B 0, 0.479, 1.785, 3.091, 3.491 max_d=3.491 avg_d=1.785 std_dev=1.306
C2 B 0, 0.451, 1.812, 3.173, 3.513 max_d=3.513 avg_d=1.812 std_dev=1.361
P B 0, 0.136, 1.592, 3.047, 3.745 max_d=3.745 avg_d=1.592 std_dev=1.456
N2 B 0, 0.434, 1.932, 3.429, 3.917 max_d=3.917 avg_d=1.932 std_dev=1.497
C6 B 0, 0.535, 2.103, 3.671, 4.122 max_d=4.122 avg_d=2.103 std_dev=1.568
N1 B 0, 0.514, 2.085, 3.657, 4.027 max_d=4.027 avg_d=2.085 std_dev=1.572
OP1 B 0, 0.205, 1.835, 3.464, 4.302 max_d=4.302 avg_d=1.835 std_dev=1.630
OP2 B 0, 0.045, 1.817, 3.590, 4.400 max_d=4.400 avg_d=1.817 std_dev=1.772
O6 B 0, 0.604, 2.413, 4.221, 4.768 max_d=4.768 avg_d=2.413 std_dev=1.809

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.05 0.07 0.09 0.10
C2 0.01 0.00 0.12 0.16 0.01 0.06 0.01 0.09 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.14 0.19 0.03 0.15 0.15 0.18 0.15
C2' 0.00 0.12 0.00 0.00 0.06 0.02 0.03 0.01 0.05 0.07 0.09 0.13 0.04 0.06 0.02 0.00 0.01 0.01 0.04 0.07 0.10 0.04
C3' 0.01 0.16 0.00 0.00 0.11 0.00 0.13 0.01 0.14 0.15 0.15 0.15 0.16 0.15 0.08 0.01 0.01 0.01 0.07 0.12 0.13 0.08
C4 0.01 0.01 0.06 0.11 0.00 0.05 0.00 0.09 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.07 0.11 0.02 0.13 0.13 0.15 0.14
C4' 0.00 0.06 0.02 0.00 0.05 0.00 0.08 0.01 0.08 0.11 0.07 0.05 0.10 0.11 0.05 0.05 0.01 0.00 0.01 0.05 0.03 0.04
C5 0.00 0.01 0.03 0.13 0.00 0.08 0.00 0.13 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.15 0.03 0.18 0.19 0.20 0.18
C5' 0.01 0.09 0.01 0.01 0.09 0.01 0.13 0.00 0.14 0.14 0.12 0.07 0.17 0.17 0.07 0.05 0.03 0.01 0.01 0.05 0.01 0.02
C6 0.00 0.01 0.05 0.14 0.01 0.08 0.01 0.14 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.17 0.03 0.20 0.22 0.24 0.21
C8 0.02 0.01 0.07 0.15 0.01 0.11 0.00 0.14 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.04 0.18 0.05 0.16 0.16 0.14 0.15
N1 0.01 0.00 0.09 0.15 0.01 0.07 0.01 0.12 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.11 0.18 0.03 0.18 0.19 0.22 0.19
N3 0.02 0.00 0.13 0.15 0.01 0.05 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.14 0.17 0.02 0.12 0.12 0.14 0.13
N6 0.01 0.01 0.04 0.16 0.01 0.10 0.01 0.17 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.05 0.19 0.04 0.23 0.26 0.29 0.25
N7 0.01 0.01 0.06 0.15 0.00 0.11 0.00 0.17 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.03 0.19 0.04 0.21 0.21 0.21 0.20
N9 0.00 0.01 0.02 0.08 0.00 0.05 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.08 0.02 0.10 0.11 0.11 0.11
O2' 0.01 0.14 0.00 0.01 0.07 0.05 0.04 0.05 0.06 0.04 0.11 0.14 0.05 0.03 0.02 0.00 0.05 0.04 0.03 0.08 0.06 0.05
O3' 0.01 0.19 0.01 0.01 0.11 0.01 0.15 0.03 0.17 0.18 0.18 0.17 0.19 0.19 0.08 0.05 0.00 0.01 0.12 0.21 0.20 0.15
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.05 0.03 0.02 0.04 0.04 0.02 0.04 0.01 0.00 0.08 0.13 0.13 0.15
O5' 0.05 0.15 0.04 0.07 0.13 0.01 0.18 0.01 0.20 0.16 0.18 0.12 0.23 0.21 0.10 0.03 0.12 0.08 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.07 0.15 0.07 0.12 0.13 0.05 0.19 0.05 0.22 0.16 0.19 0.12 0.26 0.21 0.11 0.08 0.21 0.13 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.09 0.18 0.10 0.13 0.15 0.03 0.20 0.01 0.24 0.14 0.22 0.14 0.29 0.21 0.11 0.06 0.20 0.13 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.10 0.15 0.04 0.08 0.14 0.04 0.18 0.02 0.21 0.15 0.19 0.13 0.25 0.20 0.11 0.05 0.15 0.15 0.00 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.40 0.99 0.31 0.16 0.74 0.12 0.74 0.17 0.85 0.48 0.97 1.09 0.88 0.59 0.55 0.25 0.14 0.22 0.09 0.84 0.37 0.14 0.14
C2 0.31 0.48 0.33 0.18 0.36 0.12 0.28 0.23 0.31 0.16 0.41 0.54 0.47 0.17 0.28 0.44 0.18 0.15 0.19 0.27 0.46 0.19 0.32
C2' 0.35 1.05 0.26 0.10 0.74 0.18 0.74 0.29 0.88 0.44 1.03 1.20 0.90 0.57 0.51 0.20 0.20 0.13 0.16 0.88 0.51 0.12 0.26
C3' 0.32 1.10 0.24 0.16 0.74 0.27 0.75 0.40 0.92 0.41 1.09 1.28 0.93 0.56 0.49 0.21 0.31 0.11 0.26 0.93 0.68 0.17 0.39
C4 0.34 0.70 0.32 0.16 0.51 0.12 0.45 0.22 0.52 0.27 0.63 0.79 0.65 0.32 0.38 0.37 0.17 0.17 0.16 0.48 0.51 0.14 0.30
C4' 0.39 1.16 0.27 0.10 0.83 0.13 0.86 0.22 1.03 0.54 1.17 1.30 0.98 0.69 0.59 0.19 0.18 0.19 0.10 1.05 0.47 0.14 0.18
C5 0.32 0.59 0.32 0.18 0.41 0.15 0.32 0.26 0.38 0.17 0.51 0.70 0.56 0.19 0.30 0.44 0.21 0.16 0.25 0.32 0.66 0.31 0.44
C5' 0.38 1.14 0.26 0.09 0.81 0.15 0.84 0.27 1.01 0.51 1.16 1.30 0.96 0.67 0.57 0.21 0.21 0.19 0.14 1.04 0.58 0.10 0.26
C6 0.29 0.44 0.33 0.21 0.30 0.18 0.20 0.30 0.22 0.12 0.34 0.54 0.43 0.11 0.23 0.49 0.24 0.17 0.35 0.16 0.74 0.45 0.56
C8 0.34 0.78 0.31 0.16 0.55 0.13 0.50 0.23 0.58 0.28 0.72 0.90 0.70 0.35 0.40 0.36 0.19 0.17 0.18 0.55 0.61 0.18 0.35
N1 0.28 0.38 0.34 0.21 0.26 0.18 0.17 0.28 0.19 0.12 0.29 0.46 0.38 0.11 0.21 0.50 0.24 0.17 0.33 0.14 0.64 0.40 0.50
N3 0.35 0.67 0.32 0.16 0.52 0.12 0.46 0.20 0.52 0.30 0.61 0.74 0.64 0.35 0.40 0.35 0.14 0.18 0.13 0.48 0.40 0.10 0.23
N6 0.28 0.37 0.34 0.24 0.24 0.22 0.17 0.36 0.17 0.19 0.26 0.47 0.37 0.19 0.21 0.52 0.28 0.20 0.46 0.15 0.91 0.65 0.72
N7 0.32 0.65 0.32 0.18 0.45 0.15 0.37 0.27 0.43 0.19 0.57 0.78 0.61 0.22 0.32 0.42 0.22 0.16 0.26 0.38 0.71 0.32 0.46
N9 0.36 0.83 0.30 0.15 0.61 0.12 0.57 0.21 0.66 0.35 0.78 0.93 0.75 0.43 0.45 0.32 0.16 0.19 0.12 0.63 0.49 0.08 0.25
O2' 0.47 1.25 0.35 0.17 0.92 0.10 0.95 0.13 1.11 0.63 1.25 1.39 1.08 0.79 0.68 0.21 0.11 0.25 0.14 1.13 0.26 0.29 0.13
O3' 0.36 1.24 0.28 0.23 0.83 0.34 0.86 0.46 1.07 0.48 1.25 1.45 1.02 0.65 0.55 0.26 0.41 0.16 0.30 1.09 0.71 0.20 0.41
O4' 0.43 1.06 0.32 0.18 0.80 0.13 0.82 0.16 0.95 0.55 1.06 1.17 0.93 0.68 0.60 0.24 0.14 0.28 0.13 0.96 0.35 0.21 0.11
O5' 0.35 1.02 0.25 0.10 0.70 0.19 0.69 0.34 0.84 0.40 1.00 1.18 0.87 0.52 0.48 0.24 0.21 0.16 0.25 0.84 0.73 0.19 0.41
OP1 0.34 1.04 0.24 0.11 0.71 0.20 0.70 0.36 0.87 0.40 1.03 1.22 0.88 0.52 0.48 0.23 0.23 0.15 0.26 0.87 0.78 0.21 0.44
OP2 0.34 0.90 0.29 0.16 0.60 0.21 0.55 0.39 0.67 0.30 0.84 1.08 0.79 0.38 0.41 0.34 0.21 0.18 0.35 0.64 0.89 0.38 0.57
P 0.35 0.97 0.27 0.12 0.66 0.18 0.65 0.33 0.79 0.37 0.95 1.14 0.83 0.48 0.46 0.27 0.20 0.17 0.25 0.78 0.76 0.22 0.43

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.08 0.03
C2 0.02 0.00 0.08 0.08 0.01 0.04 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.11 0.12 0.02 0.08 0.01 0.12 0.20 0.11
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.05 0.01 0.04 0.01 0.05 0.03 0.07 0.10 0.09 0.03 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.05 0.06 0.05 0.03
C3' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.05 0.00 0.06 0.01 0.07 0.07 0.08 0.10 0.08 0.08 0.03 0.01 0.00 0.01 0.03 0.08 0.08 0.05 0.05
C4 0.01 0.01 0.05 0.05 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.06 0.06 0.01 0.10 0.00 0.12 0.20 0.12
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.03 0.06 0.03 0.05 0.04 0.06 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.04 0.05 0.01 0.02
C5 0.01 0.00 0.04 0.06 0.00 0.04 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.07 0.01 0.15 0.01 0.20 0.28 0.18
C5' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.05 0.00 0.09 0.00 0.09 0.12 0.06 0.03 0.02 0.13 0.06 0.02 0.05 0.01 0.01 0.11 0.08 0.02 0.02
C6 0.01 0.00 0.05 0.07 0.00 0.03 0.00 0.09 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.09 0.01 0.15 0.00 0.23 0.30 0.20
C8 0.01 0.01 0.03 0.07 0.00 0.06 0.00 0.12 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.08 0.01 0.16 0.02 0.18 0.25 0.17
N1 0.02 0.00 0.07 0.08 0.01 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.09 0.10 0.02 0.12 0.01 0.18 0.26 0.16
N2 0.02 0.00 0.10 0.10 0.01 0.05 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.14 0.15 0.03 0.06 0.01 0.09 0.18 0.09
N3 0.02 0.00 0.09 0.08 0.00 0.04 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.11 0.11 0.02 0.06 0.00 0.08 0.17 0.08
N7 0.01 0.00 0.03 0.08 0.00 0.06 0.00 0.13 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.09 0.01 0.18 0.02 0.25 0.32 0.22
N9 0.00 0.01 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.09 0.01 0.09 0.17 0.10
O2' 0.01 0.11 0.00 0.01 0.06 0.02 0.04 0.02 0.06 0.02 0.09 0.14 0.11 0.02 0.02 0.00 0.03 0.03 0.02 0.05 0.06 0.04 0.02
O3' 0.01 0.12 0.01 0.00 0.06 0.02 0.07 0.05 0.09 0.08 0.10 0.15 0.11 0.09 0.03 0.03 0.00 0.02 0.05 0.11 0.11 0.08 0.06
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.05 0.02 0.09 0.05 0.07
O5' 0.03 0.08 0.02 0.03 0.10 0.01 0.15 0.01 0.15 0.16 0.12 0.06 0.06 0.18 0.09 0.02 0.05 0.05 0.00 0.17 0.01 0.01 0.00
O6 0.01 0.01 0.05 0.08 0.00 0.04 0.01 0.11 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.05 0.11 0.02 0.17 0.00 0.28 0.35 0.23
OP1 0.01 0.12 0.06 0.08 0.12 0.05 0.20 0.08 0.23 0.18 0.18 0.09 0.08 0.25 0.09 0.06 0.11 0.09 0.01 0.28 0.00 0.01 0.01
OP2 0.08 0.20 0.05 0.05 0.20 0.01 0.28 0.02 0.30 0.25 0.26 0.18 0.17 0.32 0.17 0.04 0.08 0.05 0.01 0.35 0.01 0.00 0.01
P 0.03 0.11 0.03 0.05 0.12 0.02 0.18 0.02 0.20 0.17 0.16 0.09 0.08 0.22 0.10 0.02 0.06 0.07 0.00 0.23 0.01 0.01 0.00