ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50515

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.004, 0.013, 0.021, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.013 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.006, 0.015, 0.024, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.015 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.010, 0.021, 0.032, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.021 std_dev=0.011
N7 A 0, 0.012, 0.024, 0.036, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.024 std_dev=0.012
N3 A 0, 0.004, 0.017, 0.029, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.017 std_dev=0.012
C1' A 0, 0.004, 0.020, 0.037, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.020 std_dev=0.017
C8 A 0, 0.014, 0.033, 0.052, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.033 std_dev=0.019
C2 A 0, 0.007, 0.026, 0.046, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.026 std_dev=0.019
C6 A 0, 0.004, 0.024, 0.044, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.024 std_dev=0.020
N6 A 0, 0.012, 0.034, 0.056, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.034 std_dev=0.022
N9 A 0, 0.006, 0.028, 0.050, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.028 std_dev=0.022
O2' B 0, 0.308, 0.763, 1.218, 1.341 max_d=1.341 avg_d=0.763 std_dev=0.455
C2' B 0, 0.366, 0.976, 1.585, 1.639 max_d=1.639 avg_d=0.976 std_dev=0.610
O2' A 0, -0.082, 0.559, 1.199, 1.561 max_d=1.561 avg_d=0.559 std_dev=0.640
C2' A 0, -0.145, 0.518, 1.180, 1.562 max_d=1.562 avg_d=0.518 std_dev=0.663
O4' A 0, -0.159, 0.510, 1.178, 1.563 max_d=1.563 avg_d=0.510 std_dev=0.668
C3' B 0, 0.376, 1.187, 1.998, 1.999 max_d=1.999 avg_d=1.187 std_dev=0.811
C4' A 0, -0.230, 0.783, 1.795, 2.377 max_d=2.377 avg_d=0.783 std_dev=1.013
C4' B 0, 0.385, 1.441, 2.498, 2.539 max_d=2.539 avg_d=1.441 std_dev=1.056
C3' A 0, -0.246, 0.830, 1.906, 2.525 max_d=2.525 avg_d=0.830 std_dev=1.076
C1' B 0, 0.476, 1.577, 2.678, 2.646 max_d=2.646 avg_d=1.577 std_dev=1.101
O4' B 0, 0.473, 1.722, 2.970, 2.923 max_d=2.923 avg_d=1.722 std_dev=1.249
OP2 B 0, 0.301, 1.836, 3.372, 3.939 max_d=3.939 avg_d=1.836 std_dev=1.536
O3' A 0, -0.338, 1.216, 2.769, 3.663 max_d=3.663 avg_d=1.216 std_dev=1.554
C5' B 0, 0.454, 2.101, 3.749, 3.944 max_d=3.944 avg_d=2.101 std_dev=1.647
C5' A 0, -0.412, 1.288, 2.987, 3.963 max_d=3.963 avg_d=1.288 std_dev=1.699
OP2 A 0, 0.419, 2.125, 3.831, 4.451 max_d=4.451 avg_d=2.125 std_dev=1.706
O5' A 0, 0.183, 1.934, 3.684, 4.312 max_d=4.312 avg_d=1.934 std_dev=1.750
P A 0, 0.275, 2.150, 4.024, 4.746 max_d=4.746 avg_d=2.150 std_dev=1.875
O3' B 0, 0.550, 2.535, 4.520, 4.282 max_d=4.282 avg_d=2.535 std_dev=1.985
OP1 A 0, 0.417, 2.440, 4.462, 5.155 max_d=5.155 avg_d=2.440 std_dev=2.023
N9 B 0, 0.669, 2.694, 4.719, 4.742 max_d=4.742 avg_d=2.694 std_dev=2.025
O5' B 0, 0.439, 2.541, 4.643, 5.074 max_d=5.074 avg_d=2.541 std_dev=2.102
C8 B 0, 0.679, 2.919, 5.158, 5.444 max_d=5.444 avg_d=2.919 std_dev=2.240
P B 0, 0.542, 2.830, 5.117, 5.336 max_d=5.336 avg_d=2.830 std_dev=2.288
OP1 B 0, 0.676, 3.665, 6.654, 6.399 max_d=6.399 avg_d=3.665 std_dev=2.989
C4 B 0, 0.894, 3.979, 7.065, 6.820 max_d=6.820 avg_d=3.979 std_dev=3.086
N7 B 0, 0.889, 4.123, 7.356, 7.620 max_d=7.620 avg_d=4.123 std_dev=3.234
N3 B 0, 0.961, 4.369, 7.776, 7.579 max_d=7.579 avg_d=4.369 std_dev=3.408
C5 B 0, 1.036, 4.846, 8.656, 8.572 max_d=8.572 avg_d=4.846 std_dev=3.810
C2 B 0, 1.227, 5.828, 10.428, 10.137 max_d=10.137 avg_d=5.828 std_dev=4.600
C6 B 0, 1.311, 6.344, 11.378, 11.059 max_d=11.059 avg_d=6.344 std_dev=5.034
N2 B 0, 1.339, 6.478, 11.617, 11.561 max_d=11.561 avg_d=6.478 std_dev=5.139
N1 B 0, 1.395, 6.761, 12.128, 11.500 max_d=11.500 avg_d=6.761 std_dev=5.367
O6 B 0, 1.483, 7.299, 13.115, 12.892 max_d=12.892 avg_d=7.299 std_dev=5.816

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.03 0.02 0.01 0.19 0.37 0.19 0.20
C2 0.03 0.00 0.47 0.42 0.01 0.06 0.02 0.13 0.03 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.37 0.59 0.26 0.57 0.64 0.66 0.59
C2' 0.01 0.47 0.00 0.01 0.27 0.00 0.16 0.01 0.25 0.17 0.39 0.46 0.20 0.05 0.04 0.00 0.02 0.00 0.27 0.57 0.26 0.32
C3' 0.01 0.42 0.01 0.00 0.24 0.01 0.17 0.02 0.26 0.14 0.38 0.39 0.23 0.03 0.05 0.03 0.01 0.01 0.33 0.63 0.20 0.36
C4 0.02 0.01 0.27 0.24 0.00 0.04 0.00 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.17 0.31 0.14 0.51 0.60 0.55 0.52
C4' 0.01 0.06 0.00 0.01 0.04 0.00 0.04 0.01 0.04 0.06 0.04 0.05 0.05 0.06 0.02 0.05 0.01 0.02 0.01 0.23 0.15 0.04
C5 0.01 0.02 0.16 0.17 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.10 0.22 0.06 0.57 0.68 0.67 0.61
C5' 0.02 0.13 0.01 0.02 0.08 0.01 0.06 0.00 0.08 0.10 0.10 0.12 0.07 0.08 0.04 0.06 0.04 0.01 0.01 0.14 0.30 0.02
C6 0.03 0.03 0.25 0.26 0.01 0.04 0.01 0.08 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.18 0.35 0.12 0.62 0.73 0.76 0.67
C8 0.02 0.00 0.17 0.14 0.01 0.06 0.01 0.10 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.13 0.17 0.18 0.45 0.61 0.46 0.47
N1 0.02 0.01 0.39 0.38 0.01 0.04 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.30 0.52 0.21 0.61 0.69 0.73 0.65
N3 0.03 0.00 0.46 0.39 0.00 0.05 0.01 0.12 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.35 0.52 0.25 0.49 0.57 0.55 0.50
N6 0.02 0.03 0.20 0.23 0.01 0.05 0.01 0.07 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.14 0.31 0.07 0.63 0.77 0.81 0.71
N7 0.01 0.01 0.05 0.03 0.00 0.06 0.00 0.08 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.06 0.04 0.09 0.53 0.69 0.64 0.59
N9 0.00 0.01 0.04 0.05 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.06 0.00 0.41 0.55 0.42 0.42
O2' 0.03 0.37 0.00 0.03 0.17 0.05 0.10 0.06 0.18 0.13 0.30 0.35 0.14 0.06 0.02 0.00 0.06 0.03 0.07 0.38 0.12 0.12
O3' 0.02 0.59 0.02 0.01 0.31 0.01 0.22 0.04 0.35 0.17 0.52 0.52 0.31 0.04 0.06 0.06 0.00 0.02 0.25 0.67 0.18 0.35
O4' 0.01 0.26 0.00 0.01 0.14 0.02 0.06 0.01 0.12 0.18 0.21 0.25 0.07 0.09 0.00 0.03 0.02 0.00 0.08 0.14 0.13 0.07
O5' 0.19 0.57 0.27 0.33 0.51 0.01 0.57 0.01 0.62 0.45 0.61 0.49 0.63 0.53 0.41 0.07 0.25 0.08 0.00 0.04 0.04 0.01
OP1 0.37 0.64 0.57 0.63 0.60 0.23 0.68 0.14 0.73 0.61 0.69 0.57 0.77 0.69 0.55 0.38 0.67 0.14 0.04 0.00 0.03 0.01
OP2 0.19 0.66 0.26 0.20 0.55 0.15 0.67 0.30 0.76 0.46 0.73 0.55 0.81 0.64 0.42 0.12 0.18 0.13 0.04 0.03 0.00 0.01
P 0.20 0.59 0.32 0.36 0.52 0.04 0.61 0.02 0.67 0.47 0.65 0.50 0.71 0.59 0.42 0.12 0.35 0.07 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.72 3.07 0.35 0.42 2.11 0.67 2.28 0.89 2.81 1.27 3.16 3.40 2.50 1.78 1.37 0.54 1.01 0.18 1.05 2.90 1.58 0.56 1.00
C2 1.14 2.55 0.20 0.61 2.31 0.53 2.51 0.85 2.74 1.87 2.75 2.47 2.28 2.26 1.84 0.24 1.55 0.69 0.70 2.79 1.23 0.49 0.55
C2' 0.56 2.47 0.16 0.71 1.71 0.79 1.88 1.00 2.32 1.10 2.58 2.77 1.99 1.52 1.12 0.51 1.38 0.28 1.11 2.43 1.49 0.47 1.00
C3' 0.64 2.83 0.26 0.56 1.92 0.65 2.14 0.89 2.68 1.23 2.99 3.23 2.25 1.72 1.26 0.58 1.27 0.16 1.06 2.83 1.57 0.48 0.98
C4 0.97 3.34 0.28 0.50 2.57 0.70 2.82 1.04 3.32 1.74 3.53 3.43 2.81 2.33 1.78 0.36 1.30 0.31 1.12 3.40 1.72 0.47 1.02
C4' 0.94 3.21 0.84 0.69 2.19 0.68 2.38 0.81 2.96 1.39 3.34 3.67 2.59 1.90 1.49 0.96 1.06 0.47 0.97 3.11 1.62 0.67 0.97
C5 0.98 3.65 0.30 0.53 2.76 0.78 3.17 1.20 3.81 1.93 4.01 3.76 2.97 2.65 1.90 0.31 1.34 0.28 1.30 4.00 2.07 0.49 1.25
C5' 1.21 3.69 1.19 0.96 2.55 0.83 2.78 0.92 3.45 1.68 3.86 4.22 2.98 2.24 1.79 1.23 1.22 0.69 1.04 3.64 1.83 0.82 1.09
C6 1.03 3.40 0.27 0.59 2.72 0.76 3.20 1.21 3.76 2.07 3.82 3.41 2.79 2.80 1.95 0.26 1.45 0.41 1.21 3.98 2.06 0.41 1.16
C8 0.83 3.85 0.35 0.42 2.65 0.81 3.02 1.18 3.80 1.68 4.17 4.21 3.02 2.41 1.71 0.40 1.13 0.08 1.39 4.02 2.11 0.58 1.37
N1 1.10 2.87 0.23 0.64 2.50 0.63 2.88 1.05 3.22 2.06 3.20 2.80 2.46 2.61 1.92 0.22 1.55 0.61 0.90 3.36 1.60 0.36 0.79
N3 1.06 2.72 0.23 0.53 2.30 0.56 2.44 0.83 2.73 1.66 2.85 2.71 2.43 2.08 1.73 0.33 1.40 0.51 0.81 2.76 1.31 0.50 0.69
N6 1.00 3.50 0.29 0.60 2.75 0.79 3.32 1.28 4.00 2.12 4.03 3.55 2.81 2.94 1.94 0.23 1.44 0.39 1.29 4.36 2.31 0.45 1.31
N7 0.90 3.94 0.34 0.48 2.80 0.84 3.25 1.27 4.06 1.86 4.36 4.21 3.09 2.66 1.84 0.34 1.23 0.15 1.46 4.35 2.28 0.58 1.45
N9 0.85 3.49 0.32 0.43 2.48 0.73 2.73 1.04 3.34 1.57 3.67 3.76 2.84 2.18 1.64 0.42 1.13 0.16 1.20 3.45 1.80 0.52 1.13
O2' 0.38 1.82 0.31 0.73 1.22 0.72 1.35 0.87 1.69 0.77 1.89 2.06 1.45 1.08 0.79 0.59 1.28 0.24 0.96 1.76 1.26 0.48 0.86
O3' 0.50 2.39 0.19 0.67 1.61 0.68 1.82 0.91 2.29 1.05 2.55 2.75 1.87 1.48 1.05 0.58 1.38 0.24 1.06 2.45 1.49 0.47 0.96
O4' 1.09 3.46 0.98 0.75 2.38 0.79 2.55 0.90 3.15 1.49 3.56 3.90 2.83 2.02 1.63 1.06 1.01 0.63 1.03 3.27 1.70 0.79 1.06
O5' 1.28 4.13 1.18 0.95 2.79 0.98 3.05 1.17 3.83 1.80 4.34 4.77 3.28 2.43 1.93 1.15 1.20 0.80 1.32 4.04 2.22 1.10 1.44
OP1 1.30 4.13 1.21 0.99 2.80 1.01 3.09 1.21 3.93 1.82 4.42 4.76 3.26 2.47 1.93 1.21 1.27 0.83 1.37 4.21 2.36 1.16 1.52
OP2 1.30 4.51 1.15 0.96 3.03 1.09 3.41 1.37 4.37 1.95 4.90 5.15 3.50 2.71 2.05 1.14 1.34 0.80 1.56 4.71 2.63 1.23 1.71
P 1.27 4.30 1.18 0.95 2.88 1.02 3.20 1.25 4.08 1.84 4.61 4.95 3.36 2.54 1.96 1.15 1.23 0.78 1.43 4.37 2.41 1.14 1.57

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.28 0.02 0.86 0.52 0.44
C2 0.02 0.00 0.17 0.22 0.01 0.07 0.01 0.06 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.08 0.31 0.04 0.50 0.03 1.28 0.91 0.78
C2' 0.01 0.17 0.00 0.01 0.12 0.02 0.11 0.01 0.14 0.04 0.16 0.17 0.16 0.06 0.05 0.01 0.04 0.01 0.28 0.14 0.77 0.25 0.34
C3' 0.01 0.22 0.01 0.00 0.16 0.01 0.16 0.01 0.20 0.06 0.23 0.23 0.19 0.11 0.08 0.04 0.01 0.02 0.36 0.20 0.67 0.10 0.29
C4 0.02 0.01 0.12 0.16 0.00 0.05 0.00 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.21 0.03 0.53 0.01 1.30 0.88 0.79
C4' 0.01 0.07 0.02 0.01 0.05 0.00 0.05 0.01 0.07 0.04 0.07 0.08 0.07 0.05 0.02 0.08 0.03 0.02 0.02 0.08 0.39 0.24 0.09
C5 0.01 0.01 0.11 0.16 0.00 0.05 0.00 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.22 0.05 0.63 0.01 1.50 1.03 0.95
C5' 0.02 0.06 0.01 0.01 0.05 0.01 0.08 0.00 0.09 0.09 0.08 0.06 0.05 0.10 0.04 0.09 0.03 0.02 0.02 0.11 0.31 0.44 0.03
C6 0.02 0.02 0.14 0.20 0.01 0.07 0.01 0.09 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.07 0.28 0.05 0.64 0.00 1.54 1.08 0.98
C8 0.01 0.01 0.04 0.06 0.01 0.04 0.01 0.09 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.08 0.05 0.64 0.03 1.47 0.90 0.92
N1 0.02 0.01 0.16 0.23 0.01 0.07 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.08 0.32 0.05 0.58 0.02 1.44 1.02 0.90
N2 0.03 0.00 0.17 0.23 0.01 0.08 0.01 0.06 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.08 0.34 0.05 0.46 0.03 1.21 0.89 0.73
N3 0.03 0.00 0.16 0.19 0.01 0.07 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.26 0.03 0.45 0.01 1.18 0.82 0.69
N7 0.01 0.01 0.06 0.11 0.01 0.05 0.01 0.10 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.14 0.05 0.69 0.03 1.61 1.07 1.03
N9 0.01 0.01 0.05 0.08 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.10 0.02 0.50 0.02 1.22 0.76 0.72
O2' 0.02 0.08 0.01 0.04 0.05 0.08 0.04 0.09 0.07 0.01 0.08 0.08 0.07 0.03 0.01 0.00 0.08 0.05 0.14 0.07 0.42 0.19 0.08
O3' 0.02 0.31 0.04 0.01 0.21 0.03 0.22 0.03 0.28 0.08 0.32 0.34 0.26 0.14 0.10 0.08 0.00 0.01 0.27 0.29 0.41 0.29 0.18
O4' 0.01 0.04 0.01 0.02 0.03 0.02 0.05 0.02 0.05 0.05 0.05 0.05 0.03 0.05 0.02 0.05 0.01 0.00 0.21 0.06 0.63 0.45 0.32
O5' 0.28 0.50 0.28 0.36 0.53 0.02 0.63 0.02 0.64 0.64 0.58 0.46 0.45 0.69 0.50 0.14 0.27 0.21 0.00 0.67 0.03 0.05 0.01
O6 0.02 0.03 0.14 0.20 0.01 0.08 0.01 0.11 0.00 0.03 0.02 0.03 0.01 0.03 0.02 0.07 0.29 0.06 0.67 0.00 1.63 1.15 1.04
OP1 0.86 1.28 0.77 0.67 1.30 0.39 1.50 0.31 1.54 1.47 1.44 1.21 1.18 1.61 1.22 0.42 0.41 0.63 0.03 1.63 0.00 0.05 0.01
OP2 0.52 0.91 0.25 0.10 0.88 0.24 1.03 0.44 1.08 0.90 1.02 0.89 0.82 1.07 0.76 0.19 0.29 0.45 0.05 1.15 0.05 0.00 0.01
P 0.44 0.78 0.34 0.29 0.79 0.09 0.95 0.03 0.98 0.92 0.90 0.73 0.69 1.03 0.72 0.08 0.18 0.32 0.01 1.04 0.01 0.01 0.00