sequences=6 maxmove=0.1 pval=0.1 usescval=false complexatt=true cooling=1.0 currcool=1.0 attfactor=10.0 attvalpow=1 repfactor=10.0 repvalpow=1 dampening=1.0 minattract=1.0 cluster2d=false blastpath=/home/sdh/apps/blast-2.2.17/bin/blastall -p blastp -M PAM70 -F F -e 10000 -b 500 -v 500 formatdbpath=/home/sdh/apps/blast-2.2.17/bin/formatdb showinfo=true zoom=1.0 dotsize=0 ovalsize=10 groupsize=4 usefoldchange=false avgfoldchange=false colorcutoffs=0.0;0.1;0.2;0.3;0.4;0.5;0.6;0.7;0.8;0.9; colorarr=(230;230;230):(207;207;207):(184;184;184):(161;161;161):(138;138;138):(115;115;115):(92;92;92):(69;69;69):(46;46;46):(23;23;23): 1.0;0.0;0.0; 0.0;1.0;0.0; 0.0;0.0;1.0; >3OI0-A487-A522 X >3CCR-02519-02522 X >1YIT-02519-02522 X >1YI2-02519-02522 X >3CMA-02519-02522 X >1YJN-02519-02522 X 0 1:0.865741321709 0 2:1.0 0 3:0.960129861625 0 4:0.944168392914 0 5:0.962969949266 1 2:0.178901962393 1 3:0.168819236835 1 4:0.175952746117 1 5:0.13515780708 2 3:0.074801870588 2 4:0.135649640417 2 5:0.0771607227587 3 4:0.0973756284976 3 5:0.0627751740925 4 5:0.0851270434004