ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50516

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 3, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.002, 0.005, 0.008, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.005 std_dev=0.003
C5 A 0, 0.002, 0.006, 0.011, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.006 std_dev=0.004
N1 A 0, 0.002, 0.010, 0.018, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.010 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.002, 0.010, 0.018, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.010 std_dev=0.008
N3 A 0, 0.001, 0.010, 0.019, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.010 std_dev=0.009
C2 A 0, -0.002, 0.007, 0.017, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.007 std_dev=0.009
C1' A 0, -0.001, 0.009, 0.020, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.009 std_dev=0.011
N6 A 0, 0.004, 0.015, 0.026, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.015 std_dev=0.011
N7 A 0, 0.004, 0.015, 0.026, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.015 std_dev=0.011
C8 A 0, 0.007, 0.022, 0.037, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.022 std_dev=0.015
N9 A 0, -0.002, 0.022, 0.046, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.022 std_dev=0.024
O4' B 0, 0.102, 0.216, 0.329, 0.361 max_d=0.361 avg_d=0.216 std_dev=0.114
C4' B 0, 0.088, 0.252, 0.416, 0.560 max_d=0.560 avg_d=0.252 std_dev=0.164
C3' B 0, 0.120, 0.285, 0.451, 0.563 max_d=0.563 avg_d=0.285 std_dev=0.165
C2' B 0, 0.125, 0.306, 0.488, 0.586 max_d=0.586 avg_d=0.306 std_dev=0.181
C2' A 0, -0.112, 0.171, 0.454, 0.801 max_d=0.801 avg_d=0.171 std_dev=0.283
O4' A 0, -0.125, 0.164, 0.454, 0.810 max_d=0.810 avg_d=0.164 std_dev=0.289
C1' B 0, 0.041, 0.337, 0.634, 0.951 max_d=0.951 avg_d=0.337 std_dev=0.297
C5' B 0, -0.017, 0.311, 0.640, 1.022 max_d=1.022 avg_d=0.311 std_dev=0.329
O2' B 0, 0.032, 0.417, 0.802, 1.213 max_d=1.213 avg_d=0.417 std_dev=0.385
O3' B 0, 0.026, 0.431, 0.837, 1.297 max_d=1.297 avg_d=0.431 std_dev=0.406
O5' B 0, -0.079, 0.354, 0.788, 1.304 max_d=1.304 avg_d=0.354 std_dev=0.433
O2' A 0, -0.170, 0.296, 0.761, 1.330 max_d=1.330 avg_d=0.296 std_dev=0.465
N9 B 0, -0.059, 0.456, 0.971, 1.573 max_d=1.573 avg_d=0.456 std_dev=0.515
OP1 A 0, 0.008, 0.570, 1.133, 1.748 max_d=1.748 avg_d=0.570 std_dev=0.563
C8 B 0, -0.070, 0.521, 1.112, 1.798 max_d=1.798 avg_d=0.521 std_dev=0.591
C4' A 0, -0.277, 0.322, 0.920, 1.658 max_d=1.658 avg_d=0.322 std_dev=0.598
O5' A 0, -0.247, 0.404, 1.054, 1.849 max_d=1.849 avg_d=0.404 std_dev=0.650
C5' A 0, -0.278, 0.401, 1.081, 1.916 max_d=1.916 avg_d=0.401 std_dev=0.679
C3' A 0, -0.323, 0.358, 1.040, 1.879 max_d=1.879 avg_d=0.358 std_dev=0.681
P B 0, -0.211, 0.497, 1.205, 2.058 max_d=2.058 avg_d=0.497 std_dev=0.708
C4 B 0, -0.201, 0.572, 1.345, 2.278 max_d=2.278 avg_d=0.572 std_dev=0.773
N7 B 0, -0.207, 0.661, 1.530, 2.572 max_d=2.572 avg_d=0.661 std_dev=0.868
N3 B 0, -0.264, 0.610, 1.484, 2.544 max_d=2.544 avg_d=0.610 std_dev=0.874
OP1 B 0, -0.283, 0.627, 1.537, 2.635 max_d=2.635 avg_d=0.627 std_dev=0.910
OP2 B 0, -0.271, 0.656, 1.582, 2.702 max_d=2.702 avg_d=0.656 std_dev=0.927
P A 0, -0.346, 0.618, 1.582, 2.764 max_d=2.764 avg_d=0.618 std_dev=0.964
C5 B 0, -0.283, 0.681, 1.646, 2.818 max_d=2.818 avg_d=0.681 std_dev=0.965
O3' A 0, -0.534, 0.570, 1.674, 3.035 max_d=3.035 avg_d=0.570 std_dev=1.104
C2 B 0, -0.397, 0.741, 1.878, 3.266 max_d=3.266 avg_d=0.741 std_dev=1.137
C6 B 0, -0.435, 0.825, 2.084, 3.625 max_d=3.625 avg_d=0.825 std_dev=1.259
N2 B 0, -0.457, 0.826, 2.108, 3.672 max_d=3.672 avg_d=0.826 std_dev=1.283
N1 B 0, -0.478, 0.832, 2.142, 3.745 max_d=3.745 avg_d=0.832 std_dev=1.310
OP2 A 0, -0.563, 0.910, 2.382, 4.189 max_d=4.189 avg_d=0.910 std_dev=1.473
O6 B 0, -0.525, 0.959, 2.444, 4.263 max_d=4.263 avg_d=0.959 std_dev=1.484

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.27 0.00 0.09 0.25 0.23 0.10
C2 0.02 0.00 0.13 0.03 0.00 0.14 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.40 0.19 0.08 0.18 0.42 0.16
C2' 0.00 0.13 0.00 0.00 0.09 0.01 0.07 0.15 0.10 0.03 0.12 0.12 0.09 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.31 0.47 0.17 0.33
C3' 0.02 0.03 0.00 0.00 0.14 0.00 0.27 0.01 0.24 0.38 0.13 0.02 0.31 0.38 0.18 0.02 0.01 0.00 0.05 0.06 0.40 0.06
C4 0.01 0.00 0.09 0.14 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.11 0.20 0.10 0.12 0.18 0.48 0.19
C4' 0.01 0.14 0.01 0.00 0.01 0.00 0.09 0.00 0.05 0.25 0.06 0.15 0.11 0.22 0.08 0.17 0.02 0.00 0.01 0.11 0.17 0.03
C5 0.00 0.00 0.07 0.27 0.00 0.09 0.00 0.17 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.20 0.02 0.05 0.27 0.16 0.65 0.37
C5' 0.03 0.07 0.15 0.01 0.04 0.00 0.17 0.00 0.13 0.30 0.03 0.09 0.21 0.30 0.11 0.02 0.13 0.02 0.01 0.18 0.08 0.01
C6 0.01 0.00 0.10 0.24 0.00 0.05 0.00 0.13 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.17 0.08 0.09 0.27 0.16 0.66 0.39
C8 0.01 0.00 0.03 0.38 0.00 0.25 0.01 0.30 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.29 0.20 0.09 0.32 0.17 0.67 0.36
N1 0.02 0.00 0.12 0.13 0.00 0.06 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.25 0.15 0.17 0.16 0.55 0.29
N3 0.02 0.00 0.12 0.02 0.00 0.15 0.00 0.09 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.42 0.18 0.04 0.20 0.35 0.09
N6 0.00 0.00 0.09 0.31 0.01 0.11 0.01 0.21 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.22 0.04 0.05 0.35 0.20 0.77 0.51
N7 0.01 0.00 0.02 0.38 0.00 0.22 0.00 0.30 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.29 0.20 0.04 0.38 0.18 0.76 0.48
N9 0.00 0.00 0.02 0.18 0.00 0.08 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.16 0.09 0.01 0.12 0.19 0.45 0.15
O2' 0.01 0.04 0.00 0.02 0.11 0.17 0.20 0.02 0.17 0.29 0.09 0.04 0.22 0.29 0.16 0.00 0.03 0.14 0.27 0.52 0.19 0.37
O3' 0.27 0.40 0.02 0.01 0.20 0.02 0.02 0.13 0.08 0.20 0.25 0.42 0.04 0.20 0.09 0.03 0.00 0.18 0.20 0.43 0.81 0.36
O4' 0.00 0.19 0.02 0.00 0.10 0.00 0.05 0.02 0.09 0.09 0.15 0.18 0.05 0.04 0.01 0.14 0.18 0.00 0.06 0.10 0.15 0.06
O5' 0.09 0.08 0.31 0.05 0.12 0.01 0.27 0.01 0.27 0.32 0.17 0.04 0.35 0.38 0.12 0.27 0.20 0.06 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.25 0.18 0.47 0.06 0.18 0.11 0.16 0.18 0.16 0.17 0.16 0.20 0.20 0.18 0.19 0.52 0.43 0.10 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.23 0.42 0.17 0.40 0.48 0.17 0.65 0.08 0.66 0.67 0.55 0.35 0.77 0.76 0.45 0.19 0.81 0.15 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.10 0.16 0.33 0.06 0.19 0.03 0.37 0.01 0.39 0.36 0.29 0.09 0.51 0.48 0.15 0.37 0.36 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.16 0.29 0.10 0.14 0.20 0.14 0.18 0.25 0.21 0.11 0.27 0.34 0.26 0.12 0.16 0.20 0.23 0.09 0.18 0.20 0.35 0.16 0.23
C2 0.18 0.39 0.11 0.14 0.36 0.21 0.41 0.22 0.45 0.32 0.44 0.38 0.34 0.38 0.30 0.11 0.27 0.06 0.02 0.47 0.11 0.13 0.03
C2' 0.08 0.10 0.10 0.21 0.06 0.21 0.08 0.30 0.06 0.16 0.08 0.16 0.08 0.15 0.09 0.11 0.26 0.13 0.25 0.07 0.35 0.25 0.28
C3' 0.26 0.28 0.24 0.16 0.25 0.17 0.22 0.14 0.23 0.21 0.26 0.31 0.28 0.19 0.24 0.33 0.11 0.23 0.20 0.21 0.15 0.23 0.20
C4 0.19 0.43 0.10 0.15 0.34 0.20 0.35 0.29 0.41 0.24 0.44 0.46 0.37 0.29 0.26 0.13 0.30 0.06 0.13 0.43 0.28 0.03 0.14
C4' 0.44 0.49 0.42 0.29 0.42 0.31 0.36 0.21 0.38 0.31 0.44 0.54 0.48 0.29 0.40 0.55 0.22 0.39 0.22 0.34 0.07 0.15 0.15
C5 0.23 0.58 0.11 0.15 0.46 0.21 0.49 0.30 0.58 0.33 0.62 0.62 0.50 0.42 0.35 0.12 0.34 0.06 0.11 0.61 0.29 0.02 0.13
C5' 0.41 0.49 0.39 0.22 0.41 0.25 0.35 0.15 0.37 0.28 0.45 0.55 0.48 0.27 0.38 0.53 0.15 0.35 0.15 0.34 0.07 0.09 0.08
C6 0.24 0.67 0.12 0.15 0.55 0.22 0.61 0.27 0.70 0.41 0.73 0.69 0.57 0.53 0.42 0.10 0.35 0.05 0.07 0.74 0.23 0.09 0.07
C8 0.20 0.51 0.11 0.17 0.37 0.19 0.38 0.31 0.46 0.23 0.52 0.57 0.44 0.30 0.28 0.17 0.33 0.07 0.18 0.47 0.39 0.11 0.22
N1 0.23 0.59 0.12 0.14 0.52 0.22 0.59 0.23 0.65 0.43 0.65 0.57 0.51 0.53 0.42 0.12 0.31 0.05 0.02 0.69 0.14 0.16 0.04
N3 0.15 0.31 0.10 0.14 0.26 0.19 0.28 0.25 0.32 0.21 0.33 0.32 0.27 0.24 0.22 0.11 0.25 0.07 0.08 0.33 0.18 0.03 0.07
N6 0.26 0.82 0.14 0.15 0.64 0.22 0.72 0.27 0.85 0.48 0.89 0.85 0.68 0.62 0.48 0.10 0.37 0.06 0.06 0.90 0.24 0.11 0.07
N7 0.23 0.62 0.12 0.16 0.47 0.20 0.49 0.31 0.59 0.31 0.64 0.67 0.52 0.40 0.35 0.15 0.36 0.06 0.15 0.62 0.36 0.05 0.18
N9 0.17 0.40 0.09 0.17 0.29 0.19 0.29 0.31 0.35 0.18 0.40 0.44 0.35 0.22 0.22 0.16 0.30 0.07 0.18 0.35 0.36 0.12 0.22
O2' 0.12 0.09 0.17 0.32 0.07 0.33 0.11 0.47 0.06 0.23 0.06 0.16 0.06 0.21 0.13 0.08 0.39 0.20 0.44 0.08 0.60 0.47 0.51
O3' 0.72 0.69 0.72 0.67 0.70 0.67 0.68 0.68 0.67 0.69 0.68 0.70 0.70 0.67 0.71 0.77 0.61 0.72 0.77 0.65 0.74 0.82 0.80
O4' 0.41 0.51 0.35 0.16 0.42 0.18 0.36 0.06 0.39 0.28 0.47 0.57 0.50 0.27 0.38 0.49 0.09 0.33 0.06 0.36 0.23 0.06 0.09
O5' 0.25 0.38 0.20 0.03 0.29 0.05 0.26 0.05 0.30 0.18 0.36 0.44 0.35 0.19 0.25 0.31 0.09 0.17 0.03 0.28 0.16 0.04 0.05
OP1 0.37 0.60 0.30 0.08 0.47 0.11 0.44 0.05 0.50 0.31 0.58 0.67 0.55 0.34 0.39 0.41 0.08 0.27 0.08 0.49 0.20 0.07 0.07
OP2 0.09 0.08 0.09 0.10 0.10 0.10 0.15 0.11 0.15 0.18 0.11 0.09 0.07 0.20 0.11 0.17 0.11 0.10 0.09 0.18 0.08 0.09 0.08
P 0.17 0.28 0.13 0.03 0.21 0.02 0.19 0.04 0.22 0.14 0.27 0.33 0.25 0.14 0.18 0.23 0.12 0.12 0.04 0.21 0.07 0.07 0.03

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02
C2 0.01 0.00 0.08 0.10 0.00 0.04 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.10 0.13 0.01 0.05 0.01 0.05 0.08 0.07
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.05 0.02 0.03 0.00 0.05 0.02 0.07 0.10 0.08 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.04 0.04 0.06 0.06
C3' 0.01 0.10 0.00 0.00 0.07 0.00 0.07 0.01 0.08 0.08 0.10 0.11 0.09 0.08 0.05 0.01 0.00 0.02 0.03 0.08 0.04 0.02 0.03
C4 0.01 0.00 0.05 0.07 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.08 0.01 0.04 0.01 0.04 0.07 0.05
C4' 0.00 0.04 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.03 0.03 0.05 0.04 0.03 0.01 0.07 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01
C5 0.01 0.00 0.03 0.07 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.09 0.01 0.06 0.00 0.06 0.08 0.07
C5' 0.01 0.03 0.00 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.07 0.03 0.04 0.03 0.07 0.03 0.07 0.02 0.01 0.01 0.05 0.03 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.05 0.08 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.06 0.11 0.01 0.06 0.00 0.07 0.09 0.08
C8 0.00 0.00 0.02 0.08 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.08 0.01 0.08 0.00 0.08 0.07 0.07
N1 0.01 0.00 0.07 0.10 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.08 0.13 0.01 0.05 0.00 0.06 0.09 0.07
N2 0.01 0.00 0.10 0.11 0.00 0.05 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.11 0.16 0.01 0.05 0.01 0.05 0.09 0.07
N3 0.01 0.00 0.08 0.09 0.00 0.04 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.11 0.01 0.04 0.01 0.04 0.07 0.06
N7 0.00 0.01 0.01 0.08 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.09 0.01 0.08 0.00 0.08 0.09 0.09
N9 0.00 0.00 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.01 0.04 0.01 0.04 0.05 0.04
O2' 0.01 0.10 0.00 0.01 0.05 0.07 0.04 0.07 0.06 0.01 0.08 0.11 0.09 0.01 0.02 0.00 0.03 0.04 0.02 0.06 0.05 0.02 0.01
O3' 0.00 0.13 0.01 0.00 0.08 0.00 0.09 0.02 0.11 0.08 0.13 0.16 0.11 0.09 0.05 0.03 0.00 0.00 0.03 0.11 0.04 0.02 0.02
O4' 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.00 0.00 0.03 0.01 0.04 0.06 0.05
O5' 0.02 0.05 0.05 0.03 0.04 0.01 0.06 0.01 0.06 0.08 0.05 0.05 0.04 0.08 0.04 0.02 0.03 0.03 0.00 0.06 0.01 0.01 0.00
O6 0.01 0.01 0.04 0.08 0.01 0.01 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.11 0.01 0.06 0.00 0.08 0.10 0.09
OP1 0.01 0.05 0.04 0.04 0.04 0.03 0.06 0.03 0.07 0.08 0.06 0.05 0.04 0.08 0.04 0.05 0.04 0.04 0.01 0.08 0.00 0.01 0.00
OP2 0.03 0.08 0.06 0.02 0.07 0.01 0.08 0.01 0.09 0.07 0.09 0.09 0.07 0.09 0.05 0.02 0.02 0.06 0.01 0.10 0.01 0.00 0.00
P 0.02 0.07 0.06 0.03 0.05 0.01 0.07 0.01 0.08 0.07 0.07 0.07 0.06 0.09 0.04 0.01 0.02 0.05 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00