ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50517

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.004, 0.008, 0.013, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.008 std_dev=0.004
C6 A 0, 0.003, 0.010, 0.017, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.010 std_dev=0.007
C1' A 0, 0.005, 0.013, 0.022, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.013 std_dev=0.009
N3 A 0, 0.007, 0.017, 0.028, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.017 std_dev=0.011
C5 A 0, 0.005, 0.016, 0.027, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.016 std_dev=0.011
N1 A 0, 0.003, 0.016, 0.028, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.016 std_dev=0.012
N9 A 0, 0.009, 0.023, 0.038, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.023 std_dev=0.015
C4 A 0, 0.005, 0.022, 0.038, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.022 std_dev=0.017
N7 A 0, 0.011, 0.035, 0.058, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.035 std_dev=0.024
N6 A 0, 0.008, 0.032, 0.056, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.032 std_dev=0.024
C2' A 0, 0.021, 0.048, 0.075, 0.086 max_d=0.086 avg_d=0.048 std_dev=0.027
C8 A 0, 0.012, 0.043, 0.075, 0.083 max_d=0.083 avg_d=0.043 std_dev=0.031
O4' A 0, 0.014, 0.055, 0.097, 0.108 max_d=0.108 avg_d=0.055 std_dev=0.042
C3' A 0, 0.025, 0.068, 0.111, 0.125 max_d=0.125 avg_d=0.068 std_dev=0.043
C4' A 0, 0.025, 0.078, 0.132, 0.132 max_d=0.132 avg_d=0.078 std_dev=0.054
O2' A 0, 0.046, 0.103, 0.160, 0.170 max_d=0.170 avg_d=0.103 std_dev=0.057
O3' A 0, 0.046, 0.124, 0.203, 0.216 max_d=0.216 avg_d=0.124 std_dev=0.079
O5' A 0, 0.050, 0.138, 0.227, 0.225 max_d=0.225 avg_d=0.138 std_dev=0.088
C5' A 0, 0.033, 0.127, 0.221, 0.228 max_d=0.228 avg_d=0.127 std_dev=0.094
P A 0, 0.077, 0.217, 0.358, 0.394 max_d=0.394 avg_d=0.217 std_dev=0.140
OP1 A 0, 0.103, 0.323, 0.544, 0.597 max_d=0.597 avg_d=0.323 std_dev=0.221
OP2 A 0, 0.117, 0.342, 0.567, 0.609 max_d=0.609 avg_d=0.342 std_dev=0.225
N2 B 0, 0.157, 0.493, 0.829, 0.806 max_d=0.806 avg_d=0.493 std_dev=0.336
O2' B 0, 0.145, 0.520, 0.895, 0.955 max_d=0.955 avg_d=0.520 std_dev=0.375
C2 B 0, 0.181, 0.576, 0.972, 0.946 max_d=0.946 avg_d=0.576 std_dev=0.395
N3 B 0, 0.175, 0.570, 0.966, 0.977 max_d=0.977 avg_d=0.570 std_dev=0.396
C1' B 0, 0.172, 0.599, 1.027, 1.036 max_d=1.036 avg_d=0.599 std_dev=0.427
C2' B 0, 0.177, 0.626, 1.074, 1.096 max_d=1.096 avg_d=0.626 std_dev=0.448
O4' B 0, 0.205, 0.657, 1.108, 1.118 max_d=1.118 avg_d=0.657 std_dev=0.452
N1 B 0, 0.210, 0.673, 1.137, 1.067 max_d=1.067 avg_d=0.673 std_dev=0.463
C4 B 0, 0.200, 0.666, 1.131, 1.111 max_d=1.111 avg_d=0.666 std_dev=0.465
N9 B 0, 0.201, 0.685, 1.169, 1.151 max_d=1.151 avg_d=0.685 std_dev=0.484
C4' B 0, 0.197, 0.681, 1.165, 1.205 max_d=1.205 avg_d=0.681 std_dev=0.484
C3' B 0, 0.204, 0.730, 1.257, 1.310 max_d=1.310 avg_d=0.730 std_dev=0.527
C5 B 0, 0.229, 0.764, 1.300, 1.284 max_d=1.284 avg_d=0.764 std_dev=0.535
C6 B 0, 0.235, 0.772, 1.310, 1.294 max_d=1.294 avg_d=0.772 std_dev=0.537
O3' B 0, 0.182, 0.721, 1.261, 1.338 max_d=1.338 avg_d=0.721 std_dev=0.539
C8 B 0, 0.232, 0.796, 1.361, 1.367 max_d=1.367 avg_d=0.796 std_dev=0.564
C5' B 0, 0.252, 0.829, 1.406, 1.488 max_d=1.488 avg_d=0.829 std_dev=0.577
O6 B 0, 0.258, 0.856, 1.454, 1.479 max_d=1.479 avg_d=0.856 std_dev=0.598
N7 B 0, 0.249, 0.848, 1.447, 1.467 max_d=1.467 avg_d=0.848 std_dev=0.599
OP2 B 0, 0.266, 0.958, 1.650, 1.767 max_d=1.767 avg_d=0.958 std_dev=0.692
P B 0, 0.300, 1.054, 1.809, 1.922 max_d=1.922 avg_d=1.054 std_dev=0.754
O5' B 0, 0.285, 1.057, 1.830, 1.957 max_d=1.957 avg_d=1.057 std_dev=0.773
OP1 B 0, 0.324, 1.123, 1.922, 2.047 max_d=2.047 avg_d=1.123 std_dev=0.799

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.05 0.08 0.11 0.06
C2 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.07 0.04 0.01 0.04 0.07 0.17 0.10
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.03 0.03 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.12 0.08 0.05
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.04 0.05 0.04 0.04 0.04 0.05 0.04 0.01 0.01 0.01 0.03 0.14 0.07 0.05
C4 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.04 0.03 0.01 0.04 0.06 0.17 0.10
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.02 0.04 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.04 0.01 0.00 0.03 0.12 0.05 0.03
C5 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.04 0.04 0.01 0.04 0.10 0.20 0.11
C5' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.01 0.04 0.00 0.04 0.05 0.03 0.03 0.05 0.05 0.03 0.04 0.01 0.02 0.01 0.11 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.06 0.05 0.01 0.05 0.11 0.20 0.11
C8 0.01 0.01 0.01 0.05 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.01 0.04 0.08 0.20 0.11
N1 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.07 0.05 0.01 0.05 0.09 0.18 0.10
N3 0.02 0.00 0.03 0.04 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.06 0.03 0.02 0.04 0.06 0.16 0.09
N6 0.01 0.01 0.03 0.04 0.01 0.03 0.01 0.05 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.05 0.02 0.05 0.14 0.21 0.13
N7 0.01 0.01 0.01 0.05 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.05 0.01 0.05 0.12 0.22 0.13
N9 0.00 0.01 0.01 0.04 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.03 0.05 0.16 0.09
O2' 0.01 0.07 0.00 0.01 0.04 0.04 0.04 0.04 0.06 0.01 0.07 0.06 0.06 0.02 0.02 0.00 0.04 0.05 0.04 0.11 0.08 0.05
O3' 0.01 0.04 0.02 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.05 0.05 0.05 0.03 0.05 0.05 0.02 0.04 0.00 0.01 0.05 0.15 0.09 0.05
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.05 0.01 0.00 0.08 0.09 0.12 0.07
O5' 0.05 0.04 0.04 0.03 0.04 0.03 0.04 0.01 0.05 0.04 0.05 0.04 0.05 0.05 0.03 0.04 0.05 0.08 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.08 0.07 0.12 0.14 0.06 0.12 0.10 0.11 0.11 0.08 0.09 0.06 0.14 0.12 0.05 0.11 0.15 0.09 0.02 0.00 0.00 0.00
OP2 0.11 0.17 0.08 0.07 0.17 0.05 0.20 0.01 0.20 0.20 0.18 0.16 0.21 0.22 0.16 0.08 0.09 0.12 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.06 0.10 0.05 0.05 0.10 0.03 0.11 0.01 0.11 0.11 0.10 0.09 0.13 0.13 0.09 0.05 0.05 0.07 0.01 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.17 0.08 0.16 0.20 0.12 0.22 0.13 0.24 0.12 0.17 0.09 0.07 0.09 0.16 0.16 0.14 0.19 0.22 0.21 0.12 0.23 0.22 0.25
C2 0.14 0.12 0.16 0.15 0.13 0.13 0.14 0.11 0.15 0.13 0.13 0.12 0.13 0.14 0.14 0.18 0.17 0.11 0.15 0.15 0.14 0.15 0.13
C2' 0.16 0.08 0.14 0.17 0.12 0.21 0.14 0.23 0.12 0.17 0.09 0.06 0.08 0.16 0.15 0.11 0.16 0.20 0.20 0.13 0.24 0.24 0.26
C3' 0.13 0.04 0.13 0.17 0.08 0.20 0.09 0.22 0.08 0.14 0.05 0.04 0.05 0.12 0.12 0.10 0.17 0.18 0.19 0.08 0.24 0.22 0.25
C4 0.12 0.08 0.11 0.12 0.10 0.14 0.11 0.14 0.10 0.12 0.09 0.07 0.08 0.12 0.12 0.09 0.12 0.14 0.13 0.11 0.14 0.15 0.16
C4' 0.17 0.05 0.18 0.22 0.10 0.25 0.11 0.27 0.09 0.17 0.06 0.04 0.07 0.15 0.15 0.16 0.23 0.22 0.23 0.09 0.27 0.24 0.28
C5 0.07 0.04 0.08 0.08 0.05 0.09 0.05 0.09 0.05 0.06 0.04 0.05 0.05 0.06 0.06 0.08 0.09 0.08 0.10 0.06 0.11 0.11 0.10
C5' 0.15 0.02 0.16 0.21 0.07 0.23 0.08 0.25 0.05 0.13 0.02 0.03 0.04 0.11 0.12 0.16 0.23 0.20 0.21 0.05 0.26 0.22 0.26
C6 0.09 0.08 0.11 0.10 0.08 0.09 0.07 0.08 0.06 0.06 0.07 0.09 0.10 0.06 0.08 0.13 0.11 0.06 0.13 0.06 0.13 0.11 0.09
C8 0.12 0.04 0.13 0.15 0.06 0.16 0.06 0.16 0.05 0.10 0.04 0.04 0.04 0.08 0.09 0.13 0.15 0.14 0.13 0.05 0.15 0.14 0.16
N1 0.14 0.12 0.18 0.16 0.11 0.14 0.10 0.12 0.10 0.09 0.11 0.12 0.13 0.09 0.12 0.20 0.17 0.10 0.17 0.10 0.15 0.13 0.11
N3 0.15 0.12 0.13 0.14 0.14 0.15 0.15 0.16 0.15 0.17 0.13 0.10 0.12 0.17 0.16 0.11 0.13 0.17 0.15 0.16 0.16 0.18 0.18
N6 0.12 0.13 0.14 0.12 0.13 0.11 0.11 0.10 0.10 0.11 0.10 0.13 0.15 0.10 0.12 0.14 0.13 0.09 0.17 0.08 0.15 0.14 0.11
N7 0.07 0.02 0.08 0.09 0.03 0.10 0.03 0.11 0.02 0.05 0.02 0.04 0.02 0.04 0.05 0.09 0.11 0.09 0.09 0.03 0.11 0.10 0.11
N9 0.14 0.06 0.13 0.16 0.09 0.18 0.10 0.19 0.09 0.13 0.07 0.06 0.07 0.12 0.12 0.12 0.15 0.17 0.16 0.09 0.17 0.17 0.20
O2' 0.24 0.15 0.21 0.26 0.21 0.30 0.23 0.34 0.21 0.28 0.17 0.12 0.16 0.27 0.25 0.16 0.22 0.30 0.30 0.22 0.34 0.35 0.37
O3' 0.15 0.04 0.15 0.19 0.09 0.23 0.11 0.26 0.09 0.16 0.06 0.04 0.06 0.14 0.13 0.12 0.20 0.20 0.22 0.09 0.29 0.27 0.29
O4' 0.18 0.08 0.18 0.22 0.12 0.24 0.13 0.26 0.11 0.17 0.09 0.07 0.09 0.16 0.16 0.17 0.22 0.22 0.23 0.11 0.25 0.22 0.27
O5' 0.14 0.03 0.16 0.20 0.07 0.21 0.07 0.23 0.05 0.12 0.03 0.03 0.05 0.10 0.11 0.17 0.22 0.18 0.18 0.04 0.22 0.19 0.23
OP1 0.10 0.15 0.12 0.18 0.07 0.21 0.07 0.24 0.11 0.07 0.15 0.19 0.11 0.05 0.06 0.14 0.21 0.16 0.17 0.12 0.24 0.17 0.23
OP2 0.14 0.29 0.15 0.12 0.23 0.08 0.22 0.07 0.26 0.16 0.29 0.33 0.27 0.19 0.18 0.15 0.12 0.10 0.10 0.26 0.09 0.09 0.06
P 0.07 0.15 0.09 0.11 0.10 0.13 0.09 0.14 0.12 0.07 0.15 0.18 0.12 0.07 0.07 0.10 0.13 0.10 0.09 0.12 0.14 0.09 0.13

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.01 0.05 0.07 0.04
C2 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.04 0.01 0.03 0.01 0.04 0.06 0.04
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.04 0.03 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.04 0.03 0.05 0.10 0.03
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.04 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.02 0.05 0.12 0.03
C4 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.00 0.02 0.01 0.04 0.06 0.04
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.02 0.05 0.07 0.01
C5 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.03 0.05 0.03
C5' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.05 0.04 0.01
C6 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.05 0.03
C8 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.05 0.03
N1 0.01 0.00 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.06 0.04 0.00 0.02 0.01 0.04 0.06 0.04
N2 0.02 0.00 0.04 0.04 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.08 0.06 0.02 0.04 0.01 0.04 0.06 0.04
N3 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.05 0.04 0.01 0.03 0.01 0.04 0.06 0.04
N7 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.05 0.03
N9 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.04 0.06 0.04
O2' 0.01 0.06 0.00 0.01 0.03 0.03 0.02 0.02 0.04 0.01 0.06 0.08 0.05 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.03 0.04 0.07 0.10 0.02
O3' 0.01 0.04 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.04 0.06 0.04 0.03 0.02 0.02 0.00 0.01 0.10 0.03 0.07 0.13 0.04
O4' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.08 0.01 0.07 0.07 0.04
O5' 0.04 0.03 0.04 0.07 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.04 0.03 0.02 0.03 0.03 0.10 0.08 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01
O6 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.03 0.01 0.02 0.00 0.04 0.05 0.03
OP1 0.05 0.04 0.05 0.05 0.04 0.05 0.03 0.05 0.03 0.03 0.04 0.04 0.04 0.03 0.04 0.07 0.07 0.07 0.02 0.04 0.00 0.02 0.01
OP2 0.07 0.06 0.10 0.12 0.06 0.07 0.05 0.04 0.05 0.05 0.06 0.06 0.06 0.05 0.06 0.10 0.13 0.07 0.02 0.05 0.02 0.00 0.00
P 0.04 0.04 0.03 0.03 0.04 0.01 0.03 0.01 0.03 0.03 0.04 0.04 0.04 0.03 0.04 0.02 0.04 0.04 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00