ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50518

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.002, 0.013, 0.024, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.013 std_dev=0.011
C5 A 0, 0.002, 0.013, 0.025, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.013 std_dev=0.011
N3 A 0, 0.005, 0.017, 0.029, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.017 std_dev=0.012
C4 A 0, 0.003, 0.016, 0.030, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.016 std_dev=0.014
N1 A 0, 0.002, 0.017, 0.032, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.017 std_dev=0.015
C6 A 0, -0.002, 0.013, 0.028, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.013 std_dev=0.015
C1' A 0, 0.002, 0.022, 0.043, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.022 std_dev=0.021
N9 A 0, 0.004, 0.027, 0.051, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.027 std_dev=0.024
N7 A 0, 0.002, 0.029, 0.057, 0.084 max_d=0.084 avg_d=0.029 std_dev=0.027
C8 A 0, 0.003, 0.034, 0.064, 0.096 max_d=0.096 avg_d=0.034 std_dev=0.031
N6 A 0, -0.002, 0.035, 0.072, 0.100 max_d=0.100 avg_d=0.035 std_dev=0.037
O4' A 0, -0.008, 0.190, 0.389, 0.561 max_d=0.561 avg_d=0.190 std_dev=0.198
O4' B 0, 0.190, 0.398, 0.606, 0.623 max_d=0.623 avg_d=0.398 std_dev=0.208
C2' A 0, -0.050, 0.195, 0.440, 0.686 max_d=0.686 avg_d=0.195 std_dev=0.245
C4' B 0, 0.152, 0.524, 0.895, 1.228 max_d=1.228 avg_d=0.524 std_dev=0.372
C1' B 0, 0.191, 0.573, 0.955, 1.086 max_d=1.086 avg_d=0.573 std_dev=0.382
O2' B 0, 0.193, 0.582, 0.971, 1.050 max_d=1.050 avg_d=0.582 std_dev=0.389
C4' A 0, -0.046, 0.409, 0.864, 1.114 max_d=1.114 avg_d=0.409 std_dev=0.455
O2' A 0, -0.088, 0.395, 0.878, 1.395 max_d=1.395 avg_d=0.395 std_dev=0.483
C8 B 0, 0.149, 0.685, 1.221, 1.598 max_d=1.598 avg_d=0.685 std_dev=0.536
C5' B 0, 0.225, 0.763, 1.300, 1.825 max_d=1.825 avg_d=0.763 std_dev=0.538
C5' A 0, -0.031, 0.513, 1.058, 1.528 max_d=1.528 avg_d=0.513 std_dev=0.544
C2' B 0, 0.073, 0.641, 1.208, 1.537 max_d=1.537 avg_d=0.641 std_dev=0.568
O5' A 0, -0.031, 0.541, 1.112, 1.671 max_d=1.671 avg_d=0.541 std_dev=0.571
C3' A 0, -0.146, 0.431, 1.008, 1.565 max_d=1.565 avg_d=0.431 std_dev=0.577
O5' B 0, 0.229, 0.882, 1.535, 2.150 max_d=2.150 avg_d=0.882 std_dev=0.653
C3' B 0, 0.014, 0.681, 1.348, 1.896 max_d=1.896 avg_d=0.681 std_dev=0.667
P A 0, -0.113, 0.595, 1.303, 2.123 max_d=2.123 avg_d=0.595 std_dev=0.708
N9 B 0, 0.047, 0.856, 1.666, 2.095 max_d=2.095 avg_d=0.856 std_dev=0.810
OP1 B 0, 0.173, 1.149, 2.126, 3.111 max_d=3.111 avg_d=1.149 std_dev=0.976
O3' B 0, -0.003, 0.992, 1.987, 2.707 max_d=2.707 avg_d=0.992 std_dev=0.995
O3' A 0, -0.310, 0.727, 1.764, 2.876 max_d=2.876 avg_d=0.727 std_dev=1.037
N7 B 0, -0.032, 1.029, 2.089, 2.714 max_d=2.714 avg_d=1.029 std_dev=1.060
P B 0, 0.015, 1.212, 2.408, 3.708 max_d=3.708 avg_d=1.212 std_dev=1.197
OP1 A 0, -0.194, 1.265, 2.724, 3.772 max_d=3.772 avg_d=1.265 std_dev=1.459
OP2 A 0, -0.181, 1.285, 2.751, 3.974 max_d=3.974 avg_d=1.285 std_dev=1.466
C4 B 0, -0.234, 1.434, 3.102, 4.005 max_d=4.005 avg_d=1.434 std_dev=1.668
C5 B 0, -0.278, 1.523, 3.324, 4.293 max_d=4.293 avg_d=1.523 std_dev=1.801
OP2 B 0, -0.168, 1.634, 3.437, 5.157 max_d=5.157 avg_d=1.634 std_dev=1.802
N3 B 0, -0.356, 1.882, 4.120, 5.366 max_d=5.366 avg_d=1.882 std_dev=2.238
C6 B 0, -0.485, 2.143, 4.772, 6.178 max_d=6.178 avg_d=2.143 std_dev=2.628
O6 B 0, -0.544, 2.342, 5.228, 6.757 max_d=6.757 avg_d=2.342 std_dev=2.886
C2 B 0, -0.494, 2.489, 5.473, 7.142 max_d=7.142 avg_d=2.489 std_dev=2.983
N1 B 0, -0.558, 2.618, 5.793, 7.529 max_d=7.529 avg_d=2.618 std_dev=3.175
N2 B 0, -0.547, 3.050, 6.648, 8.721 max_d=8.721 avg_d=3.050 std_dev=3.597

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.03 0.00 0.03 0.09 0.04 0.01 0.05 0.04 0.05 0.01 0.00 0.02 0.23 0.00 0.21 0.80 0.32 0.25
C2 0.04 0.00 0.19 0.15 0.01 0.04 0.01 0.15 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.07 0.23 0.06 0.31 0.96 0.75 0.19
C2' 0.00 0.19 0.00 0.00 0.11 0.00 0.09 0.18 0.13 0.04 0.17 0.18 0.13 0.03 0.03 0.00 0.01 0.01 0.38 0.69 0.38 0.42
C3' 0.01 0.15 0.00 0.00 0.18 0.01 0.27 0.02 0.27 0.28 0.22 0.13 0.33 0.31 0.18 0.03 0.01 0.02 0.06 0.31 0.35 0.12
C4 0.03 0.01 0.11 0.18 0.00 0.05 0.00 0.19 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 0.13 0.13 0.03 0.30 0.96 0.66 0.20
C4' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.05 0.00 0.11 0.00 0.10 0.17 0.06 0.05 0.14 0.17 0.08 0.23 0.02 0.00 0.01 0.36 0.13 0.04
C5 0.03 0.01 0.09 0.27 0.00 0.11 0.00 0.27 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.02 0.19 0.10 0.01 0.36 0.98 0.78 0.17
C5' 0.09 0.15 0.18 0.02 0.19 0.00 0.27 0.00 0.27 0.31 0.21 0.12 0.31 0.33 0.19 0.07 0.18 0.00 0.01 0.22 0.15 0.01
C6 0.04 0.01 0.13 0.27 0.02 0.10 0.01 0.27 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.18 0.10 0.02 0.38 0.97 0.86 0.17
C8 0.01 0.01 0.04 0.28 0.00 0.17 0.01 0.31 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.21 0.16 0.05 0.32 0.97 0.63 0.21
N1 0.05 0.00 0.17 0.22 0.02 0.06 0.01 0.21 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.13 0.14 0.04 0.36 0.97 0.84 0.18
N3 0.04 0.00 0.18 0.13 0.00 0.05 0.00 0.12 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.04 0.26 0.06 0.27 0.93 0.65 0.20
N6 0.05 0.01 0.13 0.33 0.03 0.14 0.03 0.31 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.04 0.05 0.20 0.15 0.02 0.41 0.93 0.93 0.15
N7 0.01 0.01 0.03 0.31 0.00 0.17 0.00 0.33 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.01 0.23 0.18 0.03 0.37 0.98 0.77 0.17
N9 0.00 0.02 0.03 0.18 0.01 0.08 0.02 0.19 0.03 0.00 0.03 0.01 0.05 0.01 0.00 0.15 0.07 0.01 0.27 0.92 0.53 0.22
O2' 0.02 0.07 0.00 0.03 0.13 0.23 0.19 0.07 0.18 0.21 0.13 0.04 0.20 0.23 0.15 0.00 0.06 0.16 0.28 0.60 0.48 0.37
O3' 0.23 0.23 0.01 0.01 0.13 0.02 0.10 0.18 0.10 0.16 0.14 0.26 0.15 0.18 0.07 0.06 0.00 0.16 0.27 0.27 0.46 0.25
O4' 0.00 0.06 0.01 0.02 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.05 0.04 0.06 0.02 0.03 0.01 0.16 0.16 0.00 0.05 0.79 0.33 0.27
O5' 0.21 0.31 0.38 0.06 0.30 0.01 0.36 0.01 0.38 0.32 0.36 0.27 0.41 0.37 0.27 0.28 0.27 0.05 0.00 0.03 0.02 0.01
OP1 0.80 0.96 0.69 0.31 0.96 0.36 0.98 0.22 0.97 0.97 0.97 0.93 0.93 0.98 0.92 0.60 0.27 0.79 0.03 0.00 0.00 0.00
OP2 0.32 0.75 0.38 0.35 0.66 0.13 0.78 0.15 0.86 0.63 0.84 0.65 0.93 0.77 0.53 0.48 0.46 0.33 0.02 0.00 0.00 0.00
P 0.25 0.19 0.42 0.12 0.20 0.04 0.17 0.01 0.17 0.21 0.18 0.20 0.15 0.17 0.22 0.37 0.25 0.27 0.01 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.36 2.27 0.28 0.25 1.21 0.35 1.18 0.42 1.65 0.34 2.15 2.90 1.76 0.66 0.60 0.20 0.25 0.30 0.37 1.65 0.19 0.42 0.28
C2 0.34 1.98 0.20 0.20 1.25 0.33 1.13 0.43 1.46 0.27 1.84 2.22 1.74 0.59 0.63 0.11 0.24 0.26 0.36 1.39 0.21 0.48 0.27
C2' 0.23 2.01 0.20 0.36 1.00 0.52 0.99 0.61 1.46 0.17 1.93 2.60 1.52 0.49 0.41 0.27 0.47 0.35 0.41 1.48 0.29 0.44 0.32
C3' 0.43 2.22 0.37 0.27 1.24 0.37 1.23 0.47 1.69 0.42 2.16 2.80 1.73 0.74 0.67 0.28 0.25 0.32 0.44 1.72 0.32 0.46 0.37
C4 0.38 2.51 0.27 0.23 1.40 0.34 1.33 0.44 1.82 0.33 2.35 3.02 2.02 0.70 0.68 0.17 0.25 0.29 0.36 1.78 0.20 0.47 0.26
C4' 0.48 2.39 0.45 0.31 1.36 0.31 1.39 0.37 1.90 0.55 2.37 3.00 1.83 0.90 0.77 0.32 0.25 0.31 0.37 1.95 0.20 0.40 0.28
C5 0.38 2.66 0.27 0.22 1.49 0.32 1.46 0.44 2.03 0.35 2.59 3.17 2.10 0.78 0.72 0.15 0.24 0.26 0.33 2.02 0.28 0.50 0.25
C5' 0.47 2.52 0.42 0.28 1.40 0.31 1.46 0.40 2.03 0.55 2.55 3.16 1.89 0.92 0.77 0.29 0.21 0.32 0.36 2.12 0.19 0.46 0.31
C6 0.36 2.48 0.24 0.19 1.46 0.29 1.43 0.43 1.96 0.34 2.44 2.86 1.99 0.76 0.71 0.12 0.23 0.22 0.31 1.94 0.35 0.53 0.25
C8 0.39 2.74 0.30 0.24 1.46 0.34 1.46 0.44 2.08 0.37 2.69 3.43 2.08 0.79 0.71 0.19 0.25 0.29 0.34 2.11 0.23 0.48 0.26
N1 0.34 2.14 0.20 0.18 1.34 0.29 1.27 0.42 1.67 0.31 2.07 2.41 1.80 0.67 0.66 0.09 0.23 0.21 0.33 1.62 0.32 0.52 0.25
N3 0.36 2.14 0.24 0.23 1.26 0.34 1.15 0.42 1.52 0.28 1.95 2.48 1.84 0.60 0.62 0.16 0.25 0.29 0.37 1.45 0.19 0.45 0.28
N6 0.35 2.49 0.23 0.17 1.46 0.26 1.48 0.40 2.05 0.36 2.52 2.88 1.97 0.80 0.71 0.10 0.22 0.19 0.27 2.08 0.45 0.55 0.26
N7 0.39 2.80 0.29 0.22 1.52 0.33 1.53 0.44 2.17 0.37 2.78 3.42 2.14 0.82 0.73 0.17 0.25 0.26 0.32 2.21 0.29 0.50 0.25
N9 0.38 2.55 0.29 0.24 1.37 0.35 1.33 0.44 1.86 0.35 2.43 3.20 1.99 0.72 0.67 0.20 0.25 0.30 0.36 1.85 0.19 0.46 0.27
O2' 0.19 1.59 0.20 0.33 0.79 0.41 0.78 0.45 1.14 0.12 1.50 2.05 1.21 0.38 0.32 0.34 0.46 0.29 0.51 1.15 0.37 0.66 0.54
O3' 0.86 2.38 0.81 0.59 1.58 0.45 1.57 0.40 1.94 0.88 2.32 2.85 1.99 1.15 1.10 0.72 0.48 0.58 0.72 1.96 0.62 0.76 0.70
O4' 0.48 2.49 0.44 0.31 1.39 0.29 1.41 0.34 1.92 0.54 2.44 3.15 1.90 0.89 0.77 0.30 0.23 0.31 0.35 1.96 0.17 0.41 0.27
O5' 0.51 2.62 0.44 0.35 1.43 0.44 1.47 0.53 2.07 0.52 2.63 3.31 1.98 0.88 0.77 0.36 0.34 0.42 0.46 2.15 0.34 0.58 0.42
OP1 1.41 3.88 1.30 1.11 2.63 0.88 2.78 0.81 3.49 1.65 4.04 4.51 3.12 2.15 1.87 1.02 0.90 1.11 1.20 3.66 0.86 1.37 1.08
OP2 0.35 2.36 0.39 0.65 1.00 0.93 1.09 1.11 1.84 0.21 2.45 3.11 1.60 0.42 0.27 0.56 0.82 0.71 0.67 1.99 0.93 0.58 0.73
P 0.61 2.96 0.53 0.38 1.69 0.36 1.76 0.42 2.44 0.67 3.02 3.65 2.25 1.12 0.96 0.37 0.30 0.42 0.51 2.56 0.28 0.67 0.43

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.22 0.01 0.14 0.36 0.22
C2 0.02 0.00 0.42 0.35 0.00 0.09 0.01 0.19 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.39 0.48 0.27 0.21 0.01 0.19 0.63 0.29
C2' 0.00 0.42 0.00 0.00 0.21 0.00 0.09 0.01 0.19 0.22 0.33 0.51 0.41 0.12 0.01 0.00 0.01 0.01 0.28 0.14 0.15 0.45 0.23
C3' 0.01 0.35 0.00 0.00 0.18 0.00 0.12 0.02 0.20 0.17 0.30 0.42 0.32 0.07 0.03 0.01 0.01 0.01 0.35 0.17 0.14 0.43 0.27
C4 0.01 0.00 0.21 0.18 0.00 0.04 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.17 0.22 0.14 0.39 0.01 0.31 0.79 0.50
C4' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.05 0.06 0.07 0.10 0.08 0.06 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.06 0.21 0.04 0.10
C5 0.01 0.01 0.09 0.12 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.08 0.14 0.06 0.62 0.00 0.57 1.15 0.82
C5' 0.01 0.19 0.01 0.02 0.09 0.01 0.07 0.00 0.10 0.13 0.16 0.23 0.17 0.10 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.10 0.04 0.16 0.01
C6 0.01 0.00 0.19 0.20 0.01 0.05 0.00 0.10 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.16 0.26 0.12 0.57 0.00 0.58 1.17 0.80
C8 0.01 0.01 0.22 0.17 0.00 0.06 0.01 0.13 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.18 0.21 0.17 0.87 0.02 0.64 1.24 1.01
N1 0.02 0.00 0.33 0.30 0.01 0.07 0.00 0.16 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.30 0.41 0.21 0.37 0.01 0.39 0.90 0.53
N2 0.02 0.01 0.51 0.42 0.01 0.10 0.01 0.23 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.50 0.59 0.32 0.17 0.01 0.13 0.48 0.16
N3 0.02 0.00 0.41 0.32 0.00 0.08 0.00 0.17 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.36 0.42 0.26 0.18 0.01 0.14 0.52 0.22
N7 0.00 0.01 0.12 0.07 0.00 0.06 0.00 0.10 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.11 0.11 0.09 0.88 0.02 0.77 1.44 1.12
N9 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01 0.50 0.01 0.33 0.78 0.57
O2' 0.01 0.39 0.00 0.01 0.17 0.03 0.08 0.03 0.16 0.18 0.30 0.50 0.36 0.11 0.02 0.00 0.01 0.03 0.07 0.12 0.31 0.17 0.11
O3' 0.01 0.48 0.01 0.01 0.22 0.01 0.14 0.02 0.26 0.21 0.41 0.59 0.42 0.11 0.03 0.01 0.00 0.00 0.24 0.22 0.23 0.32 0.16
O4' 0.00 0.27 0.01 0.01 0.14 0.00 0.06 0.01 0.12 0.17 0.21 0.32 0.26 0.09 0.01 0.03 0.00 0.00 0.07 0.09 0.15 0.07 0.11
O5' 0.22 0.21 0.28 0.35 0.39 0.01 0.62 0.01 0.57 0.87 0.37 0.17 0.18 0.88 0.50 0.07 0.24 0.07 0.00 0.68 0.01 0.01 0.00
O6 0.01 0.01 0.14 0.17 0.01 0.06 0.00 0.10 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.12 0.22 0.09 0.68 0.00 0.74 1.37 0.97
OP1 0.14 0.19 0.15 0.14 0.31 0.21 0.57 0.04 0.58 0.64 0.39 0.13 0.14 0.77 0.33 0.31 0.23 0.15 0.01 0.74 0.00 0.01 0.00
OP2 0.36 0.63 0.45 0.43 0.79 0.04 1.15 0.16 1.17 1.24 0.90 0.48 0.52 1.44 0.78 0.17 0.32 0.07 0.01 1.37 0.01 0.00 0.01
P 0.22 0.29 0.23 0.27 0.50 0.10 0.82 0.01 0.80 1.01 0.53 0.16 0.22 1.12 0.57 0.11 0.16 0.11 0.00 0.97 0.00 0.01 0.00