ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50520

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.001, 0.003, 0.005, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.003 std_dev=0.002
C5 A 0, 0.004, 0.008, 0.013, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.008 std_dev=0.004
N1 A 0, 0.003, 0.008, 0.013, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.008 std_dev=0.005
C4 A 0, 0.004, 0.009, 0.014, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.009 std_dev=0.005
N9 A 0, 0.005, 0.010, 0.016, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.010 std_dev=0.005
N7 A 0, 0.004, 0.009, 0.015, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.009 std_dev=0.005
C8 A 0, 0.005, 0.011, 0.017, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.011 std_dev=0.006
C2 A 0, 0.006, 0.013, 0.020, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.013 std_dev=0.007
N3 A 0, 0.007, 0.014, 0.021, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.014 std_dev=0.007
C1' A 0, 0.007, 0.015, 0.023, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.015 std_dev=0.008
N6 A 0, 0.010, 0.022, 0.034, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.022 std_dev=0.012
C2' A 0, 0.030, 0.065, 0.100, 0.096 max_d=0.096 avg_d=0.065 std_dev=0.035
O4' A 0, 0.021, 0.064, 0.107, 0.125 max_d=0.125 avg_d=0.064 std_dev=0.043
C3' A 0, 0.031, 0.102, 0.172, 0.200 max_d=0.200 avg_d=0.102 std_dev=0.071
O2' A 0, 0.077, 0.159, 0.241, 0.229 max_d=0.229 avg_d=0.159 std_dev=0.082
C4' A 0, 0.070, 0.157, 0.244, 0.252 max_d=0.252 avg_d=0.157 std_dev=0.087
O3' A 0, 0.047, 0.136, 0.225, 0.236 max_d=0.236 avg_d=0.136 std_dev=0.089
C5' A 0, 0.109, 0.255, 0.402, 0.435 max_d=0.435 avg_d=0.255 std_dev=0.147
O5' A 0, 0.120, 0.268, 0.415, 0.438 max_d=0.438 avg_d=0.268 std_dev=0.147
OP1 A 0, 0.137, 0.310, 0.483, 0.517 max_d=0.517 avg_d=0.310 std_dev=0.173
P A 0, 0.098, 0.285, 0.471, 0.495 max_d=0.495 avg_d=0.285 std_dev=0.186
OP2 A 0, 0.126, 0.325, 0.523, 0.553 max_d=0.553 avg_d=0.325 std_dev=0.198
O4' B 0, 0.098, 0.310, 0.521, 0.525 max_d=0.525 avg_d=0.310 std_dev=0.212
N3 B 0, 0.136, 0.365, 0.595, 0.681 max_d=0.681 avg_d=0.365 std_dev=0.229
C4' B 0, 0.079, 0.314, 0.550, 0.607 max_d=0.607 avg_d=0.314 std_dev=0.235
N2 B 0, 0.204, 0.439, 0.675, 0.660 max_d=0.660 avg_d=0.439 std_dev=0.235
C5' B 0, 0.058, 0.294, 0.530, 0.605 max_d=0.605 avg_d=0.294 std_dev=0.236
C2 B 0, 0.178, 0.417, 0.656, 0.720 max_d=0.720 avg_d=0.417 std_dev=0.239
O5' B 0, 0.081, 0.329, 0.578, 0.661 max_d=0.661 avg_d=0.329 std_dev=0.248
P B 0, 0.086, 0.337, 0.588, 0.640 max_d=0.640 avg_d=0.337 std_dev=0.251
C1' B 0, 0.110, 0.361, 0.612, 0.661 max_d=0.661 avg_d=0.361 std_dev=0.251
OP1 B 0, 0.106, 0.360, 0.613, 0.678 max_d=0.678 avg_d=0.360 std_dev=0.254
OP2 B 0, 0.111, 0.375, 0.639, 0.688 max_d=0.688 avg_d=0.375 std_dev=0.264
C4 B 0, 0.096, 0.368, 0.640, 0.748 max_d=0.748 avg_d=0.368 std_dev=0.272
N1 B 0, 0.191, 0.469, 0.746, 0.817 max_d=0.817 avg_d=0.469 std_dev=0.277
N9 B 0, 0.081, 0.362, 0.644, 0.735 max_d=0.735 avg_d=0.362 std_dev=0.282
C3' B 0, 0.114, 0.407, 0.701, 0.801 max_d=0.801 avg_d=0.407 std_dev=0.294
C2' B 0, 0.145, 0.441, 0.738, 0.821 max_d=0.821 avg_d=0.441 std_dev=0.297
C8 B 0, 0.106, 0.414, 0.723, 0.816 max_d=0.816 avg_d=0.414 std_dev=0.308
C5 B 0, 0.105, 0.415, 0.725, 0.843 max_d=0.843 avg_d=0.415 std_dev=0.310
C6 B 0, 0.159, 0.471, 0.782, 0.883 max_d=0.883 avg_d=0.471 std_dev=0.311
O2' B 0, 0.233, 0.545, 0.857, 0.865 max_d=0.865 avg_d=0.545 std_dev=0.312
O3' B 0, 0.134, 0.465, 0.796, 0.928 max_d=0.928 avg_d=0.465 std_dev=0.331
N7 B 0, 0.101, 0.436, 0.772, 0.885 max_d=0.885 avg_d=0.436 std_dev=0.336
O6 B 0, 0.189, 0.532, 0.874, 0.965 max_d=0.965 avg_d=0.532 std_dev=0.342

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.04 0.02 0.01
C2 0.01 0.00 0.04 0.05 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.06 0.01 0.06 0.06 0.06 0.04
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.04 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.08 0.07 0.05
C3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.04 0.02 0.05 0.04 0.04 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.05 0.09 0.07 0.06
C4 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01 0.06 0.06 0.05 0.04
C4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.04 0.01 0.01
C5 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.01 0.07 0.07 0.07 0.06
C5' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.04 0.03 0.02 0.05 0.05 0.03 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01
C6 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.06 0.01 0.08 0.08 0.08 0.07
C8 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.07 0.07 0.05 0.05
N1 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.06 0.01 0.07 0.07 0.07 0.06
N3 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.05 0.01 0.06 0.05 0.05 0.03
N6 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.06 0.01 0.08 0.09 0.10 0.08
N7 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01 0.08 0.08 0.08 0.07
N9 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.06 0.05 0.04 0.03
O2' 0.01 0.03 0.00 0.01 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.04 0.04 0.02
O3' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.04 0.01 0.05 0.01 0.06 0.03 0.06 0.05 0.06 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01 0.05 0.10 0.08 0.06
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.03 0.04 0.04
O5' 0.04 0.06 0.05 0.05 0.06 0.02 0.07 0.00 0.08 0.07 0.07 0.06 0.08 0.08 0.06 0.03 0.05 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.04 0.06 0.08 0.09 0.06 0.04 0.07 0.03 0.08 0.07 0.07 0.05 0.09 0.08 0.05 0.04 0.10 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.02 0.06 0.07 0.07 0.05 0.01 0.07 0.00 0.08 0.05 0.07 0.05 0.10 0.08 0.04 0.04 0.08 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00
P 0.01 0.04 0.05 0.06 0.04 0.01 0.06 0.01 0.07 0.05 0.06 0.03 0.08 0.07 0.03 0.02 0.06 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.11 0.08 0.13 0.12 0.08 0.12 0.07 0.10 0.07 0.08 0.07 0.10 0.09 0.08 0.09 0.17 0.12 0.10 0.06 0.08 0.06 0.09 0.07
C2 0.06 0.10 0.08 0.05 0.07 0.04 0.06 0.06 0.06 0.05 0.08 0.12 0.10 0.05 0.05 0.13 0.05 0.03 0.09 0.06 0.11 0.07 0.09
C2' 0.11 0.08 0.12 0.11 0.07 0.11 0.06 0.09 0.07 0.06 0.06 0.09 0.08 0.07 0.08 0.16 0.11 0.10 0.04 0.08 0.06 0.06 0.05
C3' 0.09 0.06 0.11 0.10 0.06 0.11 0.07 0.09 0.08 0.06 0.07 0.07 0.07 0.08 0.06 0.14 0.11 0.09 0.04 0.10 0.07 0.07 0.06
C4 0.07 0.06 0.09 0.07 0.05 0.06 0.05 0.02 0.05 0.06 0.05 0.08 0.07 0.07 0.05 0.14 0.07 0.04 0.05 0.07 0.04 0.04 0.03
C4' 0.11 0.06 0.13 0.13 0.06 0.13 0.05 0.12 0.06 0.06 0.05 0.07 0.07 0.06 0.07 0.17 0.14 0.10 0.08 0.08 0.11 0.12 0.10
C5 0.04 0.03 0.07 0.05 0.04 0.03 0.06 0.02 0.06 0.08 0.04 0.04 0.03 0.09 0.05 0.11 0.05 0.04 0.07 0.08 0.06 0.05 0.06
C5' 0.11 0.07 0.14 0.13 0.07 0.14 0.06 0.13 0.07 0.06 0.06 0.08 0.08 0.07 0.08 0.18 0.15 0.11 0.08 0.09 0.12 0.12 0.10
C6 0.05 0.03 0.06 0.06 0.05 0.05 0.07 0.07 0.06 0.09 0.04 0.04 0.03 0.10 0.06 0.10 0.06 0.07 0.11 0.07 0.10 0.08 0.09
C8 0.06 0.03 0.08 0.07 0.04 0.06 0.07 0.04 0.07 0.07 0.05 0.04 0.04 0.09 0.05 0.13 0.07 0.04 0.04 0.09 0.02 0.04 0.03
N1 0.04 0.06 0.06 0.06 0.04 0.07 0.05 0.09 0.05 0.08 0.05 0.08 0.05 0.07 0.05 0.10 0.07 0.08 0.12 0.05 0.13 0.09 0.11
N3 0.10 0.10 0.11 0.08 0.08 0.07 0.07 0.02 0.07 0.06 0.08 0.12 0.10 0.06 0.07 0.15 0.07 0.06 0.05 0.07 0.06 0.04 0.04
N6 0.08 0.05 0.08 0.08 0.08 0.08 0.10 0.09 0.09 0.12 0.07 0.04 0.06 0.12 0.10 0.10 0.09 0.11 0.13 0.10 0.12 0.10 0.11
N7 0.04 0.03 0.07 0.05 0.05 0.04 0.08 0.01 0.08 0.09 0.05 0.02 0.03 0.10 0.05 0.11 0.05 0.04 0.06 0.10 0.04 0.04 0.04
N9 0.08 0.06 0.10 0.09 0.06 0.08 0.06 0.06 0.06 0.07 0.05 0.07 0.07 0.08 0.06 0.15 0.09 0.06 0.04 0.08 0.02 0.05 0.03
O2' 0.16 0.13 0.16 0.15 0.13 0.15 0.11 0.13 0.11 0.12 0.12 0.14 0.14 0.11 0.14 0.19 0.15 0.16 0.09 0.12 0.09 0.13 0.10
O3' 0.11 0.08 0.12 0.11 0.08 0.12 0.09 0.10 0.10 0.08 0.09 0.09 0.09 0.09 0.08 0.15 0.12 0.11 0.05 0.12 0.09 0.09 0.08
O4' 0.12 0.08 0.14 0.14 0.08 0.14 0.07 0.13 0.07 0.08 0.07 0.09 0.09 0.08 0.09 0.18 0.15 0.11 0.09 0.08 0.10 0.12 0.11
O5' 0.13 0.09 0.16 0.15 0.09 0.15 0.08 0.13 0.08 0.09 0.08 0.10 0.10 0.09 0.10 0.20 0.16 0.12 0.09 0.10 0.11 0.12 0.10
OP1 0.13 0.11 0.15 0.15 0.11 0.15 0.11 0.14 0.12 0.11 0.11 0.11 0.11 0.12 0.12 0.19 0.15 0.13 0.10 0.13 0.14 0.15 0.13
OP2 0.11 0.11 0.13 0.11 0.11 0.11 0.11 0.09 0.12 0.11 0.11 0.11 0.10 0.12 0.11 0.16 0.11 0.10 0.07 0.13 0.07 0.10 0.08
P 0.10 0.09 0.13 0.12 0.08 0.12 0.09 0.10 0.09 0.09 0.09 0.09 0.09 0.09 0.09 0.17 0.12 0.09 0.06 0.11 0.09 0.11 0.09

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.04 0.03 0.03
C2 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.05 0.01 0.07 0.00 0.08 0.08 0.07
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.05 0.04 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.05 0.03 0.03
C3' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.03 0.05 0.04 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.05 0.04 0.03
C4 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.02 0.01 0.07 0.00 0.07 0.07 0.07
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.04 0.02 0.03 0.02 0.04 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.03 0.01 0.02
C5 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.09 0.00 0.09 0.09 0.09
C5' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.04 0.00 0.05 0.00 0.05 0.07 0.04 0.03 0.03 0.07 0.04 0.02 0.02 0.01 0.00 0.06 0.03 0.01 0.01
C6 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.02 0.01 0.09 0.00 0.10 0.11 0.10
C8 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.02 0.10 0.01 0.09 0.06 0.08
N1 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.04 0.01 0.08 0.00 0.09 0.10 0.09
N2 0.01 0.00 0.05 0.05 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.07 0.06 0.01 0.06 0.01 0.07 0.08 0.07
N3 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.04 0.01 0.06 0.00 0.07 0.06 0.06
N7 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02 0.10 0.01 0.10 0.09 0.10
N9 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.07 0.00 0.07 0.05 0.05
O2' 0.01 0.06 0.00 0.01 0.04 0.02 0.03 0.02 0.04 0.01 0.05 0.07 0.06 0.02 0.01 0.00 0.04 0.02 0.03 0.04 0.06 0.03 0.03
O3' 0.02 0.05 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.04 0.06 0.04 0.02 0.02 0.04 0.00 0.01 0.05 0.02 0.07 0.06 0.05
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.04 0.03
O5' 0.03 0.07 0.02 0.03 0.07 0.01 0.09 0.00 0.09 0.10 0.08 0.06 0.06 0.10 0.07 0.03 0.05 0.02 0.00 0.10 0.01 0.01 0.00
O6 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.02 0.01 0.10 0.00 0.11 0.12 0.11
OP1 0.04 0.08 0.05 0.05 0.07 0.03 0.09 0.03 0.10 0.09 0.09 0.07 0.07 0.10 0.07 0.06 0.07 0.03 0.01 0.11 0.00 0.00 0.00
OP2 0.03 0.08 0.03 0.04 0.07 0.01 0.09 0.01 0.11 0.06 0.10 0.08 0.06 0.09 0.05 0.03 0.06 0.04 0.01 0.12 0.00 0.00 0.00
P 0.03 0.07 0.03 0.03 0.07 0.02 0.09 0.01 0.10 0.08 0.09 0.07 0.06 0.10 0.05 0.03 0.05 0.03 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00