ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50521

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.007, 0.017, 0.027, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.017 std_dev=0.010
C6 A 0, 0.004, 0.018, 0.031, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.018 std_dev=0.014
N7 A 0, 0.010, 0.025, 0.040, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.025 std_dev=0.015
N1 A 0, 0.011, 0.029, 0.047, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.029 std_dev=0.018
C4 A 0, 0.010, 0.031, 0.052, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.031 std_dev=0.021
C8 A 0, 0.012, 0.035, 0.058, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.035 std_dev=0.023
C2 A 0, 0.005, 0.029, 0.054, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.029 std_dev=0.024
N9 A 0, 0.013, 0.041, 0.068, 0.081 max_d=0.081 avg_d=0.041 std_dev=0.027
N3 A 0, 0.011, 0.039, 0.066, 0.084 max_d=0.084 avg_d=0.039 std_dev=0.028
C1' A 0, 0.007, 0.041, 0.075, 0.095 max_d=0.095 avg_d=0.041 std_dev=0.034
N6 A 0, 0.017, 0.059, 0.100, 0.118 max_d=0.118 avg_d=0.059 std_dev=0.042
C2' B 0, 0.330, 0.863, 1.397, 1.564 max_d=1.564 avg_d=0.863 std_dev=0.534
O2' B 0, 0.481, 1.068, 1.655, 1.689 max_d=1.689 avg_d=1.068 std_dev=0.587
O4' A 0, -0.145, 0.757, 1.659, 2.511 max_d=2.511 avg_d=0.757 std_dev=0.902
C1' B 0, 0.804, 1.740, 2.677, 2.719 max_d=2.719 avg_d=1.740 std_dev=0.936
C2' A 0, -0.176, 0.774, 1.724, 2.621 max_d=2.621 avg_d=0.774 std_dev=0.950
C3' B 0, 0.422, 1.438, 2.454, 2.783 max_d=2.783 avg_d=1.438 std_dev=1.016
O2' A 0, -0.217, 1.041, 2.299, 3.490 max_d=3.490 avg_d=1.041 std_dev=1.258
O3' B 0, 0.704, 1.967, 3.230, 3.384 max_d=3.384 avg_d=1.967 std_dev=1.263
C4' A 0, -0.230, 1.082, 2.395, 3.637 max_d=3.637 avg_d=1.082 std_dev=1.312
O4' B 0, 0.901, 2.216, 3.531, 3.919 max_d=3.919 avg_d=2.216 std_dev=1.315
C4' B 0, 0.752, 2.084, 3.416, 3.771 max_d=3.771 avg_d=2.084 std_dev=1.332
N9 B 0, 1.123, 2.523, 3.922, 3.684 max_d=3.684 avg_d=2.523 std_dev=1.400
C3' A 0, -0.300, 1.165, 2.630, 4.007 max_d=4.007 avg_d=1.165 std_dev=1.465
O3' A 0, -0.295, 1.514, 3.324, 5.015 max_d=5.015 avg_d=1.514 std_dev=1.809
C8 B 0, 1.138, 2.991, 4.843, 4.949 max_d=4.949 avg_d=2.991 std_dev=1.852
C4 B 0, 1.185, 3.215, 5.245, 5.978 max_d=5.978 avg_d=3.215 std_dev=2.030
C5' B 0, 0.798, 2.914, 5.030, 5.470 max_d=5.470 avg_d=2.914 std_dev=2.116
C5' A 0, -0.344, 1.934, 4.212, 6.359 max_d=6.359 avg_d=1.934 std_dev=2.278
O5' A 0, 0.184, 2.505, 4.827, 6.710 max_d=6.710 avg_d=2.505 std_dev=2.321
N7 B 0, 1.429, 3.829, 6.230, 6.110 max_d=6.110 avg_d=3.829 std_dev=2.400
N3 B 0, 0.798, 3.253, 5.708, 7.343 max_d=7.343 avg_d=3.253 std_dev=2.455
O5' B 0, 0.964, 3.454, 5.944, 6.338 max_d=6.338 avg_d=3.454 std_dev=2.490
C5 B 0, 1.498, 4.018, 6.538, 6.746 max_d=6.746 avg_d=4.018 std_dev=2.520
OP1 A 0, 1.078, 4.226, 7.374, 8.091 max_d=8.091 avg_d=4.226 std_dev=3.148
P A 0, 0.217, 3.402, 6.587, 8.903 max_d=8.903 avg_d=3.402 std_dev=3.185
P B 0, 0.763, 3.957, 7.152, 9.006 max_d=9.006 avg_d=3.957 std_dev=3.194
C2 B 0, 0.896, 4.200, 7.504, 9.734 max_d=9.734 avg_d=4.200 std_dev=3.304
C6 B 0, 1.614, 4.966, 8.319, 9.336 max_d=9.336 avg_d=4.966 std_dev=3.352
OP2 B 0, 0.692, 4.225, 7.758, 10.185 max_d=10.185 avg_d=4.225 std_dev=3.533
OP1 B 0, 0.277, 3.894, 7.512, 10.044 max_d=10.044 avg_d=3.894 std_dev=3.617
N1 B 0, 1.323, 5.000, 8.678, 10.737 max_d=10.737 avg_d=5.000 std_dev=3.677
OP2 A 0, 0.147, 3.946, 7.745, 10.485 max_d=10.485 avg_d=3.946 std_dev=3.799
O6 B 0, 1.834, 5.769, 9.703, 10.449 max_d=10.449 avg_d=5.769 std_dev=3.935
N2 B 0, 0.568, 4.523, 8.478, 11.366 max_d=11.366 avg_d=4.523 std_dev=3.955

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.08 0.00 0.02 0.04 0.01 0.03 0.01 0.04 0.02 0.07 0.08 0.02 0.03 0.01 0.01 0.05 0.00 0.14 0.43 0.56 0.16
C2 0.08 0.00 0.32 0.75 0.02 0.76 0.02 1.21 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.23 0.69 0.46 1.63 1.57 1.52 1.69
C2' 0.00 0.32 0.00 0.01 0.18 0.02 0.10 0.02 0.16 0.13 0.26 0.32 0.12 0.08 0.02 0.00 0.03 0.01 0.24 0.40 0.36 0.19
C3' 0.02 0.75 0.01 0.00 0.29 0.01 0.09 0.02 0.27 0.43 0.55 0.72 0.15 0.29 0.09 0.02 0.01 0.02 0.35 0.44 0.24 0.26
C4 0.04 0.02 0.18 0.29 0.00 0.33 0.01 0.50 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.11 0.26 0.24 0.83 1.02 0.85 0.87
C4' 0.01 0.76 0.02 0.01 0.33 0.00 0.13 0.01 0.31 0.38 0.58 0.72 0.20 0.22 0.03 0.14 0.02 0.00 0.03 0.32 0.44 0.14
C5 0.03 0.02 0.10 0.09 0.01 0.13 0.00 0.23 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.11 0.09 0.10 0.63 1.14 1.05 0.91
C5' 0.01 1.21 0.02 0.02 0.50 0.01 0.23 0.00 0.52 0.54 0.96 1.08 0.36 0.32 0.03 0.13 0.08 0.01 0.01 0.33 0.20 0.02
C6 0.04 0.01 0.16 0.27 0.01 0.31 0.01 0.52 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.13 0.24 0.20 0.95 1.37 1.18 1.20
C8 0.02 0.02 0.13 0.43 0.01 0.38 0.01 0.54 0.02 0.00 0.02 0.02 0.05 0.01 0.01 0.17 0.36 0.26 0.54 1.05 1.39 0.98
N1 0.07 0.01 0.26 0.55 0.02 0.58 0.01 0.96 0.01 0.02 0.00 0.01 0.03 0.01 0.03 0.17 0.51 0.36 1.40 1.56 1.41 1.56
N3 0.08 0.00 0.32 0.72 0.01 0.72 0.01 1.08 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.03 0.03 0.22 0.63 0.46 1.44 1.31 1.22 1.38
N6 0.02 0.02 0.12 0.15 0.01 0.20 0.02 0.36 0.00 0.05 0.03 0.02 0.00 0.05 0.02 0.13 0.13 0.13 0.83 1.46 1.32 1.22
N7 0.03 0.02 0.08 0.29 0.02 0.22 0.01 0.32 0.02 0.01 0.01 0.03 0.05 0.00 0.03 0.17 0.27 0.14 0.43 1.19 1.41 1.00
N9 0.01 0.03 0.02 0.09 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.03 0.00 0.07 0.05 0.01 0.28 0.73 0.77 0.50
O2' 0.01 0.23 0.00 0.02 0.11 0.14 0.11 0.13 0.13 0.17 0.17 0.22 0.13 0.17 0.07 0.00 0.05 0.10 0.12 0.30 0.69 0.26
O3' 0.05 0.69 0.03 0.01 0.26 0.02 0.09 0.08 0.24 0.36 0.51 0.63 0.13 0.27 0.05 0.05 0.00 0.03 0.40 0.37 0.58 0.34
O4' 0.00 0.46 0.01 0.02 0.24 0.00 0.10 0.01 0.20 0.26 0.36 0.46 0.13 0.14 0.01 0.10 0.03 0.00 0.19 0.44 0.56 0.06
O5' 0.14 1.63 0.24 0.35 0.83 0.03 0.63 0.01 0.95 0.54 1.40 1.44 0.83 0.43 0.28 0.12 0.40 0.19 0.00 0.00 0.01 0.01
OP1 0.43 1.57 0.40 0.44 1.02 0.32 1.14 0.33 1.37 1.05 1.56 1.31 1.46 1.19 0.73 0.30 0.37 0.44 0.00 0.00 0.01 0.01
OP2 0.56 1.52 0.36 0.24 0.85 0.44 1.05 0.20 1.18 1.39 1.41 1.22 1.32 1.41 0.77 0.69 0.58 0.56 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.16 1.69 0.19 0.26 0.87 0.14 0.91 0.02 1.20 0.98 1.56 1.38 1.22 1.00 0.50 0.26 0.34 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.98 1.93 0.22 0.74 1.32 1.41 1.29 1.97 1.50 1.15 1.80 2.32 1.68 1.19 1.09 0.24 0.98 1.57 2.56 1.47 2.96 2.50 2.88
C2 0.62 1.23 0.12 0.51 0.76 0.99 0.78 1.15 0.96 0.71 1.16 1.48 1.02 0.71 0.62 0.30 0.84 1.03 1.33 0.96 1.32 1.28 1.36
C2' 1.32 2.17 0.83 1.23 1.69 1.77 1.66 2.35 1.83 1.48 2.07 2.48 1.98 1.56 1.46 0.61 1.28 1.87 3.00 1.80 3.39 3.02 3.34
C3' 2.26 3.26 1.66 1.85 2.81 2.35 2.77 2.78 2.96 2.40 3.19 3.48 3.08 2.56 2.49 1.25 1.58 2.69 3.41 2.93 3.82 3.72 3.90
C4 0.74 1.40 0.11 0.66 0.83 1.28 0.80 1.64 1.00 0.80 1.28 1.78 1.15 0.75 0.70 0.21 0.99 1.33 2.02 0.98 2.13 1.82 2.12
C4' 2.13 3.55 1.36 1.42 2.85 2.02 2.83 2.45 3.12 2.31 3.45 3.89 3.25 2.52 2.41 0.99 1.11 2.47 3.09 3.09 3.60 3.42 3.62
C5 0.64 1.46 0.11 0.59 0.80 1.21 0.83 1.54 1.10 0.71 1.40 1.88 1.13 0.72 0.61 0.27 0.95 1.20 1.87 1.12 1.91 1.60 1.90
C5' 2.77 4.39 1.97 1.86 3.61 2.38 3.58 2.66 3.90 2.95 4.26 4.75 4.06 3.21 3.10 1.61 1.39 2.93 3.23 3.86 3.66 3.66 3.75
C6 0.55 1.63 0.16 0.48 0.94 1.02 1.03 1.26 1.35 0.72 1.63 2.03 1.23 0.85 0.64 0.34 0.87 0.99 1.48 1.40 1.40 1.29 1.45
C8 0.77 1.55 0.11 0.70 0.90 1.37 0.87 1.86 1.11 0.84 1.45 2.00 1.25 0.79 0.74 0.21 1.00 1.41 2.35 1.09 2.58 2.07 2.49
N1 0.54 1.59 0.18 0.42 0.97 0.88 1.05 1.03 1.32 0.73 1.56 1.90 1.25 0.87 0.67 0.38 0.80 0.88 1.19 1.36 1.09 1.13 1.16
N3 0.75 1.27 0.13 0.65 0.81 1.22 0.78 1.50 0.92 0.82 1.16 1.58 1.09 0.77 0.73 0.21 0.97 1.29 1.80 0.90 1.89 1.70 1.91
N6 0.52 1.92 0.20 0.41 1.14 0.94 1.30 1.16 1.71 0.82 2.00 2.36 1.41 1.06 0.74 0.36 0.83 0.88 1.36 1.81 1.20 1.20 1.28
N7 0.67 1.51 0.11 0.63 0.82 1.28 0.83 1.70 1.12 0.73 1.45 1.96 1.16 0.72 0.63 0.25 0.97 1.28 2.10 1.14 2.21 1.78 2.15
N9 0.82 1.59 0.12 0.71 0.99 1.37 0.95 1.85 1.15 0.92 1.46 2.00 1.34 0.88 0.83 0.20 1.01 1.45 2.34 1.12 2.58 2.14 2.52
O2' 0.83 1.77 0.44 0.97 1.28 1.41 1.31 2.15 1.48 1.21 1.69 2.08 1.56 1.29 1.06 0.58 1.17 1.42 2.85 1.49 3.50 2.96 3.31
O3' 2.39 3.56 1.86 2.05 3.13 2.44 3.17 2.94 3.39 2.72 3.57 3.71 3.33 2.95 2.76 1.38 1.75 2.78 3.60 3.39 4.30 4.21 4.37
O4' 1.49 2.69 0.68 0.91 2.01 1.64 1.97 2.12 2.24 1.61 2.57 3.10 2.40 1.73 1.66 0.40 0.86 1.95 2.72 2.21 3.15 2.79 3.11
O5' 2.80 4.11 2.10 1.93 3.44 2.41 3.39 2.57 3.66 2.87 3.97 4.45 3.85 3.07 3.02 1.86 1.50 2.92 3.13 3.61 3.34 3.44 3.52
OP1 2.46 3.79 1.68 1.52 3.10 2.11 3.13 2.29 3.46 2.64 3.76 4.19 3.43 2.86 2.70 1.45 0.96 2.62 2.86 3.48 2.95 3.08 3.18
OP2 2.85 4.78 2.23 1.87 3.88 2.07 3.94 2.08 4.37 3.14 4.74 5.20 4.30 3.51 3.27 2.01 1.53 2.69 2.62 4.39 2.85 3.27 3.12
P 2.84 4.27 2.13 1.87 3.56 2.31 3.56 2.41 3.88 3.00 4.19 4.63 3.93 3.25 3.11 1.92 1.40 2.86 2.96 3.87 3.11 3.34 3.35

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.07 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.03 0.03 0.05 0.06 0.10 0.07 0.04 0.01 0.01 0.02 0.01 0.18 0.02 0.19 1.00 0.48
C2 0.07 0.00 0.48 0.38 0.01 0.17 0.02 0.29 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.40 0.52 0.40 0.59 0.03 1.33 1.75 1.42
C2' 0.01 0.48 0.00 0.01 0.26 0.03 0.15 0.03 0.24 0.19 0.38 0.55 0.47 0.07 0.03 0.01 0.03 0.01 0.19 0.20 0.13 0.90 0.35
C3' 0.02 0.38 0.01 0.00 0.26 0.01 0.24 0.02 0.31 0.09 0.36 0.41 0.34 0.14 0.11 0.01 0.01 0.01 0.19 0.31 0.30 0.70 0.26
C4 0.03 0.01 0.26 0.26 0.00 0.04 0.00 0.11 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.17 0.31 0.19 0.33 0.02 0.81 1.45 0.97
C4' 0.01 0.17 0.03 0.01 0.04 0.00 0.09 0.01 0.07 0.24 0.10 0.27 0.17 0.21 0.07 0.07 0.02 0.00 0.03 0.12 0.21 0.56 0.18
C5 0.02 0.02 0.15 0.24 0.00 0.09 0.00 0.18 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.07 0.29 0.06 0.41 0.01 0.78 1.34 0.86
C5' 0.03 0.29 0.03 0.02 0.11 0.01 0.18 0.00 0.15 0.40 0.19 0.43 0.28 0.37 0.13 0.08 0.04 0.02 0.01 0.22 0.30 0.25 0.03
C6 0.03 0.01 0.24 0.31 0.02 0.07 0.01 0.15 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.15 0.39 0.14 0.38 0.01 1.03 1.46 1.04
C8 0.05 0.02 0.19 0.09 0.00 0.24 0.02 0.40 0.03 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.20 0.09 0.28 0.78 0.05 0.47 0.92 0.59
N1 0.06 0.01 0.38 0.36 0.02 0.10 0.01 0.19 0.01 0.03 0.00 0.01 0.02 0.03 0.03 0.30 0.49 0.29 0.46 0.03 1.28 1.67 1.30
N2 0.10 0.00 0.55 0.41 0.01 0.27 0.02 0.43 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.51 0.59 0.51 0.80 0.03 1.56 1.87 1.63
N3 0.07 0.01 0.47 0.34 0.00 0.17 0.01 0.28 0.02 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.39 0.45 0.40 0.53 0.03 1.12 1.67 1.29
N7 0.04 0.02 0.07 0.14 0.01 0.21 0.01 0.37 0.03 0.01 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.13 0.14 0.17 0.72 0.05 0.59 1.08 0.70
N9 0.01 0.02 0.03 0.11 0.01 0.07 0.02 0.13 0.02 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.12 0.02 0.37 0.03 0.43 1.16 0.63
O2' 0.01 0.40 0.01 0.01 0.17 0.07 0.07 0.08 0.15 0.20 0.30 0.51 0.39 0.13 0.03 0.00 0.02 0.06 0.11 0.11 0.28 0.75 0.23
O3' 0.02 0.52 0.03 0.01 0.31 0.02 0.29 0.04 0.39 0.09 0.49 0.59 0.45 0.14 0.12 0.02 0.00 0.02 0.13 0.38 0.53 0.51 0.19
O4' 0.01 0.40 0.01 0.01 0.19 0.00 0.06 0.02 0.14 0.28 0.29 0.51 0.40 0.17 0.02 0.06 0.02 0.00 0.09 0.09 0.18 0.88 0.46
O5' 0.18 0.59 0.19 0.19 0.33 0.03 0.41 0.01 0.38 0.78 0.46 0.80 0.53 0.72 0.37 0.11 0.13 0.09 0.00 0.43 0.02 0.02 0.02
O6 0.02 0.03 0.20 0.31 0.02 0.12 0.01 0.22 0.01 0.05 0.03 0.03 0.03 0.05 0.03 0.11 0.38 0.09 0.43 0.00 1.00 1.36 0.96
OP1 0.19 1.33 0.13 0.30 0.81 0.21 0.78 0.30 1.03 0.47 1.28 1.56 1.12 0.59 0.43 0.28 0.53 0.18 0.02 1.00 0.00 0.01 0.00
OP2 1.00 1.75 0.90 0.70 1.45 0.56 1.34 0.25 1.46 0.92 1.67 1.87 1.67 1.08 1.16 0.75 0.51 0.88 0.02 1.36 0.01 0.00 0.00
P 0.48 1.42 0.35 0.26 0.97 0.18 0.86 0.03 1.04 0.59 1.30 1.63 1.29 0.70 0.63 0.23 0.19 0.46 0.02 0.96 0.00 0.00 0.00