ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50523

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.001, 0.004, 0.007, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.004 std_dev=0.003
C2 A 0, 0.001, 0.006, 0.010, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.006 std_dev=0.004
C5 A 0, 0.002, 0.007, 0.011, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.007 std_dev=0.004
N1 A 0, 0.002, 0.007, 0.011, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.007 std_dev=0.005
N3 A 0, 0.003, 0.008, 0.013, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.008 std_dev=0.005
C4 A 0, 0.003, 0.009, 0.015, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.009 std_dev=0.006
C1' A 0, 0.002, 0.008, 0.015, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.008 std_dev=0.006
N9 A 0, 0.004, 0.011, 0.017, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.011 std_dev=0.007
N7 A 0, 0.005, 0.014, 0.022, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.014 std_dev=0.009
C8 A 0, 0.006, 0.017, 0.028, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.017 std_dev=0.011
N6 A 0, 0.003, 0.015, 0.028, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.015 std_dev=0.013
O4' A 0, 0.007, 0.032, 0.058, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.032 std_dev=0.026
C3' A 0, 0.015, 0.043, 0.070, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.043 std_dev=0.027
C2' A 0, -0.004, 0.026, 0.056, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.026 std_dev=0.030
C4' A 0, 0.012, 0.052, 0.093, 0.113 max_d=0.113 avg_d=0.052 std_dev=0.040
O3' A 0, 0.027, 0.074, 0.120, 0.117 max_d=0.117 avg_d=0.074 std_dev=0.046
O2' A 0, 0.002, 0.054, 0.106, 0.133 max_d=0.133 avg_d=0.054 std_dev=0.052
O5' A 0, 0.033, 0.090, 0.147, 0.149 max_d=0.149 avg_d=0.090 std_dev=0.057
C5' A 0, 0.029, 0.087, 0.145, 0.161 max_d=0.161 avg_d=0.087 std_dev=0.058
P A 0, 0.049, 0.130, 0.210, 0.217 max_d=0.217 avg_d=0.130 std_dev=0.081
O2' B 0, 0.020, 0.110, 0.201, 0.214 max_d=0.214 avg_d=0.110 std_dev=0.091
C2' B 0, 0.042, 0.136, 0.229, 0.226 max_d=0.226 avg_d=0.136 std_dev=0.094
C3' B 0, 0.044, 0.145, 0.246, 0.245 max_d=0.245 avg_d=0.145 std_dev=0.101
C1' B 0, 0.074, 0.177, 0.279, 0.248 max_d=0.248 avg_d=0.177 std_dev=0.103
N3 B 0, 0.066, 0.172, 0.278, 0.277 max_d=0.277 avg_d=0.172 std_dev=0.106
C4' B 0, 0.074, 0.180, 0.286, 0.257 max_d=0.257 avg_d=0.180 std_dev=0.106
O3' B 0, 0.028, 0.138, 0.248, 0.255 max_d=0.255 avg_d=0.138 std_dev=0.110
N9 B 0, 0.074, 0.188, 0.303, 0.306 max_d=0.306 avg_d=0.188 std_dev=0.115
O4' B 0, 0.084, 0.203, 0.321, 0.298 max_d=0.298 avg_d=0.203 std_dev=0.118
OP2 A 0, 0.084, 0.204, 0.324, 0.298 max_d=0.298 avg_d=0.204 std_dev=0.120
C4 B 0, 0.070, 0.191, 0.312, 0.337 max_d=0.337 avg_d=0.191 std_dev=0.121
C5' B 0, 0.092, 0.218, 0.344, 0.294 max_d=0.294 avg_d=0.218 std_dev=0.126
OP1 A 0, 0.093, 0.224, 0.355, 0.326 max_d=0.326 avg_d=0.224 std_dev=0.131
C2 B 0, 0.066, 0.198, 0.330, 0.346 max_d=0.346 avg_d=0.198 std_dev=0.132
N2 B 0, 0.062, 0.195, 0.327, 0.317 max_d=0.317 avg_d=0.195 std_dev=0.133
O5' B 0, 0.095, 0.234, 0.373, 0.366 max_d=0.366 avg_d=0.234 std_dev=0.139
C8 B 0, 0.073, 0.221, 0.370, 0.403 max_d=0.403 avg_d=0.221 std_dev=0.149
C5 B 0, 0.069, 0.230, 0.391, 0.456 max_d=0.456 avg_d=0.230 std_dev=0.161
OP2 B 0, 0.102, 0.266, 0.431, 0.450 max_d=0.450 avg_d=0.266 std_dev=0.164
P B 0, 0.101, 0.269, 0.436, 0.452 max_d=0.452 avg_d=0.269 std_dev=0.167
N1 B 0, 0.070, 0.241, 0.411, 0.464 max_d=0.464 avg_d=0.241 std_dev=0.170
N7 B 0, 0.066, 0.243, 0.421, 0.492 max_d=0.492 avg_d=0.243 std_dev=0.178
OP1 B 0, 0.108, 0.297, 0.486, 0.516 max_d=0.516 avg_d=0.297 std_dev=0.189
C6 B 0, 0.075, 0.264, 0.454, 0.533 max_d=0.533 avg_d=0.264 std_dev=0.190
O6 B 0, 0.080, 0.316, 0.552, 0.661 max_d=0.661 avg_d=0.316 std_dev=0.236

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.04 0.03
C2 0.02 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.04 0.02 0.01 0.07 0.04 0.04
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02
C3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00
C4 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.07 0.04 0.05
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.01
C5 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.08 0.05 0.05
C5' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01 0.02 0.03 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00
C6 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.08 0.05 0.05
C8 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.08 0.05 0.06
N1 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01 0.01 0.08 0.05 0.05
N3 0.02 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.04 0.02 0.01 0.06 0.04 0.04
N6 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.09 0.05 0.05
N7 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.09 0.05 0.07
N9 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.07 0.04 0.05
O2' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.03 0.04 0.02 0.03 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02
O3' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.04 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00
O4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.04 0.04 0.01
O5' 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.04 0.07 0.02 0.01 0.07 0.03 0.08 0.03 0.08 0.08 0.08 0.06 0.09 0.09 0.07 0.02 0.01 0.04 0.02 0.00 0.00 0.00
OP2 0.04 0.04 0.02 0.02 0.04 0.02 0.05 0.01 0.05 0.05 0.05 0.04 0.05 0.05 0.04 0.02 0.02 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.03 0.04 0.02 0.00 0.05 0.01 0.05 0.00 0.05 0.06 0.05 0.04 0.05 0.07 0.05 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.08 0.04 0.08 0.08 0.03 0.08 0.04 0.08 0.04 0.07 0.04 0.07 0.02 0.06 0.06 0.06 0.08 0.10 0.07 0.05 0.06 0.02 0.04
C2 0.09 0.04 0.09 0.10 0.04 0.10 0.05 0.09 0.03 0.08 0.03 0.06 0.03 0.07 0.07 0.08 0.09 0.12 0.08 0.04 0.07 0.04 0.05
C2' 0.07 0.04 0.07 0.08 0.02 0.08 0.03 0.07 0.04 0.07 0.05 0.07 0.02 0.05 0.05 0.06 0.08 0.10 0.06 0.05 0.06 0.02 0.04
C3' 0.06 0.05 0.06 0.07 0.01 0.07 0.02 0.07 0.04 0.05 0.06 0.08 0.02 0.04 0.04 0.04 0.07 0.09 0.06 0.06 0.05 0.01 0.03
C4 0.09 0.03 0.09 0.09 0.04 0.10 0.05 0.09 0.04 0.09 0.04 0.06 0.03 0.08 0.07 0.08 0.09 0.12 0.08 0.05 0.07 0.04 0.05
C4' 0.08 0.05 0.08 0.08 0.02 0.08 0.02 0.08 0.03 0.06 0.04 0.08 0.03 0.05 0.05 0.05 0.08 0.10 0.07 0.04 0.07 0.02 0.05
C5 0.08 0.04 0.09 0.09 0.05 0.10 0.06 0.09 0.05 0.09 0.04 0.06 0.03 0.08 0.07 0.09 0.09 0.12 0.08 0.06 0.07 0.05 0.06
C5' 0.09 0.05 0.09 0.09 0.04 0.10 0.03 0.10 0.02 0.08 0.04 0.08 0.04 0.06 0.07 0.07 0.09 0.12 0.09 0.03 0.08 0.03 0.06
C6 0.07 0.04 0.08 0.08 0.05 0.09 0.06 0.09 0.05 0.09 0.04 0.06 0.03 0.08 0.07 0.08 0.08 0.11 0.08 0.06 0.07 0.05 0.06
C8 0.09 0.04 0.09 0.09 0.05 0.10 0.06 0.09 0.05 0.10 0.04 0.06 0.03 0.09 0.07 0.08 0.09 0.12 0.08 0.06 0.07 0.04 0.06
N1 0.08 0.04 0.08 0.09 0.04 0.10 0.05 0.09 0.04 0.09 0.04 0.06 0.03 0.08 0.07 0.09 0.09 0.11 0.08 0.05 0.07 0.05 0.06
N3 0.09 0.03 0.10 0.10 0.04 0.10 0.05 0.09 0.03 0.08 0.03 0.06 0.03 0.07 0.07 0.08 0.09 0.12 0.08 0.04 0.07 0.04 0.05
N6 0.06 0.05 0.05 0.06 0.05 0.07 0.06 0.07 0.06 0.09 0.05 0.07 0.04 0.08 0.06 0.07 0.06 0.09 0.07 0.06 0.07 0.06 0.06
N7 0.08 0.04 0.09 0.09 0.05 0.10 0.07 0.09 0.06 0.10 0.05 0.06 0.03 0.09 0.08 0.09 0.09 0.12 0.08 0.07 0.07 0.05 0.06
N9 0.09 0.03 0.09 0.09 0.04 0.10 0.05 0.09 0.04 0.09 0.04 0.06 0.02 0.08 0.07 0.08 0.09 0.12 0.08 0.05 0.07 0.04 0.05
O2' 0.07 0.04 0.07 0.07 0.03 0.07 0.04 0.06 0.04 0.06 0.05 0.07 0.02 0.05 0.05 0.05 0.07 0.09 0.05 0.05 0.04 0.02 0.03
O3' 0.04 0.07 0.05 0.05 0.02 0.05 0.03 0.05 0.06 0.03 0.08 0.10 0.04 0.03 0.02 0.02 0.06 0.07 0.04 0.08 0.03 0.02 0.01
O4' 0.07 0.05 0.07 0.08 0.02 0.08 0.03 0.08 0.04 0.06 0.04 0.08 0.03 0.05 0.05 0.05 0.08 0.10 0.07 0.05 0.06 0.02 0.04
O5' 0.09 0.04 0.09 0.09 0.03 0.10 0.03 0.09 0.02 0.08 0.03 0.07 0.03 0.06 0.07 0.07 0.09 0.12 0.08 0.03 0.08 0.03 0.06
OP1 0.05 0.09 0.04 0.05 0.07 0.05 0.08 0.05 0.10 0.09 0.10 0.12 0.07 0.09 0.06 0.03 0.04 0.07 0.06 0.11 0.05 0.07 0.06
OP2 0.10 0.03 0.10 0.10 0.04 0.11 0.05 0.10 0.02 0.09 0.01 0.06 0.03 0.08 0.08 0.09 0.10 0.13 0.09 0.03 0.09 0.04 0.07
P 0.06 0.05 0.06 0.06 0.02 0.06 0.04 0.06 0.04 0.07 0.05 0.08 0.03 0.06 0.04 0.04 0.06 0.08 0.05 0.06 0.05 0.02 0.03

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01
C2 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.08 0.03 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02
C2' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.03 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01
C3' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.02 0.04 0.02 0.03 0.03 0.04 0.02 0.03 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01
C4 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.03 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02
C4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.04 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01
C5 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.03 0.00 0.05 0.01 0.04 0.03 0.05
C5' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.04 0.00 0.05 0.00 0.05 0.06 0.04 0.03 0.03 0.06 0.03 0.04 0.01 0.01 0.00 0.05 0.01 0.01 0.00
C6 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.02 0.01 0.04 0.00 0.04 0.03 0.05
C8 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.06 0.01 0.04 0.02 0.05
N1 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.07 0.02 0.01 0.03 0.00 0.03 0.02 0.03
N2 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.10 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01
N3 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01
N7 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.07 0.01 0.06 0.05 0.07
N9 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02
O2' 0.01 0.08 0.00 0.03 0.04 0.04 0.04 0.04 0.06 0.01 0.07 0.10 0.07 0.02 0.02 0.00 0.04 0.04 0.04 0.05 0.04 0.01 0.02
O3' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.02 0.04 0.02 0.04 0.03 0.04 0.03 0.04 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01
O4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.07 0.03
O5' 0.01 0.02 0.00 0.01 0.03 0.00 0.05 0.00 0.04 0.06 0.03 0.01 0.01 0.07 0.03 0.04 0.01 0.01 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00
O6 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.03 0.01 0.05 0.00 0.05 0.05 0.06
OP1 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.04 0.04 0.03 0.01 0.01 0.06 0.02 0.04 0.01 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00
OP2 0.04 0.01 0.03 0.02 0.01 0.03 0.03 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01 0.01 0.05 0.01 0.01 0.02 0.07 0.01 0.05 0.00 0.00 0.00
P 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.05 0.00 0.05 0.05 0.03 0.01 0.01 0.07 0.02 0.02 0.01 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00