ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50526

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.003, 0.008, 0.012, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.008 std_dev=0.005
C2 A 0, 0.005, 0.012, 0.020, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.012 std_dev=0.007
C1' A 0, 0.006, 0.015, 0.024, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.015 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.002, 0.012, 0.021, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.012 std_dev=0.010
N3 A 0, 0.008, 0.018, 0.029, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.018 std_dev=0.011
C5 A 0, 0.005, 0.016, 0.028, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.016 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.002, 0.015, 0.028, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.015 std_dev=0.013
N9 A 0, 0.004, 0.021, 0.039, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.021 std_dev=0.018
N7 A 0, 0.011, 0.036, 0.061, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.036 std_dev=0.025
C8 A 0, 0.007, 0.033, 0.058, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.033 std_dev=0.026
N6 A 0, 0.007, 0.058, 0.109, 0.133 max_d=0.133 avg_d=0.058 std_dev=0.051
N3 B 0, 0.004, 0.084, 0.164, 0.208 max_d=0.208 avg_d=0.084 std_dev=0.080
C2 B 0, 0.044, 0.162, 0.280, 0.292 max_d=0.292 avg_d=0.162 std_dev=0.118
N1 B 0, 0.053, 0.172, 0.291, 0.314 max_d=0.314 avg_d=0.172 std_dev=0.119
C4 B 0, 0.046, 0.179, 0.312, 0.352 max_d=0.352 avg_d=0.179 std_dev=0.133
C6 B 0, 0.063, 0.203, 0.344, 0.342 max_d=0.342 avg_d=0.203 std_dev=0.140
O6 B 0, 0.083, 0.263, 0.443, 0.437 max_d=0.437 avg_d=0.263 std_dev=0.180
C5 B 0, 0.051, 0.245, 0.440, 0.518 max_d=0.518 avg_d=0.245 std_dev=0.194
C3' B 0, 0.046, 0.248, 0.450, 0.485 max_d=0.485 avg_d=0.248 std_dev=0.202
O4' B 0, 0.036, 0.241, 0.446, 0.509 max_d=0.509 avg_d=0.241 std_dev=0.205
C4' B 0, 0.045, 0.252, 0.459, 0.458 max_d=0.458 avg_d=0.252 std_dev=0.207
C2' B 0, 0.051, 0.266, 0.481, 0.540 max_d=0.540 avg_d=0.266 std_dev=0.215
O3' B 0, 0.036, 0.255, 0.474, 0.476 max_d=0.476 avg_d=0.255 std_dev=0.219
C1' B 0, 0.016, 0.237, 0.459, 0.586 max_d=0.586 avg_d=0.237 std_dev=0.222
N9 B 0, 0.021, 0.254, 0.487, 0.624 max_d=0.624 avg_d=0.254 std_dev=0.233
C5' B 0, 0.061, 0.312, 0.564, 0.602 max_d=0.602 avg_d=0.312 std_dev=0.252
N2 B 0, -0.004, 0.264, 0.533, 0.696 max_d=0.696 avg_d=0.264 std_dev=0.268
O2' B 0, 0.027, 0.361, 0.695, 0.865 max_d=0.865 avg_d=0.361 std_dev=0.334
O4' A 0, -0.103, 0.237, 0.576, 0.823 max_d=0.823 avg_d=0.237 std_dev=0.340
N7 B 0, 0.015, 0.365, 0.715, 0.922 max_d=0.922 avg_d=0.365 std_dev=0.350
C2' A 0, -0.121, 0.234, 0.589, 0.848 max_d=0.848 avg_d=0.234 std_dev=0.355
P A 0, -0.043, 0.314, 0.671, 0.906 max_d=0.906 avg_d=0.314 std_dev=0.357
OP2 A 0, -0.013, 0.347, 0.707, 0.920 max_d=0.920 avg_d=0.347 std_dev=0.360
C8 B 0, -0.003, 0.371, 0.746, 0.978 max_d=0.978 avg_d=0.371 std_dev=0.375
O2' A 0, -0.110, 0.293, 0.696, 0.988 max_d=0.988 avg_d=0.293 std_dev=0.403
C4' A 0, -0.159, 0.301, 0.761, 1.096 max_d=1.096 avg_d=0.301 std_dev=0.460
OP1 A 0, -0.112, 0.357, 0.827, 1.161 max_d=1.161 avg_d=0.357 std_dev=0.470
C3' A 0, -0.183, 0.336, 0.855, 1.234 max_d=1.234 avg_d=0.336 std_dev=0.519
O5' A 0, -0.147, 0.378, 0.902, 1.279 max_d=1.279 avg_d=0.378 std_dev=0.525
O5' B 0, -0.002, 0.573, 1.148, 1.469 max_d=1.469 avg_d=0.573 std_dev=0.575
O3' A 0, -0.230, 0.429, 1.088, 1.569 max_d=1.569 avg_d=0.429 std_dev=0.659
P B 0, -0.115, 0.660, 1.434, 1.964 max_d=1.964 avg_d=0.660 std_dev=0.775
OP1 B 0, -0.194, 0.605, 1.404, 1.978 max_d=1.978 avg_d=0.605 std_dev=0.799
C5' A 0, -0.300, 0.558, 1.416, 2.042 max_d=2.042 avg_d=0.558 std_dev=0.858
OP2 B 0, -0.020, 0.871, 1.761, 2.234 max_d=2.234 avg_d=0.871 std_dev=0.890

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.03 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.05 0.18 0.05
C2 0.03 0.00 0.20 0.17 0.01 0.02 0.02 0.11 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.16 0.18 0.09 0.35 0.23 0.18 0.21
C2' 0.00 0.20 0.00 0.00 0.08 0.01 0.01 0.02 0.05 0.12 0.14 0.20 0.03 0.08 0.03 0.00 0.01 0.01 0.20 0.17 0.42 0.26
C3' 0.01 0.17 0.00 0.00 0.04 0.01 0.03 0.02 0.02 0.12 0.11 0.17 0.04 0.09 0.05 0.02 0.01 0.01 0.28 0.31 0.50 0.36
C4 0.01 0.01 0.08 0.04 0.00 0.03 0.00 0.09 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.08 0.04 0.06 0.25 0.10 0.17 0.13
C4' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.04 0.01 0.03 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.15 0.02
C5 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.07 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.03 0.03 0.02 0.29 0.15 0.17 0.16
C5' 0.02 0.11 0.02 0.02 0.09 0.01 0.07 0.00 0.07 0.03 0.09 0.12 0.07 0.03 0.06 0.04 0.02 0.02 0.01 0.12 0.03 0.03
C6 0.01 0.00 0.05 0.02 0.01 0.02 0.01 0.07 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.06 0.02 0.03 0.34 0.23 0.18 0.20
C8 0.01 0.02 0.12 0.12 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.00 0.02 0.01 0.08 0.00 0.00 0.06 0.12 0.05 0.20 0.06 0.17 0.10
N1 0.02 0.00 0.14 0.11 0.01 0.02 0.01 0.09 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.00 0.13 0.11 0.06 0.36 0.27 0.18 0.22
N3 0.03 0.01 0.20 0.17 0.01 0.03 0.00 0.12 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.15 0.17 0.11 0.29 0.12 0.17 0.15
N6 0.04 0.01 0.03 0.04 0.02 0.04 0.03 0.07 0.00 0.08 0.03 0.01 0.00 0.09 0.04 0.03 0.05 0.03 0.35 0.26 0.18 0.22
N7 0.01 0.02 0.08 0.09 0.01 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.02 0.01 0.09 0.00 0.02 0.02 0.10 0.05 0.26 0.13 0.18 0.15
N9 0.01 0.01 0.03 0.05 0.00 0.03 0.01 0.06 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.02 0.00 0.01 0.04 0.01 0.18 0.04 0.17 0.09
O2' 0.01 0.16 0.00 0.02 0.08 0.03 0.03 0.04 0.06 0.06 0.13 0.15 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.03 0.03 0.33 0.12
O3' 0.01 0.18 0.01 0.01 0.04 0.01 0.03 0.02 0.02 0.12 0.11 0.17 0.05 0.10 0.04 0.01 0.00 0.01 0.20 0.32 0.58 0.38
O4' 0.01 0.09 0.01 0.01 0.06 0.01 0.02 0.02 0.03 0.05 0.06 0.11 0.03 0.05 0.01 0.03 0.01 0.00 0.03 0.13 0.05 0.12
O5' 0.08 0.35 0.20 0.28 0.25 0.02 0.29 0.01 0.34 0.20 0.36 0.29 0.35 0.26 0.18 0.03 0.20 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01
OP1 0.05 0.23 0.17 0.31 0.10 0.01 0.15 0.12 0.23 0.06 0.27 0.12 0.26 0.13 0.04 0.03 0.32 0.13 0.00 0.00 0.01 0.00
OP2 0.18 0.18 0.42 0.50 0.17 0.15 0.17 0.03 0.18 0.17 0.18 0.17 0.18 0.18 0.17 0.33 0.58 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00
P 0.05 0.21 0.26 0.36 0.13 0.02 0.16 0.03 0.20 0.10 0.22 0.15 0.22 0.15 0.09 0.12 0.38 0.12 0.01 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.08 0.06 0.08 0.10 0.01 0.19 0.02 0.20 0.03 0.07 0.05 0.09 0.02 0.04 0.06 0.19 0.09 0.19 0.12 0.03 0.20 0.11 0.13
C2 0.08 0.04 0.12 0.11 0.02 0.20 0.03 0.25 0.02 0.07 0.03 0.05 0.03 0.05 0.05 0.24 0.12 0.20 0.04 0.02 0.10 0.08 0.06
C2' 0.20 0.27 0.33 0.25 0.23 0.12 0.23 0.12 0.25 0.19 0.27 0.29 0.25 0.21 0.20 0.49 0.25 0.10 0.15 0.26 0.08 0.15 0.10
C3' 0.11 0.04 0.28 0.31 0.05 0.20 0.04 0.24 0.04 0.07 0.03 0.03 0.05 0.05 0.07 0.37 0.31 0.09 0.16 0.04 0.10 0.16 0.10
C4 0.08 0.01 0.10 0.13 0.02 0.23 0.02 0.27 0.02 0.06 0.01 0.01 0.01 0.04 0.05 0.23 0.11 0.22 0.04 0.02 0.12 0.03 0.07
C4' 0.25 0.23 0.17 0.11 0.27 0.14 0.28 0.09 0.27 0.28 0.25 0.20 0.25 0.29 0.27 0.16 0.12 0.23 0.20 0.27 0.23 0.24 0.20
C5 0.08 0.02 0.12 0.13 0.03 0.23 0.04 0.29 0.03 0.09 0.00 0.06 0.02 0.08 0.06 0.25 0.11 0.21 0.08 0.04 0.08 0.11 0.10
C5' 0.49 0.56 0.44 0.25 0.57 0.19 0.58 0.09 0.59 0.54 0.58 0.53 0.56 0.57 0.54 0.53 0.27 0.35 0.28 0.60 0.24 0.36 0.28
C6 0.10 0.04 0.13 0.12 0.05 0.20 0.07 0.28 0.04 0.14 0.01 0.10 0.01 0.12 0.09 0.27 0.12 0.17 0.16 0.06 0.14 0.20 0.17
C8 0.09 0.01 0.10 0.13 0.02 0.24 0.03 0.28 0.03 0.06 0.02 0.02 0.02 0.05 0.05 0.23 0.11 0.23 0.05 0.04 0.10 0.03 0.07
N1 0.11 0.05 0.13 0.11 0.04 0.18 0.05 0.27 0.02 0.13 0.03 0.10 0.02 0.10 0.09 0.27 0.13 0.16 0.15 0.02 0.12 0.20 0.15
N3 0.08 0.01 0.10 0.12 0.03 0.22 0.04 0.25 0.02 0.06 0.02 0.01 0.02 0.05 0.06 0.21 0.10 0.22 0.07 0.02 0.16 0.03 0.10
N6 0.15 0.04 0.16 0.11 0.11 0.16 0.15 0.25 0.11 0.23 0.04 0.12 0.03 0.22 0.16 0.30 0.13 0.12 0.27 0.13 0.25 0.31 0.28
N7 0.08 0.02 0.11 0.13 0.03 0.23 0.05 0.29 0.04 0.09 0.01 0.06 0.02 0.08 0.06 0.26 0.10 0.21 0.08 0.05 0.09 0.11 0.10
N9 0.09 0.01 0.10 0.13 0.03 0.22 0.03 0.25 0.02 0.06 0.02 0.02 0.01 0.04 0.06 0.21 0.10 0.22 0.07 0.02 0.14 0.03 0.09
O2' 0.17 0.39 0.28 0.16 0.27 0.04 0.28 0.03 0.34 0.18 0.39 0.45 0.33 0.22 0.20 0.45 0.14 0.06 0.11 0.34 0.13 0.10 0.04
O3' 0.15 0.08 0.35 0.39 0.08 0.27 0.07 0.34 0.07 0.09 0.07 0.08 0.09 0.08 0.10 0.43 0.36 0.13 0.18 0.06 0.10 0.19 0.11
O4' 0.31 0.23 0.27 0.28 0.28 0.32 0.28 0.30 0.26 0.31 0.23 0.18 0.25 0.30 0.30 0.20 0.27 0.35 0.25 0.26 0.31 0.28 0.27
O5' 0.02 0.08 0.06 0.02 0.02 0.14 0.01 0.16 0.02 0.04 0.06 0.11 0.07 0.04 0.01 0.14 0.01 0.10 0.17 0.01 0.12 0.17 0.04
OP1 0.06 0.11 0.08 0.02 0.07 0.24 0.05 0.29 0.06 0.03 0.10 0.15 0.10 0.03 0.05 0.20 0.01 0.20 0.23 0.05 0.11 0.20 0.01
OP2 0.25 0.16 0.28 0.06 0.25 0.04 0.31 0.10 0.27 0.39 0.21 0.14 0.16 0.38 0.30 0.43 0.01 0.11 0.45 0.30 0.47 0.45 0.44
P 0.05 0.06 0.12 0.01 0.04 0.13 0.07 0.17 0.05 0.12 0.05 0.11 0.04 0.12 0.07 0.22 0.00 0.06 0.23 0.06 0.24 0.22 0.18

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.03 0.01 0.05 0.07 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.23 0.02 0.23 0.08 0.17
C2 0.05 0.00 0.21 0.13 0.02 0.06 0.02 0.11 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.36 0.12 0.13 0.27 0.01 0.23 0.20 0.22
C2' 0.00 0.21 0.00 0.00 0.10 0.00 0.05 0.03 0.10 0.11 0.18 0.26 0.20 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00 0.50 0.08 0.51 0.35 0.46
C3' 0.00 0.13 0.00 0.00 0.06 0.01 0.03 0.02 0.06 0.06 0.11 0.17 0.11 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.37 0.05 0.41 0.21 0.33
C4 0.02 0.02 0.10 0.06 0.00 0.04 0.01 0.10 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.16 0.05 0.07 0.29 0.01 0.24 0.18 0.22
C4' 0.00 0.06 0.00 0.01 0.04 0.00 0.04 0.00 0.05 0.04 0.06 0.07 0.05 0.04 0.03 0.02 0.02 0.00 0.01 0.04 0.17 0.18 0.01
C5 0.02 0.02 0.05 0.03 0.01 0.04 0.00 0.11 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.08 0.03 0.04 0.32 0.01 0.26 0.25 0.25
C5' 0.03 0.11 0.03 0.02 0.10 0.00 0.11 0.00 0.12 0.10 0.12 0.12 0.10 0.11 0.08 0.03 0.03 0.01 0.00 0.12 0.20 0.31 0.01
C6 0.03 0.01 0.10 0.06 0.01 0.05 0.00 0.12 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.16 0.06 0.06 0.33 0.00 0.27 0.28 0.26
C8 0.01 0.03 0.11 0.06 0.01 0.04 0.01 0.10 0.01 0.00 0.02 0.04 0.02 0.00 0.00 0.16 0.05 0.08 0.31 0.01 0.25 0.21 0.23
N1 0.05 0.01 0.18 0.11 0.02 0.06 0.01 0.12 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.28 0.10 0.10 0.30 0.01 0.25 0.25 0.24
N2 0.07 0.01 0.26 0.17 0.03 0.07 0.02 0.12 0.02 0.04 0.01 0.00 0.02 0.03 0.04 0.45 0.16 0.15 0.25 0.02 0.22 0.19 0.21
N3 0.04 0.01 0.20 0.11 0.01 0.05 0.01 0.10 0.01 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.33 0.11 0.12 0.25 0.01 0.22 0.16 0.20
N7 0.01 0.02 0.05 0.04 0.01 0.04 0.00 0.11 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.00 0.00 0.10 0.03 0.04 0.33 0.01 0.27 0.28 0.26
N9 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.08 0.01 0.00 0.03 0.04 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.28 0.01 0.23 0.14 0.20
O2' 0.01 0.36 0.00 0.01 0.16 0.02 0.08 0.03 0.16 0.16 0.28 0.45 0.33 0.10 0.02 0.00 0.03 0.01 0.54 0.12 0.61 0.52 0.55
O3' 0.01 0.12 0.00 0.01 0.05 0.02 0.03 0.03 0.06 0.05 0.10 0.16 0.11 0.03 0.01 0.03 0.00 0.01 0.24 0.05 0.30 0.18 0.22
O4' 0.00 0.13 0.00 0.01 0.07 0.00 0.04 0.01 0.06 0.08 0.10 0.15 0.12 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.15 0.05 0.17 0.21 0.10
O5' 0.23 0.27 0.50 0.37 0.29 0.01 0.32 0.00 0.33 0.31 0.30 0.25 0.25 0.33 0.28 0.54 0.24 0.15 0.00 0.34 0.02 0.01 0.01
O6 0.02 0.01 0.08 0.05 0.01 0.04 0.01 0.12 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.12 0.05 0.05 0.34 0.00 0.28 0.31 0.27
OP1 0.23 0.23 0.51 0.41 0.24 0.17 0.26 0.20 0.27 0.25 0.25 0.22 0.22 0.27 0.23 0.61 0.30 0.17 0.02 0.28 0.00 0.01 0.00
OP2 0.08 0.20 0.35 0.21 0.18 0.18 0.25 0.31 0.28 0.21 0.25 0.19 0.16 0.28 0.14 0.52 0.18 0.21 0.01 0.31 0.01 0.00 0.01
P 0.17 0.22 0.46 0.33 0.22 0.01 0.25 0.01 0.26 0.23 0.24 0.21 0.20 0.26 0.20 0.55 0.22 0.10 0.01 0.27 0.00 0.01 0.00