ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50529

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.001, 0.004, 0.006, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.004 std_dev=0.003
C6 A 0, 0.001, 0.005, 0.008, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.005 std_dev=0.004
C1' A 0, 0.000, 0.005, 0.011, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.005 std_dev=0.005
C5 A 0, 0.000, 0.007, 0.013, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.007 std_dev=0.006
N3 A 0, -0.001, 0.007, 0.015, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.007 std_dev=0.008
N1 A 0, -0.002, 0.006, 0.014, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.006 std_dev=0.008
C4 A 0, -0.002, 0.008, 0.018, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.008 std_dev=0.010
N9 A 0, -0.002, 0.009, 0.019, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.009 std_dev=0.010
N6 A 0, 0.001, 0.012, 0.022, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.012 std_dev=0.011
N7 A 0, 0.001, 0.012, 0.024, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.012 std_dev=0.011
C8 A 0, 0.000, 0.016, 0.032, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.016 std_dev=0.016
O4' A 0, 0.002, 0.066, 0.130, 0.153 max_d=0.153 avg_d=0.066 std_dev=0.064
C2' A 0, -0.004, 0.065, 0.134, 0.161 max_d=0.161 avg_d=0.065 std_dev=0.069
OP2 A 0, 0.034, 0.117, 0.201, 0.186 max_d=0.186 avg_d=0.117 std_dev=0.083
O2' A 0, -0.011, 0.084, 0.179, 0.217 max_d=0.217 avg_d=0.084 std_dev=0.095
C4' A 0, 0.004, 0.106, 0.208, 0.244 max_d=0.244 avg_d=0.106 std_dev=0.102
C3' A 0, 0.005, 0.108, 0.210, 0.246 max_d=0.246 avg_d=0.108 std_dev=0.103
P A 0, 0.029, 0.142, 0.254, 0.276 max_d=0.276 avg_d=0.142 std_dev=0.113
C5' A 0, -0.003, 0.153, 0.308, 0.366 max_d=0.366 avg_d=0.153 std_dev=0.156
C5' B 0, 0.066, 0.226, 0.386, 0.340 max_d=0.340 avg_d=0.226 std_dev=0.160
O5' A 0, -0.006, 0.155, 0.316, 0.377 max_d=0.377 avg_d=0.155 std_dev=0.161
OP1 A 0, 0.030, 0.193, 0.356, 0.399 max_d=0.399 avg_d=0.193 std_dev=0.163
O3' A 0, -0.009, 0.157, 0.324, 0.388 max_d=0.388 avg_d=0.157 std_dev=0.166
O5' B 0, 0.053, 0.236, 0.419, 0.446 max_d=0.446 avg_d=0.236 std_dev=0.183
C4' B 0, 0.071, 0.254, 0.438, 0.425 max_d=0.425 avg_d=0.254 std_dev=0.183
O4' B 0, 0.082, 0.281, 0.479, 0.426 max_d=0.426 avg_d=0.281 std_dev=0.199
C3' B 0, 0.083, 0.291, 0.499, 0.473 max_d=0.473 avg_d=0.291 std_dev=0.208
C1' B 0, 0.087, 0.297, 0.507, 0.448 max_d=0.448 avg_d=0.297 std_dev=0.210
P B 0, 0.049, 0.263, 0.478, 0.525 max_d=0.525 avg_d=0.263 std_dev=0.215
O2' B 0, 0.076, 0.291, 0.506, 0.514 max_d=0.514 avg_d=0.291 std_dev=0.215
C2' B 0, 0.087, 0.303, 0.518, 0.486 max_d=0.486 avg_d=0.303 std_dev=0.216
OP1 B 0, 0.077, 0.293, 0.509, 0.516 max_d=0.516 avg_d=0.293 std_dev=0.216
O3' B 0, 0.085, 0.310, 0.535, 0.529 max_d=0.529 avg_d=0.310 std_dev=0.225
N9 B 0, 0.100, 0.351, 0.601, 0.574 max_d=0.574 avg_d=0.351 std_dev=0.251
OP2 B 0, 0.007, 0.266, 0.524, 0.616 max_d=0.616 avg_d=0.266 std_dev=0.259
C4 B 0, 0.108, 0.390, 0.671, 0.656 max_d=0.656 avg_d=0.390 std_dev=0.282
C8 B 0, 0.111, 0.393, 0.676, 0.648 max_d=0.648 avg_d=0.393 std_dev=0.282
N3 B 0, 0.112, 0.394, 0.676, 0.646 max_d=0.646 avg_d=0.394 std_dev=0.282
C5 B 0, 0.120, 0.442, 0.764, 0.759 max_d=0.759 avg_d=0.442 std_dev=0.322
N7 B 0, 0.124, 0.448, 0.771, 0.753 max_d=0.753 avg_d=0.448 std_dev=0.323
C2 B 0, 0.126, 0.450, 0.775, 0.751 max_d=0.751 avg_d=0.450 std_dev=0.324
N2 B 0, 0.140, 0.485, 0.831, 0.778 max_d=0.778 avg_d=0.485 std_dev=0.345
N1 B 0, 0.134, 0.494, 0.855, 0.850 max_d=0.850 avg_d=0.494 std_dev=0.361
C6 B 0, 0.133, 0.498, 0.863, 0.865 max_d=0.865 avg_d=0.498 std_dev=0.365
O6 B 0, 0.149, 0.558, 0.967, 0.970 max_d=0.970 avg_d=0.558 std_dev=0.409

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.17 0.03 0.07
C2 0.01 0.00 0.05 0.04 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.07 0.01 0.03 0.12 0.03 0.05
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.05 0.05 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.14 0.02 0.04
C3' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.04 0.04 0.04 0.02 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.10 0.05 0.02
C4 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01 0.05 0.13 0.03 0.05
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.04 0.01 0.01 0.02 0.04 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.11 0.02 0.03
C5 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.02 0.07 0.09 0.02 0.03
C5' 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.04 0.07 0.02 0.01 0.05 0.07 0.03 0.02 0.00 0.00 0.00 0.04 0.04 0.00
C6 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.03 0.02 0.06 0.07 0.02 0.02
C8 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.02 0.09 0.12 0.03 0.04
N1 0.00 0.00 0.05 0.04 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.06 0.01 0.05 0.09 0.03 0.04
N3 0.01 0.00 0.05 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.05 0.00 0.03 0.14 0.03 0.06
N6 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.03 0.02 0.08 0.03 0.02 0.01
N7 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.09 0.07 0.02 0.02
N9 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.15 0.03 0.06
O2' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.03 0.02 0.03 0.02 0.04 0.02 0.06 0.06 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.02 0.13 0.04 0.03
O3' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.00 0.03 0.04 0.06 0.05 0.03 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.07 0.09 0.01
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.17 0.04 0.08
O5' 0.03 0.03 0.01 0.00 0.05 0.00 0.07 0.00 0.06 0.09 0.05 0.03 0.08 0.09 0.05 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.17 0.12 0.14 0.10 0.13 0.11 0.09 0.04 0.07 0.12 0.09 0.14 0.03 0.07 0.15 0.13 0.07 0.17 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.03 0.03 0.02 0.05 0.03 0.02 0.02 0.04 0.02 0.03 0.03 0.03 0.02 0.02 0.03 0.04 0.09 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.07 0.05 0.04 0.02 0.05 0.03 0.03 0.00 0.02 0.04 0.04 0.06 0.01 0.02 0.06 0.03 0.01 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.06 0.03 0.03 0.04 0.06 0.05 0.07 0.02 0.07 0.09 0.05 0.01 0.04 0.09 0.07 0.02 0.03 0.09 0.03 0.08 0.14 0.08 0.08
C2 0.05 0.04 0.06 0.04 0.06 0.02 0.07 0.03 0.07 0.08 0.05 0.04 0.04 0.08 0.06 0.12 0.08 0.08 0.02 0.08 0.12 0.04 0.07
C2' 0.06 0.04 0.04 0.06 0.07 0.06 0.09 0.04 0.08 0.10 0.06 0.02 0.04 0.11 0.08 0.01 0.06 0.09 0.01 0.10 0.13 0.07 0.07
C3' 0.04 0.01 0.02 0.05 0.04 0.05 0.07 0.03 0.06 0.09 0.03 0.02 0.01 0.09 0.06 0.03 0.05 0.07 0.00 0.08 0.13 0.07 0.07
C4 0.04 0.02 0.03 0.01 0.04 0.01 0.06 0.02 0.06 0.07 0.04 0.02 0.03 0.08 0.05 0.07 0.03 0.07 0.03 0.07 0.14 0.06 0.08
C4' 0.05 0.02 0.02 0.04 0.05 0.05 0.06 0.02 0.06 0.09 0.03 0.02 0.02 0.09 0.06 0.03 0.04 0.08 0.01 0.07 0.13 0.07 0.07
C5 0.02 0.01 0.05 0.03 0.02 0.02 0.04 0.03 0.04 0.06 0.02 0.03 0.02 0.06 0.03 0.10 0.06 0.05 0.03 0.05 0.13 0.05 0.08
C5' 0.04 0.05 0.04 0.02 0.04 0.03 0.05 0.01 0.05 0.07 0.04 0.07 0.05 0.07 0.05 0.07 0.01 0.07 0.03 0.05 0.14 0.08 0.08
C6 0.02 0.03 0.08 0.07 0.02 0.04 0.03 0.05 0.03 0.05 0.01 0.05 0.03 0.06 0.02 0.15 0.10 0.04 0.03 0.05 0.12 0.03 0.07
C8 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.05 0.02 0.04 0.06 0.02 0.02 0.01 0.06 0.04 0.06 0.03 0.06 0.03 0.05 0.15 0.07 0.10
N1 0.03 0.03 0.09 0.07 0.03 0.05 0.05 0.05 0.05 0.06 0.04 0.05 0.04 0.07 0.04 0.17 0.12 0.05 0.03 0.06 0.11 0.03 0.06
N3 0.06 0.04 0.03 0.02 0.06 0.03 0.07 0.02 0.07 0.09 0.06 0.03 0.04 0.09 0.07 0.07 0.03 0.08 0.03 0.08 0.13 0.06 0.08
N6 0.04 0.04 0.11 0.09 0.01 0.06 0.02 0.06 0.02 0.04 0.01 0.08 0.05 0.05 0.00 0.18 0.13 0.02 0.03 0.04 0.11 0.03 0.06
N7 0.02 0.02 0.04 0.03 0.01 0.01 0.03 0.03 0.03 0.05 0.01 0.04 0.02 0.05 0.03 0.09 0.05 0.05 0.03 0.05 0.14 0.06 0.09
N9 0.04 0.02 0.02 0.01 0.04 0.02 0.06 0.02 0.06 0.08 0.04 0.01 0.02 0.08 0.05 0.05 0.01 0.07 0.03 0.07 0.15 0.08 0.09
O2' 0.10 0.08 0.09 0.12 0.11 0.11 0.13 0.08 0.12 0.14 0.10 0.07 0.08 0.15 0.12 0.05 0.12 0.13 0.05 0.13 0.08 0.03 0.02
O3' 0.05 0.03 0.04 0.08 0.06 0.08 0.09 0.06 0.08 0.11 0.05 0.01 0.03 0.11 0.07 0.01 0.08 0.09 0.03 0.10 0.11 0.05 0.05
O4' 0.05 0.02 0.03 0.04 0.05 0.04 0.06 0.02 0.06 0.08 0.04 0.01 0.03 0.08 0.06 0.04 0.02 0.08 0.03 0.07 0.14 0.08 0.09
O5' 0.07 0.09 0.08 0.05 0.07 0.04 0.06 0.04 0.06 0.07 0.08 0.12 0.09 0.07 0.07 0.12 0.04 0.06 0.06 0.06 0.17 0.11 0.11
OP1 0.10 0.04 0.08 0.12 0.08 0.13 0.10 0.12 0.09 0.13 0.06 0.03 0.05 0.13 0.10 0.05 0.13 0.15 0.10 0.10 0.06 0.06 0.06
OP2 0.03 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.04 0.01 0.04 0.06 0.01 0.04 0.01 0.07 0.04 0.04 0.03 0.06 0.02 0.05 0.15 0.09 0.10
P 0.03 0.02 0.01 0.04 0.03 0.04 0.05 0.03 0.04 0.07 0.01 0.05 0.01 0.08 0.04 0.04 0.04 0.08 0.01 0.05 0.11 0.04 0.06

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.06 0.02
C2 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.07 0.00 0.08 0.15 0.08
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.03 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.01 0.01 0.04 0.03 0.06 0.09 0.05
C3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.04 0.03 0.02 0.02 0.05 0.02 0.00 0.00 0.01 0.03 0.05 0.08 0.07 0.05
C4 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.07 0.00 0.08 0.14 0.08
C4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00
C5 0.00 0.00 0.03 0.04 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.00 0.09 0.00 0.11 0.17 0.11
C5' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.05 0.06 0.04 0.02 0.02 0.06 0.04 0.04 0.02 0.01 0.00 0.05 0.01 0.01 0.00
C6 0.00 0.00 0.03 0.04 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.06 0.00 0.09 0.00 0.12 0.18 0.12
C8 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.01 0.08 0.00 0.10 0.13 0.10
N1 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.00 0.08 0.00 0.11 0.18 0.11
N2 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.06 0.00 0.08 0.15 0.08
N3 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.06 0.00 0.07 0.13 0.07
N7 0.00 0.00 0.03 0.05 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.06 0.01 0.09 0.00 0.12 0.17 0.12
N9 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.07 0.00 0.07 0.11 0.07
O2' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.02 0.04 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.05 0.00
O3' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.03 0.01 0.05 0.02 0.06 0.05 0.05 0.03 0.02 0.06 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.09 0.06 0.05
O4' 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03
O5' 0.03 0.07 0.04 0.03 0.07 0.00 0.09 0.00 0.09 0.08 0.08 0.06 0.06 0.09 0.07 0.00 0.01 0.01 0.00 0.10 0.01 0.00 0.00
O6 0.00 0.00 0.03 0.05 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.07 0.00 0.10 0.00 0.14 0.20 0.14
OP1 0.03 0.08 0.06 0.08 0.08 0.01 0.11 0.01 0.12 0.10 0.11 0.08 0.07 0.12 0.07 0.01 0.09 0.02 0.01 0.14 0.00 0.00 0.00
OP2 0.06 0.15 0.09 0.07 0.14 0.02 0.17 0.01 0.18 0.13 0.18 0.15 0.13 0.17 0.11 0.05 0.06 0.01 0.00 0.20 0.00 0.00 0.00
P 0.02 0.08 0.05 0.05 0.08 0.00 0.11 0.00 0.12 0.10 0.11 0.08 0.07 0.12 0.07 0.00 0.05 0.03 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00