ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50530

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.002, 0.007, 0.012, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.007 std_dev=0.005
C2 A 0, 0.001, 0.007, 0.013, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.007 std_dev=0.006
C1' A 0, 0.003, 0.011, 0.019, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.011 std_dev=0.008
C5 A 0, 0.004, 0.013, 0.022, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.013 std_dev=0.009
N3 A 0, 0.004, 0.015, 0.026, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.015 std_dev=0.011
N1 A 0, 0.004, 0.016, 0.027, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.016 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.005, 0.018, 0.030, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.018 std_dev=0.013
N9 A 0, 0.005, 0.018, 0.031, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.018 std_dev=0.013
N6 A 0, 0.006, 0.022, 0.038, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.022 std_dev=0.016
N7 A 0, 0.007, 0.025, 0.043, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.025 std_dev=0.018
C8 A 0, 0.009, 0.031, 0.053, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.031 std_dev=0.022
C2' A 0, 0.024, 0.096, 0.168, 0.174 max_d=0.174 avg_d=0.096 std_dev=0.072
O2' A 0, 0.036, 0.124, 0.211, 0.187 max_d=0.187 avg_d=0.124 std_dev=0.088
O4' A 0, -0.014, 0.088, 0.191, 0.232 max_d=0.232 avg_d=0.088 std_dev=0.102
C3' A 0, 0.026, 0.152, 0.277, 0.308 max_d=0.308 avg_d=0.152 std_dev=0.126
C4' A 0, -0.005, 0.129, 0.263, 0.314 max_d=0.314 avg_d=0.129 std_dev=0.134
O3' A 0, 0.035, 0.214, 0.394, 0.439 max_d=0.439 avg_d=0.214 std_dev=0.179
O2' B 0, 0.084, 0.299, 0.513, 0.494 max_d=0.494 avg_d=0.299 std_dev=0.214
C5' A 0, -0.004, 0.237, 0.477, 0.567 max_d=0.567 avg_d=0.237 std_dev=0.241
C2' B 0, 0.077, 0.352, 0.626, 0.669 max_d=0.669 avg_d=0.352 std_dev=0.274
O3' B 0, 0.035, 0.359, 0.684, 0.786 max_d=0.786 avg_d=0.359 std_dev=0.325
C3' B 0, 0.038, 0.370, 0.702, 0.805 max_d=0.805 avg_d=0.370 std_dev=0.332
O5' A 0, -0.001, 0.338, 0.677, 0.802 max_d=0.802 avg_d=0.338 std_dev=0.339
C4' B 0, 0.006, 0.387, 0.768, 0.905 max_d=0.905 avg_d=0.387 std_dev=0.381
C1' B 0, 0.024, 0.536, 1.047, 1.224 max_d=1.224 avg_d=0.536 std_dev=0.511
O4' B 0, -0.010, 0.522, 1.053, 1.251 max_d=1.251 avg_d=0.522 std_dev=0.531
P A 0, 0.018, 0.557, 1.097, 1.287 max_d=1.287 avg_d=0.557 std_dev=0.540
C5' B 0, -0.086, 0.503, 1.092, 1.329 max_d=1.329 avg_d=0.503 std_dev=0.589
N9 B 0, -0.032, 0.696, 1.424, 1.701 max_d=1.701 avg_d=0.696 std_dev=0.728
O5' B 0, -0.032, 0.703, 1.437, 1.717 max_d=1.717 avg_d=0.703 std_dev=0.735
OP1 B 0, 0.008, 0.806, 1.603, 1.892 max_d=1.892 avg_d=0.806 std_dev=0.798
N3 B 0, -0.019, 0.810, 1.640, 1.951 max_d=1.951 avg_d=0.810 std_dev=0.830
C4 B 0, -0.041, 0.795, 1.631, 1.950 max_d=1.950 avg_d=0.795 std_dev=0.836
P B 0, -0.022, 0.843, 1.708, 2.032 max_d=2.032 avg_d=0.843 std_dev=0.865
C8 B 0, -0.108, 0.821, 1.751, 2.121 max_d=2.121 avg_d=0.821 std_dev=0.930
C2 B 0, -0.054, 0.956, 1.966, 2.353 max_d=2.353 avg_d=0.956 std_dev=1.010
C5 B 0, -0.101, 0.927, 1.955, 2.361 max_d=2.361 avg_d=0.927 std_dev=1.028
N7 B 0, -0.149, 0.952, 2.052, 2.494 max_d=2.494 avg_d=0.952 std_dev=1.101
N2 B 0, -0.063, 1.053, 2.168, 2.597 max_d=2.597 avg_d=1.053 std_dev=1.115
OP2 B 0, -0.073, 1.075, 2.223, 2.666 max_d=2.666 avg_d=1.075 std_dev=1.148
N1 B 0, -0.098, 1.052, 2.201, 2.651 max_d=2.651 avg_d=1.052 std_dev=1.150
C6 B 0, -0.125, 1.055, 2.235, 2.702 max_d=2.702 avg_d=1.055 std_dev=1.180
OP2 A 0, -0.235, 0.995, 2.224, 2.727 max_d=2.727 avg_d=0.995 std_dev=1.229
O6 B 0, -0.171, 1.186, 2.542, 3.085 max_d=3.085 avg_d=1.186 std_dev=1.357
OP1 A 0, -0.216, 1.547, 3.310, 4.014 max_d=4.014 avg_d=1.547 std_dev=1.763

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.62 0.25 0.09
C2 0.01 0.00 0.05 0.07 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.09 0.01 0.03 0.58 0.77 0.02
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.03 0.04 0.05 0.02 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.25 0.22 0.01
C3' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.07 0.05 0.07 0.02 0.05 0.02 0.01 0.01 0.00 0.05 0.03 0.09 0.05
C4 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01 0.03 0.71 0.65 0.09
C4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.05 0.02 0.03 0.01 0.04 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.18 0.12 0.02
C5 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.07 0.82 0.78 0.13
C5' 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.09 0.02 0.02 0.02 0.07 0.04 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.33 0.00
C6 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.03 0.75 0.88 0.09
C8 0.00 0.00 0.03 0.07 0.00 0.05 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.06 0.00 0.18 1.01 0.51 0.24
N1 0.01 0.00 0.04 0.05 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.07 0.01 0.01 0.65 0.87 0.04
N3 0.02 0.00 0.05 0.07 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.09 0.01 0.02 0.58 0.65 0.04
N6 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.05 0.79 0.95 0.11
N7 0.00 0.00 0.02 0.05 0.00 0.04 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.00 0.15 1.00 0.72 0.22
N9 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.08 0.78 0.47 0.14
O2' 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02 0.23 0.09 0.01
O3' 0.01 0.09 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01 0.03 0.04 0.06 0.07 0.09 0.03 0.05 0.01 0.02 0.00 0.01 0.08 0.33 0.05 0.11
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.05 0.63 0.06 0.10
O5' 0.04 0.03 0.01 0.05 0.03 0.00 0.07 0.00 0.03 0.18 0.01 0.02 0.05 0.15 0.08 0.02 0.08 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.62 0.58 0.25 0.03 0.71 0.18 0.82 0.02 0.75 1.01 0.65 0.58 0.79 1.00 0.78 0.23 0.33 0.63 0.01 0.00 0.00 0.01
OP2 0.25 0.77 0.22 0.09 0.65 0.12 0.78 0.33 0.88 0.51 0.87 0.65 0.95 0.72 0.47 0.09 0.05 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.09 0.02 0.01 0.05 0.09 0.02 0.13 0.00 0.09 0.24 0.04 0.04 0.11 0.22 0.14 0.01 0.11 0.10 0.00 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.04 0.10 0.01 0.09 0.06 0.04 0.04 0.03 0.05 0.02 0.07 0.12 0.09 0.02 0.04 0.03 0.18 0.03 0.02 0.03 0.13 0.03 0.03
C2 0.10 0.01 0.07 0.10 0.08 0.18 0.10 0.26 0.06 0.16 0.03 0.03 0.02 0.14 0.12 0.05 0.05 0.18 0.27 0.07 0.22 0.29 0.28
C2' 0.10 0.08 0.13 0.18 0.10 0.15 0.12 0.13 0.13 0.13 0.10 0.05 0.07 0.13 0.11 0.08 0.25 0.11 0.11 0.15 0.21 0.10 0.10
C3' 0.09 0.06 0.11 0.17 0.08 0.15 0.11 0.13 0.11 0.11 0.09 0.04 0.06 0.12 0.09 0.07 0.24 0.10 0.11 0.14 0.24 0.10 0.12
C4 0.13 0.13 0.05 0.03 0.15 0.09 0.15 0.14 0.14 0.16 0.13 0.12 0.13 0.16 0.15 0.03 0.10 0.15 0.16 0.14 0.07 0.18 0.16
C4' 0.01 0.06 0.04 0.13 0.02 0.09 0.01 0.10 0.01 0.05 0.03 0.10 0.06 0.05 0.01 0.01 0.21 0.03 0.09 0.04 0.25 0.11 0.12
C5 0.23 0.23 0.12 0.08 0.27 0.17 0.29 0.22 0.27 0.30 0.25 0.21 0.24 0.31 0.28 0.05 0.06 0.27 0.26 0.28 0.16 0.29 0.26
C5' 0.05 0.13 0.01 0.09 0.08 0.06 0.05 0.07 0.06 0.02 0.10 0.18 0.12 0.02 0.05 0.05 0.17 0.01 0.05 0.04 0.23 0.07 0.09
C6 0.31 0.25 0.17 0.16 0.33 0.25 0.36 0.31 0.33 0.41 0.29 0.19 0.26 0.41 0.36 0.06 0.05 0.36 0.36 0.34 0.26 0.41 0.37
C8 0.18 0.25 0.07 0.02 0.23 0.08 0.24 0.11 0.24 0.22 0.25 0.25 0.24 0.24 0.22 0.05 0.14 0.19 0.14 0.24 0.03 0.16 0.14
N1 0.26 0.13 0.15 0.18 0.24 0.28 0.27 0.35 0.23 0.35 0.16 0.06 0.15 0.34 0.29 0.06 0.08 0.35 0.38 0.24 0.31 0.42 0.39
N3 0.04 0.01 0.03 0.03 0.04 0.06 0.04 0.12 0.02 0.07 0.02 0.01 0.02 0.06 0.05 0.03 0.08 0.08 0.13 0.02 0.08 0.15 0.14
N6 0.40 0.37 0.22 0.21 0.46 0.30 0.51 0.36 0.48 0.54 0.42 0.29 0.38 0.56 0.48 0.08 0.07 0.44 0.43 0.50 0.33 0.50 0.44
N7 0.25 0.30 0.12 0.06 0.31 0.15 0.33 0.19 0.33 0.32 0.32 0.29 0.29 0.34 0.30 0.06 0.09 0.27 0.23 0.33 0.11 0.27 0.24
N9 0.11 0.15 0.03 0.04 0.14 0.04 0.14 0.06 0.14 0.13 0.15 0.16 0.15 0.13 0.13 0.03 0.15 0.12 0.09 0.13 0.03 0.10 0.09
O2' 0.16 0.13 0.17 0.24 0.17 0.22 0.21 0.22 0.21 0.23 0.17 0.09 0.13 0.24 0.19 0.09 0.28 0.18 0.22 0.24 0.32 0.24 0.22
O3' 0.18 0.17 0.19 0.24 0.19 0.23 0.23 0.22 0.24 0.23 0.21 0.14 0.16 0.25 0.20 0.13 0.29 0.20 0.20 0.27 0.34 0.20 0.22
O4' 0.07 0.16 0.03 0.07 0.10 0.02 0.08 0.03 0.09 0.04 0.13 0.20 0.15 0.04 0.08 0.07 0.16 0.05 0.03 0.07 0.17 0.05 0.05
O5' 0.10 0.19 0.06 0.03 0.14 0.00 0.12 0.02 0.13 0.09 0.16 0.22 0.18 0.10 0.12 0.08 0.12 0.07 0.02 0.11 0.16 0.02 0.02
OP1 0.84 1.04 0.89 0.73 0.89 0.65 0.81 0.50 0.84 0.70 0.95 1.14 1.01 0.70 0.82 1.00 0.70 0.69 0.50 0.79 0.18 0.39 0.34
OP2 0.63 0.66 0.65 0.65 0.64 0.61 0.65 0.54 0.67 0.61 0.67 0.66 0.65 0.62 0.62 0.65 0.69 0.61 0.52 0.68 0.55 0.48 0.49
P 0.23 0.34 0.18 0.08 0.28 0.10 0.26 0.07 0.27 0.21 0.32 0.38 0.33 0.22 0.24 0.21 0.02 0.17 0.10 0.25 0.10 0.09 0.05

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.03 0.03 0.05
C2 0.00 0.00 0.05 0.06 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.10 0.02 0.06 0.00 0.04 0.08 0.10
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.05 0.06 0.04 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.04 0.04 0.03 0.06 0.05
C3' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.04 0.00 0.04 0.02 0.05 0.01 0.06 0.06 0.04 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.04 0.05 0.05 0.05 0.04
C4 0.00 0.00 0.03 0.04 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.02 0.06 0.01 0.06 0.07 0.10
C4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.04 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02
C5 0.00 0.01 0.03 0.04 0.00 0.01 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.02 0.08 0.01 0.08 0.09 0.13
C5' 0.02 0.03 0.01 0.02 0.04 0.01 0.06 0.00 0.06 0.07 0.05 0.02 0.02 0.07 0.04 0.04 0.03 0.01 0.01 0.07 0.03 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.04 0.05 0.01 0.01 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.08 0.04 0.08 0.00 0.09 0.10 0.14
C8 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.08 0.02 0.10 0.07 0.13
N1 0.00 0.00 0.05 0.06 0.01 0.00 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.10 0.03 0.07 0.00 0.07 0.09 0.13
N2 0.01 0.00 0.06 0.06 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.11 0.02 0.05 0.01 0.03 0.08 0.09
N3 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.07 0.01 0.05 0.01 0.04 0.06 0.09
N7 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.09 0.02 0.11 0.09 0.15
N9 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.06 0.01 0.06 0.05 0.09
O2' 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.04 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.02 0.02 0.01 0.06 0.04 0.03
O3' 0.01 0.10 0.02 0.01 0.05 0.02 0.06 0.03 0.08 0.01 0.10 0.11 0.07 0.03 0.02 0.04 0.00 0.01 0.05 0.08 0.08 0.07 0.05
O4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.02 0.03 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.04 0.05 0.01 0.04
O5' 0.03 0.06 0.04 0.04 0.06 0.01 0.08 0.01 0.08 0.08 0.07 0.05 0.05 0.09 0.06 0.02 0.05 0.01 0.00 0.09 0.00 0.01 0.01
O6 0.01 0.00 0.04 0.05 0.01 0.02 0.01 0.07 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.08 0.04 0.09 0.00 0.10 0.11 0.16
OP1 0.03 0.04 0.03 0.05 0.06 0.02 0.08 0.03 0.09 0.10 0.07 0.03 0.04 0.11 0.06 0.06 0.08 0.05 0.00 0.10 0.00 0.01 0.01
OP2 0.03 0.08 0.06 0.05 0.07 0.02 0.09 0.01 0.10 0.07 0.09 0.08 0.06 0.09 0.05 0.04 0.07 0.01 0.01 0.11 0.01 0.00 0.00
P 0.05 0.10 0.05 0.04 0.10 0.02 0.13 0.01 0.14 0.13 0.13 0.09 0.09 0.15 0.09 0.03 0.05 0.04 0.01 0.16 0.01 0.00 0.00