ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50531

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.001, 0.005, 0.008, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.005 std_dev=0.003
C5 A 0, 0.003, 0.011, 0.019, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.011 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.002, 0.010, 0.019, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.010 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.004, 0.016, 0.028, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.016 std_dev=0.012
N9 A 0, 0.005, 0.018, 0.031, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.018 std_dev=0.013
N6 A 0, 0.003, 0.017, 0.032, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.017 std_dev=0.015
N3 A 0, 0.006, 0.021, 0.036, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.021 std_dev=0.015
C1' A 0, 0.007, 0.023, 0.040, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.023 std_dev=0.016
C2 A 0, 0.007, 0.025, 0.042, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.025 std_dev=0.018
C8 A 0, 0.008, 0.027, 0.047, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.027 std_dev=0.019
N7 A 0, 0.008, 0.028, 0.048, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.028 std_dev=0.020
C2' A 0, 0.011, 0.039, 0.067, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.039 std_dev=0.028
O4' A 0, 0.009, 0.038, 0.067, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.038 std_dev=0.029
O2' A 0, 0.024, 0.082, 0.140, 0.126 max_d=0.126 avg_d=0.082 std_dev=0.058
C4' A 0, 0.029, 0.106, 0.183, 0.179 max_d=0.179 avg_d=0.106 std_dev=0.077
C3' A 0, 0.002, 0.089, 0.176, 0.207 max_d=0.207 avg_d=0.089 std_dev=0.087
C5' A 0, 0.051, 0.181, 0.311, 0.296 max_d=0.296 avg_d=0.181 std_dev=0.130
O3' A 0, 0.005, 0.141, 0.276, 0.323 max_d=0.323 avg_d=0.141 std_dev=0.135
O5' A 0, 0.058, 0.204, 0.350, 0.337 max_d=0.337 avg_d=0.204 std_dev=0.146
P A 0, 0.063, 0.252, 0.442, 0.457 max_d=0.457 avg_d=0.252 std_dev=0.189
OP1 A 0, 0.079, 0.287, 0.496, 0.489 max_d=0.489 avg_d=0.287 std_dev=0.209
OP2 A 0, 0.027, 0.242, 0.457, 0.522 max_d=0.522 avg_d=0.242 std_dev=0.215
O2' B 0, 0.059, 0.292, 0.525, 0.570 max_d=0.570 avg_d=0.292 std_dev=0.233
O4' B 0, 0.093, 0.344, 0.595, 0.594 max_d=0.594 avg_d=0.344 std_dev=0.251
C4' B 0, 0.084, 0.338, 0.592, 0.611 max_d=0.611 avg_d=0.338 std_dev=0.254
N3 B 0, 0.105, 0.368, 0.631, 0.599 max_d=0.599 avg_d=0.368 std_dev=0.263
N2 B 0, 0.108, 0.380, 0.652, 0.625 max_d=0.625 avg_d=0.380 std_dev=0.272
C2 B 0, 0.113, 0.387, 0.660, 0.588 max_d=0.588 avg_d=0.387 std_dev=0.273
C1' B 0, 0.080, 0.362, 0.644, 0.689 max_d=0.689 avg_d=0.362 std_dev=0.282
C2' B 0, 0.055, 0.344, 0.633, 0.708 max_d=0.708 avg_d=0.344 std_dev=0.289
C3' B 0, 0.056, 0.355, 0.654, 0.732 max_d=0.732 avg_d=0.355 std_dev=0.299
O3' B 0, 0.033, 0.339, 0.645, 0.741 max_d=0.741 avg_d=0.339 std_dev=0.306
N1 B 0, 0.125, 0.431, 0.738, 0.686 max_d=0.686 avg_d=0.431 std_dev=0.307
C4 B 0, 0.099, 0.408, 0.717, 0.748 max_d=0.748 avg_d=0.408 std_dev=0.309
C5' B 0, 0.092, 0.416, 0.741, 0.791 max_d=0.791 avg_d=0.416 std_dev=0.324
N9 B 0, 0.080, 0.413, 0.746, 0.816 max_d=0.816 avg_d=0.413 std_dev=0.333
P B 0, 0.096, 0.446, 0.796, 0.855 max_d=0.855 avg_d=0.446 std_dev=0.350
C6 B 0, 0.123, 0.476, 0.829, 0.843 max_d=0.843 avg_d=0.476 std_dev=0.353
OP1 B 0, 0.109, 0.465, 0.821, 0.864 max_d=0.864 avg_d=0.465 std_dev=0.356
C5 B 0, 0.102, 0.463, 0.823, 0.880 max_d=0.880 avg_d=0.463 std_dev=0.361
O6 B 0, 0.139, 0.532, 0.924, 0.935 max_d=0.935 avg_d=0.532 std_dev=0.392
C8 B 0, 0.068, 0.475, 0.881, 0.993 max_d=0.993 avg_d=0.475 std_dev=0.406
N7 B 0, 0.079, 0.502, 0.926, 1.036 max_d=1.036 avg_d=0.502 std_dev=0.423
O5' B 0, 0.099, 0.527, 0.954, 1.047 max_d=1.047 avg_d=0.527 std_dev=0.427
OP2 B 0, 0.071, 0.527, 0.983, 1.112 max_d=1.112 avg_d=0.527 std_dev=0.456

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01
C2 0.02 0.00 0.02 0.04 0.01 0.03 0.01 0.07 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.07 0.03 0.02 0.09 0.09 0.11 0.10
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.06 0.03
C3' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.07 0.07 0.06 0.03 0.08 0.08 0.04 0.00 0.00 0.00 0.04 0.04 0.06 0.05
C4 0.01 0.01 0.01 0.04 0.00 0.03 0.00 0.08 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.03 0.02 0.08 0.06 0.09 0.07
C4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.06 0.08 0.04 0.02 0.08 0.08 0.04 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01
C5 0.01 0.01 0.01 0.06 0.00 0.06 0.00 0.12 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.06 0.03 0.12 0.10 0.11 0.11
C5' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.08 0.00 0.12 0.00 0.12 0.13 0.10 0.05 0.16 0.15 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00
C6 0.01 0.00 0.01 0.07 0.00 0.06 0.01 0.12 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.06 0.03 0.13 0.13 0.13 0.13
C8 0.02 0.02 0.02 0.07 0.01 0.08 0.01 0.13 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.07 0.04 0.09 0.07 0.08 0.07
N1 0.02 0.00 0.02 0.06 0.01 0.04 0.01 0.10 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.06 0.05 0.03 0.12 0.12 0.13 0.13
N3 0.02 0.00 0.02 0.03 0.01 0.02 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.02 0.02 0.06 0.06 0.09 0.07
N6 0.02 0.00 0.02 0.08 0.01 0.08 0.01 0.16 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.03 0.08 0.04 0.16 0.17 0.16 0.16
N7 0.01 0.01 0.02 0.08 0.00 0.08 0.00 0.15 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.08 0.04 0.13 0.11 0.11 0.11
N9 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.04 0.01 0.07 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.05 0.03 0.06 0.04
O2' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.04 0.02 0.06 0.06 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.02 0.04 0.08 0.05
O3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.06 0.07 0.05 0.02 0.08 0.08 0.03 0.01 0.00 0.00 0.06 0.09 0.12 0.09
O4' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.04 0.03 0.02 0.04 0.04 0.02 0.03 0.00 0.00 0.06 0.05 0.02 0.05
O5' 0.01 0.09 0.02 0.04 0.08 0.01 0.12 0.00 0.13 0.09 0.12 0.06 0.16 0.13 0.05 0.02 0.06 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.01 0.09 0.03 0.04 0.06 0.01 0.10 0.01 0.13 0.07 0.12 0.06 0.17 0.11 0.03 0.04 0.09 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.02 0.11 0.06 0.06 0.09 0.03 0.11 0.02 0.13 0.08 0.13 0.09 0.16 0.11 0.06 0.08 0.12 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.01 0.10 0.03 0.05 0.07 0.01 0.11 0.00 0.13 0.07 0.13 0.07 0.16 0.11 0.04 0.05 0.09 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.07 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.02 0.04 0.01 0.17 0.02 0.07 0.19 0.09
C2 0.10 0.02 0.16 0.18 0.06 0.13 0.06 0.12 0.05 0.09 0.03 0.01 0.04 0.08 0.09 0.16 0.22 0.11 0.21 0.05 0.14 0.29 0.17
C2' 0.02 0.03 0.02 0.01 0.03 0.03 0.03 0.08 0.03 0.02 0.03 0.03 0.03 0.02 0.02 0.02 0.04 0.01 0.22 0.03 0.09 0.20 0.12
C3' 0.03 0.04 0.02 0.01 0.04 0.04 0.04 0.08 0.04 0.03 0.04 0.04 0.04 0.03 0.03 0.03 0.04 0.02 0.24 0.04 0.10 0.21 0.13
C4 0.08 0.05 0.11 0.11 0.06 0.06 0.06 0.05 0.05 0.07 0.05 0.04 0.05 0.06 0.07 0.11 0.14 0.07 0.21 0.05 0.11 0.26 0.15
C4' 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.08 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02 0.02 0.04 0.01 0.22 0.03 0.09 0.20 0.12
C5 0.15 0.11 0.18 0.18 0.13 0.12 0.13 0.10 0.12 0.14 0.11 0.11 0.12 0.13 0.15 0.17 0.20 0.14 0.25 0.12 0.14 0.31 0.19
C5' 0.02 0.04 0.02 0.01 0.04 0.04 0.04 0.08 0.04 0.03 0.04 0.04 0.04 0.03 0.03 0.02 0.04 0.02 0.22 0.04 0.10 0.20 0.12
C6 0.20 0.15 0.24 0.24 0.18 0.18 0.18 0.17 0.17 0.20 0.15 0.14 0.17 0.19 0.20 0.23 0.26 0.19 0.27 0.17 0.17 0.35 0.23
C8 0.10 0.09 0.12 0.11 0.09 0.06 0.09 0.03 0.09 0.09 0.09 0.10 0.09 0.09 0.10 0.11 0.12 0.08 0.23 0.09 0.11 0.26 0.16
N1 0.19 0.11 0.24 0.25 0.15 0.19 0.15 0.18 0.13 0.18 0.11 0.08 0.13 0.16 0.18 0.24 0.28 0.19 0.25 0.13 0.17 0.35 0.22
N3 0.04 0.00 0.08 0.10 0.02 0.05 0.02 0.04 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.03 0.03 0.08 0.14 0.05 0.18 0.01 0.10 0.24 0.13
N6 0.27 0.23 0.30 0.29 0.26 0.23 0.25 0.22 0.24 0.27 0.23 0.22 0.25 0.26 0.27 0.28 0.30 0.24 0.30 0.24 0.21 0.40 0.26
N7 0.15 0.14 0.17 0.16 0.14 0.11 0.14 0.09 0.14 0.15 0.14 0.14 0.14 0.14 0.15 0.17 0.18 0.14 0.26 0.14 0.14 0.31 0.19
N9 0.05 0.04 0.07 0.07 0.04 0.02 0.04 0.02 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.05 0.07 0.09 0.04 0.20 0.04 0.09 0.23 0.13
O2' 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.07 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.05 0.00 0.23 0.01 0.10 0.21 0.13
O3' 0.03 0.04 0.02 0.01 0.04 0.04 0.04 0.09 0.04 0.04 0.04 0.05 0.04 0.04 0.03 0.03 0.04 0.03 0.27 0.05 0.12 0.21 0.15
O4' 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.08 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.17 0.02 0.07 0.19 0.09
O5' 0.03 0.05 0.02 0.01 0.04 0.06 0.05 0.10 0.05 0.04 0.05 0.04 0.04 0.05 0.04 0.02 0.03 0.04 0.20 0.05 0.08 0.17 0.09
OP1 0.03 0.03 0.02 0.01 0.04 0.06 0.04 0.12 0.04 0.04 0.03 0.03 0.03 0.04 0.03 0.02 0.03 0.04 0.20 0.04 0.08 0.17 0.09
OP2 0.08 0.08 0.05 0.06 0.09 0.12 0.09 0.17 0.09 0.09 0.09 0.08 0.08 0.09 0.08 0.05 0.03 0.09 0.19 0.09 0.07 0.13 0.06
P 0.05 0.05 0.03 0.02 0.06 0.08 0.06 0.13 0.06 0.06 0.06 0.05 0.05 0.06 0.05 0.03 0.02 0.06 0.20 0.06 0.07 0.16 0.08

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.10 0.02 0.12 0.13 0.06
C2 0.00 0.00 0.04 0.07 0.01 0.04 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.08 0.00 0.23 0.00 0.15 0.10 0.13
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.03 0.06 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.13 0.02 0.15 0.11 0.08
C3' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.03 0.06 0.09 0.06 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.18 0.04 0.18 0.10 0.11
C4 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.24 0.01 0.16 0.10 0.13
C4' 0.00 0.04 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.04 0.02 0.04 0.04 0.03 0.03 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.04 0.10 0.19 0.00
C5 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.08 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.30 0.01 0.18 0.10 0.17
C5' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.07 0.00 0.08 0.00 0.09 0.06 0.09 0.08 0.06 0.08 0.05 0.02 0.01 0.00 0.00 0.10 0.13 0.23 0.00
C6 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.04 0.00 0.09 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.31 0.00 0.18 0.11 0.18
C8 0.01 0.01 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01 0.30 0.02 0.17 0.09 0.16
N1 0.01 0.00 0.03 0.06 0.01 0.04 0.01 0.09 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.07 0.01 0.27 0.01 0.17 0.10 0.16
N2 0.00 0.00 0.06 0.09 0.01 0.04 0.00 0.08 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.11 0.00 0.20 0.01 0.14 0.10 0.12
N3 0.01 0.00 0.04 0.06 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.07 0.00 0.20 0.00 0.14 0.10 0.11
N7 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.03 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.01 0.33 0.02 0.18 0.09 0.18
N9 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.22 0.01 0.15 0.10 0.12
O2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.10 0.15 0.02
O3' 0.01 0.08 0.01 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.04 0.04 0.07 0.11 0.07 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.15 0.04 0.19 0.09 0.10
O4' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.08 0.17 0.01
O5' 0.10 0.23 0.13 0.18 0.24 0.01 0.30 0.00 0.31 0.30 0.27 0.20 0.20 0.33 0.22 0.02 0.15 0.00 0.00 0.34 0.00 0.01 0.00
O6 0.02 0.00 0.02 0.04 0.01 0.04 0.01 0.10 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.34 0.00 0.20 0.14 0.21
OP1 0.12 0.15 0.15 0.18 0.16 0.10 0.18 0.13 0.18 0.17 0.17 0.14 0.14 0.18 0.15 0.10 0.19 0.08 0.00 0.20 0.00 0.01 0.00
OP2 0.13 0.10 0.11 0.10 0.10 0.19 0.10 0.23 0.11 0.09 0.10 0.10 0.10 0.09 0.10 0.15 0.09 0.17 0.01 0.14 0.01 0.00 0.01
P 0.06 0.13 0.08 0.11 0.13 0.00 0.17 0.00 0.18 0.16 0.16 0.12 0.11 0.18 0.12 0.02 0.10 0.01 0.00 0.21 0.00 0.01 0.00