ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50532

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.002, 0.006, 0.011, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.006 std_dev=0.005
C2 A 0, 0.001, 0.006, 0.012, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.006 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.002, 0.009, 0.015, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.009 std_dev=0.006
C5 A 0, 0.003, 0.011, 0.019, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.011 std_dev=0.008
C1' A 0, 0.001, 0.009, 0.018, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.009 std_dev=0.008
N3 A 0, 0.002, 0.012, 0.021, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.012 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.004, 0.015, 0.025, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.015 std_dev=0.011
N9 A 0, 0.004, 0.018, 0.031, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.018 std_dev=0.013
N7 A 0, 0.005, 0.019, 0.032, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.019 std_dev=0.013
N6 A 0, 0.006, 0.021, 0.036, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.021 std_dev=0.015
C8 A 0, 0.007, 0.025, 0.043, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.025 std_dev=0.018
O4' A 0, 0.008, 0.178, 0.348, 0.407 max_d=0.407 avg_d=0.178 std_dev=0.170
C2' B 0, 0.080, 0.275, 0.469, 0.429 max_d=0.429 avg_d=0.275 std_dev=0.195
C2' A 0, 0.019, 0.229, 0.439, 0.507 max_d=0.507 avg_d=0.229 std_dev=0.210
C4' A 0, 0.039, 0.289, 0.539, 0.610 max_d=0.610 avg_d=0.289 std_dev=0.250
O2' A 0, 0.078, 0.356, 0.635, 0.681 max_d=0.681 avg_d=0.356 std_dev=0.279
C3' A 0, 0.028, 0.345, 0.661, 0.765 max_d=0.765 avg_d=0.345 std_dev=0.317
O5' A 0, 0.032, 0.448, 0.863, 1.001 max_d=1.001 avg_d=0.448 std_dev=0.416
O2' B 0, 0.128, 0.549, 0.970, 1.022 max_d=1.022 avg_d=0.549 std_dev=0.421
C5' A 0, 0.041, 0.494, 0.946, 1.093 max_d=1.093 avg_d=0.494 std_dev=0.452
O3' A 0, 0.045, 0.518, 0.990, 1.142 max_d=1.142 avg_d=0.518 std_dev=0.472
OP2 A 0, 0.150, 0.624, 1.099, 1.149 max_d=1.149 avg_d=0.624 std_dev=0.474
C1' B 0, 0.060, 0.570, 1.079, 1.237 max_d=1.237 avg_d=0.570 std_dev=0.510
P A 0, 0.128, 0.644, 1.159, 1.262 max_d=1.262 avg_d=0.644 std_dev=0.516
OP1 A 0, 0.191, 0.821, 1.452, 1.532 max_d=1.532 avg_d=0.821 std_dev=0.630
C3' B 0, 0.200, 0.881, 1.562, 1.659 max_d=1.659 avg_d=0.881 std_dev=0.681
O4' B 0, 0.149, 0.878, 1.607, 1.785 max_d=1.785 avg_d=0.878 std_dev=0.729
C4' B 0, 0.114, 0.883, 1.653, 1.875 max_d=1.875 avg_d=0.883 std_dev=0.769
N9 B 0, 0.077, 0.997, 1.917, 2.220 max_d=2.220 avg_d=0.997 std_dev=0.920
O3' B 0, 0.276, 1.244, 2.211, 2.360 max_d=2.360 avg_d=1.244 std_dev=0.968
N3 B 0, 0.154, 1.273, 2.391, 2.722 max_d=2.722 avg_d=1.273 std_dev=1.118
C4 B 0, 0.128, 1.267, 2.406, 2.762 max_d=2.762 avg_d=1.267 std_dev=1.139
C8 B 0, 0.015, 1.285, 2.555, 3.014 max_d=3.014 avg_d=1.285 std_dev=1.270
C5' B 0, 0.246, 1.548, 2.851, 3.186 max_d=3.186 avg_d=1.548 std_dev=1.302
C2 B 0, 0.192, 1.660, 3.127, 3.568 max_d=3.568 avg_d=1.660 std_dev=1.467
C5 B 0, 0.121, 1.647, 3.173, 3.678 max_d=3.678 avg_d=1.647 std_dev=1.526
N7 B 0, 0.047, 1.659, 3.272, 3.844 max_d=3.844 avg_d=1.659 std_dev=1.613
N2 B 0, 0.206, 1.827, 3.447, 3.939 max_d=3.939 avg_d=1.827 std_dev=1.621
O5' B 0, 0.066, 1.711, 3.355, 3.931 max_d=3.931 avg_d=1.711 std_dev=1.645
N1 B 0, 0.207, 1.978, 3.748, 4.297 max_d=4.297 avg_d=1.978 std_dev=1.771
C6 B 0, 0.167, 2.014, 3.861, 4.461 max_d=4.461 avg_d=2.014 std_dev=1.847
P B 0, -0.066, 2.026, 4.118, 4.906 max_d=4.906 avg_d=2.026 std_dev=2.092
O6 B 0, 0.165, 2.383, 4.600, 5.339 max_d=5.339 avg_d=2.383 std_dev=2.217
OP2 B 0, 0.150, 2.464, 4.778, 5.561 max_d=5.561 avg_d=2.464 std_dev=2.314
OP1 B 0, -0.181, 2.143, 4.466, 5.371 max_d=5.371 avg_d=2.143 std_dev=2.323

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.05 0.03
C2 0.01 0.00 0.08 0.08 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.08 0.12 0.03 0.05 0.08 0.13 0.06
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.06 0.05 0.09 0.02 0.05 0.01 0.00 0.02 0.01 0.04 0.05 0.06 0.04
C3' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.02 0.08 0.06 0.08 0.01 0.06 0.02 0.02 0.01 0.00 0.06 0.07 0.06 0.06
C4 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.05 0.02 0.04 0.07 0.11 0.05
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02 0.03 0.01 0.04 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01
C5 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 0.01 0.06 0.11 0.15 0.09
C5' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.05 0.04 0.04 0.03 0.06 0.05 0.02 0.04 0.01 0.00 0.00 0.04 0.01 0.00
C6 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.05 0.02 0.02 0.07 0.13 0.18 0.11
C8 0.01 0.00 0.06 0.08 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.09 0.04 0.04 0.08 0.11 0.08
N1 0.01 0.00 0.05 0.06 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.07 0.08 0.02 0.07 0.11 0.16 0.09
N3 0.01 0.00 0.09 0.08 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.08 0.12 0.03 0.04 0.06 0.11 0.04
N6 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.06 0.02 0.02 0.08 0.17 0.21 0.14
N7 0.01 0.01 0.05 0.06 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.08 0.03 0.06 0.12 0.16 0.11
N9 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.03 0.04 0.08 0.04
O2' 0.01 0.08 0.00 0.02 0.04 0.04 0.04 0.04 0.05 0.03 0.07 0.08 0.06 0.04 0.02 0.00 0.06 0.04 0.05 0.05 0.06 0.04
O3' 0.02 0.12 0.02 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.02 0.09 0.08 0.12 0.02 0.08 0.02 0.06 0.00 0.02 0.07 0.10 0.09 0.08
O4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.04 0.02 0.03 0.02 0.03 0.00 0.04 0.02 0.00 0.05 0.07 0.04 0.06
O5' 0.02 0.05 0.04 0.06 0.04 0.00 0.06 0.00 0.07 0.04 0.07 0.04 0.08 0.06 0.03 0.05 0.07 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.02 0.08 0.05 0.07 0.07 0.03 0.11 0.04 0.13 0.08 0.11 0.06 0.17 0.12 0.04 0.05 0.10 0.07 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.05 0.13 0.06 0.06 0.11 0.00 0.15 0.01 0.18 0.11 0.16 0.11 0.21 0.16 0.08 0.06 0.09 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.03 0.06 0.04 0.06 0.05 0.01 0.09 0.00 0.11 0.08 0.09 0.04 0.14 0.11 0.04 0.04 0.08 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.33 0.72 0.14 0.10 0.63 0.15 0.74 0.24 0.84 0.58 0.83 0.69 0.60 0.70 0.52 0.14 0.15 0.33 0.11 0.92 0.19 0.13 0.05
C2 0.14 0.18 0.11 0.16 0.17 0.21 0.19 0.29 0.20 0.16 0.20 0.17 0.16 0.18 0.16 0.10 0.18 0.21 0.07 0.21 0.21 0.14 0.18
C2' 0.32 0.81 0.07 0.04 0.64 0.19 0.73 0.29 0.86 0.51 0.89 0.84 0.67 0.65 0.49 0.11 0.19 0.30 0.07 0.92 0.36 0.03 0.18
C3' 0.30 0.87 0.08 0.12 0.66 0.24 0.76 0.36 0.92 0.50 0.96 0.93 0.70 0.66 0.48 0.15 0.26 0.28 0.16 0.99 0.49 0.10 0.28
C4 0.21 0.41 0.11 0.10 0.36 0.16 0.41 0.28 0.46 0.31 0.46 0.40 0.35 0.38 0.30 0.11 0.10 0.24 0.11 0.49 0.32 0.14 0.22
C4' 0.34 0.89 0.09 0.02 0.73 0.16 0.87 0.27 1.03 0.63 1.04 0.90 0.72 0.81 0.56 0.12 0.17 0.32 0.06 1.14 0.30 0.11 0.09
C5 0.15 0.32 0.10 0.09 0.25 0.15 0.26 0.31 0.31 0.17 0.34 0.34 0.27 0.22 0.19 0.12 0.11 0.17 0.26 0.33 0.50 0.37 0.42
C5' 0.31 0.88 0.06 0.03 0.70 0.17 0.85 0.30 1.03 0.60 1.03 0.90 0.70 0.78 0.53 0.13 0.19 0.30 0.08 1.14 0.41 0.03 0.17
C6 0.08 0.18 0.10 0.12 0.12 0.16 0.11 0.35 0.14 0.08 0.17 0.20 0.15 0.09 0.09 0.14 0.18 0.14 0.36 0.14 0.57 0.53 0.54
C8 0.22 0.51 0.10 0.06 0.41 0.14 0.47 0.29 0.56 0.33 0.57 0.53 0.43 0.42 0.32 0.11 0.10 0.22 0.19 0.60 0.47 0.23 0.32
N1 0.06 0.12 0.10 0.16 0.09 0.18 0.10 0.33 0.11 0.09 0.12 0.13 0.10 0.10 0.08 0.14 0.23 0.14 0.29 0.11 0.42 0.43 0.44
N3 0.23 0.36 0.12 0.13 0.36 0.18 0.41 0.27 0.44 0.35 0.41 0.33 0.32 0.40 0.32 0.12 0.11 0.28 0.06 0.47 0.17 0.01 0.09
N6 0.04 0.13 0.10 0.13 0.09 0.14 0.12 0.38 0.12 0.15 0.12 0.17 0.11 0.16 0.09 0.18 0.22 0.13 0.51 0.13 0.76 0.77 0.75
N7 0.16 0.39 0.10 0.07 0.29 0.14 0.32 0.32 0.39 0.20 0.42 0.42 0.33 0.27 0.22 0.12 0.09 0.17 0.29 0.42 0.58 0.41 0.46
N9 0.26 0.55 0.11 0.08 0.47 0.14 0.55 0.26 0.63 0.41 0.62 0.54 0.46 0.51 0.38 0.12 0.11 0.27 0.10 0.68 0.32 0.07 0.18
O2' 0.42 0.97 0.14 0.07 0.80 0.17 0.90 0.23 1.04 0.67 1.06 0.98 0.82 0.82 0.63 0.07 0.17 0.38 0.12 1.11 0.16 0.23 0.11
O3' 0.32 0.95 0.15 0.20 0.69 0.31 0.79 0.41 0.98 0.51 1.05 1.04 0.76 0.68 0.50 0.23 0.35 0.30 0.21 1.06 0.54 0.13 0.32
O4' 0.35 0.78 0.15 0.12 0.68 0.16 0.83 0.26 0.95 0.65 0.92 0.74 0.64 0.80 0.56 0.15 0.14 0.36 0.16 1.06 0.16 0.19 0.06
O5' 0.26 0.78 0.04 0.08 0.61 0.20 0.74 0.35 0.89 0.50 0.90 0.80 0.61 0.67 0.45 0.14 0.21 0.26 0.17 1.00 0.53 0.14 0.29
OP1 0.25 0.87 0.06 0.14 0.65 0.24 0.81 0.40 1.01 0.53 1.02 0.90 0.66 0.73 0.47 0.19 0.31 0.25 0.23 1.14 0.66 0.19 0.37
OP2 0.14 0.61 0.08 0.17 0.43 0.25 0.53 0.44 0.68 0.31 0.71 0.65 0.46 0.46 0.28 0.18 0.27 0.18 0.38 0.77 0.79 0.42 0.55
P 0.25 0.77 0.03 0.08 0.60 0.19 0.74 0.35 0.90 0.50 0.91 0.79 0.60 0.67 0.44 0.14 0.21 0.25 0.20 1.02 0.58 0.17 0.32

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.10 0.01 0.11 0.16 0.06
C2 0.01 0.00 0.10 0.12 0.00 0.04 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.14 0.02 0.20 0.01 0.19 0.26 0.17
C2' 0.00 0.10 0.00 0.00 0.05 0.04 0.04 0.01 0.05 0.07 0.08 0.12 0.10 0.05 0.02 0.00 0.02 0.01 0.16 0.05 0.21 0.15 0.13
C3' 0.01 0.12 0.00 0.00 0.07 0.00 0.09 0.01 0.10 0.12 0.11 0.14 0.11 0.11 0.05 0.01 0.00 0.02 0.22 0.11 0.27 0.07 0.18
C4 0.00 0.00 0.05 0.07 0.00 0.03 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.06 0.01 0.21 0.01 0.19 0.24 0.17
C4' 0.01 0.04 0.04 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.04 0.04 0.03 0.02 0.01 0.10 0.02 0.00 0.01 0.04 0.08 0.18 0.00
C5 0.00 0.00 0.04 0.09 0.00 0.03 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.09 0.02 0.26 0.00 0.24 0.29 0.22
C5' 0.02 0.09 0.01 0.01 0.08 0.00 0.11 0.00 0.12 0.10 0.11 0.08 0.07 0.12 0.07 0.10 0.07 0.02 0.00 0.13 0.11 0.24 0.01
C6 0.00 0.00 0.05 0.10 0.00 0.04 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.11 0.02 0.26 0.01 0.25 0.31 0.24
C8 0.01 0.00 0.07 0.12 0.00 0.01 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.14 0.04 0.27 0.00 0.23 0.24 0.21
N1 0.00 0.00 0.08 0.11 0.00 0.04 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.12 0.02 0.24 0.01 0.22 0.29 0.21
N2 0.01 0.00 0.12 0.14 0.00 0.04 0.00 0.08 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.12 0.18 0.03 0.18 0.01 0.17 0.25 0.15
N3 0.01 0.00 0.10 0.11 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.12 0.02 0.18 0.01 0.17 0.23 0.14
N7 0.01 0.00 0.05 0.11 0.00 0.02 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.14 0.04 0.29 0.00 0.26 0.30 0.25
N9 0.00 0.00 0.02 0.05 0.00 0.01 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.01 0.20 0.01 0.18 0.20 0.15
O2' 0.00 0.09 0.00 0.01 0.04 0.10 0.01 0.10 0.03 0.04 0.06 0.12 0.09 0.03 0.00 0.00 0.05 0.04 0.06 0.02 0.15 0.10 0.06
O3' 0.02 0.14 0.02 0.00 0.06 0.02 0.09 0.07 0.11 0.14 0.12 0.18 0.12 0.14 0.05 0.05 0.00 0.01 0.20 0.13 0.29 0.02 0.18
O4' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.04 0.02 0.03 0.02 0.04 0.01 0.04 0.01 0.00 0.03 0.03 0.03 0.18 0.05
O5' 0.10 0.20 0.16 0.22 0.21 0.01 0.26 0.00 0.26 0.27 0.24 0.18 0.18 0.29 0.20 0.06 0.20 0.03 0.00 0.28 0.01 0.01 0.00
O6 0.01 0.01 0.05 0.11 0.01 0.04 0.00 0.13 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.13 0.03 0.28 0.00 0.27 0.33 0.27
OP1 0.11 0.19 0.21 0.27 0.19 0.08 0.24 0.11 0.25 0.23 0.22 0.17 0.17 0.26 0.18 0.15 0.29 0.03 0.01 0.27 0.00 0.01 0.00
OP2 0.16 0.26 0.15 0.07 0.24 0.18 0.29 0.24 0.31 0.24 0.29 0.25 0.23 0.30 0.20 0.10 0.02 0.18 0.01 0.33 0.01 0.00 0.00
P 0.06 0.17 0.13 0.18 0.17 0.00 0.22 0.01 0.24 0.21 0.21 0.15 0.14 0.25 0.15 0.06 0.18 0.05 0.00 0.27 0.00 0.00 0.00