ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50533

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, -0.002, 0.006, 0.015, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.006 std_dev=0.008
C6 A 0, 0.000, 0.009, 0.019, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.009 std_dev=0.010
C1' A 0, -0.004, 0.012, 0.029, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.012 std_dev=0.016
N3 A 0, -0.001, 0.016, 0.033, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.016 std_dev=0.017
N1 A 0, -0.001, 0.019, 0.039, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.019 std_dev=0.020
N9 A 0, -0.004, 0.017, 0.038, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.017 std_dev=0.021
C5 A 0, -0.005, 0.017, 0.039, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.017 std_dev=0.022
O4' A 0, 0.004, 0.027, 0.050, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.027 std_dev=0.023
C4 A 0, -0.005, 0.021, 0.048, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.021 std_dev=0.026
N6 A 0, -0.002, 0.038, 0.078, 0.093 max_d=0.093 avg_d=0.038 std_dev=0.040
N7 A 0, -0.011, 0.029, 0.070, 0.087 max_d=0.087 avg_d=0.029 std_dev=0.041
C2' A 0, -0.003, 0.038, 0.080, 0.096 max_d=0.096 avg_d=0.038 std_dev=0.041
C8 A 0, -0.012, 0.035, 0.081, 0.101 max_d=0.101 avg_d=0.035 std_dev=0.047
OP2 A 0, -0.003, 0.054, 0.112, 0.134 max_d=0.134 avg_d=0.054 std_dev=0.058
C5' A 0, -0.006, 0.062, 0.131, 0.157 max_d=0.157 avg_d=0.062 std_dev=0.068
C4' A 0, -0.018, 0.082, 0.182, 0.223 max_d=0.223 avg_d=0.082 std_dev=0.100
P A 0, -0.014, 0.091, 0.196, 0.238 max_d=0.238 avg_d=0.091 std_dev=0.105
N3 B 0, -0.006, 0.126, 0.257, 0.307 max_d=0.307 avg_d=0.126 std_dev=0.132
C4' B 0, -0.019, 0.120, 0.260, 0.316 max_d=0.316 avg_d=0.120 std_dev=0.140
O2' A 0, -0.033, 0.108, 0.249, 0.307 max_d=0.307 avg_d=0.108 std_dev=0.141
C3' A 0, -0.029, 0.121, 0.270, 0.331 max_d=0.331 avg_d=0.121 std_dev=0.149
N1 B 0, -0.002, 0.149, 0.300, 0.356 max_d=0.356 avg_d=0.149 std_dev=0.151
O5' A 0, -0.025, 0.132, 0.289, 0.352 max_d=0.352 avg_d=0.132 std_dev=0.157
OP1 A 0, -0.025, 0.145, 0.315, 0.384 max_d=0.384 avg_d=0.145 std_dev=0.170
C6 B 0, -0.019, 0.160, 0.340, 0.411 max_d=0.411 avg_d=0.160 std_dev=0.179
C4 B 0, -0.028, 0.158, 0.345, 0.420 max_d=0.420 avg_d=0.158 std_dev=0.186
C2 B 0, -0.014, 0.177, 0.368, 0.442 max_d=0.442 avg_d=0.177 std_dev=0.191
O4' B 0, -0.051, 0.191, 0.432, 0.531 max_d=0.531 avg_d=0.191 std_dev=0.241
O6 B 0, -0.040, 0.207, 0.453, 0.553 max_d=0.553 avg_d=0.207 std_dev=0.246
C5 B 0, -0.048, 0.214, 0.476, 0.583 max_d=0.583 avg_d=0.214 std_dev=0.262
C5' B 0, -0.049, 0.231, 0.510, 0.624 max_d=0.624 avg_d=0.231 std_dev=0.280
C3' B 0, -0.069, 0.245, 0.560, 0.690 max_d=0.690 avg_d=0.245 std_dev=0.315
O3' A 0, -0.082, 0.259, 0.600, 0.741 max_d=0.741 avg_d=0.259 std_dev=0.341
N9 B 0, -0.082, 0.272, 0.626, 0.772 max_d=0.772 avg_d=0.272 std_dev=0.354
N2 B 0, -0.060, 0.315, 0.689, 0.842 max_d=0.842 avg_d=0.315 std_dev=0.375
C1' B 0, -0.091, 0.292, 0.674, 0.832 max_d=0.832 avg_d=0.292 std_dev=0.382
O5' B 0, -0.078, 0.318, 0.714, 0.877 max_d=0.877 avg_d=0.318 std_dev=0.396
O3' B 0, -0.103, 0.331, 0.765, 0.944 max_d=0.944 avg_d=0.331 std_dev=0.434
C2' B 0, -0.108, 0.333, 0.773, 0.955 max_d=0.955 avg_d=0.333 std_dev=0.441
N7 B 0, -0.111, 0.359, 0.829, 1.023 max_d=1.023 avg_d=0.359 std_dev=0.470
C8 B 0, -0.127, 0.383, 0.894, 1.104 max_d=1.104 avg_d=0.383 std_dev=0.510
O2' B 0, -0.131, 0.417, 0.965, 1.191 max_d=1.191 avg_d=0.417 std_dev=0.548
P B 0, -0.128, 0.442, 1.012, 1.247 max_d=1.247 avg_d=0.442 std_dev=0.570
OP1 B 0, -0.138, 0.460, 1.059, 1.305 max_d=1.305 avg_d=0.460 std_dev=0.598
OP2 B 0, -0.185, 0.592, 1.369, 1.690 max_d=1.690 avg_d=0.592 std_dev=0.777

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.05 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.08 0.00 0.13 0.13 0.02 0.10
C2 0.02 0.00 0.00 0.05 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02 0.16 0.02 0.07
C2' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.08 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.18 0.14 0.07 0.14
C3' 0.02 0.05 0.00 0.00 0.04 0.00 0.04 0.03 0.05 0.03 0.05 0.05 0.04 0.03 0.03 0.03 0.01 0.02 0.05 0.01 0.08 0.01
C4 0.01 0.00 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.08 0.15 0.02 0.08
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.04 0.06 0.00
C5 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.00 0.08 0.15 0.02 0.09
C5' 0.05 0.01 0.08 0.03 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 0.04 0.00 0.01 0.02 0.03 0.04 0.04 0.08 0.03 0.01 0.05 0.01 0.02
C6 0.01 0.00 0.00 0.05 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.06 0.16 0.01 0.08
C8 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.07 0.01 0.11 0.13 0.02 0.09
N1 0.01 0.00 0.01 0.05 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.16 0.01 0.07
N3 0.02 0.00 0.00 0.05 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.16 0.02 0.07
N6 0.00 0.01 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.03 0.01 0.06 0.16 0.01 0.09
N7 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.06 0.00 0.10 0.14 0.02 0.09
N9 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.00 0.11 0.14 0.01 0.09
O2' 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.03 0.04 0.03 0.03 0.02 0.01 0.04 0.04 0.01 0.00 0.09 0.02 0.16 0.11 0.08 0.13
O3' 0.08 0.02 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.08 0.01 0.07 0.01 0.01 0.03 0.06 0.05 0.09 0.00 0.01 0.07 0.17 0.24 0.17
O4' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.09 0.12 0.01 0.07
O5' 0.13 0.02 0.18 0.05 0.08 0.02 0.08 0.01 0.06 0.11 0.03 0.05 0.06 0.10 0.11 0.16 0.07 0.09 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.13 0.16 0.14 0.01 0.15 0.04 0.15 0.05 0.16 0.13 0.16 0.16 0.16 0.14 0.14 0.11 0.17 0.12 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.02 0.02 0.07 0.08 0.02 0.06 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.08 0.24 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01
P 0.10 0.07 0.14 0.01 0.08 0.00 0.09 0.02 0.08 0.09 0.07 0.07 0.09 0.09 0.09 0.13 0.17 0.07 0.00 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.07 0.11 0.18 0.03 0.07 0.14 0.05 0.26 0.06 0.01 0.09 0.14 0.11 0.02 0.05 0.35 0.03 0.09 0.07 0.05 0.11 0.02 0.03
C2 0.16 0.09 0.15 0.05 0.08 0.07 0.03 0.27 0.03 0.02 0.06 0.12 0.11 0.01 0.09 0.34 0.10 0.08 0.01 0.01 0.05 0.07 0.07
C2' 0.13 0.14 0.25 0.03 0.12 0.10 0.11 0.23 0.12 0.09 0.13 0.15 0.14 0.10 0.11 0.40 0.03 0.06 0.01 0.12 0.05 0.06 0.04
C3' 0.04 0.08 0.25 0.06 0.05 0.13 0.04 0.24 0.05 0.02 0.07 0.10 0.07 0.02 0.03 0.39 0.12 0.15 0.06 0.05 0.08 0.01 0.01
C4 0.15 0.11 0.19 0.03 0.09 0.09 0.05 0.26 0.05 0.04 0.08 0.13 0.13 0.03 0.09 0.39 0.07 0.02 0.02 0.04 0.01 0.06 0.04
C4' 0.01 0.09 0.23 0.06 0.04 0.12 0.03 0.20 0.05 0.02 0.07 0.12 0.08 0.01 0.01 0.38 0.13 0.16 0.06 0.04 0.08 0.03 0.03
C5 0.17 0.10 0.17 0.06 0.09 0.08 0.05 0.26 0.05 0.05 0.07 0.12 0.12 0.03 0.11 0.37 0.12 0.06 0.01 0.03 0.01 0.08 0.06
C5' 0.01 0.06 0.26 0.10 0.03 0.11 0.03 0.19 0.04 0.00 0.05 0.07 0.05 0.01 0.01 0.41 0.18 0.18 0.03 0.04 0.05 0.00 0.01
C6 0.17 0.09 0.14 0.09 0.08 0.08 0.04 0.27 0.03 0.05 0.05 0.11 0.11 0.01 0.10 0.33 0.17 0.09 0.01 0.00 0.04 0.10 0.07
C8 0.14 0.11 0.19 0.04 0.09 0.10 0.06 0.25 0.06 0.06 0.08 0.13 0.12 0.04 0.10 0.37 0.08 0.00 0.03 0.05 0.04 0.06 0.03
N1 0.17 0.09 0.13 0.09 0.08 0.06 0.03 0.27 0.02 0.03 0.04 0.11 0.11 0.01 0.09 0.31 0.16 0.11 0.01 0.01 0.07 0.10 0.08
N3 0.15 0.11 0.19 0.02 0.09 0.09 0.05 0.25 0.05 0.03 0.08 0.14 0.13 0.01 0.08 0.39 0.04 0.02 0.02 0.03 0.00 0.05 0.04
N6 0.17 0.08 0.12 0.12 0.08 0.08 0.03 0.26 0.02 0.05 0.04 0.10 0.11 0.01 0.10 0.31 0.21 0.11 0.01 0.01 0.05 0.11 0.07
N7 0.16 0.10 0.18 0.06 0.10 0.09 0.06 0.26 0.05 0.06 0.07 0.12 0.12 0.04 0.11 0.37 0.12 0.04 0.02 0.03 0.01 0.08 0.05
N9 0.13 0.11 0.19 0.03 0.09 0.11 0.06 0.25 0.06 0.04 0.09 0.14 0.12 0.03 0.09 0.38 0.06 0.02 0.04 0.05 0.05 0.03 0.02
O2' 0.06 0.10 0.16 0.04 0.07 0.15 0.07 0.26 0.08 0.05 0.09 0.11 0.09 0.05 0.06 0.29 0.06 0.09 0.07 0.08 0.12 0.00 0.02
O3' 0.06 0.04 0.17 0.04 0.06 0.14 0.06 0.22 0.06 0.08 0.05 0.03 0.04 0.08 0.07 0.28 0.14 0.21 0.09 0.06 0.09 0.06 0.04
O4' 0.07 0.11 0.22 0.02 0.07 0.12 0.04 0.23 0.06 0.01 0.08 0.14 0.11 0.01 0.04 0.40 0.05 0.11 0.05 0.05 0.08 0.01 0.01
O5' 0.07 0.04 0.27 0.08 0.01 0.11 0.02 0.24 0.04 0.01 0.05 0.05 0.02 0.01 0.02 0.45 0.14 0.17 0.01 0.04 0.02 0.06 0.06
OP1 0.30 0.02 0.51 0.37 0.18 0.14 0.19 0.03 0.13 0.29 0.05 0.07 0.08 0.25 0.26 0.55 0.43 0.06 0.27 0.13 0.27 0.31 0.31
OP2 0.20 0.05 0.40 0.20 0.14 0.04 0.16 0.19 0.13 0.22 0.08 0.01 0.08 0.21 0.19 0.50 0.24 0.07 0.12 0.14 0.11 0.21 0.18
P 0.22 0.01 0.41 0.22 0.10 0.01 0.11 0.14 0.06 0.20 0.01 0.06 0.04 0.16 0.17 0.52 0.27 0.04 0.15 0.07 0.16 0.22 0.21

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.07 0.01 0.05 0.05 0.09
C2 0.01 0.00 0.28 0.42 0.00 0.18 0.00 0.17 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.15 0.55 0.02 0.16 0.00 0.16 0.07 0.13
C2' 0.01 0.28 0.00 0.00 0.15 0.01 0.07 0.02 0.12 0.11 0.21 0.34 0.29 0.06 0.01 0.00 0.03 0.01 0.14 0.09 0.20 0.23 0.16
C3' 0.02 0.42 0.00 0.00 0.25 0.00 0.17 0.02 0.24 0.11 0.35 0.48 0.39 0.02 0.07 0.01 0.01 0.01 0.24 0.21 0.30 0.31 0.28
C4 0.01 0.00 0.15 0.25 0.00 0.10 0.00 0.08 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.30 0.02 0.12 0.00 0.11 0.06 0.10
C4' 0.00 0.18 0.01 0.00 0.10 0.00 0.06 0.01 0.10 0.08 0.15 0.22 0.17 0.03 0.02 0.06 0.01 0.00 0.01 0.09 0.01 0.03 0.01
C5 0.01 0.00 0.07 0.17 0.00 0.06 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.21 0.01 0.09 0.01 0.09 0.03 0.07
C5' 0.01 0.17 0.02 0.02 0.08 0.01 0.04 0.00 0.09 0.11 0.14 0.21 0.15 0.06 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.07 0.12 0.00 0.00
C6 0.01 0.00 0.12 0.24 0.00 0.10 0.00 0.09 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.05 0.32 0.01 0.11 0.00 0.11 0.04 0.08
C8 0.00 0.00 0.11 0.11 0.00 0.08 0.00 0.11 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.11 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02
N1 0.01 0.00 0.21 0.35 0.01 0.15 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.10 0.47 0.02 0.14 0.01 0.15 0.06 0.11
N2 0.01 0.00 0.34 0.48 0.00 0.22 0.00 0.21 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.20 0.66 0.03 0.18 0.01 0.19 0.08 0.15
N3 0.01 0.00 0.29 0.39 0.00 0.17 0.00 0.15 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.16 0.49 0.02 0.16 0.00 0.15 0.07 0.13
N7 0.00 0.00 0.06 0.02 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02
N9 0.00 0.01 0.01 0.07 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.01 0.08 0.01 0.06 0.04 0.08
O2' 0.01 0.15 0.00 0.01 0.07 0.06 0.02 0.05 0.05 0.07 0.10 0.20 0.16 0.05 0.00 0.00 0.01 0.06 0.06 0.03 0.14 0.15 0.07
O3' 0.03 0.55 0.03 0.01 0.30 0.01 0.21 0.01 0.32 0.11 0.47 0.66 0.49 0.01 0.08 0.01 0.00 0.02 0.32 0.27 0.50 0.45 0.42
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.06 0.02 0.00 0.20 0.00 0.21 0.19 0.22
O5' 0.07 0.16 0.14 0.24 0.12 0.01 0.09 0.00 0.11 0.01 0.14 0.18 0.16 0.02 0.08 0.06 0.32 0.20 0.00 0.10 0.00 0.02 0.01
O6 0.01 0.00 0.09 0.21 0.00 0.09 0.01 0.07 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.27 0.00 0.10 0.00 0.11 0.03 0.07
OP1 0.05 0.16 0.20 0.30 0.11 0.01 0.09 0.12 0.11 0.01 0.15 0.19 0.15 0.02 0.06 0.14 0.50 0.21 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00
OP2 0.05 0.07 0.23 0.31 0.06 0.03 0.03 0.00 0.04 0.01 0.06 0.08 0.07 0.01 0.04 0.15 0.45 0.19 0.02 0.03 0.00 0.00 0.00
P 0.09 0.13 0.16 0.28 0.10 0.01 0.07 0.00 0.08 0.02 0.11 0.15 0.13 0.02 0.08 0.07 0.42 0.22 0.01 0.07 0.00 0.00 0.00