ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50535

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.000, 0.008, 0.015, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.008 std_dev=0.008
C6 A 0, 0.000, 0.012, 0.023, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.012 std_dev=0.012
C1' A 0, 0.000, 0.013, 0.026, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.013 std_dev=0.013
N3 A 0, 0.000, 0.015, 0.029, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.015 std_dev=0.015
N1 A 0, 0.000, 0.017, 0.034, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.017 std_dev=0.017
C5 A 0, 0.000, 0.017, 0.034, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.017 std_dev=0.017
C4 A 0, 0.000, 0.025, 0.050, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.025 std_dev=0.025
O4' A 0, 0.000, 0.026, 0.052, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.026 std_dev=0.026
N9 A 0, 0.000, 0.028, 0.056, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.028 std_dev=0.028
N7 A 0, 0.000, 0.033, 0.066, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.033 std_dev=0.033
P A 0, 0.000, 0.035, 0.071, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.035 std_dev=0.035
C4' A 0, 0.000, 0.036, 0.072, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.036 std_dev=0.036
C5' A 0, 0.000, 0.038, 0.077, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.038 std_dev=0.038
N6 A 0, 0.000, 0.042, 0.084, 0.084 max_d=0.084 avg_d=0.042 std_dev=0.042
C3' A 0, 0.000, 0.044, 0.087, 0.087 max_d=0.087 avg_d=0.044 std_dev=0.044
C2' A 0, 0.000, 0.046, 0.093, 0.093 max_d=0.093 avg_d=0.046 std_dev=0.046
C8 A 0, 0.000, 0.046, 0.093, 0.093 max_d=0.093 avg_d=0.046 std_dev=0.046
C1' B 0, 0.000, 0.062, 0.124, 0.124 max_d=0.124 avg_d=0.062 std_dev=0.062
O4' B 0, 0.000, 0.065, 0.130, 0.130 max_d=0.130 avg_d=0.065 std_dev=0.065
N2 B 0, 0.000, 0.067, 0.133, 0.133 max_d=0.133 avg_d=0.067 std_dev=0.067
N9 B 0, 0.000, 0.068, 0.137, 0.137 max_d=0.137 avg_d=0.068 std_dev=0.068
C2 B 0, 0.000, 0.068, 0.137, 0.137 max_d=0.137 avg_d=0.068 std_dev=0.068
N3 B 0, 0.000, 0.069, 0.138, 0.138 max_d=0.138 avg_d=0.069 std_dev=0.069
O3' A 0, 0.000, 0.069, 0.139, 0.139 max_d=0.139 avg_d=0.069 std_dev=0.069
C8 B 0, 0.000, 0.071, 0.141, 0.141 max_d=0.141 avg_d=0.071 std_dev=0.071
C4 B 0, 0.000, 0.071, 0.143, 0.143 max_d=0.143 avg_d=0.071 std_dev=0.071
O2' A 0, 0.000, 0.072, 0.144, 0.144 max_d=0.144 avg_d=0.072 std_dev=0.072
O5' A 0, 0.000, 0.072, 0.144, 0.144 max_d=0.144 avg_d=0.072 std_dev=0.072
C2' B 0, 0.000, 0.072, 0.144, 0.144 max_d=0.144 avg_d=0.072 std_dev=0.072
N7 B 0, 0.000, 0.074, 0.148, 0.148 max_d=0.148 avg_d=0.074 std_dev=0.074
C5 B 0, 0.000, 0.075, 0.149, 0.149 max_d=0.149 avg_d=0.075 std_dev=0.075
N1 B 0, 0.000, 0.075, 0.149, 0.149 max_d=0.149 avg_d=0.075 std_dev=0.075
C6 B 0, 0.000, 0.078, 0.155, 0.155 max_d=0.155 avg_d=0.078 std_dev=0.078
C4' B 0, 0.000, 0.080, 0.159, 0.159 max_d=0.159 avg_d=0.080 std_dev=0.080
O5' B 0, 0.000, 0.084, 0.168, 0.168 max_d=0.168 avg_d=0.084 std_dev=0.084
O6 B 0, 0.000, 0.086, 0.171, 0.171 max_d=0.171 avg_d=0.086 std_dev=0.086
C3' B 0, 0.000, 0.086, 0.172, 0.172 max_d=0.172 avg_d=0.086 std_dev=0.086
OP1 A 0, 0.000, 0.094, 0.188, 0.188 max_d=0.188 avg_d=0.094 std_dev=0.094
C5' B 0, 0.000, 0.095, 0.191, 0.191 max_d=0.191 avg_d=0.095 std_dev=0.095
O2' B 0, 0.000, 0.097, 0.195, 0.195 max_d=0.195 avg_d=0.097 std_dev=0.097
O3' B 0, 0.000, 0.116, 0.232, 0.232 max_d=0.232 avg_d=0.116 std_dev=0.116
P B 0, 0.000, 0.132, 0.265, 0.265 max_d=0.265 avg_d=0.132 std_dev=0.132
OP2 A 0, 0.000, 0.135, 0.270, 0.270 max_d=0.270 avg_d=0.135 std_dev=0.135
OP2 B 0, 0.000, 0.165, 0.330, 0.330 max_d=0.330 avg_d=0.165 std_dev=0.165
OP1 B 0, 0.000, 0.187, 0.374, 0.374 max_d=0.374 avg_d=0.187 std_dev=0.187

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01
C2 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.04 0.03
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01
C3' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.03 0.00
C4 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.03
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00
C5 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02
C5' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01
C6 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02
C8 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03
N1 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02
N3 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.04 0.03
N6 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01
N7 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02
N9 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.03 0.03
O2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01
O3' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.03 0.01
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00
O5' 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.03 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.00 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01
OP2 0.02 0.04 0.03 0.03 0.03 0.02 0.02 0.00 0.02 0.03 0.03 0.04 0.01 0.02 0.03 0.03 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00
P 0.01 0.03 0.01 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.03 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01
C2 0.02 0.03 0.03 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.03 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.05 0.02
C2' 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.04 0.00 0.02
C3' 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.02
C4 0.03 0.02 0.04 0.03 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.02 0.05 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01
C4' 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.02
C5 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01
C5' 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.01 0.02
C6 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.04 0.02
C8 0.03 0.02 0.04 0.03 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.02 0.05 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01
N1 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.05 0.02
N3 0.03 0.03 0.04 0.03 0.03 0.03 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.03 0.03 0.01 0.02 0.05 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02
N6 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.02
N7 0.02 0.02 0.03 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.04 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01
N9 0.03 0.02 0.04 0.03 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.02 0.05 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.02 0.00
O2' 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.04 0.00 0.02 0.01 0.02 0.04 0.00 0.02
O3' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.03 0.03
O4' 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.01 0.02
O5' 0.02 0.03 0.03 0.02 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.01 0.02 0.05 0.00 0.02 0.01 0.02 0.05 0.01 0.02
OP1 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01
OP2 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.01 0.04 0.02 0.07 0.04 0.05
P 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.02

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.04 0.03
C2 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.07 0.05
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02
C3' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01
C4 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.07 0.05
C4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01
C5 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.04 0.00 0.05 0.08 0.06
C5' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00
C6 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.05 0.08 0.06
C8 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.06 0.08 0.06
N1 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.08 0.05
N2 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.07 0.04
N3 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.07 0.05
N7 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.04 0.01 0.07 0.09 0.07
N9 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.06 0.05
O2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.03 0.02
O3' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00 0.03 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01
O4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02
O5' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.03 0.04 0.03 0.03 0.03 0.04 0.03 0.02 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00
O6 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.06 0.08 0.06
OP1 0.01 0.03 0.01 0.01 0.04 0.01 0.05 0.02 0.05 0.06 0.04 0.03 0.03 0.07 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00
OP2 0.04 0.07 0.02 0.02 0.07 0.01 0.08 0.01 0.08 0.08 0.08 0.07 0.07 0.09 0.06 0.03 0.02 0.03 0.00 0.08 0.01 0.00 0.00
P 0.03 0.05 0.02 0.01 0.05 0.01 0.06 0.00 0.06 0.06 0.05 0.04 0.05 0.07 0.05 0.02 0.01 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00