ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50536

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.000, 0.001, 0.002, 0.002 max_d=0.002 avg_d=0.001 std_dev=0.001
C5 A 0, 0.000, 0.002, 0.004, 0.004 max_d=0.004 avg_d=0.002 std_dev=0.002
N7 A 0, 0.000, 0.003, 0.005, 0.005 max_d=0.005 avg_d=0.003 std_dev=0.003
C6 A 0, 0.000, 0.003, 0.006, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.003 std_dev=0.003
C1' A 0, 0.000, 0.003, 0.007, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.003 std_dev=0.003
N6 A 0, 0.000, 0.003, 0.007, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.003 std_dev=0.003
N1 A 0, 0.000, 0.006, 0.013, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.006 std_dev=0.006
N3 A 0, 0.000, 0.007, 0.014, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C4 A 0, 0.000, 0.007, 0.015, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C8 A 0, 0.000, 0.008, 0.015, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.008 std_dev=0.008
N9 A 0, 0.000, 0.008, 0.016, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.008 std_dev=0.008
O4' A 0, 0.000, 0.028, 0.056, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.028 std_dev=0.028
C2' A 0, 0.000, 0.046, 0.092, 0.092 max_d=0.092 avg_d=0.046 std_dev=0.046
N9 B 0, 0.000, 0.211, 0.423, 0.423 max_d=0.423 avg_d=0.211 std_dev=0.211
C4' A 0, 0.000, 0.268, 0.537, 0.537 max_d=0.537 avg_d=0.268 std_dev=0.268
C2' B 0, 0.000, 0.285, 0.569, 0.569 max_d=0.569 avg_d=0.285 std_dev=0.285
C5' A 0, 0.000, 0.291, 0.582, 0.582 max_d=0.582 avg_d=0.291 std_dev=0.291
C1' B 0, 0.000, 0.376, 0.752, 0.752 max_d=0.752 avg_d=0.376 std_dev=0.376
C4 B 0, 0.000, 0.496, 0.992, 0.992 max_d=0.992 avg_d=0.496 std_dev=0.496
O2' A 0, 0.000, 0.600, 1.200, 1.200 max_d=1.200 avg_d=0.600 std_dev=0.600
O2' B 0, 0.000, 0.619, 1.238, 1.238 max_d=1.238 avg_d=0.619 std_dev=0.619
C8 B 0, 0.000, 0.638, 1.275, 1.275 max_d=1.275 avg_d=0.638 std_dev=0.638
N3 B 0, 0.000, 0.735, 1.470, 1.470 max_d=1.470 avg_d=0.735 std_dev=0.735
C3' A 0, 0.000, 0.771, 1.542, 1.542 max_d=1.542 avg_d=0.771 std_dev=0.771
C5 B 0, 0.000, 0.857, 1.713, 1.713 max_d=1.713 avg_d=0.857 std_dev=0.857
O4' B 0, 0.000, 0.894, 1.788, 1.788 max_d=1.788 avg_d=0.894 std_dev=0.894
N7 B 0, 0.000, 0.927, 1.854, 1.854 max_d=1.854 avg_d=0.927 std_dev=0.927
O5' A 0, 0.000, 0.968, 1.937, 1.937 max_d=1.937 avg_d=0.968 std_dev=0.968
C2 B 0, 0.000, 1.137, 2.275, 2.275 max_d=2.275 avg_d=1.137 std_dev=1.137
C4' B 0, 0.000, 1.198, 2.396, 2.396 max_d=2.396 avg_d=1.198 std_dev=1.198
C3' B 0, 0.000, 1.201, 2.401, 2.401 max_d=2.401 avg_d=1.201 std_dev=1.201
O5' B 0, 0.000, 1.219, 2.439, 2.439 max_d=2.439 avg_d=1.219 std_dev=1.219
OP1 A 0, 0.000, 1.221, 2.442, 2.442 max_d=2.442 avg_d=1.221 std_dev=1.221
C6 B 0, 0.000, 1.273, 2.545, 2.545 max_d=2.545 avg_d=1.273 std_dev=1.273
C5' B 0, 0.000, 1.323, 2.645, 2.645 max_d=2.645 avg_d=1.323 std_dev=1.323
N1 B 0, 0.000, 1.342, 2.685, 2.685 max_d=2.685 avg_d=1.342 std_dev=1.342
N2 B 0, 0.000, 1.495, 2.990, 2.990 max_d=2.990 avg_d=1.495 std_dev=1.495
O3' B 0, 0.000, 1.601, 3.201, 3.201 max_d=3.201 avg_d=1.601 std_dev=1.601
O3' A 0, 0.000, 1.614, 3.227, 3.227 max_d=3.227 avg_d=1.614 std_dev=1.614
OP2 B 0, 0.000, 1.625, 3.250, 3.250 max_d=3.250 avg_d=1.625 std_dev=1.625
O6 B 0, 0.000, 1.647, 3.294, 3.294 max_d=3.294 avg_d=1.647 std_dev=1.647
P A 0, 0.000, 1.674, 3.349, 3.349 max_d=3.349 avg_d=1.674 std_dev=1.674
P B 0, 0.000, 1.687, 3.375, 3.375 max_d=3.375 avg_d=1.687 std_dev=1.687
OP1 B 0, 0.000, 1.898, 3.795, 3.795 max_d=3.795 avg_d=1.898 std_dev=1.898
OP2 A 0, 0.000, 2.525, 5.049, 5.049 max_d=5.049 avg_d=2.525 std_dev=2.525

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.25 0.00 0.17 0.46 0.60 0.01
C2 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.00 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.26 0.35 0.01 0.08 0.43 1.03 0.13
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.18 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.04 0.01 0.42 0.58 0.10 0.32
C3' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.13 0.00 0.23 0.03 0.21 0.33 0.12 0.01 0.26 0.33 0.18 0.01 0.00 0.02 0.10 0.20 0.17 0.03
C4 0.00 0.00 0.02 0.13 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.22 0.16 0.01 0.08 0.48 0.94 0.07
C4' 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.05 0.10 0.02 0.01 0.06 0.09 0.05 0.23 0.01 0.00 0.00 0.24 0.24 0.08
C5 0.00 0.00 0.02 0.23 0.00 0.06 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.24 0.00 0.01 0.03 0.50 1.00 0.05
C5' 0.08 0.06 0.18 0.03 0.05 0.00 0.04 0.00 0.04 0.04 0.05 0.06 0.03 0.03 0.06 0.07 0.16 0.01 0.01 0.19 0.10 0.00
C6 0.00 0.00 0.02 0.21 0.00 0.05 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.27 0.05 0.02 0.02 0.47 1.07 0.08
C8 0.00 0.00 0.01 0.33 0.00 0.10 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.14 0.20 0.01 0.05 0.58 0.79 0.06
N1 0.00 0.00 0.02 0.12 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.28 0.21 0.02 0.05 0.44 1.09 0.12
N3 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.23 0.37 0.01 0.11 0.44 0.95 0.11
N6 0.00 0.00 0.02 0.26 0.00 0.06 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.28 0.04 0.02 0.01 0.45 1.07 0.07
N7 0.00 0.00 0.02 0.33 0.00 0.09 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.20 0.20 0.01 0.00 0.55 0.91 0.03
N9 0.00 0.00 0.01 0.18 0.00 0.05 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.14 0.06 0.01 0.10 0.51 0.80 0.01
O2' 0.01 0.26 0.00 0.01 0.22 0.23 0.24 0.07 0.27 0.14 0.28 0.23 0.28 0.20 0.14 0.00 0.08 0.16 0.29 0.44 0.17 0.19
O3' 0.25 0.35 0.04 0.00 0.16 0.01 0.00 0.16 0.05 0.20 0.21 0.37 0.04 0.20 0.06 0.08 0.00 0.18 0.10 0.02 0.22 0.12
O4' 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.16 0.18 0.00 0.03 0.33 0.66 0.21
O5' 0.17 0.08 0.42 0.10 0.08 0.00 0.03 0.01 0.02 0.05 0.05 0.11 0.01 0.00 0.10 0.29 0.10 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00
OP1 0.46 0.43 0.58 0.20 0.48 0.24 0.50 0.19 0.47 0.58 0.44 0.44 0.45 0.55 0.51 0.44 0.02 0.33 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.60 1.03 0.10 0.17 0.94 0.24 1.00 0.10 1.07 0.79 1.09 0.95 1.07 0.91 0.80 0.17 0.22 0.66 0.02 0.00 0.00 0.00
P 0.01 0.13 0.32 0.03 0.07 0.08 0.05 0.00 0.08 0.06 0.12 0.11 0.07 0.03 0.01 0.19 0.12 0.21 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.09 0.41 0.03 0.35 0.27 0.50 0.50 0.52 0.71 0.27 0.69 0.33 0.17 0.45 0.13 0.08 0.49 0.42 0.05 0.85 0.10 0.13 0.13
C2 0.08 0.09 0.05 0.03 0.05 0.14 0.12 0.24 0.08 0.18 0.02 0.15 0.07 0.19 0.11 0.16 0.07 0.07 0.28 0.12 0.32 0.29 0.36
C2' 0.08 0.43 0.05 0.42 0.26 0.56 0.45 0.60 0.65 0.22 0.65 0.41 0.20 0.40 0.12 0.13 0.56 0.44 0.06 0.79 0.13 0.09 0.14
C3' 0.08 0.52 0.16 0.21 0.35 0.38 0.50 0.45 0.67 0.31 0.69 0.53 0.32 0.45 0.23 0.36 0.33 0.29 0.16 0.78 0.23 0.15 0.22
C4 0.00 0.01 0.02 0.14 0.15 0.28 0.36 0.33 0.44 0.28 0.27 0.19 0.05 0.40 0.13 0.09 0.22 0.23 0.22 0.55 0.28 0.31 0.33
C4' 0.04 0.52 0.05 0.32 0.35 0.47 0.59 0.50 0.83 0.34 0.82 0.48 0.26 0.54 0.20 0.16 0.48 0.40 0.04 1.01 0.08 0.13 0.12
C5 0.04 0.26 0.06 0.01 0.06 0.14 0.28 0.18 0.28 0.33 0.03 0.50 0.20 0.43 0.14 0.07 0.08 0.10 0.33 0.44 0.40 0.48 0.48
C5' 0.12 0.33 0.04 0.36 0.26 0.48 0.54 0.47 0.78 0.32 0.69 0.19 0.10 0.54 0.14 0.01 0.54 0.41 0.07 1.01 0.11 0.22 0.18
C6 0.09 0.41 0.09 0.11 0.04 0.01 0.10 0.04 0.04 0.31 0.32 0.57 0.28 0.33 0.12 0.08 0.07 0.04 0.42 0.07 0.50 0.58 0.58
C8 0.03 0.04 0.02 0.15 0.15 0.29 0.43 0.31 0.56 0.35 0.32 0.33 0.09 0.51 0.15 0.04 0.25 0.24 0.24 0.78 0.31 0.39 0.38
N1 0.12 0.33 0.09 0.12 0.06 0.04 0.00 0.04 0.13 0.23 0.29 0.41 0.22 0.19 0.11 0.12 0.09 0.09 0.42 0.08 0.47 0.50 0.54
N3 0.01 0.13 0.01 0.19 0.16 0.32 0.29 0.39 0.35 0.20 0.27 0.03 0.05 0.29 0.12 0.14 0.25 0.25 0.17 0.40 0.22 0.19 0.24
N6 0.11 0.55 0.11 0.21 0.11 0.12 0.01 0.10 0.24 0.31 0.54 0.72 0.35 0.29 0.11 0.06 0.18 0.13 0.51 0.17 0.60 0.72 0.70
N7 0.01 0.25 0.05 0.04 0.08 0.17 0.34 0.19 0.38 0.36 0.04 0.55 0.20 0.49 0.14 0.04 0.12 0.14 0.33 0.61 0.41 0.51 0.49
N9 0.04 0.15 0.00 0.22 0.20 0.36 0.45 0.40 0.60 0.30 0.48 0.07 0.01 0.46 0.14 0.07 0.33 0.31 0.16 0.76 0.22 0.27 0.28
O2' 0.02 0.53 0.00 0.39 0.37 0.47 0.55 0.47 0.73 0.32 0.72 0.51 0.32 0.50 0.23 0.19 0.57 0.31 0.24 0.84 0.33 0.29 0.33
O3' 0.65 1.07 0.77 0.34 0.89 0.14 0.96 0.02 1.08 0.79 1.14 1.14 0.91 0.89 0.77 1.03 0.22 0.23 0.62 1.12 0.69 0.52 0.63
O4' 0.11 0.44 0.02 0.34 0.30 0.49 0.57 0.49 0.83 0.32 0.80 0.32 0.15 0.54 0.15 0.03 0.50 0.43 0.01 1.02 0.04 0.14 0.10
O5' 0.17 0.02 0.11 0.34 0.08 0.42 0.34 0.38 0.51 0.21 0.35 0.21 0.11 0.39 0.03 0.11 0.50 0.37 0.17 0.73 0.24 0.36 0.33
OP1 0.07 0.12 0.12 0.03 0.32 0.08 0.65 0.01 0.81 0.56 0.54 0.23 0.04 0.76 0.31 0.01 0.20 0.06 0.46 1.12 0.50 0.75 0.65
OP2 1.41 1.41 1.36 1.49 1.27 1.52 1.02 1.49 0.87 1.08 1.08 1.66 1.47 0.92 1.27 1.39 1.61 1.52 0.99 0.58 0.92 0.74 0.79
P 0.58 0.51 0.55 0.70 0.35 0.72 0.04 0.64 0.13 0.14 0.11 0.82 0.60 0.06 0.37 0.63 0.87 0.69 0.12 0.43 0.06 0.17 0.08

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.07 0.01 0.00 0.02 0.03 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.12 0.01 0.15 0.03 0.10
C2 0.02 0.00 0.15 0.05 0.00 0.08 0.00 0.22 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.18 0.04 0.15 0.05 0.00 0.10 0.04 0.02
C2' 0.00 0.15 0.00 0.00 0.07 0.02 0.01 0.13 0.04 0.11 0.11 0.20 0.15 0.07 0.01 0.00 0.04 0.00 0.50 0.02 0.57 0.36 0.50
C3' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.06 0.00 0.08 0.00 0.08 0.10 0.06 0.04 0.04 0.10 0.06 0.01 0.01 0.00 0.39 0.08 0.36 0.17 0.39
C4 0.01 0.00 0.07 0.06 0.00 0.04 0.00 0.18 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.05 0.07 0.15 0.00 0.22 0.09 0.12
C4' 0.02 0.08 0.02 0.00 0.04 0.00 0.03 0.01 0.05 0.04 0.07 0.09 0.08 0.01 0.00 0.15 0.04 0.01 0.01 0.04 0.13 0.06 0.00
C5 0.01 0.00 0.01 0.08 0.00 0.03 0.00 0.19 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.07 0.02 0.22 0.00 0.32 0.16 0.18
C5' 0.07 0.22 0.13 0.00 0.18 0.01 0.19 0.00 0.21 0.11 0.23 0.22 0.19 0.15 0.13 0.02 0.10 0.02 0.00 0.21 0.27 0.04 0.01
C6 0.01 0.00 0.04 0.08 0.00 0.05 0.00 0.21 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.07 0.05 0.18 0.00 0.29 0.15 0.15
C8 0.00 0.00 0.11 0.10 0.00 0.04 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.21 0.08 0.10 0.33 0.00 0.44 0.20 0.30
N1 0.02 0.00 0.11 0.06 0.00 0.07 0.00 0.23 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.09 0.05 0.11 0.11 0.00 0.19 0.09 0.07
N2 0.03 0.00 0.20 0.04 0.01 0.09 0.00 0.22 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.28 0.03 0.17 0.01 0.00 0.01 0.00 0.05
N3 0.02 0.00 0.15 0.04 0.00 0.08 0.00 0.19 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.19 0.03 0.15 0.06 0.00 0.10 0.04 0.03
N7 0.00 0.00 0.07 0.10 0.00 0.01 0.00 0.15 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.19 0.09 0.06 0.31 0.00 0.45 0.22 0.29
N9 0.00 0.01 0.01 0.06 0.00 0.00 0.00 0.13 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.07 0.04 0.01 0.21 0.00 0.27 0.11 0.17
O2' 0.00 0.18 0.00 0.01 0.03 0.15 0.07 0.02 0.03 0.21 0.09 0.28 0.19 0.19 0.07 0.00 0.04 0.07 0.32 0.07 0.47 0.27 0.36
O3' 0.02 0.04 0.04 0.01 0.05 0.04 0.07 0.10 0.07 0.08 0.05 0.03 0.03 0.09 0.04 0.04 0.00 0.01 0.33 0.08 0.33 0.15 0.38
O4' 0.01 0.15 0.00 0.00 0.07 0.01 0.02 0.02 0.05 0.10 0.11 0.17 0.15 0.06 0.01 0.07 0.01 0.00 0.22 0.03 0.25 0.25 0.22
O5' 0.12 0.05 0.50 0.39 0.15 0.01 0.22 0.00 0.18 0.33 0.11 0.01 0.06 0.31 0.21 0.32 0.33 0.22 0.00 0.21 0.01 0.01 0.01
O6 0.01 0.00 0.02 0.08 0.00 0.04 0.00 0.21 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.08 0.03 0.21 0.00 0.35 0.18 0.18
OP1 0.15 0.10 0.57 0.36 0.22 0.13 0.32 0.27 0.29 0.44 0.19 0.01 0.10 0.45 0.27 0.47 0.33 0.25 0.01 0.35 0.00 0.00 0.00
OP2 0.03 0.04 0.36 0.17 0.09 0.06 0.16 0.04 0.15 0.20 0.09 0.00 0.04 0.22 0.11 0.27 0.15 0.25 0.01 0.18 0.00 0.00 0.00
P 0.10 0.02 0.50 0.39 0.12 0.00 0.18 0.01 0.15 0.30 0.07 0.05 0.03 0.29 0.17 0.36 0.38 0.22 0.01 0.18 0.00 0.00 0.00