ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50540

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.000, 0.005, 0.011, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.005 std_dev=0.005
C2 A 0, 0.000, 0.006, 0.011, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.006 std_dev=0.006
C1' A 0, 0.000, 0.008, 0.016, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.008 std_dev=0.008
C5 A 0, 0.000, 0.009, 0.018, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.009 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.000, 0.010, 0.020, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.010 std_dev=0.010
N3 A 0, 0.000, 0.011, 0.021, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.011 std_dev=0.011
N9 A 0, 0.000, 0.012, 0.024, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.012 std_dev=0.012
N7 A 0, 0.000, 0.013, 0.027, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.013 std_dev=0.013
C4 A 0, 0.000, 0.014, 0.027, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.014 std_dev=0.014
C8 A 0, 0.000, 0.017, 0.034, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.017 std_dev=0.017
N6 A 0, 0.000, 0.017, 0.034, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.017 std_dev=0.017
OP2 A 0, 0.000, 0.060, 0.121, 0.121 max_d=0.121 avg_d=0.060 std_dev=0.060
N9 B 0, 0.000, 0.062, 0.124, 0.124 max_d=0.124 avg_d=0.062 std_dev=0.062
P A 0, 0.000, 0.062, 0.124, 0.124 max_d=0.124 avg_d=0.062 std_dev=0.062
N7 B 0, 0.000, 0.066, 0.131, 0.131 max_d=0.131 avg_d=0.066 std_dev=0.066
O4' A 0, 0.000, 0.067, 0.134, 0.134 max_d=0.134 avg_d=0.067 std_dev=0.067
C1' B 0, 0.000, 0.069, 0.139, 0.139 max_d=0.139 avg_d=0.069 std_dev=0.069
C5 B 0, 0.000, 0.072, 0.144, 0.144 max_d=0.144 avg_d=0.072 std_dev=0.072
C4' B 0, 0.000, 0.073, 0.147, 0.147 max_d=0.147 avg_d=0.073 std_dev=0.073
C4 B 0, 0.000, 0.075, 0.151, 0.151 max_d=0.151 avg_d=0.075 std_dev=0.075
C8 B 0, 0.000, 0.076, 0.152, 0.152 max_d=0.152 avg_d=0.076 std_dev=0.076
C2' A 0, 0.000, 0.078, 0.156, 0.156 max_d=0.156 avg_d=0.078 std_dev=0.078
P B 0, 0.000, 0.081, 0.162, 0.162 max_d=0.162 avg_d=0.081 std_dev=0.081
OP1 A 0, 0.000, 0.095, 0.190, 0.190 max_d=0.190 avg_d=0.095 std_dev=0.095
C2' B 0, 0.000, 0.101, 0.201, 0.201 max_d=0.201 avg_d=0.101 std_dev=0.101
C6 B 0, 0.000, 0.106, 0.213, 0.213 max_d=0.213 avg_d=0.106 std_dev=0.106
O6 B 0, 0.000, 0.109, 0.218, 0.218 max_d=0.218 avg_d=0.109 std_dev=0.109
C4' A 0, 0.000, 0.113, 0.226, 0.226 max_d=0.226 avg_d=0.113 std_dev=0.113
C3' B 0, 0.000, 0.114, 0.228, 0.228 max_d=0.228 avg_d=0.114 std_dev=0.114
N3 B 0, 0.000, 0.115, 0.231, 0.231 max_d=0.231 avg_d=0.115 std_dev=0.115
O2' A 0, 0.000, 0.119, 0.237, 0.237 max_d=0.237 avg_d=0.119 std_dev=0.119
C3' A 0, 0.000, 0.122, 0.244, 0.244 max_d=0.244 avg_d=0.122 std_dev=0.122
O4' B 0, 0.000, 0.128, 0.256, 0.256 max_d=0.256 avg_d=0.128 std_dev=0.128
O5' A 0, 0.000, 0.134, 0.269, 0.269 max_d=0.269 avg_d=0.134 std_dev=0.134
N1 B 0, 0.000, 0.152, 0.304, 0.304 max_d=0.304 avg_d=0.152 std_dev=0.152
C5' B 0, 0.000, 0.154, 0.307, 0.307 max_d=0.307 avg_d=0.154 std_dev=0.154
C2 B 0, 0.000, 0.157, 0.314, 0.314 max_d=0.314 avg_d=0.157 std_dev=0.157
C5' A 0, 0.000, 0.166, 0.332, 0.332 max_d=0.332 avg_d=0.166 std_dev=0.166
O3' B 0, 0.000, 0.170, 0.340, 0.340 max_d=0.340 avg_d=0.170 std_dev=0.170
O3' A 0, 0.000, 0.172, 0.343, 0.343 max_d=0.343 avg_d=0.172 std_dev=0.172
O2' B 0, 0.000, 0.177, 0.354, 0.354 max_d=0.354 avg_d=0.177 std_dev=0.177
N2 B 0, 0.000, 0.214, 0.428, 0.428 max_d=0.428 avg_d=0.214 std_dev=0.214
OP2 B 0, 0.000, 0.406, 0.813, 0.813 max_d=0.813 avg_d=0.406 std_dev=0.406
OP1 B 0, 0.000, 0.471, 0.942, 0.942 max_d=0.942 avg_d=0.471 std_dev=0.471
O5' B 0, 0.000, 0.538, 1.076, 1.076 max_d=1.076 avg_d=0.538 std_dev=0.538

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01
C2 0.01 0.00 0.05 0.05 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.06 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.05 0.05 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.07 0.04 0.03
C3' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.04 0.04 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.09 0.06 0.05
C4 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01 0.00
C5 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02
C5' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00
C6 0.00 0.00 0.03 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.03 0.01 0.00 0.00 0.03 0.02
C8 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01
N1 0.00 0.00 0.05 0.04 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.05 0.01 0.00 0.00 0.03 0.02
N3 0.01 0.00 0.05 0.04 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.05 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02
N6 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.03 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01
N7 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01
N9 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02
O2' 0.00 0.07 0.00 0.01 0.04 0.03 0.04 0.03 0.05 0.00 0.07 0.07 0.05 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.04 0.09 0.05 0.04
O3' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.05 0.05 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.04 0.12 0.10 0.08
O4' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02
O5' 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.03 0.01 0.07 0.09 0.01 0.04 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.09 0.12 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.01 0.02 0.04 0.06 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.03 0.02 0.05 0.10 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.01 0.02 0.03 0.05 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.04 0.08 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.02 0.04 0.04 0.05 0.03 0.04 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.05 0.04 0.00 0.02 0.03 0.06 0.06 0.22 0.01 0.02 0.20 0.01
C2 0.01 0.08 0.07 0.07 0.04 0.03 0.02 0.02 0.04 0.02 0.07 0.09 0.07 0.02 0.01 0.11 0.10 0.02 0.14 0.02 0.17 0.04 0.04
C2' 0.04 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.05 0.01 0.02 0.00 0.04 0.03 0.04 0.02 0.01 0.31 0.01 0.02 0.16 0.01
C3' 0.03 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.04 0.02 0.01 0.01 0.04 0.01 0.03 0.29 0.02 0.02 0.21 0.00
C4 0.02 0.06 0.06 0.07 0.04 0.03 0.03 0.02 0.04 0.00 0.06 0.07 0.06 0.01 0.02 0.08 0.09 0.04 0.16 0.02 0.06 0.12 0.03
C4' 0.02 0.05 0.03 0.04 0.04 0.05 0.04 0.03 0.04 0.02 0.05 0.06 0.05 0.02 0.02 0.01 0.03 0.07 0.23 0.04 0.07 0.27 0.03
C5 0.03 0.08 0.07 0.07 0.05 0.03 0.04 0.03 0.06 0.01 0.07 0.09 0.07 0.01 0.03 0.10 0.10 0.03 0.12 0.04 0.05 0.13 0.03
C5' 0.03 0.07 0.03 0.04 0.06 0.06 0.06 0.04 0.07 0.04 0.07 0.08 0.06 0.05 0.04 0.00 0.04 0.09 0.19 0.07 0.10 0.31 0.04
C6 0.03 0.10 0.07 0.07 0.06 0.03 0.05 0.03 0.07 0.01 0.10 0.11 0.08 0.01 0.03 0.11 0.10 0.02 0.09 0.06 0.09 0.09 0.04
C8 0.03 0.06 0.06 0.06 0.04 0.03 0.04 0.02 0.04 0.01 0.06 0.07 0.06 0.01 0.03 0.07 0.08 0.05 0.15 0.04 0.04 0.19 0.02
N1 0.02 0.10 0.07 0.07 0.05 0.03 0.04 0.03 0.06 0.01 0.09 0.12 0.08 0.00 0.02 0.11 0.11 0.01 0.09 0.04 0.15 0.05 0.05
N3 0.01 0.06 0.06 0.07 0.04 0.03 0.02 0.01 0.03 0.02 0.05 0.07 0.06 0.02 0.01 0.08 0.09 0.03 0.18 0.01 0.14 0.08 0.03
N6 0.03 0.11 0.07 0.07 0.06 0.03 0.05 0.04 0.08 0.01 0.11 0.12 0.08 0.02 0.03 0.12 0.11 0.02 0.05 0.08 0.09 0.09 0.05
N7 0.03 0.07 0.07 0.07 0.05 0.03 0.04 0.03 0.06 0.01 0.07 0.08 0.06 0.02 0.03 0.09 0.09 0.04 0.12 0.05 0.01 0.16 0.03
N9 0.02 0.06 0.06 0.06 0.04 0.04 0.03 0.01 0.03 0.00 0.05 0.07 0.05 0.00 0.02 0.06 0.08 0.05 0.18 0.02 0.00 0.17 0.02
O2' 0.07 0.03 0.05 0.02 0.05 0.02 0.05 0.02 0.04 0.08 0.03 0.02 0.03 0.07 0.07 0.10 0.03 0.02 0.37 0.04 0.04 0.12 0.03
O3' 0.06 0.01 0.04 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.02 0.02 0.00 0.03 0.04 0.09 0.03 0.00 0.34 0.02 0.01 0.19 0.02
O4' 0.04 0.06 0.05 0.06 0.05 0.05 0.05 0.02 0.05 0.04 0.06 0.07 0.06 0.04 0.04 0.03 0.06 0.09 0.18 0.05 0.08 0.27 0.03
O5' 0.03 0.08 0.05 0.06 0.06 0.06 0.06 0.03 0.07 0.04 0.08 0.08 0.07 0.05 0.04 0.02 0.06 0.09 0.18 0.07 0.09 0.30 0.04
OP1 0.05 0.07 0.07 0.08 0.06 0.07 0.06 0.05 0.06 0.04 0.07 0.08 0.07 0.05 0.05 0.04 0.08 0.10 0.17 0.05 0.11 0.31 0.04
OP2 0.01 0.03 0.04 0.04 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.00 0.03 0.04 0.03 0.00 0.01 0.03 0.06 0.04 0.19 0.01 0.14 0.24 0.01
P 0.01 0.05 0.03 0.04 0.03 0.03 0.03 0.00 0.04 0.01 0.05 0.05 0.04 0.02 0.02 0.01 0.05 0.06 0.19 0.04 0.15 0.27 0.00

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.30 0.09 0.07
C2 0.02 0.00 0.06 0.03 0.00 0.05 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.13 0.07 0.06 0.07 0.00 0.13 0.12 0.02
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.04 0.00 0.03 0.02 0.04 0.00 0.05 0.06 0.05 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.22 0.03 0.33 0.09 0.03
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.03 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.21 0.01 0.33 0.16 0.01
C4 0.01 0.00 0.04 0.02 0.00 0.04 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.09 0.05 0.03 0.03 0.00 0.16 0.08 0.04
C4' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.05 0.05 0.04 0.03 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.31 0.20 0.05
C5 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.04 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.04 0.01 0.02 0.00 0.07 0.02 0.02
C5' 0.03 0.12 0.02 0.00 0.10 0.00 0.11 0.00 0.12 0.07 0.13 0.12 0.11 0.09 0.07 0.02 0.00 0.01 0.00 0.13 0.23 0.27 0.00
C6 0.01 0.00 0.04 0.01 0.00 0.04 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.05 0.02 0.04 0.00 0.03 0.03 0.01
C8 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.06 0.00 0.16 0.03 0.05
N1 0.01 0.00 0.05 0.02 0.00 0.05 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.12 0.06 0.04 0.06 0.00 0.07 0.08 0.01
N2 0.02 0.00 0.06 0.03 0.00 0.05 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.15 0.08 0.07 0.09 0.00 0.14 0.15 0.02
N3 0.02 0.00 0.05 0.03 0.00 0.04 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.12 0.07 0.06 0.06 0.00 0.18 0.12 0.03
N7 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.02 0.03 0.00 0.04 0.05 0.03
N9 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.07 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.03 0.00 0.01 0.00 0.22 0.06 0.05
O2' 0.01 0.13 0.00 0.01 0.09 0.00 0.07 0.02 0.09 0.00 0.12 0.15 0.12 0.03 0.04 0.00 0.03 0.00 0.25 0.08 0.29 0.07 0.01
O3' 0.02 0.07 0.01 0.00 0.05 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.06 0.08 0.07 0.02 0.03 0.03 0.00 0.02 0.17 0.04 0.33 0.17 0.02
O4' 0.00 0.06 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.04 0.07 0.06 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.16 0.02 0.34 0.10 0.14
O5' 0.03 0.07 0.22 0.21 0.03 0.01 0.02 0.00 0.04 0.06 0.06 0.09 0.06 0.03 0.01 0.25 0.17 0.16 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00
O6 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.04 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.04 0.02 0.03 0.00 0.04 0.01 0.01
OP1 0.30 0.13 0.33 0.33 0.16 0.31 0.07 0.23 0.03 0.16 0.07 0.14 0.18 0.04 0.22 0.29 0.33 0.34 0.01 0.04 0.00 0.00 0.00
OP2 0.09 0.12 0.09 0.16 0.08 0.20 0.02 0.27 0.03 0.03 0.08 0.15 0.12 0.05 0.06 0.07 0.17 0.10 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.07 0.02 0.03 0.01 0.04 0.05 0.02 0.00 0.01 0.05 0.01 0.02 0.03 0.03 0.05 0.01 0.02 0.14 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00