ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50541

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C1' A 0, 0.000, 0.003, 0.005, 0.005 max_d=0.005 avg_d=0.003 std_dev=0.003
C4 A 0, 0.000, 0.004, 0.007, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.004 std_dev=0.004
C6 A 0, 0.000, 0.004, 0.009, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.004 std_dev=0.004
N3 A 0, 0.000, 0.005, 0.010, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.005 std_dev=0.005
C5 A 0, 0.000, 0.006, 0.012, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.006 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.000, 0.006, 0.013, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.006 std_dev=0.006
C2 A 0, 0.000, 0.008, 0.015, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.008 std_dev=0.008
N9 A 0, 0.000, 0.011, 0.021, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.011 std_dev=0.011
N7 A 0, 0.000, 0.013, 0.026, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.013 std_dev=0.013
C8 A 0, 0.000, 0.014, 0.027, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.014 std_dev=0.014
N6 A 0, 0.000, 0.033, 0.066, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.033 std_dev=0.033
C1' B 0, 0.000, 0.140, 0.281, 0.281 max_d=0.281 avg_d=0.140 std_dev=0.140
C5 B 0, 0.000, 0.158, 0.315, 0.315 max_d=0.315 avg_d=0.158 std_dev=0.158
N9 B 0, 0.000, 0.163, 0.326, 0.326 max_d=0.326 avg_d=0.163 std_dev=0.163
C4 B 0, 0.000, 0.168, 0.336, 0.336 max_d=0.336 avg_d=0.168 std_dev=0.168
C6 B 0, 0.000, 0.198, 0.397, 0.397 max_d=0.397 avg_d=0.198 std_dev=0.198
O6 B 0, 0.000, 0.236, 0.472, 0.472 max_d=0.472 avg_d=0.236 std_dev=0.236
C2' B 0, 0.000, 0.255, 0.511, 0.511 max_d=0.511 avg_d=0.255 std_dev=0.255
C8 B 0, 0.000, 0.273, 0.546, 0.546 max_d=0.546 avg_d=0.273 std_dev=0.273
N7 B 0, 0.000, 0.277, 0.554, 0.554 max_d=0.554 avg_d=0.277 std_dev=0.277
N3 B 0, 0.000, 0.335, 0.670, 0.670 max_d=0.670 avg_d=0.335 std_dev=0.335
N1 B 0, 0.000, 0.345, 0.690, 0.690 max_d=0.690 avg_d=0.345 std_dev=0.345
O4' B 0, 0.000, 0.391, 0.783, 0.783 max_d=0.783 avg_d=0.391 std_dev=0.391
C2 B 0, 0.000, 0.422, 0.844, 0.844 max_d=0.844 avg_d=0.422 std_dev=0.422
O3' A 0, 0.000, 0.452, 0.905, 0.905 max_d=0.905 avg_d=0.452 std_dev=0.452
O5' B 0, 0.000, 0.513, 1.026, 1.026 max_d=1.026 avg_d=0.513 std_dev=0.513
N2 B 0, 0.000, 0.652, 1.303, 1.303 max_d=1.303 avg_d=0.652 std_dev=0.652
O4' A 0, 0.000, 0.682, 1.364, 1.364 max_d=1.364 avg_d=0.682 std_dev=0.682
C3' A 0, 0.000, 0.694, 1.387, 1.387 max_d=1.387 avg_d=0.694 std_dev=0.694
C2' A 0, 0.000, 0.701, 1.402, 1.402 max_d=1.402 avg_d=0.701 std_dev=0.701
C4' B 0, 0.000, 0.722, 1.444, 1.444 max_d=1.444 avg_d=0.722 std_dev=0.722
O2' B 0, 0.000, 0.743, 1.486, 1.486 max_d=1.486 avg_d=0.743 std_dev=0.743
C5' B 0, 0.000, 0.771, 1.542, 1.542 max_d=1.542 avg_d=0.771 std_dev=0.771
C4' A 0, 0.000, 0.823, 1.645, 1.645 max_d=1.645 avg_d=0.823 std_dev=0.823
C3' B 0, 0.000, 0.849, 1.698, 1.698 max_d=1.698 avg_d=0.849 std_dev=0.849
P B 0, 0.000, 0.862, 1.725, 1.725 max_d=1.725 avg_d=0.862 std_dev=0.862
O2' A 0, 0.000, 1.156, 2.312, 2.312 max_d=2.312 avg_d=1.156 std_dev=1.156
OP1 B 0, 0.000, 1.387, 2.773, 2.773 max_d=2.773 avg_d=1.387 std_dev=1.387
C5' A 0, 0.000, 1.541, 3.082, 3.082 max_d=3.082 avg_d=1.541 std_dev=1.541
O3' B 0, 0.000, 1.581, 3.162, 3.162 max_d=3.162 avg_d=1.581 std_dev=1.581
O5' A 0, 0.000, 1.893, 3.786, 3.786 max_d=3.786 avg_d=1.893 std_dev=1.893
OP2 B 0, 0.000, 2.279, 4.558, 4.558 max_d=4.558 avg_d=2.279 std_dev=2.279
P A 0, 0.000, 2.894, 5.787, 5.787 max_d=5.787 avg_d=2.894 std_dev=2.894
OP1 A 0, 0.000, 2.958, 5.916, 5.916 max_d=5.916 avg_d=2.958 std_dev=2.958
OP2 A 0, 0.000, 3.490, 6.980, 6.980 max_d=6.980 avg_d=3.490 std_dev=3.490

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.12 0.08 0.44 0.24
C2 0.00 0.00 0.29 0.16 0.01 0.07 0.01 0.09 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.49 0.16 0.18 0.07 0.21 0.56 0.32
C2' 0.00 0.29 0.00 0.00 0.14 0.00 0.05 0.02 0.11 0.16 0.22 0.29 0.06 0.09 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.05 0.16 0.09
C3' 0.00 0.16 0.00 0.00 0.07 0.00 0.02 0.02 0.06 0.10 0.12 0.16 0.02 0.07 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.14 0.09 0.06
C4 0.00 0.01 0.14 0.07 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.23 0.07 0.10 0.15 0.28 0.71 0.40
C4' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.04 0.00 0.03 0.01 0.05 0.02 0.06 0.06 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.16 0.09 0.03
C5 0.00 0.01 0.05 0.02 0.00 0.03 0.00 0.08 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.10 0.04 0.04 0.22 0.43 0.95 0.53
C5' 0.02 0.09 0.02 0.02 0.07 0.01 0.08 0.00 0.09 0.03 0.09 0.08 0.10 0.05 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.16 0.03 0.00
C6 0.00 0.01 0.11 0.06 0.00 0.05 0.00 0.09 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.20 0.07 0.09 0.20 0.43 0.92 0.52
C8 0.00 0.01 0.16 0.10 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.19 0.05 0.13 0.33 0.47 1.09 0.61
N1 0.00 0.00 0.22 0.12 0.01 0.06 0.01 0.09 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.37 0.12 0.15 0.12 0.32 0.73 0.41
N3 0.00 0.00 0.29 0.16 0.00 0.06 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.48 0.15 0.18 0.07 0.16 0.51 0.28
N6 0.01 0.01 0.06 0.02 0.01 0.05 0.01 0.10 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.13 0.04 0.07 0.25 0.55 1.07 0.60
N7 0.00 0.01 0.09 0.07 0.01 0.00 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.10 0.03 0.07 0.31 0.55 1.19 0.65
N9 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.20 0.27 0.73 0.41
O2' 0.00 0.49 0.00 0.00 0.23 0.00 0.10 0.01 0.20 0.19 0.37 0.48 0.13 0.10 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.09 0.05
O3' 0.01 0.16 0.00 0.00 0.07 0.00 0.04 0.01 0.07 0.05 0.12 0.15 0.04 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.23 0.13 0.09
O4' 0.00 0.18 0.01 0.00 0.10 0.00 0.04 0.01 0.09 0.13 0.15 0.18 0.07 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.11 0.00 0.41 0.22
O5' 0.12 0.07 0.05 0.03 0.15 0.01 0.22 0.00 0.20 0.33 0.12 0.07 0.25 0.31 0.20 0.03 0.04 0.11 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.08 0.21 0.05 0.14 0.28 0.16 0.43 0.16 0.43 0.47 0.32 0.16 0.55 0.55 0.27 0.03 0.23 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.44 0.56 0.16 0.09 0.71 0.09 0.95 0.03 0.92 1.09 0.73 0.51 1.07 1.19 0.73 0.09 0.13 0.41 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.24 0.32 0.09 0.06 0.40 0.03 0.53 0.00 0.52 0.61 0.41 0.28 0.60 0.65 0.41 0.05 0.09 0.22 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.05 0.22 0.04 0.11 0.07 0.14 0.00 0.13 0.06 0.10 0.18 0.29 0.17 0.13 0.00 0.12 0.11 0.18 0.34 0.00 0.41 1.20 0.43
C2 0.03 0.06 0.01 0.12 0.01 0.31 0.10 0.30 0.08 0.16 0.01 0.09 0.08 0.18 0.05 0.05 0.46 0.27 0.37 0.10 0.48 0.76 0.30
C2' 0.34 0.07 0.35 0.62 0.21 0.39 0.25 0.43 0.05 0.48 0.10 0.19 0.07 0.47 0.35 0.19 0.45 0.28 0.16 0.01 0.78 0.85 0.01
C3' 0.27 0.04 0.29 0.56 0.19 0.30 0.25 0.34 0.12 0.43 0.03 0.16 0.06 0.44 0.30 0.15 0.42 0.19 0.10 0.13 0.71 0.94 0.07
C4 0.05 0.19 0.00 0.01 0.06 0.21 0.05 0.21 0.02 0.12 0.11 0.26 0.17 0.17 0.01 0.06 0.30 0.23 0.36 0.09 0.43 0.99 0.37
C4' 0.04 0.05 0.09 0.25 0.09 0.07 0.22 0.06 0.20 0.26 0.04 0.16 0.03 0.34 0.13 0.02 0.06 0.13 0.25 0.32 0.42 1.20 0.40
C5 0.06 0.22 0.04 0.02 0.06 0.23 0.06 0.22 0.05 0.10 0.10 0.31 0.20 0.15 0.01 0.05 0.39 0.25 0.36 0.13 0.41 0.92 0.35
C5' 0.13 0.06 0.24 0.40 0.22 0.03 0.39 0.05 0.40 0.40 0.20 0.09 0.07 0.51 0.25 0.09 0.19 0.06 0.13 0.58 0.49 1.10 0.29
C6 0.06 0.14 0.06 0.09 0.03 0.28 0.08 0.26 0.09 0.10 0.01 0.22 0.17 0.14 0.00 0.01 0.51 0.26 0.36 0.14 0.42 0.76 0.30
C8 0.06 0.27 0.03 0.08 0.09 0.17 0.01 0.16 0.02 0.08 0.20 0.38 0.22 0.13 0.02 0.12 0.24 0.22 0.35 0.08 0.39 1.10 0.40
N1 0.04 0.05 0.04 0.16 0.01 0.32 0.10 0.30 0.10 0.12 0.04 0.09 0.10 0.16 0.03 0.07 0.58 0.28 0.36 0.13 0.44 0.67 0.27
N3 0.03 0.12 0.02 0.03 0.02 0.23 0.07 0.24 0.03 0.16 0.06 0.17 0.12 0.20 0.04 0.01 0.31 0.23 0.36 0.07 0.47 0.93 0.35
N6 0.05 0.13 0.11 0.10 0.03 0.27 0.08 0.25 0.10 0.08 0.02 0.23 0.16 0.12 0.00 0.03 0.57 0.24 0.33 0.15 0.41 0.67 0.27
N7 0.06 0.28 0.05 0.03 0.08 0.20 0.03 0.19 0.02 0.08 0.16 0.40 0.23 0.12 0.02 0.10 0.33 0.24 0.35 0.12 0.39 0.99 0.38
N9 0.05 0.23 0.00 0.08 0.07 0.17 0.02 0.16 0.03 0.11 0.17 0.31 0.19 0.15 0.00 0.10 0.20 0.21 0.35 0.06 0.41 1.11 0.41
O2' 0.46 0.14 0.41 0.77 0.18 0.63 0.10 0.69 0.21 0.53 0.28 0.24 0.06 0.37 0.41 0.24 0.64 0.52 0.38 0.41 0.97 0.69 0.21
O3' 0.15 0.15 0.11 0.40 0.04 0.20 0.05 0.23 0.08 0.25 0.17 0.23 0.05 0.20 0.16 0.02 0.31 0.12 0.02 0.12 0.62 1.07 0.18
O4' 0.13 0.14 0.09 0.01 0.05 0.31 0.09 0.32 0.12 0.09 0.02 0.22 0.15 0.19 0.04 0.16 0.24 0.34 0.49 0.27 0.25 1.34 0.59
O5' 0.26 0.05 0.42 0.64 0.30 0.26 0.48 0.32 0.45 0.55 0.18 0.14 0.11 0.66 0.37 0.21 0.43 0.10 0.12 0.65 0.69 0.86 0.04
OP1 0.18 0.14 0.39 0.64 0.19 0.24 0.40 0.36 0.35 0.53 0.03 0.39 0.05 0.63 0.30 0.12 0.42 0.05 0.19 0.57 0.78 0.76 0.06
OP2 0.03 0.37 0.33 0.59 0.04 0.16 0.31 0.32 0.26 0.45 0.15 0.67 0.27 0.59 0.17 0.00 0.37 0.09 0.17 0.56 0.69 0.73 0.04
P 0.15 0.08 0.38 0.59 0.20 0.17 0.44 0.27 0.44 0.51 0.12 0.32 0.03 0.64 0.28 0.12 0.37 0.02 0.10 0.71 0.66 0.83 0.04

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.07 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.04 0.01 0.01 0.05 0.10 0.06 0.01 0.00 0.02 0.22 0.00 0.25 0.01 0.23 0.57 0.23
C2 0.07 0.00 0.32 0.32 0.01 0.08 0.00 0.06 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.02 0.04 0.05 0.17 0.02 0.25 0.80 0.27
C2' 0.00 0.32 0.00 0.00 0.16 0.02 0.08 0.12 0.13 0.11 0.25 0.41 0.31 0.05 0.02 0.00 0.02 0.00 0.43 0.09 0.22 0.70 0.46
C3' 0.01 0.32 0.00 0.00 0.27 0.00 0.31 0.00 0.34 0.23 0.36 0.34 0.27 0.29 0.20 0.02 0.00 0.02 0.24 0.35 0.12 0.33 0.23
C4 0.02 0.01 0.16 0.27 0.00 0.07 0.00 0.05 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.11 0.02 0.05 0.24 0.01 0.21 0.89 0.33
C4' 0.00 0.08 0.02 0.00 0.07 0.00 0.09 0.00 0.09 0.12 0.09 0.10 0.07 0.12 0.08 0.27 0.01 0.00 0.00 0.08 0.33 0.08 0.04
C5 0.00 0.00 0.08 0.31 0.00 0.09 0.00 0.07 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.21 0.12 0.04 0.28 0.01 0.14 1.13 0.43
C5' 0.04 0.06 0.12 0.00 0.05 0.00 0.07 0.00 0.07 0.10 0.07 0.08 0.05 0.11 0.05 0.13 0.15 0.01 0.00 0.07 0.29 0.17 0.01
C6 0.01 0.02 0.13 0.34 0.00 0.09 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.02 0.00 0.19 0.15 0.06 0.27 0.01 0.13 1.18 0.45
C8 0.01 0.01 0.11 0.23 0.01 0.12 0.01 0.10 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.00 0.25 0.12 0.04 0.31 0.03 0.14 1.15 0.45
N1 0.05 0.00 0.25 0.36 0.02 0.09 0.01 0.07 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.08 0.12 0.05 0.22 0.02 0.19 1.00 0.36
N2 0.10 0.00 0.41 0.34 0.02 0.10 0.01 0.08 0.03 0.02 0.03 0.00 0.03 0.00 0.05 0.14 0.03 0.03 0.12 0.04 0.30 0.67 0.19
N3 0.06 0.01 0.31 0.27 0.01 0.07 0.00 0.05 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.02 0.04 0.03 0.05 0.17 0.02 0.26 0.71 0.23
N7 0.01 0.00 0.05 0.29 0.01 0.12 0.00 0.11 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.27 0.18 0.01 0.31 0.03 0.11 1.28 0.49
N9 0.00 0.03 0.02 0.20 0.01 0.08 0.00 0.05 0.00 0.00 0.02 0.05 0.02 0.00 0.00 0.15 0.01 0.00 0.26 0.01 0.20 0.87 0.33
O2' 0.02 0.02 0.00 0.02 0.11 0.27 0.21 0.13 0.19 0.25 0.08 0.14 0.04 0.27 0.15 0.00 0.04 0.19 0.10 0.24 0.05 0.27 0.12
O3' 0.22 0.04 0.02 0.00 0.02 0.01 0.12 0.15 0.15 0.12 0.12 0.03 0.03 0.18 0.01 0.04 0.00 0.15 0.17 0.19 0.12 0.21 0.17
O4' 0.00 0.05 0.00 0.02 0.05 0.00 0.04 0.01 0.06 0.04 0.05 0.03 0.05 0.01 0.00 0.19 0.15 0.00 0.09 0.07 0.51 0.33 0.03
O5' 0.25 0.17 0.43 0.24 0.24 0.00 0.28 0.00 0.27 0.31 0.22 0.12 0.17 0.31 0.26 0.10 0.17 0.09 0.00 0.30 0.00 0.01 0.00
O6 0.01 0.02 0.09 0.35 0.01 0.08 0.01 0.07 0.01 0.03 0.02 0.04 0.02 0.03 0.01 0.24 0.19 0.07 0.30 0.00 0.07 1.32 0.52
OP1 0.23 0.25 0.22 0.12 0.21 0.33 0.14 0.29 0.13 0.14 0.19 0.30 0.26 0.11 0.20 0.05 0.12 0.51 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00
OP2 0.57 0.80 0.70 0.33 0.89 0.08 1.13 0.17 1.18 1.15 1.00 0.67 0.71 1.28 0.87 0.27 0.21 0.33 0.01 1.32 0.01 0.00 0.00
P 0.23 0.27 0.46 0.23 0.33 0.04 0.43 0.01 0.45 0.45 0.36 0.19 0.23 0.49 0.33 0.12 0.17 0.03 0.00 0.52 0.00 0.00 0.00