ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50542

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C1' A 0, 0.000, 0.003, 0.006, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.003 std_dev=0.003
N3 A 0, 0.000, 0.003, 0.007, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.003 std_dev=0.003
C4 A 0, 0.000, 0.009, 0.018, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.009 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.000, 0.009, 0.019, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.009 std_dev=0.009
N9 A 0, 0.000, 0.010, 0.019, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.010 std_dev=0.010
C6 A 0, 0.000, 0.013, 0.026, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.013 std_dev=0.013
C5 A 0, 0.000, 0.013, 0.027, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.013 std_dev=0.013
C8 A 0, 0.000, 0.014, 0.029, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.014 std_dev=0.014
N7 A 0, 0.000, 0.015, 0.030, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.015 std_dev=0.015
C2 A 0, 0.000, 0.017, 0.034, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.017 std_dev=0.017
N6 A 0, 0.000, 0.018, 0.036, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.018 std_dev=0.018
C2' B 0, 0.000, 0.281, 0.563, 0.563 max_d=0.563 avg_d=0.281 std_dev=0.281
O2' B 0, 0.000, 0.554, 1.107, 1.107 max_d=1.107 avg_d=0.554 std_dev=0.554
O4' A 0, 0.000, 0.631, 1.261, 1.261 max_d=1.261 avg_d=0.631 std_dev=0.631
C2' A 0, 0.000, 0.678, 1.356, 1.356 max_d=1.356 avg_d=0.678 std_dev=0.678
C3' B 0, 0.000, 0.725, 1.450, 1.450 max_d=1.450 avg_d=0.725 std_dev=0.725
OP1 A 0, 0.000, 0.799, 1.599, 1.599 max_d=1.599 avg_d=0.799 std_dev=0.799
O5' A 0, 0.000, 0.820, 1.639, 1.639 max_d=1.639 avg_d=0.820 std_dev=0.820
P A 0, 0.000, 0.975, 1.950, 1.950 max_d=1.950 avg_d=0.975 std_dev=0.975
C3' A 0, 0.000, 0.990, 1.981, 1.981 max_d=1.981 avg_d=0.990 std_dev=0.990
C4' A 0, 0.000, 0.993, 1.986, 1.986 max_d=1.986 avg_d=0.993 std_dev=0.993
O2' A 0, 0.000, 1.022, 2.044, 2.044 max_d=2.044 avg_d=1.022 std_dev=1.022
OP2 B 0, 0.000, 1.051, 2.102, 2.102 max_d=2.102 avg_d=1.051 std_dev=1.051
C5' A 0, 0.000, 1.323, 2.645, 2.645 max_d=2.645 avg_d=1.323 std_dev=1.323
O3' A 0, 0.000, 1.367, 2.735, 2.735 max_d=2.735 avg_d=1.367 std_dev=1.367
C1' B 0, 0.000, 1.429, 2.857, 2.857 max_d=2.857 avg_d=1.429 std_dev=1.429
O5' B 0, 0.000, 1.447, 2.894, 2.894 max_d=2.894 avg_d=1.447 std_dev=1.447
C4' B 0, 0.000, 1.593, 3.185, 3.185 max_d=3.185 avg_d=1.593 std_dev=1.593
OP2 A 0, 0.000, 1.694, 3.389, 3.389 max_d=3.389 avg_d=1.694 std_dev=1.694
P B 0, 0.000, 1.766, 3.533, 3.533 max_d=3.533 avg_d=1.766 std_dev=1.766
O3' B 0, 0.000, 1.816, 3.632, 3.632 max_d=3.632 avg_d=1.816 std_dev=1.816
O4' B 0, 0.000, 1.820, 3.639, 3.639 max_d=3.639 avg_d=1.820 std_dev=1.819
N9 B 0, 0.000, 2.029, 4.058, 4.058 max_d=4.058 avg_d=2.029 std_dev=2.029
C5' B 0, 0.000, 2.140, 4.281, 4.281 max_d=4.281 avg_d=2.140 std_dev=2.140
C8 B 0, 0.000, 2.212, 4.423, 4.423 max_d=4.423 avg_d=2.212 std_dev=2.211
OP1 B 0, 0.000, 2.467, 4.934, 4.934 max_d=4.934 avg_d=2.467 std_dev=2.467
C4 B 0, 0.000, 2.850, 5.700, 5.700 max_d=5.700 avg_d=2.850 std_dev=2.850
N7 B 0, 0.000, 3.004, 6.007, 6.007 max_d=6.007 avg_d=3.004 std_dev=3.004
N3 B 0, 0.000, 3.083, 6.165, 6.165 max_d=6.165 avg_d=3.083 std_dev=3.083
C5 B 0, 0.000, 3.507, 7.014, 7.014 max_d=7.014 avg_d=3.507 std_dev=3.507
C2 B 0, 0.000, 4.146, 8.292, 8.292 max_d=8.292 avg_d=4.146 std_dev=4.146
C6 B 0, 0.000, 4.616, 9.232, 9.232 max_d=9.232 avg_d=4.616 std_dev=4.616
N2 B 0, 0.000, 4.626, 9.252, 9.252 max_d=9.252 avg_d=4.626 std_dev=4.626
N1 B 0, 0.000, 4.883, 9.766, 9.766 max_d=9.766 avg_d=4.883 std_dev=4.883
O6 B 0, 0.000, 5.337, 10.674, 10.674 max_d=10.674 avg_d=5.337 std_dev=5.337

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.26 0.00 0.28 0.23 0.39 0.28
C2 0.00 0.00 0.31 0.29 0.01 0.03 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.05 0.03 0.13 0.37 0.13 0.66 0.38
C2' 0.00 0.31 0.00 0.00 0.16 0.01 0.08 0.15 0.15 0.15 0.24 0.30 0.11 0.08 0.00 0.00 0.03 0.00 0.57 0.63 0.82 0.62
C3' 0.00 0.29 0.00 0.00 0.24 0.00 0.29 0.01 0.33 0.18 0.32 0.24 0.35 0.25 0.17 0.02 0.01 0.01 0.30 0.38 0.42 0.31
C4 0.00 0.01 0.16 0.24 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.09 0.03 0.08 0.40 0.15 0.68 0.42
C4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.05 0.00 0.08 0.01 0.08 0.11 0.05 0.01 0.11 0.11 0.06 0.25 0.02 0.00 0.02 0.05 0.02 0.02
C5 0.00 0.02 0.08 0.29 0.01 0.08 0.00 0.04 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.20 0.07 0.03 0.45 0.10 0.83 0.49
C5' 0.04 0.00 0.15 0.01 0.00 0.01 0.04 0.00 0.05 0.06 0.02 0.02 0.08 0.07 0.01 0.09 0.16 0.01 0.01 0.10 0.03 0.02
C6 0.00 0.02 0.15 0.33 0.01 0.08 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.17 0.10 0.06 0.45 0.08 0.86 0.49
C8 0.01 0.01 0.15 0.18 0.01 0.11 0.01 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.31 0.03 0.09 0.47 0.12 0.80 0.50
N1 0.00 0.00 0.24 0.32 0.00 0.05 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.07 0.04 0.11 0.42 0.10 0.78 0.45
N3 0.00 0.00 0.30 0.24 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.08 0.09 0.14 0.35 0.17 0.59 0.36
N6 0.01 0.02 0.11 0.35 0.01 0.11 0.01 0.08 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.22 0.16 0.03 0.46 0.03 0.94 0.52
N7 0.00 0.01 0.08 0.25 0.00 0.11 0.00 0.07 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.31 0.10 0.05 0.48 0.08 0.91 0.54
N9 0.00 0.00 0.00 0.17 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.15 0.07 0.00 0.39 0.17 0.62 0.40
O2' 0.02 0.05 0.00 0.02 0.09 0.25 0.20 0.09 0.17 0.31 0.07 0.08 0.22 0.31 0.15 0.00 0.02 0.18 0.27 0.51 0.59 0.36
O3' 0.26 0.03 0.03 0.01 0.03 0.02 0.07 0.16 0.10 0.03 0.04 0.09 0.16 0.10 0.07 0.02 0.00 0.19 0.01 0.06 0.08 0.06
O4' 0.00 0.13 0.00 0.01 0.08 0.00 0.03 0.01 0.06 0.09 0.11 0.14 0.03 0.05 0.00 0.18 0.19 0.00 0.00 0.04 0.02 0.01
O5' 0.28 0.37 0.57 0.30 0.40 0.02 0.45 0.01 0.45 0.47 0.42 0.35 0.46 0.48 0.39 0.27 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.23 0.13 0.63 0.38 0.15 0.05 0.10 0.10 0.08 0.12 0.10 0.17 0.03 0.08 0.17 0.51 0.06 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.39 0.66 0.82 0.42 0.68 0.02 0.83 0.03 0.86 0.80 0.78 0.59 0.94 0.91 0.62 0.59 0.08 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.28 0.38 0.62 0.31 0.42 0.02 0.49 0.02 0.49 0.50 0.45 0.36 0.52 0.54 0.40 0.36 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.77 2.08 0.19 0.38 1.79 0.43 2.19 0.84 2.54 1.54 2.43 2.06 1.74 2.06 1.37 0.08 1.01 0.39 0.48 2.81 1.28 0.07 0.46
C2 0.97 1.60 0.17 0.44 1.54 0.24 1.68 0.57 1.78 1.41 1.74 1.55 1.48 1.60 1.36 0.04 1.23 0.76 0.24 1.83 0.68 0.09 0.09
C2' 0.22 1.82 0.25 0.82 1.39 1.01 1.85 1.47 2.33 1.00 2.24 1.83 1.39 1.64 0.86 0.52 1.35 0.27 1.09 2.69 1.96 0.64 1.14
C3' 0.15 1.70 0.26 0.73 1.30 0.96 1.80 1.34 2.27 1.00 2.15 1.70 1.27 1.64 0.80 0.57 1.21 0.31 0.92 2.69 1.62 0.39 0.92
C4 0.88 2.03 0.17 0.45 1.80 0.43 2.09 0.83 2.35 1.54 2.29 2.01 1.76 1.94 1.43 0.10 1.18 0.52 0.43 2.51 1.06 0.02 0.34
C4' 0.47 1.85 0.00 0.49 1.50 0.61 1.92 0.98 2.33 1.24 2.23 1.85 1.47 1.79 1.06 0.28 1.03 0.08 0.63 2.69 1.32 0.22 0.63
C5 0.86 2.13 0.15 0.49 1.81 0.48 2.08 0.86 2.38 1.47 2.38 2.14 1.82 1.87 1.41 0.14 1.23 0.48 0.45 2.53 1.04 0.04 0.36
C5' 0.43 1.93 0.04 0.54 1.51 0.68 1.95 1.05 2.41 1.20 2.33 1.95 1.51 1.77 1.04 0.33 1.08 0.02 0.68 2.79 1.34 0.28 0.69
C6 0.87 1.95 0.13 0.50 1.68 0.43 1.87 0.76 2.11 1.36 2.13 1.97 1.71 1.67 1.34 0.15 1.27 0.54 0.38 2.21 0.87 0.01 0.27
C8 0.81 2.34 0.18 0.45 1.93 0.53 2.29 0.94 2.71 1.54 2.69 2.37 1.94 2.06 1.44 0.14 1.15 0.38 0.52 2.97 1.23 0.09 0.48
N1 0.94 1.68 0.14 0.47 1.54 0.30 1.66 0.60 1.80 1.31 1.81 1.67 1.53 1.52 1.31 0.09 1.27 0.68 0.27 1.86 0.68 0.06 0.13
N3 0.91 1.76 0.18 0.43 1.66 0.32 1.89 0.69 2.04 1.53 1.96 1.70 1.57 1.82 1.41 0.05 1.16 0.64 0.33 2.14 0.90 0.05 0.21
N6 0.82 1.96 0.11 0.50 1.62 0.44 1.80 0.75 2.06 1.27 2.13 2.02 1.69 1.58 1.26 0.17 1.25 0.49 0.39 2.17 0.84 0.03 0.28
N7 0.82 2.32 0.16 0.48 1.90 0.54 2.22 0.93 2.61 1.49 2.63 2.37 1.93 1.97 1.42 0.16 1.21 0.40 0.51 2.83 1.15 0.08 0.44
N9 0.83 2.17 0.18 0.43 1.86 0.46 2.22 0.88 2.57 1.56 2.50 2.16 1.83 2.05 1.43 0.10 1.11 0.43 0.48 2.80 1.21 0.05 0.43
O2' 0.53 2.18 0.11 0.48 1.72 0.69 2.16 1.22 2.66 1.22 2.58 2.20 1.75 1.88 1.15 0.12 0.97 0.00 0.94 3.02 2.05 0.69 1.15
O3' 0.27 1.69 0.03 0.41 1.35 0.68 1.82 1.01 2.25 1.09 2.11 1.67 1.30 1.72 0.89 0.33 0.80 0.16 0.63 2.65 1.26 0.16 0.67
O4' 0.81 2.05 0.25 0.28 1.77 0.31 2.15 0.68 2.49 1.55 2.39 2.04 1.72 2.04 1.38 0.01 0.89 0.47 0.35 2.78 1.06 0.03 0.32
O5' 0.88 2.53 0.40 0.18 2.02 0.33 2.42 0.78 2.94 1.57 2.93 2.60 2.07 2.16 1.48 0.13 0.75 0.41 0.45 3.30 1.27 0.17 0.54
OP1 0.62 2.51 0.22 0.30 1.91 0.57 2.40 0.96 3.03 1.44 3.00 2.60 1.96 2.12 1.31 0.14 0.83 0.11 0.53 3.50 1.26 0.10 0.58
OP2 1.26 3.19 0.79 0.14 2.50 0.07 2.87 0.58 3.49 1.88 3.58 3.35 2.64 2.49 1.87 0.53 0.45 0.70 0.27 3.86 1.20 0.09 0.44
P 0.85 2.65 0.40 0.18 2.05 0.39 2.46 0.84 3.04 1.53 3.07 2.76 2.14 2.15 1.47 0.12 0.73 0.33 0.51 3.44 1.32 0.24 0.62

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.01 0.14 0.13 0.17
C2 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.08 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.02 0.01 0.17 0.03 0.26 0.39 0.36
C2' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.04 0.00 0.04 0.04 0.02 0.03 0.00 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.06 0.05 0.02 0.13 0.12
C3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.05 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.06 0.01 0.05 0.09 0.06
C4 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.08 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.05 0.01 0.00 0.15 0.00 0.28 0.34 0.35
C4' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.02 0.04
C5 0.01 0.02 0.04 0.01 0.00 0.02 0.00 0.11 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.06 0.02 0.00 0.17 0.00 0.35 0.42 0.42
C5' 0.02 0.08 0.00 0.01 0.08 0.00 0.11 0.00 0.11 0.11 0.10 0.08 0.07 0.12 0.08 0.04 0.03 0.01 0.00 0.13 0.02 0.01 0.00
C6 0.01 0.02 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.11 0.00 0.01 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.06 0.02 0.00 0.19 0.00 0.36 0.46 0.44
C8 0.02 0.00 0.04 0.02 0.01 0.03 0.01 0.11 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.03 0.01 0.13 0.01 0.33 0.29 0.37
N1 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.10 0.01 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.05 0.00 0.01 0.19 0.02 0.32 0.44 0.42
N2 0.02 0.01 0.03 0.05 0.00 0.02 0.03 0.08 0.04 0.00 0.04 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01 0.04 0.02 0.17 0.06 0.24 0.38 0.35
N3 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.07 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.02 0.01 0.15 0.02 0.24 0.34 0.33
N7 0.02 0.02 0.05 0.02 0.01 0.03 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.06 0.03 0.01 0.16 0.00 0.39 0.41 0.44
N9 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.08 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.12 0.01 0.26 0.26 0.31
O2' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.05 0.02 0.06 0.04 0.06 0.04 0.05 0.01 0.04 0.06 0.03 0.00 0.02 0.02 0.02 0.07 0.03 0.08 0.06
O3' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.03 0.00 0.04 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.02 0.05 0.02 0.17 0.06 0.01
O4' 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.04 0.00 0.12 0.00 0.08
O5' 0.04 0.17 0.06 0.06 0.15 0.01 0.17 0.00 0.19 0.13 0.19 0.17 0.15 0.16 0.12 0.02 0.05 0.04 0.00 0.20 0.01 0.00 0.01
O6 0.01 0.03 0.05 0.01 0.00 0.03 0.00 0.13 0.00 0.01 0.02 0.06 0.02 0.00 0.01 0.07 0.02 0.00 0.20 0.00 0.40 0.50 0.47
OP1 0.14 0.26 0.02 0.05 0.28 0.02 0.35 0.02 0.36 0.33 0.32 0.24 0.24 0.39 0.26 0.03 0.17 0.12 0.01 0.40 0.00 0.01 0.00
OP2 0.13 0.39 0.13 0.09 0.34 0.02 0.42 0.01 0.46 0.29 0.44 0.38 0.34 0.41 0.26 0.08 0.06 0.00 0.00 0.50 0.01 0.00 0.01
P 0.17 0.36 0.12 0.06 0.35 0.04 0.42 0.00 0.44 0.37 0.42 0.35 0.33 0.44 0.31 0.06 0.01 0.08 0.01 0.47 0.00 0.01 0.00