ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50543

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.000, 0.004, 0.008, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.004 std_dev=0.004
C5 A 0, 0.000, 0.015, 0.030, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.015 std_dev=0.015
N1 A 0, 0.000, 0.018, 0.036, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.018 std_dev=0.018
N6 A 0, 0.000, 0.021, 0.043, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.021 std_dev=0.021
C4 A 0, 0.000, 0.021, 0.043, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.021 std_dev=0.021
N9 A 0, 0.000, 0.026, 0.052, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.026 std_dev=0.026
C2 A 0, 0.000, 0.027, 0.054, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.027 std_dev=0.027
N3 A 0, 0.000, 0.028, 0.056, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.028 std_dev=0.028
N7 A 0, 0.000, 0.033, 0.066, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.033 std_dev=0.033
C1' A 0, 0.000, 0.036, 0.072, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.036 std_dev=0.036
C8 A 0, 0.000, 0.040, 0.081, 0.081 max_d=0.081 avg_d=0.040 std_dev=0.040
O4' A 0, 0.000, 0.093, 0.185, 0.185 max_d=0.185 avg_d=0.093 std_dev=0.093
C2' A 0, 0.000, 0.175, 0.351, 0.351 max_d=0.351 avg_d=0.175 std_dev=0.175
O2' B 0, 0.000, 0.251, 0.502, 0.502 max_d=0.502 avg_d=0.251 std_dev=0.251
C4' A 0, 0.000, 0.260, 0.519, 0.519 max_d=0.519 avg_d=0.260 std_dev=0.260
C3' A 0, 0.000, 0.265, 0.529, 0.529 max_d=0.529 avg_d=0.265 std_dev=0.265
C2' B 0, 0.000, 0.271, 0.543, 0.543 max_d=0.543 avg_d=0.271 std_dev=0.271
O2' A 0, 0.000, 0.335, 0.670, 0.670 max_d=0.670 avg_d=0.335 std_dev=0.335
C1' B 0, 0.000, 0.361, 0.723, 0.723 max_d=0.723 avg_d=0.361 std_dev=0.361
C4' B 0, 0.000, 0.377, 0.754, 0.754 max_d=0.754 avg_d=0.377 std_dev=0.377
N9 B 0, 0.000, 0.378, 0.756, 0.756 max_d=0.756 avg_d=0.378 std_dev=0.378
N3 B 0, 0.000, 0.390, 0.779, 0.779 max_d=0.779 avg_d=0.390 std_dev=0.390
C8 B 0, 0.000, 0.396, 0.793, 0.793 max_d=0.793 avg_d=0.396 std_dev=0.396
C4 B 0, 0.000, 0.397, 0.793, 0.793 max_d=0.793 avg_d=0.397 std_dev=0.397
C3' B 0, 0.000, 0.398, 0.796, 0.796 max_d=0.796 avg_d=0.398 std_dev=0.398
C2 B 0, 0.000, 0.426, 0.853, 0.853 max_d=0.853 avg_d=0.426 std_dev=0.426
C5' A 0, 0.000, 0.427, 0.853, 0.853 max_d=0.853 avg_d=0.427 std_dev=0.427
C5 B 0, 0.000, 0.430, 0.860, 0.860 max_d=0.860 avg_d=0.430 std_dev=0.430
N7 B 0, 0.000, 0.434, 0.868, 0.868 max_d=0.868 avg_d=0.434 std_dev=0.434
O4' B 0, 0.000, 0.437, 0.873, 0.873 max_d=0.873 avg_d=0.437 std_dev=0.437
N2 B 0, 0.000, 0.439, 0.878, 0.878 max_d=0.878 avg_d=0.439 std_dev=0.439
O3' A 0, 0.000, 0.447, 0.893, 0.893 max_d=0.893 avg_d=0.447 std_dev=0.447
O5' A 0, 0.000, 0.449, 0.898, 0.898 max_d=0.898 avg_d=0.449 std_dev=0.449
N1 B 0, 0.000, 0.462, 0.924, 0.924 max_d=0.924 avg_d=0.462 std_dev=0.462
C6 B 0, 0.000, 0.470, 0.941, 0.941 max_d=0.941 avg_d=0.470 std_dev=0.470
O6 B 0, 0.000, 0.516, 1.032, 1.032 max_d=1.032 avg_d=0.516 std_dev=0.516
P A 0, 0.000, 0.652, 1.304, 1.304 max_d=1.304 avg_d=0.652 std_dev=0.652
OP2 A 0, 0.000, 0.677, 1.355, 1.355 max_d=1.355 avg_d=0.677 std_dev=0.677
O3' B 0, 0.000, 0.705, 1.410, 1.410 max_d=1.410 avg_d=0.705 std_dev=0.705
OP1 A 0, 0.000, 0.722, 1.444, 1.444 max_d=1.444 avg_d=0.722 std_dev=0.722
C5' B 0, 0.000, 0.873, 1.747, 1.747 max_d=1.747 avg_d=0.873 std_dev=0.873
O5' B 0, 0.000, 1.102, 2.205, 2.205 max_d=2.205 avg_d=1.102 std_dev=1.102
P B 0, 0.000, 2.065, 4.129, 4.129 max_d=4.129 avg_d=2.065 std_dev=2.065
OP1 B 0, 0.000, 2.147, 4.295, 4.295 max_d=4.295 avg_d=2.147 std_dev=2.147
OP2 B 0, 0.000, 2.529, 5.058, 5.058 max_d=5.058 avg_d=2.529 std_dev=2.529

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.04 0.07 0.06 0.04
C2 0.04 0.00 0.10 0.06 0.00 0.04 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.18 0.10 0.01 0.12 0.17 0.24 0.17
C2' 0.00 0.10 0.00 0.00 0.05 0.00 0.02 0.01 0.04 0.05 0.07 0.10 0.02 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.09 0.08 0.05
C3' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.01 0.02 0.10 0.02 0.07 0.05 0.09 0.03 0.01 0.00 0.00 0.03 0.09 0.07 0.04
C4 0.02 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.10 0.03 0.00 0.13 0.17 0.21 0.17
C4' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.04 0.10 0.00 0.05 0.07 0.10 0.03 0.01 0.02 0.00 0.01 0.06 0.02 0.00
C5 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.05 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.04 0.02 0.20 0.26 0.30 0.26
C5' 0.02 0.03 0.01 0.01 0.07 0.00 0.13 0.00 0.13 0.17 0.09 0.01 0.17 0.19 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.00 0.00
C6 0.02 0.00 0.04 0.02 0.00 0.04 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.10 0.01 0.02 0.21 0.28 0.34 0.29
C8 0.02 0.00 0.05 0.10 0.00 0.10 0.00 0.17 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.11 0.04 0.21 0.24 0.21 0.22
N1 0.03 0.00 0.07 0.02 0.00 0.00 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.15 0.05 0.00 0.17 0.24 0.31 0.24
N3 0.04 0.00 0.10 0.07 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.17 0.11 0.02 0.09 0.12 0.18 0.13
N6 0.01 0.00 0.02 0.05 0.00 0.07 0.00 0.17 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.05 0.03 0.25 0.35 0.41 0.35
N7 0.01 0.00 0.03 0.09 0.00 0.10 0.00 0.19 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.11 0.04 0.25 0.31 0.33 0.31
N9 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.12 0.15 0.14 0.13
O2' 0.01 0.18 0.00 0.01 0.10 0.01 0.07 0.01 0.10 0.03 0.15 0.17 0.08 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.04 0.08 0.07 0.04
O3' 0.02 0.10 0.01 0.00 0.03 0.02 0.04 0.01 0.01 0.11 0.05 0.11 0.05 0.11 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.09 0.08 0.04
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.04 0.00 0.02 0.03 0.04 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.04 0.01 0.01
O5' 0.04 0.12 0.04 0.03 0.13 0.01 0.20 0.00 0.21 0.21 0.17 0.09 0.25 0.25 0.12 0.04 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00
OP1 0.07 0.17 0.09 0.09 0.17 0.06 0.26 0.05 0.28 0.24 0.24 0.12 0.35 0.31 0.15 0.08 0.09 0.04 0.03 0.00 0.00 0.00
OP2 0.06 0.24 0.08 0.07 0.21 0.02 0.30 0.00 0.34 0.21 0.31 0.18 0.41 0.33 0.14 0.07 0.08 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.04 0.17 0.05 0.04 0.17 0.00 0.26 0.00 0.29 0.22 0.24 0.13 0.35 0.31 0.13 0.04 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.27 0.27 0.16 0.08 0.29 0.20 0.30 0.36 0.30 0.29 0.28 0.23 0.26 0.30 0.29 0.04 0.19 0.31 0.14 0.29 0.76 0.73 0.45
C2 0.21 0.02 0.17 0.13 0.15 0.19 0.14 0.32 0.08 0.21 0.03 0.04 0.08 0.19 0.20 0.06 0.05 0.21 0.13 0.07 0.82 0.76 0.51
C2' 0.33 0.32 0.22 0.13 0.34 0.25 0.33 0.42 0.31 0.34 0.30 0.29 0.33 0.33 0.34 0.09 0.17 0.38 0.21 0.29 0.76 0.71 0.45
C3' 0.32 0.32 0.21 0.14 0.32 0.27 0.31 0.45 0.30 0.32 0.31 0.32 0.32 0.31 0.32 0.08 0.17 0.39 0.26 0.28 0.80 0.78 0.51
C4 0.23 0.14 0.16 0.11 0.23 0.20 0.25 0.37 0.22 0.26 0.17 0.05 0.17 0.27 0.24 0.03 0.13 0.24 0.19 0.22 0.88 0.87 0.58
C4' 0.30 0.31 0.19 0.12 0.30 0.24 0.30 0.42 0.29 0.30 0.30 0.30 0.30 0.30 0.30 0.07 0.17 0.36 0.21 0.28 0.79 0.77 0.49
C5 0.20 0.06 0.18 0.16 0.19 0.23 0.23 0.44 0.19 0.26 0.10 0.04 0.10 0.27 0.22 0.04 0.07 0.22 0.28 0.20 1.03 1.06 0.75
C5' 0.25 0.26 0.14 0.09 0.25 0.21 0.24 0.40 0.24 0.24 0.25 0.27 0.25 0.23 0.25 0.02 0.20 0.32 0.20 0.22 0.80 0.82 0.52
C6 0.17 0.05 0.19 0.19 0.11 0.24 0.15 0.44 0.07 0.23 0.03 0.12 0.02 0.22 0.18 0.06 0.00 0.18 0.31 0.07 1.11 1.13 0.82
C8 0.22 0.17 0.16 0.12 0.23 0.21 0.28 0.43 0.28 0.27 0.23 0.08 0.17 0.29 0.24 0.02 0.15 0.25 0.26 0.30 0.98 1.02 0.69
N1 0.18 0.06 0.19 0.19 0.09 0.22 0.10 0.39 0.02 0.21 0.06 0.12 0.00 0.18 0.17 0.08 0.02 0.18 0.24 0.01 1.01 0.98 0.71
N3 0.23 0.12 0.15 0.09 0.21 0.17 0.21 0.31 0.17 0.24 0.13 0.05 0.17 0.23 0.23 0.03 0.13 0.24 0.10 0.16 0.75 0.70 0.44
N6 0.14 0.11 0.19 0.23 0.05 0.26 0.09 0.49 0.01 0.20 0.12 0.17 0.04 0.19 0.14 0.07 0.06 0.15 0.40 0.01 1.25 1.31 0.98
N7 0.20 0.09 0.17 0.15 0.20 0.23 0.25 0.47 0.24 0.26 0.15 0.01 0.12 0.28 0.22 0.03 0.09 0.22 0.32 0.27 1.08 1.14 0.80
N9 0.23 0.21 0.15 0.09 0.25 0.19 0.28 0.38 0.27 0.27 0.24 0.13 0.21 0.28 0.25 0.02 0.17 0.26 0.18 0.28 0.86 0.86 0.56
O2' 0.41 0.33 0.29 0.18 0.38 0.30 0.36 0.43 0.33 0.39 0.31 0.29 0.37 0.37 0.40 0.18 0.11 0.46 0.21 0.31 0.71 0.61 0.39
O3' 0.36 0.32 0.25 0.18 0.34 0.31 0.31 0.48 0.28 0.33 0.28 0.32 0.34 0.31 0.35 0.12 0.14 0.44 0.29 0.25 0.78 0.72 0.49
O4' 0.27 0.28 0.16 0.08 0.28 0.20 0.30 0.37 0.30 0.28 0.30 0.27 0.27 0.29 0.28 0.04 0.19 0.31 0.15 0.30 0.77 0.77 0.47
O5' 0.16 0.18 0.06 0.02 0.16 0.15 0.17 0.36 0.18 0.15 0.18 0.18 0.16 0.16 0.16 0.07 0.26 0.22 0.17 0.18 0.80 0.86 0.54
OP1 0.10 0.10 0.01 0.02 0.09 0.10 0.07 0.33 0.07 0.07 0.08 0.11 0.09 0.07 0.09 0.12 0.31 0.17 0.16 0.06 0.77 0.85 0.52
OP2 0.02 0.02 0.08 0.10 0.02 0.01 0.02 0.26 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.03 0.02 0.21 0.37 0.04 0.11 0.01 0.78 0.90 0.55
P 0.08 0.09 0.00 0.03 0.08 0.09 0.07 0.31 0.08 0.06 0.09 0.10 0.08 0.06 0.08 0.13 0.30 0.15 0.15 0.07 0.79 0.88 0.54

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.08 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.14 0.00 0.02 0.01 0.42 0.22 0.15
C2 0.01 0.00 0.03 0.04 0.01 0.04 0.00 0.26 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.14 0.30 0.07 0.13 0.00 0.67 0.66 0.43
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.03 0.03 0.09 0.00 0.05 0.03 0.08 0.04 0.00 0.07 0.02 0.10 0.04 0.45 0.22 0.13
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.08 0.02 0.06 0.16 0.01 0.08 0.05 0.15 0.06 0.01 0.01 0.01 0.12 0.09 0.29 0.03 0.03
C4 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.07 0.00 0.28 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.08 0.19 0.04 0.17 0.00 0.71 0.69 0.49
C4' 0.00 0.04 0.01 0.00 0.07 0.00 0.12 0.00 0.11 0.15 0.08 0.02 0.03 0.16 0.08 0.01 0.04 0.00 0.01 0.13 0.20 0.11 0.04
C5 0.01 0.00 0.04 0.08 0.00 0.12 0.00 0.36 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.11 0.02 0.28 0.00 0.88 0.95 0.69
C5' 0.08 0.26 0.03 0.02 0.28 0.00 0.36 0.00 0.37 0.36 0.32 0.22 0.22 0.40 0.25 0.02 0.04 0.02 0.00 0.40 0.12 0.03 0.01
C6 0.01 0.00 0.03 0.06 0.00 0.11 0.00 0.37 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.07 0.15 0.03 0.29 0.00 0.92 1.01 0.73
C8 0.00 0.01 0.09 0.16 0.00 0.15 0.00 0.36 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.02 0.31 0.00 0.88 0.90 0.71
N1 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.08 0.00 0.32 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.11 0.24 0.06 0.22 0.00 0.81 0.86 0.60
N2 0.02 0.00 0.05 0.08 0.01 0.02 0.00 0.22 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.16 0.37 0.08 0.08 0.00 0.60 0.57 0.34
N3 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.03 0.00 0.22 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.13 0.29 0.07 0.09 0.00 0.60 0.54 0.35
N7 0.00 0.00 0.08 0.15 0.00 0.16 0.00 0.40 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.36 0.00 0.98 1.09 0.83
N9 0.00 0.01 0.04 0.06 0.00 0.08 0.01 0.25 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.10 0.01 0.16 0.01 0.67 0.60 0.45
O2' 0.00 0.14 0.00 0.01 0.08 0.01 0.05 0.02 0.07 0.03 0.11 0.16 0.13 0.01 0.03 0.00 0.08 0.01 0.14 0.06 0.45 0.20 0.10
O3' 0.14 0.30 0.07 0.01 0.19 0.04 0.11 0.04 0.15 0.03 0.24 0.37 0.29 0.00 0.10 0.08 0.00 0.07 0.07 0.12 0.28 0.16 0.10
O4' 0.00 0.07 0.02 0.01 0.04 0.00 0.02 0.02 0.03 0.02 0.06 0.08 0.07 0.01 0.01 0.01 0.07 0.00 0.01 0.03 0.24 0.01 0.03
O5' 0.02 0.13 0.10 0.12 0.17 0.01 0.28 0.00 0.29 0.31 0.22 0.08 0.09 0.36 0.16 0.14 0.07 0.01 0.00 0.35 0.01 0.02 0.00
O6 0.01 0.00 0.04 0.09 0.00 0.13 0.00 0.40 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.12 0.03 0.35 0.00 1.01 1.16 0.84
OP1 0.42 0.67 0.45 0.29 0.71 0.20 0.88 0.12 0.92 0.88 0.81 0.60 0.60 0.98 0.67 0.45 0.28 0.24 0.01 1.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.22 0.66 0.22 0.03 0.69 0.11 0.95 0.03 1.01 0.90 0.86 0.57 0.54 1.09 0.60 0.20 0.16 0.01 0.02 1.16 0.00 0.00 0.00
P 0.15 0.43 0.13 0.03 0.49 0.04 0.69 0.01 0.73 0.71 0.60 0.34 0.35 0.83 0.45 0.10 0.10 0.03 0.00 0.84 0.00 0.00 0.00