ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50545

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.000, 0.004, 0.008, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.004 std_dev=0.004
C6 A 0, 0.000, 0.006, 0.011, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.006 std_dev=0.006
N3 A 0, 0.000, 0.006, 0.012, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.006 std_dev=0.006
C1' A 0, 0.000, 0.006, 0.012, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.006 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.000, 0.006, 0.012, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.006 std_dev=0.006
C5 A 0, 0.000, 0.010, 0.020, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.010 std_dev=0.010
N9 A 0, 0.000, 0.010, 0.020, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.010 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.000, 0.010, 0.020, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.010 std_dev=0.010
C2' A 0, 0.000, 0.012, 0.024, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.012 std_dev=0.012
N7 A 0, 0.000, 0.017, 0.034, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.017 std_dev=0.017
C8 A 0, 0.000, 0.017, 0.035, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.017 std_dev=0.017
N6 A 0, 0.000, 0.018, 0.035, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.018 std_dev=0.018
C4' A 0, 0.000, 0.019, 0.038, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.019 std_dev=0.019
O4' A 0, 0.000, 0.026, 0.052, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.026 std_dev=0.026
C3' A 0, 0.000, 0.031, 0.062, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.031 std_dev=0.031
O3' A 0, 0.000, 0.052, 0.104, 0.104 max_d=0.104 avg_d=0.052 std_dev=0.052
C5' A 0, 0.000, 0.054, 0.108, 0.108 max_d=0.108 avg_d=0.054 std_dev=0.054
O5' A 0, 0.000, 0.068, 0.137, 0.137 max_d=0.137 avg_d=0.068 std_dev=0.068
P A 0, 0.000, 0.105, 0.211, 0.211 max_d=0.211 avg_d=0.105 std_dev=0.105
O2' A 0, 0.000, 0.139, 0.278, 0.278 max_d=0.278 avg_d=0.139 std_dev=0.139
OP2 A 0, 0.000, 0.162, 0.324, 0.324 max_d=0.324 avg_d=0.162 std_dev=0.162
OP1 A 0, 0.000, 0.168, 0.336, 0.336 max_d=0.336 avg_d=0.168 std_dev=0.168
O4' B 0, 0.000, 0.168, 0.337, 0.337 max_d=0.337 avg_d=0.168 std_dev=0.168
C4' B 0, 0.000, 0.171, 0.341, 0.341 max_d=0.341 avg_d=0.171 std_dev=0.171
C1' B 0, 0.000, 0.190, 0.379, 0.379 max_d=0.379 avg_d=0.190 std_dev=0.190
C3' B 0, 0.000, 0.191, 0.383, 0.383 max_d=0.383 avg_d=0.191 std_dev=0.191
N9 B 0, 0.000, 0.192, 0.385, 0.385 max_d=0.385 avg_d=0.192 std_dev=0.192
C2' B 0, 0.000, 0.193, 0.386, 0.386 max_d=0.386 avg_d=0.193 std_dev=0.193
C5' B 0, 0.000, 0.198, 0.396, 0.396 max_d=0.396 avg_d=0.198 std_dev=0.198
O2' B 0, 0.000, 0.202, 0.405, 0.405 max_d=0.405 avg_d=0.202 std_dev=0.202
C8 B 0, 0.000, 0.203, 0.407, 0.407 max_d=0.407 avg_d=0.203 std_dev=0.203
C4 B 0, 0.000, 0.211, 0.422, 0.422 max_d=0.422 avg_d=0.211 std_dev=0.211
N3 B 0, 0.000, 0.224, 0.447, 0.447 max_d=0.447 avg_d=0.224 std_dev=0.224
C2 B 0, 0.000, 0.236, 0.472, 0.472 max_d=0.472 avg_d=0.236 std_dev=0.236
C5 B 0, 0.000, 0.237, 0.474, 0.474 max_d=0.474 avg_d=0.237 std_dev=0.237
N7 B 0, 0.000, 0.238, 0.476, 0.476 max_d=0.476 avg_d=0.238 std_dev=0.238
O5' B 0, 0.000, 0.239, 0.477, 0.477 max_d=0.477 avg_d=0.239 std_dev=0.239
O3' B 0, 0.000, 0.239, 0.478, 0.478 max_d=0.478 avg_d=0.239 std_dev=0.239
N2 B 0, 0.000, 0.254, 0.508, 0.508 max_d=0.508 avg_d=0.254 std_dev=0.254
N1 B 0, 0.000, 0.261, 0.522, 0.522 max_d=0.522 avg_d=0.261 std_dev=0.261
C6 B 0, 0.000, 0.276, 0.552, 0.552 max_d=0.552 avg_d=0.276 std_dev=0.276
P B 0, 0.000, 0.295, 0.589, 0.589 max_d=0.589 avg_d=0.295 std_dev=0.295
O6 B 0, 0.000, 0.327, 0.654, 0.654 max_d=0.654 avg_d=0.327 std_dev=0.327
OP2 B 0, 0.000, 0.342, 0.685, 0.685 max_d=0.685 avg_d=0.342 std_dev=0.342
OP1 B 0, 0.000, 0.348, 0.696, 0.696 max_d=0.696 avg_d=0.348 std_dev=0.348

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00
C2 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.04 0.03 0.02 0.03
C2' 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01
C3' 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01
C4 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.02
C4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01
C5 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.03 0.00 0.03
C5' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.04 0.04 0.01 0.03
C8 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01
N1 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.04 0.04 0.02 0.03
N3 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.02 0.01 0.02
N6 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.04 0.05 0.02 0.04
N7 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.03 0.03 0.01 0.02
N9 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01
O2' 0.05 0.03 0.00 0.01 0.00 0.07 0.01 0.06 0.01 0.03 0.02 0.02 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.08 0.04 0.05 0.04 0.05
O3' 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.02 0.00 0.00 0.03 0.02 0.01 0.02
O4' 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.08 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00
O5' 0.02 0.04 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01 0.04 0.03 0.04 0.03 0.04 0.03 0.02 0.04 0.03 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.04 0.01 0.04 0.02 0.05 0.03 0.01 0.05 0.02 0.01 0.02 0.00 0.05 0.00
OP2 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.01 0.02 0.01 0.05 0.00 0.00
P 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.04 0.02 0.01 0.05 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.04 0.05 0.06 0.03 0.02 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.08 0.06 0.03 0.01 0.07 0.04 0.01 0.05 0.02 0.03 0.01 0.01
C2 0.09 0.10 0.08 0.04 0.09 0.02 0.06 0.02 0.06 0.05 0.08 0.11 0.11 0.04 0.08 0.07 0.03 0.05 0.02 0.05 0.01 0.05 0.03
C2' 0.03 0.07 0.06 0.03 0.03 0.01 0.01 0.03 0.02 0.02 0.04 0.10 0.07 0.02 0.01 0.07 0.04 0.02 0.04 0.01 0.04 0.02 0.01
C3' 0.03 0.05 0.06 0.04 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.08 0.05 0.03 0.01 0.07 0.06 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.00
C4 0.08 0.08 0.08 0.04 0.06 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.05 0.10 0.09 0.00 0.05 0.09 0.05 0.03 0.03 0.01 0.01 0.03 0.03
C4' 0.03 0.05 0.06 0.03 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.07 0.05 0.04 0.00 0.07 0.05 0.01 0.04 0.02 0.03 0.02 0.01
C5 0.10 0.09 0.09 0.06 0.07 0.04 0.03 0.01 0.03 0.03 0.05 0.11 0.10 0.01 0.07 0.10 0.07 0.05 0.01 0.01 0.04 0.06 0.05
C5' 0.03 0.04 0.06 0.03 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.07 0.05 0.03 0.01 0.07 0.05 0.01 0.04 0.03 0.03 0.02 0.00
C6 0.10 0.10 0.09 0.06 0.08 0.04 0.05 0.02 0.05 0.05 0.07 0.11 0.11 0.03 0.08 0.09 0.06 0.07 0.00 0.03 0.06 0.09 0.07
C8 0.07 0.06 0.08 0.05 0.04 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.09 0.08 0.02 0.04 0.10 0.07 0.03 0.02 0.02 0.02 0.03 0.03
N1 0.10 0.10 0.08 0.05 0.09 0.04 0.07 0.01 0.06 0.06 0.08 0.12 0.11 0.05 0.09 0.08 0.05 0.07 0.00 0.05 0.05 0.08 0.07
N3 0.08 0.09 0.07 0.03 0.07 0.01 0.04 0.02 0.04 0.02 0.07 0.11 0.10 0.01 0.06 0.07 0.04 0.02 0.04 0.03 0.01 0.02 0.01
N6 0.11 0.10 0.10 0.07 0.10 0.06 0.06 0.04 0.06 0.07 0.08 0.12 0.12 0.05 0.09 0.10 0.07 0.09 0.03 0.04 0.09 0.12 0.10
N7 0.09 0.07 0.09 0.06 0.06 0.04 0.02 0.01 0.01 0.02 0.04 0.10 0.09 0.00 0.06 0.11 0.07 0.05 0.01 0.01 0.04 0.06 0.05
N9 0.06 0.06 0.07 0.04 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.09 0.08 0.02 0.03 0.09 0.05 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01
O2' 0.08 0.01 0.06 0.08 0.05 0.11 0.06 0.12 0.03 0.09 0.00 0.04 0.02 0.08 0.08 0.06 0.07 0.11 0.13 0.03 0.14 0.11 0.10
O3' 0.02 0.04 0.05 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.07 0.04 0.03 0.00 0.06 0.06 0.02 0.03 0.01 0.04 0.03 0.01
O4' 0.04 0.05 0.06 0.03 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.07 0.05 0.04 0.01 0.07 0.05 0.01 0.05 0.03 0.03 0.01 0.00
O5' 0.03 0.05 0.06 0.03 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.03 0.02 0.08 0.05 0.04 0.01 0.07 0.05 0.01 0.05 0.03 0.03 0.02 0.01
OP1 0.03 0.07 0.05 0.02 0.03 0.01 0.00 0.03 0.01 0.02 0.04 0.10 0.06 0.02 0.01 0.06 0.05 0.01 0.04 0.00 0.03 0.02 0.01
OP2 0.05 0.06 0.06 0.03 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.09 0.07 0.01 0.03 0.07 0.05 0.01 0.03 0.00 0.00 0.02 0.02
P 0.04 0.06 0.06 0.03 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.08 0.06 0.03 0.01 0.07 0.05 0.00 0.04 0.02 0.02 0.00 0.00

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.02 0.06 0.05 0.02
C2 0.03 0.00 0.07 0.07 0.00 0.05 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.08 0.08 0.03 0.01 0.00 0.05 0.06 0.02
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.05 0.00 0.05 0.00 0.06 0.02 0.07 0.08 0.07 0.03 0.03 0.00 0.00 0.00 0.02 0.06 0.10 0.08 0.05
C3' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.05 0.00 0.06 0.01 0.07 0.03 0.07 0.08 0.06 0.04 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.07 0.11 0.08 0.06
C4 0.02 0.00 0.05 0.05 0.00 0.04 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.05 0.02 0.00 0.01 0.04 0.05 0.01
C4' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.05 0.02 0.05 0.06 0.05 0.03 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.04 0.02 0.01
C5 0.01 0.00 0.05 0.06 0.00 0.04 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.06 0.02 0.00 0.01 0.03 0.04 0.01
C5' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.04 0.04 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01
C6 0.02 0.00 0.06 0.07 0.00 0.05 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.06 0.07 0.02 0.01 0.00 0.03 0.04 0.01
C8 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00
N1 0.02 0.00 0.07 0.07 0.00 0.05 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.07 0.08 0.02 0.01 0.00 0.04 0.06 0.02
N2 0.03 0.00 0.08 0.08 0.00 0.06 0.00 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.09 0.09 0.03 0.02 0.01 0.04 0.06 0.01
N3 0.03 0.00 0.07 0.06 0.00 0.05 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.07 0.07 0.03 0.01 0.00 0.05 0.06 0.01
N7 0.00 0.00 0.03 0.04 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00
N9 0.00 0.01 0.03 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.04 0.04 0.01
O2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.05 0.01 0.05 0.00 0.06 0.01 0.07 0.09 0.07 0.03 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.06 0.10 0.07 0.05
O3' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.05 0.00 0.06 0.00 0.07 0.02 0.08 0.09 0.07 0.04 0.03 0.01 0.00 0.00 0.01 0.08 0.14 0.10 0.08
O4' 0.01 0.03 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.03 0.01 0.01
O5' 0.03 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00
O6 0.02 0.00 0.06 0.07 0.01 0.05 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.08 0.02 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01
OP1 0.06 0.05 0.10 0.11 0.04 0.04 0.03 0.01 0.03 0.02 0.04 0.04 0.05 0.01 0.04 0.10 0.14 0.03 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00
OP2 0.05 0.06 0.08 0.08 0.05 0.02 0.04 0.00 0.04 0.02 0.06 0.06 0.06 0.02 0.04 0.07 0.10 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00
P 0.02 0.02 0.05 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.08 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00