ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50546

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2' A 0, 0.000, 0.010, 0.021, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.010 std_dev=0.010
C6 A 0, 0.000, 0.011, 0.021, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.011 std_dev=0.011
N1 A 0, 0.000, 0.011, 0.021, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.011 std_dev=0.011
C1' A 0, 0.000, 0.015, 0.029, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.015 std_dev=0.015
C2 A 0, 0.000, 0.017, 0.034, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.017 std_dev=0.017
C4 A 0, 0.000, 0.019, 0.037, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.019 std_dev=0.019
N3 A 0, 0.000, 0.019, 0.038, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.019 std_dev=0.019
N9 A 0, 0.000, 0.020, 0.040, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.020 std_dev=0.020
C5 A 0, 0.000, 0.024, 0.047, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.024 std_dev=0.024
C8 A 0, 0.000, 0.026, 0.052, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.026 std_dev=0.026
N6 A 0, 0.000, 0.028, 0.055, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.028 std_dev=0.028
N7 A 0, 0.000, 0.032, 0.064, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.032 std_dev=0.032
C4' A 0, 0.000, 0.038, 0.075, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.038 std_dev=0.038
O4' A 0, 0.000, 0.043, 0.086, 0.086 max_d=0.086 avg_d=0.043 std_dev=0.043
C3' A 0, 0.000, 0.052, 0.104, 0.104 max_d=0.104 avg_d=0.052 std_dev=0.052
C5' A 0, 0.000, 0.058, 0.117, 0.117 max_d=0.117 avg_d=0.058 std_dev=0.058
O2' A 0, 0.000, 0.091, 0.181, 0.181 max_d=0.181 avg_d=0.091 std_dev=0.091
C1' B 0, 0.000, 0.128, 0.257, 0.257 max_d=0.257 avg_d=0.128 std_dev=0.128
O3' A 0, 0.000, 0.142, 0.283, 0.283 max_d=0.283 avg_d=0.142 std_dev=0.142
O4' B 0, 0.000, 0.228, 0.456, 0.456 max_d=0.456 avg_d=0.228 std_dev=0.228
O5' A 0, 0.000, 0.231, 0.462, 0.462 max_d=0.462 avg_d=0.231 std_dev=0.231
OP2 B 0, 0.000, 0.293, 0.587, 0.587 max_d=0.587 avg_d=0.293 std_dev=0.293
C2' B 0, 0.000, 0.303, 0.607, 0.607 max_d=0.607 avg_d=0.303 std_dev=0.303
C3' B 0, 0.000, 0.335, 0.671, 0.671 max_d=0.671 avg_d=0.335 std_dev=0.335
N9 B 0, 0.000, 0.341, 0.682, 0.682 max_d=0.682 avg_d=0.341 std_dev=0.341
C4' B 0, 0.000, 0.408, 0.816, 0.816 max_d=0.816 avg_d=0.408 std_dev=0.408
O2' B 0, 0.000, 0.440, 0.881, 0.881 max_d=0.881 avg_d=0.440 std_dev=0.440
C8 B 0, 0.000, 0.486, 0.973, 0.973 max_d=0.973 avg_d=0.486 std_dev=0.486
C4 B 0, 0.000, 0.509, 1.018, 1.018 max_d=1.018 avg_d=0.509 std_dev=0.509
N3 B 0, 0.000, 0.516, 1.033, 1.033 max_d=1.033 avg_d=0.516 std_dev=0.516
P A 0, 0.000, 0.552, 1.104, 1.104 max_d=1.104 avg_d=0.552 std_dev=0.552
O5' B 0, 0.000, 0.603, 1.207, 1.207 max_d=1.207 avg_d=0.603 std_dev=0.603
O3' B 0, 0.000, 0.613, 1.227, 1.227 max_d=1.227 avg_d=0.613 std_dev=0.613
C5' B 0, 0.000, 0.643, 1.287, 1.287 max_d=1.287 avg_d=0.643 std_dev=0.643
P B 0, 0.000, 0.659, 1.319, 1.319 max_d=1.319 avg_d=0.659 std_dev=0.659
N7 B 0, 0.000, 0.688, 1.377, 1.377 max_d=1.377 avg_d=0.688 std_dev=0.688
C5 B 0, 0.000, 0.715, 1.429, 1.429 max_d=1.429 avg_d=0.715 std_dev=0.715
C2 B 0, 0.000, 0.731, 1.462, 1.462 max_d=1.462 avg_d=0.731 std_dev=0.731
N2 B 0, 0.000, 0.800, 1.599, 1.599 max_d=1.599 avg_d=0.800 std_dev=0.800
OP1 A 0, 0.000, 0.924, 1.849, 1.849 max_d=1.849 avg_d=0.924 std_dev=0.924
N1 B 0, 0.000, 0.925, 1.851, 1.851 max_d=1.851 avg_d=0.925 std_dev=0.925
C6 B 0, 0.000, 0.939, 1.878, 1.878 max_d=1.878 avg_d=0.939 std_dev=0.939
OP1 B 0, 0.000, 1.052, 2.104, 2.104 max_d=2.104 avg_d=1.052 std_dev=1.052
O6 B 0, 0.000, 1.141, 2.282, 2.282 max_d=2.282 avg_d=1.141 std_dev=1.141
OP2 A 0, 0.000, 1.991, 3.982, 3.982 max_d=3.982 avg_d=1.991 std_dev=1.991

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.03 0.49 0.06
C2 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.04 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.05 0.03 0.00 0.09 0.26 0.23 0.04
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.09 0.05 0.19 0.04
C3' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.02 0.03 0.03 0.02 0.01 0.05 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01 0.09 0.09 0.00 0.08
C4 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.08 0.20 0.31 0.03
C4' 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.03 0.02 0.00 0.04 0.02 0.00 0.01 0.23 0.32 0.04
C5 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.01 0.06 0.32 0.25 0.04
C5' 0.03 0.04 0.02 0.02 0.05 0.01 0.04 0.00 0.03 0.04 0.04 0.05 0.02 0.04 0.05 0.03 0.01 0.01 0.01 0.35 0.18 0.01
C6 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.05 0.02 0.06 0.39 0.18 0.05
C8 0.02 0.01 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.04 0.03 0.03 0.21 0.42 0.02
N1 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.04 0.04 0.00 0.08 0.35 0.18 0.05
N3 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.05 0.01 0.01 0.09 0.18 0.28 0.03
N6 0.01 0.02 0.02 0.05 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.07 0.03 0.04 0.48 0.14 0.04
N7 0.02 0.02 0.02 0.04 0.01 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.05 0.03 0.03 0.35 0.30 0.01
N9 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.06 0.11 0.40 0.01
O2' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.02 0.04 0.01 0.03 0.02 0.02 0.04 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.04 0.10 0.32 0.03
O3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.03 0.02 0.05 0.01 0.05 0.04 0.04 0.01 0.07 0.05 0.02 0.01 0.00 0.01 0.08 0.14 0.16 0.10
O4' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.01 0.03 0.03 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.14 0.65 0.13
O5' 0.04 0.09 0.09 0.09 0.08 0.01 0.06 0.01 0.06 0.03 0.08 0.09 0.04 0.03 0.06 0.04 0.08 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.03 0.26 0.05 0.09 0.20 0.23 0.32 0.35 0.39 0.21 0.35 0.18 0.48 0.35 0.11 0.10 0.14 0.14 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.49 0.23 0.19 0.00 0.31 0.32 0.25 0.18 0.18 0.42 0.18 0.28 0.14 0.30 0.40 0.32 0.16 0.65 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.06 0.04 0.04 0.08 0.03 0.04 0.04 0.01 0.05 0.02 0.05 0.03 0.04 0.01 0.01 0.03 0.10 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.06 0.08 0.10 0.11 0.07 0.10 0.11 0.10 0.14 0.09 0.12 0.04 0.05 0.11 0.06 0.16 0.11 0.02 0.07 0.16 0.04 0.05 0.03
C2 0.07 0.12 0.01 0.01 0.14 0.02 0.20 0.07 0.21 0.20 0.18 0.07 0.09 0.23 0.14 0.04 0.10 0.05 0.15 0.24 0.10 0.04 0.05
C2' 0.04 0.02 0.11 0.14 0.01 0.15 0.03 0.16 0.03 0.04 0.01 0.06 0.02 0.04 0.02 0.17 0.16 0.05 0.00 0.05 0.06 0.02 0.04
C3' 0.05 0.08 0.10 0.16 0.02 0.19 0.00 0.22 0.01 0.04 0.05 0.13 0.06 0.03 0.01 0.17 0.19 0.08 0.03 0.00 0.11 0.00 0.08
C4 0.09 0.13 0.06 0.06 0.14 0.08 0.20 0.11 0.22 0.19 0.19 0.08 0.10 0.22 0.13 0.06 0.01 0.07 0.12 0.25 0.09 0.04 0.04
C4' 0.05 0.02 0.12 0.15 0.01 0.15 0.03 0.16 0.04 0.04 0.02 0.06 0.02 0.05 0.02 0.18 0.18 0.05 0.02 0.06 0.03 0.03 0.02
C5 0.10 0.14 0.04 0.03 0.16 0.07 0.23 0.11 0.25 0.22 0.21 0.08 0.11 0.26 0.15 0.02 0.04 0.08 0.17 0.29 0.16 0.04 0.07
C5' 0.03 0.03 0.08 0.11 0.00 0.13 0.03 0.15 0.04 0.03 0.01 0.07 0.03 0.04 0.01 0.14 0.14 0.03 0.07 0.06 0.03 0.06 0.02
C6 0.08 0.14 0.01 0.02 0.16 0.02 0.24 0.09 0.26 0.24 0.21 0.08 0.11 0.27 0.16 0.05 0.12 0.07 0.22 0.30 0.21 0.05 0.10
C8 0.09 0.13 0.08 0.08 0.14 0.10 0.20 0.12 0.23 0.18 0.19 0.07 0.10 0.22 0.13 0.09 0.04 0.07 0.13 0.26 0.12 0.04 0.06
N1 0.07 0.13 0.03 0.04 0.15 0.01 0.22 0.06 0.24 0.23 0.20 0.07 0.10 0.26 0.15 0.08 0.16 0.06 0.22 0.28 0.19 0.05 0.09
N3 0.08 0.12 0.05 0.05 0.13 0.07 0.18 0.09 0.20 0.17 0.17 0.07 0.09 0.20 0.12 0.05 0.00 0.06 0.09 0.22 0.05 0.03 0.02
N6 0.08 0.15 0.03 0.04 0.18 0.01 0.26 0.08 0.28 0.26 0.23 0.09 0.12 0.30 0.17 0.08 0.17 0.07 0.27 0.33 0.28 0.06 0.13
N7 0.10 0.14 0.05 0.05 0.16 0.08 0.23 0.12 0.26 0.22 0.21 0.08 0.11 0.26 0.15 0.04 0.02 0.08 0.17 0.30 0.16 0.04 0.07
N9 0.09 0.12 0.09 0.09 0.13 0.10 0.18 0.12 0.20 0.16 0.17 0.07 0.09 0.19 0.12 0.11 0.06 0.06 0.10 0.23 0.07 0.04 0.03
O2' 0.02 0.07 0.09 0.11 0.07 0.09 0.06 0.08 0.05 0.06 0.05 0.09 0.08 0.06 0.06 0.18 0.16 0.03 0.01 0.04 0.04 0.08 0.00
O3' 0.04 0.18 0.12 0.20 0.09 0.23 0.09 0.27 0.13 0.02 0.17 0.25 0.14 0.05 0.03 0.20 0.27 0.09 0.09 0.13 0.20 0.03 0.14
O4' 0.05 0.06 0.11 0.12 0.06 0.11 0.09 0.11 0.12 0.07 0.10 0.02 0.04 0.10 0.05 0.17 0.13 0.03 0.07 0.14 0.05 0.06 0.04
O5' 0.04 0.08 0.04 0.00 0.04 0.04 0.00 0.08 0.01 0.01 0.02 0.14 0.09 0.03 0.04 0.01 0.01 0.03 0.17 0.04 0.12 0.12 0.09
OP1 0.17 0.06 0.17 0.26 0.07 0.34 0.12 0.42 0.08 0.21 0.01 0.18 0.02 0.19 0.14 0.20 0.26 0.24 0.15 0.10 0.25 0.23 0.26
OP2 0.28 0.41 0.13 0.10 0.43 0.17 0.56 0.22 0.61 0.50 0.54 0.32 0.35 0.59 0.40 0.06 0.06 0.26 0.03 0.70 0.03 0.17 0.13
P 0.02 0.04 0.02 0.01 0.06 0.04 0.13 0.08 0.16 0.12 0.11 0.03 0.01 0.16 0.06 0.02 0.06 0.01 0.18 0.21 0.16 0.09 0.09

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.03 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.17 0.02 0.18 0.00 0.13
C2 0.03 0.00 0.08 0.06 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.09 0.09 0.03 0.31 0.02 0.30 0.15 0.24
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.02 0.04 0.06 0.10 0.08 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.13 0.01 0.17 0.07 0.09
C3' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 0.03 0.09 0.02 0.09 0.07 0.09 0.03 0.00 0.00 0.01 0.13 0.05 0.20 0.14 0.08
C4 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.01 0.01 0.30 0.02 0.27 0.12 0.22
C4' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.03 0.08 0.01 0.07 0.05 0.08 0.03 0.03 0.01 0.00 0.00 0.05 0.12 0.21 0.00
C5 0.01 0.01 0.00 0.04 0.01 0.04 0.00 0.11 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.04 0.00 0.34 0.01 0.29 0.16 0.25
C5' 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.00 0.11 0.00 0.10 0.14 0.04 0.03 0.01 0.16 0.07 0.03 0.00 0.01 0.00 0.13 0.21 0.31 0.00
C6 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.03 0.01 0.10 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.04 0.02 0.01 0.35 0.00 0.30 0.19 0.26
C8 0.01 0.01 0.04 0.09 0.01 0.08 0.00 0.14 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.10 0.01 0.32 0.00 0.26 0.13 0.24
N1 0.03 0.01 0.06 0.02 0.02 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.07 0.04 0.03 0.34 0.01 0.31 0.18 0.26
N2 0.03 0.00 0.10 0.09 0.01 0.07 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.10 0.13 0.03 0.29 0.03 0.29 0.14 0.23
N3 0.03 0.01 0.08 0.07 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.08 0.09 0.03 0.29 0.02 0.27 0.12 0.22
N7 0.00 0.01 0.03 0.09 0.00 0.08 0.00 0.16 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.10 0.01 0.34 0.00 0.28 0.18 0.25
N9 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01 0.07 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.28 0.02 0.24 0.09 0.20
O2' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.04 0.03 0.02 0.03 0.04 0.02 0.07 0.10 0.08 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.09 0.12 0.03
O3' 0.01 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.00 0.02 0.10 0.04 0.13 0.09 0.10 0.03 0.02 0.00 0.01 0.02 0.05 0.13 0.22 0.00
O4' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.03 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.13 0.01 0.17 0.05 0.10
O5' 0.17 0.31 0.13 0.13 0.30 0.00 0.34 0.00 0.35 0.32 0.34 0.29 0.29 0.34 0.28 0.03 0.02 0.13 0.00 0.36 0.02 0.01 0.01
O6 0.02 0.02 0.01 0.05 0.02 0.05 0.01 0.13 0.00 0.00 0.01 0.03 0.02 0.00 0.02 0.03 0.05 0.01 0.36 0.00 0.30 0.20 0.27
OP1 0.18 0.30 0.17 0.20 0.27 0.12 0.29 0.21 0.30 0.26 0.31 0.29 0.27 0.28 0.24 0.09 0.13 0.17 0.02 0.30 0.00 0.01 0.01
OP2 0.00 0.15 0.07 0.14 0.12 0.21 0.16 0.31 0.19 0.13 0.18 0.14 0.12 0.18 0.09 0.12 0.22 0.05 0.01 0.20 0.01 0.00 0.01
P 0.13 0.24 0.09 0.08 0.22 0.00 0.25 0.00 0.26 0.24 0.26 0.23 0.22 0.25 0.20 0.03 0.00 0.10 0.01 0.27 0.01 0.01 0.00