ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50552

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 2, 5, 4, 7, 10, 5, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.002, 0.005, 0.008, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.005 std_dev=0.003
C5 A 0, 0.003, 0.006, 0.010, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.006 std_dev=0.003
N1 A 0, 0.003, 0.007, 0.012, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.007 std_dev=0.005
C1' A 0, 0.005, 0.011, 0.018, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.011 std_dev=0.006
C6 A 0, 0.004, 0.011, 0.017, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.011 std_dev=0.006
C2 A 0, 0.004, 0.011, 0.017, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.011 std_dev=0.007
C4 A 0, 0.004, 0.011, 0.017, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.011 std_dev=0.007
O2 A 0, 0.010, 0.027, 0.044, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.027 std_dev=0.017
O4 A 0, 0.027, 0.064, 0.100, 0.166 max_d=0.166 avg_d=0.064 std_dev=0.036
N3 B 0, 0.296, 0.463, 0.631, 0.865 max_d=0.865 avg_d=0.463 std_dev=0.168
C2 B 0, 0.300, 0.473, 0.645, 0.862 max_d=0.862 avg_d=0.473 std_dev=0.172
N1 B 0, 0.326, 0.515, 0.703, 0.859 max_d=0.859 avg_d=0.515 std_dev=0.188
C4 B 0, 0.222, 0.416, 0.610, 0.889 max_d=0.889 avg_d=0.416 std_dev=0.194
C5 B 0, 0.318, 0.532, 0.747, 0.909 max_d=0.909 avg_d=0.532 std_dev=0.214
O2 B 0, 0.360, 0.575, 0.791, 0.892 max_d=0.892 avg_d=0.575 std_dev=0.215
N4 B 0, 0.215, 0.442, 0.668, 0.980 max_d=0.980 avg_d=0.442 std_dev=0.226
C1' B 0, 0.364, 0.614, 0.864, 0.974 max_d=0.974 avg_d=0.614 std_dev=0.250
C6 B 0, 0.326, 0.580, 0.835, 0.963 max_d=0.963 avg_d=0.580 std_dev=0.254
O4' B 0, 0.373, 0.686, 0.998, 1.183 max_d=1.183 avg_d=0.686 std_dev=0.312
O2' B 0, 0.570, 0.903, 1.236, 1.415 max_d=1.415 avg_d=0.903 std_dev=0.333
C2' B 0, 0.403, 0.765, 1.127, 1.282 max_d=1.282 avg_d=0.765 std_dev=0.362
OP2 B 0, 0.665, 1.055, 1.445, 1.582 max_d=1.582 avg_d=1.055 std_dev=0.390
O4' A 0, 0.301, 0.693, 1.085, 1.430 max_d=1.430 avg_d=0.693 std_dev=0.392
C2' A 0, 0.389, 0.803, 1.217, 1.564 max_d=1.564 avg_d=0.803 std_dev=0.414
C4' B 0, 0.369, 0.820, 1.271, 1.534 max_d=1.534 avg_d=0.820 std_dev=0.451
O5' B 0, 0.572, 1.026, 1.480, 1.712 max_d=1.712 avg_d=1.026 std_dev=0.454
P B 0, 0.645, 1.124, 1.604, 1.816 max_d=1.816 avg_d=1.124 std_dev=0.480
C3' B 0, 0.313, 0.803, 1.293, 1.515 max_d=1.515 avg_d=0.803 std_dev=0.490
C5' B 0, 0.436, 0.956, 1.477, 1.771 max_d=1.771 avg_d=0.956 std_dev=0.521
C3' A 0, 0.680, 1.246, 1.812, 2.057 max_d=2.057 avg_d=1.246 std_dev=0.566
C4' A 0, 0.721, 1.288, 1.855, 2.147 max_d=2.147 avg_d=1.288 std_dev=0.567
OP1 B 0, 0.679, 1.275, 1.870, 2.132 max_d=2.132 avg_d=1.275 std_dev=0.595
O3' B 0, 0.345, 0.946, 1.547, 1.828 max_d=1.828 avg_d=0.946 std_dev=0.601
O2' A 0, 0.781, 1.417, 2.052, 2.404 max_d=2.404 avg_d=1.417 std_dev=0.636
C5' A 0, 1.265, 1.960, 2.655, 3.056 max_d=3.056 avg_d=1.960 std_dev=0.695
O3' A 0, 1.106, 1.840, 2.574, 2.544 max_d=2.544 avg_d=1.840 std_dev=0.734
O5' A 0, 0.846, 1.706, 2.566, 2.883 max_d=2.883 avg_d=1.706 std_dev=0.860
P A 0, 0.773, 1.921, 3.070, 3.283 max_d=3.283 avg_d=1.921 std_dev=1.148
OP1 A 0, 0.946, 2.209, 3.473, 3.808 max_d=3.808 avg_d=2.209 std_dev=1.264
OP2 A 0, 0.483, 1.840, 3.198, 3.377 max_d=3.377 avg_d=1.840 std_dev=1.358

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.32 0.01 0.00 0.40 0.40 0.17 0.32
C2 0.01 0.00 0.12 0.25 0.00 0.07 0.00 0.29 0.00 0.00 0.00 0.00 0.25 0.19 0.01 0.12 0.30 0.23 0.16 0.20
C2' 0.00 0.12 0.00 0.00 0.02 0.01 0.09 0.12 0.13 0.01 0.09 0.21 0.00 0.03 0.03 0.02 0.48 0.53 0.31 0.43
C3' 0.01 0.25 0.00 0.00 0.53 0.00 0.60 0.02 0.54 0.32 0.39 0.07 0.02 0.01 0.57 0.01 0.05 0.14 0.38 0.10
C4 0.01 0.00 0.02 0.53 0.00 0.35 0.00 0.69 0.01 0.00 0.00 0.01 0.46 0.28 0.00 0.02 0.17 0.26 0.42 0.27
C4' 0.01 0.07 0.01 0.00 0.35 0.00 0.49 0.00 0.47 0.20 0.18 0.15 0.29 0.03 0.37 0.00 0.01 0.17 0.23 0.02
C5 0.01 0.00 0.09 0.60 0.00 0.49 0.00 0.84 0.00 0.00 0.00 0.01 0.48 0.46 0.00 0.11 0.20 0.32 0.45 0.34
C5' 0.07 0.29 0.12 0.02 0.69 0.00 0.84 0.00 0.74 0.39 0.47 0.12 0.15 0.14 0.74 0.03 0.01 0.32 0.33 0.01
C6 0.01 0.00 0.13 0.54 0.01 0.47 0.00 0.74 0.00 0.00 0.00 0.01 0.41 0.38 0.01 0.14 0.15 0.18 0.27 0.20
N1 0.00 0.00 0.01 0.32 0.00 0.20 0.00 0.39 0.00 0.00 0.00 0.01 0.26 0.06 0.01 0.01 0.27 0.22 0.14 0.18
N3 0.01 0.00 0.09 0.39 0.00 0.18 0.00 0.47 0.00 0.00 0.00 0.00 0.35 0.06 0.00 0.08 0.22 0.16 0.28 0.16
O2 0.02 0.00 0.21 0.07 0.01 0.15 0.01 0.12 0.01 0.01 0.00 0.00 0.17 0.47 0.01 0.21 0.41 0.36 0.14 0.30
O2' 0.01 0.25 0.00 0.02 0.46 0.29 0.48 0.15 0.41 0.26 0.35 0.17 0.00 0.08 0.49 0.28 0.20 0.30 0.26 0.23
O3' 0.32 0.19 0.03 0.01 0.28 0.03 0.46 0.14 0.38 0.06 0.06 0.47 0.08 0.00 0.34 0.19 0.55 0.54 0.84 0.60
O4 0.01 0.01 0.03 0.57 0.00 0.37 0.00 0.74 0.01 0.01 0.00 0.01 0.49 0.34 0.00 0.02 0.19 0.36 0.52 0.35
O4' 0.00 0.12 0.02 0.01 0.02 0.00 0.11 0.03 0.14 0.01 0.08 0.21 0.28 0.19 0.02 0.00 0.38 0.42 0.22 0.36
O5' 0.40 0.30 0.48 0.05 0.17 0.01 0.20 0.01 0.15 0.27 0.22 0.41 0.20 0.55 0.19 0.38 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.40 0.23 0.53 0.14 0.26 0.17 0.32 0.32 0.18 0.22 0.16 0.36 0.30 0.54 0.36 0.42 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.17 0.16 0.31 0.38 0.42 0.23 0.45 0.33 0.27 0.14 0.28 0.14 0.26 0.84 0.52 0.22 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.32 0.20 0.43 0.10 0.27 0.02 0.34 0.01 0.20 0.18 0.16 0.30 0.23 0.60 0.35 0.36 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.35 0.30 0.46 0.41 0.17 0.35 0.18 0.26 0.23 0.29 0.23 0.13 0.36 0.56 0.49 0.29 0.23 0.22 0.19 0.19
C2 0.35 0.30 0.46 0.41 0.16 0.35 0.18 0.27 0.24 0.30 0.22 0.12 0.35 0.55 0.47 0.30 0.24 0.23 0.20 0.20
C2' 0.55 0.51 0.66 0.58 0.30 0.53 0.28 0.43 0.37 0.47 0.42 0.20 0.62 0.78 0.66 0.49 0.37 0.34 0.26 0.29
C3' 0.70 0.70 0.73 0.70 0.67 0.69 0.66 0.65 0.67 0.69 0.70 0.64 0.72 0.77 0.72 0.68 0.65 0.63 0.59 0.62
C4 0.28 0.28 0.37 0.32 0.19 0.25 0.17 0.18 0.21 0.25 0.25 0.15 0.32 0.43 0.37 0.22 0.18 0.17 0.18 0.15
C4' 0.43 0.41 0.46 0.44 0.40 0.42 0.40 0.38 0.41 0.42 0.40 0.38 0.42 0.51 0.46 0.41 0.37 0.36 0.33 0.34
C5 0.28 0.28 0.37 0.32 0.20 0.24 0.17 0.16 0.20 0.25 0.26 0.17 0.33 0.44 0.37 0.21 0.17 0.15 0.17 0.14
C5' 0.75 0.74 0.77 0.76 0.77 0.75 0.78 0.72 0.77 0.75 0.75 0.77 0.71 0.79 0.77 0.74 0.73 0.71 0.68 0.70
C6 0.30 0.30 0.41 0.35 0.19 0.28 0.18 0.20 0.21 0.27 0.26 0.16 0.36 0.49 0.41 0.24 0.19 0.17 0.18 0.15
N1 0.34 0.30 0.45 0.39 0.17 0.32 0.18 0.24 0.23 0.29 0.24 0.13 0.36 0.53 0.46 0.28 0.22 0.21 0.18 0.18
N3 0.33 0.29 0.42 0.37 0.17 0.31 0.18 0.24 0.23 0.28 0.23 0.12 0.33 0.49 0.43 0.27 0.22 0.21 0.19 0.18
O2 0.39 0.29 0.50 0.45 0.15 0.40 0.19 0.33 0.26 0.31 0.19 0.12 0.35 0.60 0.52 0.35 0.28 0.28 0.22 0.24
O2' 0.15 0.15 0.21 0.16 0.34 0.14 0.36 0.21 0.28 0.18 0.22 0.44 0.15 0.33 0.24 0.19 0.27 0.29 0.43 0.37
O3' 0.22 0.25 0.20 0.20 0.33 0.22 0.32 0.22 0.28 0.25 0.29 0.37 0.22 0.21 0.20 0.24 0.25 0.25 0.27 0.26
O4 0.25 0.26 0.33 0.28 0.19 0.21 0.17 0.15 0.19 0.23 0.24 0.16 0.28 0.37 0.31 0.20 0.16 0.15 0.17 0.14
O4' 0.25 0.20 0.34 0.29 0.14 0.25 0.15 0.18 0.18 0.21 0.16 0.13 0.24 0.43 0.35 0.21 0.16 0.15 0.17 0.14
O5' 0.30 0.29 0.30 0.25 0.27 0.27 0.27 0.24 0.27 0.29 0.28 0.26 0.31 0.35 0.26 0.29 0.22 0.20 0.20 0.20
OP1 0.50 0.50 0.47 0.44 0.52 0.49 0.52 0.47 0.52 0.51 0.51 0.53 0.49 0.50 0.42 0.52 0.46 0.43 0.41 0.44
OP2 0.76 0.76 0.74 0.69 0.73 0.72 0.72 0.67 0.73 0.75 0.75 0.71 0.77 0.79 0.68 0.75 0.65 0.59 0.55 0.59
P 0.49 0.49 0.47 0.43 0.48 0.46 0.48 0.43 0.49 0.49 0.49 0.48 0.48 0.51 0.42 0.50 0.41 0.38 0.35 0.38

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.04 0.06 0.06 0.04
C2 0.01 0.00 0.05 0.08 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.08 0.02 0.10 0.11 0.16 0.12
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.04 0.01 0.05 0.01 0.06 0.02 0.04 0.04 0.10 0.01 0.01 0.01 0.04 0.07 0.06 0.04
C3' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.09 0.00 0.09 0.02 0.08 0.05 0.08 0.10 0.10 0.02 0.01 0.01 0.06 0.08 0.07 0.06
C4 0.01 0.00 0.04 0.09 0.00 0.06 0.00 0.10 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.10 0.02 0.15 0.17 0.23 0.19
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.06 0.00 0.06 0.01 0.06 0.03 0.04 0.06 0.03 0.04 0.01 0.00 0.02 0.07 0.03 0.02
C5 0.01 0.00 0.05 0.09 0.00 0.06 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.10 0.02 0.15 0.17 0.21 0.18
C5' 0.01 0.06 0.01 0.02 0.10 0.01 0.11 0.00 0.09 0.06 0.08 0.11 0.04 0.04 0.03 0.01 0.01 0.06 0.03 0.02
C6 0.01 0.01 0.06 0.08 0.01 0.06 0.00 0.09 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.09 0.03 0.12 0.12 0.14 0.13
N1 0.00 0.01 0.02 0.05 0.01 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.01 0.09 0.09 0.12 0.10
N3 0.01 0.00 0.04 0.08 0.00 0.04 0.00 0.08 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.10 0.02 0.13 0.14 0.20 0.16
N4 0.01 0.01 0.04 0.10 0.00 0.06 0.01 0.11 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.12 0.02 0.16 0.20 0.26 0.21
O2 0.02 0.00 0.10 0.10 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.09 0.12 0.03 0.09 0.10 0.14 0.10
O2' 0.01 0.04 0.01 0.02 0.03 0.04 0.04 0.04 0.04 0.01 0.04 0.04 0.09 0.00 0.03 0.04 0.05 0.10 0.07 0.06
O3' 0.01 0.08 0.01 0.01 0.10 0.01 0.10 0.03 0.09 0.05 0.10 0.12 0.12 0.03 0.00 0.01 0.09 0.12 0.12 0.10
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.03 0.04 0.01 0.00 0.05 0.07 0.05 0.04
O5' 0.04 0.10 0.04 0.06 0.15 0.02 0.15 0.01 0.12 0.09 0.13 0.16 0.09 0.05 0.09 0.05 0.00 0.04 0.02 0.01
OP1 0.06 0.11 0.07 0.08 0.17 0.07 0.17 0.06 0.12 0.09 0.14 0.20 0.10 0.10 0.12 0.07 0.04 0.00 0.01 0.01
OP2 0.06 0.16 0.06 0.07 0.23 0.03 0.21 0.03 0.14 0.12 0.20 0.26 0.14 0.07 0.12 0.05 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.04 0.12 0.04 0.06 0.19 0.02 0.18 0.02 0.13 0.10 0.16 0.21 0.10 0.06 0.10 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00