Doublet Group distance statistics: 50554

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 1, 3, 1, 11, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
N1	A	0, 0.015, 0.025, 0.034, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.025 std_dev=0.009
N3	A	0, 0.000, 0.012, 0.024, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.012 std_dev=0.012
C5	A	0, 0.002, 0.014, 0.027, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.014 std_dev=0.013
C1'	A	0, 0.024, 0.037, 0.050, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.037 std_dev=0.013
C4	A	0, 0.024, 0.038, 0.051, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.038 std_dev=0.013
C6	A	0, 0.023, 0.037, 0.051, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.037 std_dev=0.014
C2	A	0, 0.022, 0.037, 0.052, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.037 std_dev=0.015
O2	A	0, 0.052, 0.087, 0.122, 0.139 max_d=0.139 avg_d=0.087 std_dev=0.035
O4	A	0, 0.057, 0.146, 0.236, 0.326 max_d=0.326 avg_d=0.146 std_dev=0.089
C5	B	0, 0.292, 0.421, 0.549, 0.565 max_d=0.565 avg_d=0.421 std_dev=0.128
C6	B	0, 0.373, 0.536, 0.699, 0.789 max_d=0.789 avg_d=0.536 std_dev=0.163
C4	B	0, 0.347, 0.536, 0.725, 0.759 max_d=0.759 avg_d=0.536 std_dev=0.189
N4	B	0, 0.475, 0.680, 0.886, 0.900 max_d=0.900 avg_d=0.680 std_dev=0.205
N1	B	0, 0.483, 0.705, 0.927, 0.941 max_d=0.941 avg_d=0.705 std_dev=0.222
N3	B	0, 0.526, 0.755, 0.984, 0.978 max_d=0.978 avg_d=0.755 std_dev=0.229
C2	B	0, 0.574, 0.828, 1.082, 1.040 max_d=1.040 avg_d=0.828 std_dev=0.254
C1'	B	0, 0.586, 0.906, 1.225, 1.235 max_d=1.235 avg_d=0.906 std_dev=0.319
O4'	B	0, 0.497, 0.830, 1.164, 1.391 max_d=1.391 avg_d=0.830 std_dev=0.334
O2	B	0, 0.777, 1.119, 1.461, 1.435 max_d=1.435 avg_d=1.119 std_dev=0.342
OP2	B	0, 0.603, 0.969, 1.335, 1.678 max_d=1.678 avg_d=0.969 std_dev=0.366
O5'	B	0, 0.524, 0.917, 1.309, 1.992 max_d=1.992 avg_d=0.917 std_dev=0.392
C4'	B	0, 0.647, 1.040, 1.433, 1.814 max_d=1.814 avg_d=1.040 std_dev=0.393
P	B	0, 0.607, 1.001, 1.394, 1.997 max_d=1.997 avg_d=1.001 std_dev=0.393
O2'	B	0, 0.739, 1.138, 1.537, 1.639 max_d=1.639 avg_d=1.138 std_dev=0.399
C2'	B	0, 0.730, 1.131, 1.532, 1.684 max_d=1.684 avg_d=1.131 std_dev=0.401
OP1	B	0, 0.723, 1.131, 1.540, 2.236 max_d=2.236 avg_d=1.131 std_dev=0.408
O4'	A	0, 1.333, 1.748, 2.163, 1.986 max_d=1.986 avg_d=1.748 std_dev=0.415
C3'	B	0, 0.737, 1.155, 1.573, 1.975 max_d=1.975 avg_d=1.155 std_dev=0.418
C5'	B	0, 0.647, 1.082, 1.516, 2.057 max_d=2.057 avg_d=1.082 std_dev=0.435
C2'	A	0, 1.400, 1.838, 2.276, 2.086 max_d=2.086 avg_d=1.838 std_dev=0.438
O3'	B	0, 0.926, 1.445, 1.964, 2.416 max_d=2.416 avg_d=1.445 std_dev=0.519
C3'	A	0, 1.838, 2.413, 2.988, 2.792 max_d=2.792 avg_d=2.413 std_dev=0.575
C4'	A	0, 1.994, 2.614, 3.235, 2.940 max_d=2.940 avg_d=2.614 std_dev=0.620
O2'	A	0, 1.965, 2.595, 3.226, 3.031 max_d=3.031 avg_d=2.595 std_dev=0.630
O3'	A	0, 1.957, 2.601, 3.244, 3.289 max_d=3.289 avg_d=2.601 std_dev=0.643
C5'	A	0, 3.048, 3.994, 4.940, 4.476 max_d=4.476 avg_d=3.994 std_dev=0.946
O5'	A	0, 3.010, 3.960, 4.910, 4.541 max_d=4.541 avg_d=3.960 std_dev=0.950
P	A	0, 3.834, 5.061, 6.288, 5.980 max_d=5.980 avg_d=5.061 std_dev=1.227
OP2	A	0, 3.809, 5.038, 6.267, 6.126 max_d=6.126 avg_d=5.038 std_dev=1.229
OP1	A	0, 4.675, 6.179, 7.683, 7.358 max_d=7.358 avg_d=6.179 std_dev=1.504

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	O2	O2'	O3'	O4	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.01	0.00	0.02	0.02	0.01	0.02	0.02	0.01	0.01	0.02	0.02	0.02	0.05	0.02	0.01	0.10	0.09	0.15	0.09
C2	0.01	0.00	0.05	0.09	0.01	0.04	0.02	0.08	0.01	0.01	0.00	0.01	0.11	0.07	0.01	0.04	0.14	0.16	0.25	0.15
C2'	0.00	0.05	0.00	0.00	0.03	0.03	0.03	0.03	0.04	0.02	0.05	0.08	0.01	0.02	0.05	0.01	0.08	0.12	0.17	0.10
C3'	0.02	0.09	0.00	0.00	0.14	0.00	0.16	0.02	0.15	0.10	0.11	0.07	0.02	0.01	0.14	0.01	0.07	0.14	0.13	0.09
C4	0.02	0.01	0.03	0.14	0.00	0.10	0.01	0.16	0.01	0.01	0.01	0.02	0.08	0.15	0.01	0.04	0.20	0.25	0.33	0.24
C4'	0.01	0.04	0.03	0.00	0.10	0.00	0.12	0.01	0.12	0.06	0.06	0.04	0.10	0.03	0.10	0.00	0.02	0.05	0.04	0.02
C5	0.02	0.02	0.03	0.16	0.01	0.12	0.00	0.19	0.01	0.02	0.01	0.02	0.07	0.19	0.01	0.04	0.22	0.25	0.31	0.24
C5'	0.02	0.08	0.03	0.02	0.16	0.01	0.19	0.00	0.17	0.09	0.11	0.06	0.09	0.06	0.18	0.01	0.01	0.06	0.02	0.01
C6	0.01	0.01	0.04	0.15	0.01	0.12	0.01	0.17	0.00	0.01	0.01	0.02	0.07	0.17	0.01	0.04	0.18	0.20	0.24	0.18
N1	0.01	0.01	0.02	0.10	0.01	0.06	0.02	0.09	0.01	0.00	0.02	0.01	0.04	0.09	0.02	0.02	0.13	0.15	0.21	0.14
N3	0.02	0.00	0.05	0.11	0.01	0.06	0.01	0.11	0.01	0.02	0.00	0.01	0.11	0.11	0.02	0.04	0.16	0.21	0.29	0.19
O2	0.02	0.01	0.08	0.07	0.02	0.04	0.02	0.06	0.02	0.01	0.01	0.00	0.15	0.08	0.02	0.05	0.12	0.14	0.23	0.13
O2'	0.02	0.11	0.01	0.02	0.08	0.10	0.07	0.09	0.07	0.04	0.11	0.15	0.00	0.07	0.10	0.08	0.07	0.12	0.13	0.08
O3'	0.05	0.07	0.02	0.01	0.15	0.03	0.19	0.06	0.17	0.09	0.11	0.08	0.07	0.00	0.16	0.03	0.17	0.23	0.22	0.20
O4	0.02	0.01	0.05	0.14	0.01	0.10	0.01	0.18	0.01	0.02	0.02	0.02	0.10	0.16	0.00	0.05	0.22	0.29	0.37	0.27
O4'	0.01	0.04	0.01	0.01	0.04	0.00	0.04	0.01	0.04	0.02	0.04	0.05	0.08	0.03	0.05	0.00	0.12	0.11	0.13	0.12
O5'	0.10	0.14	0.08	0.07	0.20	0.02	0.22	0.01	0.18	0.13	0.16	0.12	0.07	0.17	0.22	0.12	0.00	0.01	0.02	0.01
OP1	0.09	0.16	0.12	0.14	0.25	0.05	0.25	0.06	0.20	0.15	0.21	0.14	0.12	0.23	0.29	0.11	0.01	0.00	0.01	0.01
OP2	0.15	0.25	0.17	0.13	0.33	0.04	0.31	0.02	0.24	0.21	0.29	0.23	0.13	0.22	0.37	0.13	0.02	0.01	0.00	0.01
P	0.09	0.15	0.10	0.09	0.24	0.02	0.24	0.01	0.18	0.14	0.19	0.13	0.08	0.20	0.27	0.12	0.01	0.01	0.01	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	N4	O2	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.23	0.21	0.30	0.30	0.12	0.24	0.12	0.29	0.14	0.19	0.16	0.11	0.27	0.34	0.36	0.19	0.27	0.29	0.27	0.25
C2	0.22	0.21	0.30	0.29	0.11	0.23	0.11	0.28	0.14	0.19	0.16	0.10	0.27	0.33	0.36	0.19	0.27	0.29	0.27	0.25
C2'	0.29	0.27	0.36	0.34	0.15	0.28	0.14	0.30	0.18	0.24	0.21	0.12	0.34	0.41	0.41	0.24	0.27	0.28	0.25	0.24
C3'	0.25	0.25	0.31	0.29	0.15	0.24	0.14	0.26	0.16	0.22	0.21	0.14	0.33	0.36	0.35	0.21	0.23	0.24	0.26	0.22
C4	0.19	0.20	0.25	0.24	0.14	0.19	0.12	0.28	0.14	0.17	0.18	0.12	0.24	0.27	0.29	0.16	0.27	0.28	0.27	0.25
C4'	0.21	0.20	0.28	0.25	0.10	0.20	0.10	0.26	0.12	0.17	0.15	0.11	0.27	0.33	0.32	0.17	0.23	0.25	0.26	0.23
C5	0.19	0.20	0.24	0.23	0.14	0.18	0.13	0.28	0.14	0.17	0.18	0.14	0.24	0.27	0.28	0.15	0.28	0.29	0.27	0.26
C5'	0.14	0.14	0.19	0.17	0.11	0.14	0.13	0.26	0.10	0.11	0.11	0.15	0.21	0.25	0.23	0.11	0.23	0.26	0.31	0.26
C6	0.20	0.20	0.26	0.25	0.13	0.20	0.12	0.28	0.13	0.17	0.17	0.13	0.25	0.29	0.31	0.16	0.27	0.29	0.27	0.25
N1	0.21	0.21	0.28	0.28	0.12	0.22	0.11	0.28	0.14	0.18	0.17	0.11	0.26	0.32	0.34	0.18	0.27	0.29	0.27	0.25
N3	0.21	0.20	0.27	0.27	0.12	0.21	0.11	0.28	0.14	0.18	0.17	0.10	0.26	0.30	0.32	0.17	0.27	0.28	0.27	0.25
O2	0.24	0.21	0.33	0.33	0.12	0.26	0.12	0.29	0.16	0.20	0.16	0.10	0.28	0.37	0.40	0.21	0.28	0.30	0.28	0.26
O2'	0.37	0.33	0.46	0.44	0.21	0.37	0.21	0.37	0.25	0.31	0.26	0.18	0.40	0.52	0.52	0.32	0.35	0.35	0.30	0.30
O3'	0.28	0.27	0.34	0.31	0.15	0.25	0.14	0.25	0.17	0.23	0.22	0.15	0.37	0.41	0.37	0.23	0.22	0.22	0.24	0.21
O4	0.19	0.21	0.24	0.23	0.16	0.18	0.13	0.27	0.15	0.18	0.20	0.14	0.24	0.26	0.27	0.16	0.27	0.28	0.27	0.25
O4'	0.20	0.19	0.26	0.26	0.11	0.21	0.11	0.28	0.13	0.16	0.15	0.12	0.25	0.30	0.32	0.17	0.27	0.29	0.28	0.26
O5'	0.11	0.11	0.15	0.13	0.15	0.12	0.18	0.28	0.15	0.11	0.11	0.19	0.15	0.20	0.17	0.13	0.30	0.33	0.37	0.33
OP1	0.15	0.13	0.14	0.13	0.21	0.18	0.26	0.35	0.23	0.16	0.14	0.25	0.12	0.18	0.15	0.20	0.37	0.41	0.46	0.43
OP2	0.25	0.21	0.20	0.22	0.30	0.30	0.35	0.45	0.33	0.26	0.23	0.32	0.17	0.21	0.19	0.31	0.45	0.49	0.53	0.51
P	0.14	0.12	0.14	0.13	0.20	0.18	0.25	0.34	0.21	0.15	0.13	0.23	0.13	0.18	0.15	0.19	0.36	0.40	0.44	0.42

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	N4	O2	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.02	0.01	0.01	0.02	0.01	0.01	0.05	0.01	0.01	0.02	0.02	0.04	0.03	0.02	0.00	0.11	0.12	0.08	0.10
C2	0.02	0.00	0.03	0.07	0.01	0.05	0.01	0.16	0.01	0.01	0.01	0.02	0.01	0.06	0.07	0.03	0.18	0.17	0.16	0.17
C2'	0.01	0.03	0.00	0.00	0.04	0.03	0.06	0.04	0.05	0.01	0.04	0.05	0.08	0.00	0.03	0.01	0.13	0.13	0.09	0.10
C3'	0.01	0.07	0.00	0.00	0.08	0.00	0.08	0.04	0.07	0.05	0.08	0.08	0.09	0.02	0.01	0.02	0.17	0.16	0.12	0.12
C4	0.02	0.01	0.04	0.08	0.00	0.09	0.01	0.26	0.01	0.01	0.01	0.01	0.02	0.07	0.09	0.04	0.22	0.22	0.23	0.21
C4'	0.01	0.05	0.03	0.00	0.09	0.00	0.10	0.01	0.09	0.05	0.07	0.10	0.04	0.07	0.02	0.01	0.02	0.07	0.17	0.03
C5	0.01	0.01	0.06	0.08	0.01	0.10	0.00	0.27	0.00	0.01	0.01	0.02	0.02	0.05	0.10	0.04	0.22	0.22	0.22	0.21
C5'	0.05	0.16	0.04	0.04	0.26	0.01	0.27	0.00	0.22	0.15	0.22	0.28	0.12	0.07	0.04	0.01	0.02	0.13	0.26	0.02
C6	0.01	0.01	0.05	0.07	0.01	0.09	0.00	0.22	0.00	0.00	0.01	0.02	0.02	0.03	0.08	0.04	0.20	0.19	0.16	0.18
N1	0.01	0.01	0.01	0.05	0.01	0.05	0.01	0.15	0.00	0.00	0.01	0.02	0.02	0.03	0.05	0.02	0.17	0.16	0.13	0.15
N3	0.02	0.01	0.04	0.08	0.01	0.07	0.01	0.22	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.07	0.09	0.03	0.20	0.19	0.20	0.19
N4	0.02	0.02	0.05	0.08	0.01	0.10	0.02	0.28	0.02	0.02	0.01	0.00	0.02	0.08	0.10	0.05	0.23	0.25	0.27	0.24
O2	0.04	0.01	0.08	0.09	0.02	0.04	0.02	0.12	0.02	0.02	0.01	0.02	0.00	0.09	0.09	0.05	0.17	0.17	0.15	0.16
O2'	0.03	0.06	0.00	0.02	0.07	0.07	0.05	0.07	0.03	0.03	0.07	0.08	0.09	0.00	0.05	0.05	0.08	0.09	0.12	0.07
O3'	0.02	0.07	0.03	0.01	0.09	0.02	0.10	0.04	0.08	0.05	0.09	0.10	0.09	0.05	0.00	0.02	0.15	0.13	0.20	0.11
O4'	0.00	0.03	0.01	0.02	0.04	0.01	0.04	0.01	0.04	0.02	0.03	0.05	0.05	0.05	0.02	0.00	0.05	0.09	0.09	0.08
O5'	0.11	0.18	0.13	0.17	0.22	0.02	0.22	0.02	0.20	0.17	0.20	0.23	0.17	0.08	0.15	0.05	0.00	0.02	0.02	0.00
OP1	0.12	0.17	0.13	0.16	0.22	0.07	0.22	0.13	0.19	0.16	0.19	0.25	0.17	0.09	0.13	0.09	0.02	0.00	0.01	0.01
OP2	0.08	0.16	0.09	0.12	0.23	0.17	0.22	0.26	0.16	0.13	0.20	0.27	0.15	0.12	0.20	0.09	0.02	0.01	0.00	0.01
P	0.10	0.17	0.10	0.12	0.21	0.03	0.21	0.02	0.18	0.15	0.19	0.24	0.16	0.07	0.11	0.08	0.00	0.01	0.01	0.00