ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50556

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 2, 3, 5, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, 0.014, 0.022, 0.030, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.022 std_dev=0.008
N3 A 0, 0.009, 0.017, 0.025, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.017 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.013, 0.022, 0.031, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.022 std_dev=0.009
C6 A 0, 0.014, 0.024, 0.034, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.024 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.015, 0.025, 0.036, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.025 std_dev=0.010
C5 A 0, 0.006, 0.017, 0.027, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.017 std_dev=0.010
C1' A 0, 0.016, 0.027, 0.038, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.027 std_dev=0.011
O4 A 0, 0.017, 0.033, 0.050, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.033 std_dev=0.016
O2 A 0, 0.033, 0.053, 0.074, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.053 std_dev=0.020
O3' A 0, 0.082, 0.247, 0.412, 0.540 max_d=0.540 avg_d=0.247 std_dev=0.165
C3' A 0, 0.152, 0.359, 0.567, 0.682 max_d=0.682 avg_d=0.359 std_dev=0.207
O4' A 0, 0.110, 0.351, 0.593, 0.716 max_d=0.716 avg_d=0.351 std_dev=0.241
C2' A 0, 0.154, 0.425, 0.696, 0.785 max_d=0.785 avg_d=0.425 std_dev=0.271
C2 B 0, 0.381, 0.665, 0.949, 1.027 max_d=1.027 avg_d=0.665 std_dev=0.284
C4 B 0, 0.423, 0.722, 1.020, 1.050 max_d=1.050 avg_d=0.722 std_dev=0.298
N1 B 0, 0.473, 0.775, 1.076, 1.073 max_d=1.073 avg_d=0.775 std_dev=0.301
N3 B 0, 0.356, 0.661, 0.967, 1.048 max_d=1.048 avg_d=0.661 std_dev=0.305
N4 B 0, 0.413, 0.725, 1.036, 1.088 max_d=1.088 avg_d=0.725 std_dev=0.311
C1' B 0, 0.500, 0.835, 1.170, 1.185 max_d=1.185 avg_d=0.835 std_dev=0.335
C4' A 0, 0.246, 0.591, 0.936, 1.098 max_d=1.098 avg_d=0.591 std_dev=0.345
C5 B 0, 0.529, 0.896, 1.263, 1.242 max_d=1.242 avg_d=0.896 std_dev=0.367
O2 B 0, 0.291, 0.662, 1.032, 1.281 max_d=1.281 avg_d=0.662 std_dev=0.371
C2' B 0, 0.493, 0.879, 1.265, 1.397 max_d=1.397 avg_d=0.879 std_dev=0.386
C6 B 0, 0.545, 0.931, 1.318, 1.300 max_d=1.300 avg_d=0.931 std_dev=0.386
O2' B 0, 0.479, 0.902, 1.325, 1.553 max_d=1.553 avg_d=0.902 std_dev=0.423
O4' B 0, 0.557, 1.023, 1.489, 1.658 max_d=1.658 avg_d=1.023 std_dev=0.466
O2' A 0, 0.331, 0.811, 1.290, 1.474 max_d=1.474 avg_d=0.811 std_dev=0.480
C3' B 0, 0.548, 1.072, 1.597, 1.881 max_d=1.881 avg_d=1.072 std_dev=0.525
C4' B 0, 0.607, 1.160, 1.713, 2.013 max_d=2.013 avg_d=1.160 std_dev=0.553
P A 0, 0.469, 1.033, 1.597, 1.810 max_d=1.810 avg_d=1.033 std_dev=0.564
O5' A 0, 0.306, 0.949, 1.591, 1.890 max_d=1.890 avg_d=0.949 std_dev=0.643
C5' A 0, 0.401, 1.053, 1.705, 2.024 max_d=2.024 avg_d=1.053 std_dev=0.652
O3' B 0, 0.476, 1.148, 1.819, 2.260 max_d=2.260 avg_d=1.148 std_dev=0.671
C5' B 0, 0.672, 1.397, 2.121, 2.539 max_d=2.539 avg_d=1.397 std_dev=0.725
OP2 A 0, 0.380, 1.145, 1.910, 2.529 max_d=2.529 avg_d=1.145 std_dev=0.765
OP1 A 0, 0.577, 1.664, 2.751, 3.566 max_d=3.566 avg_d=1.664 std_dev=1.087
O5' B 0, 0.358, 1.997, 3.636, 4.614 max_d=4.614 avg_d=1.997 std_dev=1.639
P B 0, 0.281, 2.358, 4.435, 5.609 max_d=5.609 avg_d=2.358 std_dev=2.077
OP1 B 0, 0.206, 2.427, 4.648, 5.878 max_d=5.878 avg_d=2.427 std_dev=2.221
OP2 B 0, 0.247, 2.565, 4.883, 6.183 max_d=6.183 avg_d=2.565 std_dev=2.318

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.13 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.08 0.03 0.00 0.31 0.13 0.46 0.26
C2 0.02 0.00 0.08 0.04 0.01 0.04 0.02 0.24 0.01 0.01 0.00 0.01 0.13 0.07 0.01 0.05 0.38 0.40 0.62 0.26
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.02 0.03 0.07 0.15 0.09 0.01 0.05 0.15 0.00 0.01 0.02 0.01 0.32 0.27 0.68 0.37
C3' 0.02 0.04 0.00 0.00 0.05 0.01 0.07 0.02 0.07 0.03 0.03 0.08 0.01 0.01 0.05 0.03 0.11 0.51 0.31 0.24
C4 0.02 0.01 0.02 0.05 0.00 0.13 0.01 0.40 0.01 0.02 0.01 0.01 0.09 0.06 0.01 0.05 0.41 0.80 0.76 0.25
C4' 0.01 0.04 0.03 0.01 0.13 0.00 0.18 0.01 0.18 0.07 0.07 0.07 0.02 0.02 0.14 0.00 0.02 0.22 0.23 0.06
C5 0.02 0.02 0.07 0.07 0.01 0.18 0.00 0.46 0.01 0.01 0.01 0.02 0.15 0.08 0.01 0.10 0.41 0.85 0.78 0.25
C5' 0.13 0.24 0.15 0.02 0.40 0.01 0.46 0.00 0.42 0.27 0.32 0.16 0.14 0.03 0.43 0.02 0.01 0.20 0.35 0.02
C6 0.02 0.01 0.09 0.07 0.01 0.18 0.01 0.42 0.00 0.01 0.02 0.02 0.16 0.09 0.02 0.11 0.40 0.64 0.70 0.25
N1 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.07 0.01 0.27 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.07 0.02 0.01 0.38 0.38 0.61 0.26
N3 0.02 0.00 0.05 0.03 0.01 0.07 0.01 0.32 0.02 0.01 0.00 0.01 0.10 0.06 0.01 0.03 0.41 0.60 0.70 0.26
O2 0.03 0.01 0.15 0.08 0.01 0.07 0.02 0.16 0.02 0.01 0.01 0.00 0.26 0.10 0.02 0.11 0.36 0.25 0.55 0.27
O2' 0.01 0.13 0.00 0.01 0.09 0.02 0.15 0.14 0.16 0.05 0.10 0.26 0.00 0.05 0.09 0.01 0.32 0.39 0.83 0.43
O3' 0.08 0.07 0.01 0.01 0.06 0.02 0.08 0.03 0.09 0.07 0.06 0.10 0.05 0.00 0.06 0.15 0.07 0.63 0.18 0.19
O4 0.03 0.01 0.02 0.05 0.01 0.14 0.01 0.43 0.02 0.02 0.01 0.02 0.09 0.06 0.00 0.05 0.41 0.92 0.79 0.25
O4' 0.00 0.05 0.01 0.03 0.05 0.00 0.10 0.02 0.11 0.01 0.03 0.11 0.01 0.15 0.05 0.00 0.26 0.18 0.19 0.18
O5' 0.31 0.38 0.32 0.11 0.41 0.02 0.41 0.01 0.40 0.38 0.41 0.36 0.32 0.07 0.41 0.26 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.13 0.40 0.27 0.51 0.80 0.22 0.85 0.20 0.64 0.38 0.60 0.25 0.39 0.63 0.92 0.18 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.46 0.62 0.68 0.31 0.76 0.23 0.78 0.35 0.70 0.61 0.70 0.55 0.83 0.18 0.79 0.19 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.26 0.26 0.37 0.24 0.25 0.06 0.25 0.02 0.25 0.26 0.26 0.27 0.43 0.19 0.25 0.18 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.13 0.09 0.36 0.37 0.17 0.20 0.14 0.16 0.10 0.10 0.13 0.24 0.13 0.41 0.50 0.09 0.41 0.36 0.91 0.56
C2 0.15 0.13 0.36 0.34 0.16 0.18 0.15 0.15 0.11 0.12 0.11 0.23 0.22 0.39 0.45 0.09 0.40 0.39 0.89 0.58
C2' 0.24 0.19 0.46 0.44 0.15 0.28 0.15 0.22 0.14 0.19 0.14 0.20 0.27 0.54 0.57 0.17 0.40 0.34 0.88 0.54
C3' 0.15 0.11 0.37 0.38 0.15 0.22 0.13 0.18 0.10 0.12 0.12 0.21 0.14 0.44 0.53 0.11 0.38 0.30 0.87 0.51
C4 0.18 0.21 0.34 0.32 0.11 0.19 0.13 0.17 0.12 0.16 0.17 0.15 0.31 0.36 0.39 0.13 0.51 0.62 1.08 0.77
C4' 0.09 0.13 0.23 0.28 0.19 0.13 0.14 0.13 0.11 0.11 0.18 0.24 0.13 0.26 0.41 0.10 0.43 0.36 0.96 0.57
C5 0.17 0.18 0.34 0.34 0.11 0.19 0.13 0.17 0.11 0.15 0.13 0.17 0.26 0.37 0.43 0.12 0.54 0.64 1.13 0.79
C5' 0.17 0.21 0.25 0.31 0.26 0.20 0.23 0.23 0.20 0.19 0.26 0.31 0.20 0.23 0.41 0.17 0.58 0.54 1.14 0.75
C6 0.15 0.13 0.35 0.35 0.12 0.19 0.13 0.16 0.10 0.12 0.08 0.20 0.21 0.39 0.46 0.09 0.50 0.55 1.07 0.72
N1 0.14 0.11 0.36 0.35 0.15 0.19 0.13 0.15 0.10 0.11 0.09 0.22 0.18 0.40 0.47 0.08 0.44 0.44 0.96 0.63
N3 0.17 0.19 0.35 0.33 0.13 0.18 0.14 0.16 0.11 0.15 0.13 0.20 0.30 0.37 0.40 0.11 0.45 0.50 0.97 0.66
O2 0.15 0.12 0.36 0.34 0.20 0.18 0.17 0.15 0.13 0.12 0.16 0.25 0.19 0.40 0.45 0.10 0.33 0.27 0.76 0.46
O2' 0.38 0.34 0.61 0.57 0.21 0.41 0.21 0.33 0.24 0.31 0.25 0.23 0.47 0.73 0.70 0.30 0.37 0.31 0.78 0.48
O3' 0.17 0.12 0.42 0.44 0.12 0.26 0.11 0.22 0.10 0.13 0.11 0.18 0.16 0.48 0.61 0.13 0.36 0.22 0.80 0.44
O4 0.20 0.26 0.31 0.29 0.14 0.19 0.14 0.18 0.14 0.19 0.25 0.12 0.33 0.33 0.34 0.16 0.53 0.69 1.12 0.82
O4' 0.10 0.16 0.23 0.28 0.22 0.14 0.17 0.14 0.13 0.12 0.22 0.29 0.16 0.25 0.42 0.11 0.45 0.40 0.98 0.61
O5' 0.32 0.41 0.19 0.20 0.54 0.26 0.51 0.31 0.44 0.39 0.49 0.63 0.36 0.16 0.22 0.37 0.27 0.26 0.74 0.40
OP1 0.43 0.48 0.58 0.67 0.59 0.53 0.60 0.57 0.55 0.50 0.53 0.63 0.41 0.50 0.75 0.42 1.02 1.06 1.77 1.29
OP2 0.42 0.53 0.22 0.25 0.72 0.34 0.69 0.40 0.59 0.51 0.64 0.84 0.46 0.19 0.34 0.51 0.28 0.30 0.67 0.36
P 0.20 0.25 0.20 0.23 0.32 0.18 0.29 0.20 0.26 0.24 0.29 0.37 0.25 0.20 0.33 0.24 0.41 0.44 1.00 0.61

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.03 0.00 0.04 0.01 0.03 0.01 0.02 0.03 0.05 0.02 0.02 0.00 0.13 0.05 0.33 0.21
C2 0.02 0.00 0.03 0.07 0.02 0.04 0.02 0.07 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.08 0.02 0.36 0.30 0.76 0.54
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.04 0.01 0.04 0.01 0.04 0.01 0.03 0.04 0.06 0.00 0.03 0.01 0.28 0.05 0.38 0.25
C3' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.08 0.00 0.07 0.01 0.05 0.05 0.09 0.09 0.08 0.02 0.00 0.01 0.41 0.08 0.32 0.30
C4 0.03 0.02 0.04 0.08 0.00 0.07 0.01 0.11 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.06 0.08 0.04 0.61 0.72 1.18 0.92
C4' 0.00 0.04 0.01 0.00 0.07 0.00 0.07 0.01 0.06 0.04 0.05 0.07 0.05 0.05 0.01 0.00 0.02 0.20 0.09 0.05
C5 0.04 0.02 0.04 0.07 0.01 0.07 0.00 0.12 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.05 0.07 0.06 0.66 0.79 1.17 0.97
C5' 0.01 0.07 0.01 0.01 0.11 0.01 0.12 0.00 0.09 0.06 0.09 0.12 0.06 0.05 0.03 0.01 0.01 0.08 0.25 0.01
C6 0.03 0.02 0.04 0.05 0.01 0.06 0.01 0.09 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.04 0.05 0.05 0.55 0.57 0.88 0.76
N1 0.01 0.01 0.01 0.05 0.02 0.04 0.02 0.06 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.05 0.01 0.36 0.29 0.66 0.51
N3 0.02 0.01 0.03 0.09 0.01 0.05 0.02 0.09 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.06 0.09 0.02 0.49 0.51 1.00 0.73
N4 0.03 0.01 0.04 0.09 0.00 0.07 0.01 0.12 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.07 0.09 0.05 0.67 0.87 1.34 1.04
O2 0.05 0.01 0.06 0.08 0.02 0.05 0.03 0.06 0.03 0.02 0.02 0.03 0.00 0.08 0.09 0.05 0.25 0.13 0.62 0.37
O2' 0.02 0.06 0.00 0.02 0.06 0.05 0.05 0.05 0.04 0.03 0.06 0.07 0.08 0.00 0.06 0.04 0.07 0.34 0.14 0.07
O3' 0.02 0.08 0.03 0.00 0.08 0.01 0.07 0.03 0.05 0.05 0.09 0.09 0.09 0.06 0.00 0.01 0.37 0.08 0.19 0.18
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.04 0.00 0.06 0.01 0.05 0.01 0.02 0.05 0.05 0.04 0.01 0.00 0.08 0.12 0.14 0.08
O5' 0.13 0.36 0.28 0.41 0.61 0.02 0.66 0.01 0.55 0.36 0.49 0.67 0.25 0.07 0.37 0.08 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.05 0.30 0.05 0.08 0.72 0.20 0.79 0.08 0.57 0.29 0.51 0.87 0.13 0.34 0.08 0.12 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.33 0.76 0.38 0.32 1.18 0.09 1.17 0.25 0.88 0.66 1.00 1.34 0.62 0.14 0.19 0.14 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.21 0.54 0.25 0.30 0.92 0.05 0.97 0.01 0.76 0.51 0.73 1.04 0.37 0.07 0.18 0.08 0.01 0.00 0.01 0.00