ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50557

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 0, 1, 4, 1, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.015, 0.025, 0.034, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.025 std_dev=0.009
C5 A 0, 0.005, 0.016, 0.027, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.016 std_dev=0.011
N1 A 0, 0.012, 0.022, 0.033, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.022 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.014, 0.026, 0.038, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.026 std_dev=0.012
N3 A 0, 0.007, 0.020, 0.033, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.020 std_dev=0.013
C6 A 0, 0.012, 0.027, 0.043, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.027 std_dev=0.015
C1' A 0, 0.015, 0.034, 0.052, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.034 std_dev=0.018
O4 A 0, 0.043, 0.073, 0.102, 0.108 max_d=0.108 avg_d=0.073 std_dev=0.030
O2 A 0, 0.026, 0.058, 0.091, 0.130 max_d=0.130 avg_d=0.058 std_dev=0.032
O4' A 0, 0.007, 0.130, 0.253, 0.431 max_d=0.431 avg_d=0.130 std_dev=0.123
C2' A 0, 0.033, 0.160, 0.287, 0.367 max_d=0.367 avg_d=0.160 std_dev=0.127
O2' A 0, 0.083, 0.237, 0.392, 0.470 max_d=0.470 avg_d=0.237 std_dev=0.154
N1 B 0, 0.179, 0.365, 0.550, 0.654 max_d=0.654 avg_d=0.365 std_dev=0.186
C2 B 0, 0.139, 0.334, 0.529, 0.728 max_d=0.728 avg_d=0.334 std_dev=0.195
C4' A 0, 0.036, 0.235, 0.434, 0.687 max_d=0.687 avg_d=0.235 std_dev=0.199
C3' A 0, 0.044, 0.248, 0.451, 0.653 max_d=0.653 avg_d=0.248 std_dev=0.204
N3 B 0, 0.161, 0.366, 0.571, 0.777 max_d=0.777 avg_d=0.366 std_dev=0.205
C1' B 0, 0.150, 0.405, 0.660, 0.860 max_d=0.860 avg_d=0.405 std_dev=0.255
C6 B 0, 0.224, 0.500, 0.776, 0.928 max_d=0.928 avg_d=0.500 std_dev=0.276
O3' A 0, 0.096, 0.381, 0.666, 0.893 max_d=0.893 avg_d=0.381 std_dev=0.285
C4 B 0, 0.215, 0.502, 0.789, 1.102 max_d=1.102 avg_d=0.502 std_dev=0.287
O4' B 0, 0.168, 0.460, 0.752, 1.085 max_d=1.085 avg_d=0.460 std_dev=0.292
O2 B 0, 0.098, 0.398, 0.698, 0.892 max_d=0.892 avg_d=0.398 std_dev=0.300
O5' B 0, 0.275, 0.576, 0.877, 0.912 max_d=0.912 avg_d=0.576 std_dev=0.301
C2' B 0, 0.219, 0.548, 0.878, 1.099 max_d=1.099 avg_d=0.548 std_dev=0.329
C5' A 0, 0.049, 0.386, 0.724, 1.165 max_d=1.165 avg_d=0.386 std_dev=0.337
O5' A 0, 0.129, 0.468, 0.807, 1.073 max_d=1.073 avg_d=0.468 std_dev=0.339
C5 B 0, 0.261, 0.605, 0.949, 1.307 max_d=1.307 avg_d=0.605 std_dev=0.344
C4' B 0, 0.192, 0.557, 0.922, 1.327 max_d=1.327 avg_d=0.557 std_dev=0.365
C5' B 0, 0.176, 0.558, 0.940, 1.395 max_d=1.395 avg_d=0.558 std_dev=0.382
N4 B 0, 0.212, 0.595, 0.978, 1.435 max_d=1.435 avg_d=0.595 std_dev=0.383
O2' B 0, 0.266, 0.657, 1.048, 1.273 max_d=1.273 avg_d=0.657 std_dev=0.391
C3' B 0, 0.207, 0.605, 1.002, 1.345 max_d=1.345 avg_d=0.605 std_dev=0.397
P A 0, 0.077, 0.505, 0.934, 1.725 max_d=1.725 avg_d=0.505 std_dev=0.429
P B 0, 0.213, 0.657, 1.100, 1.447 max_d=1.447 avg_d=0.657 std_dev=0.444
OP1 B 0, 0.235, 0.738, 1.242, 1.916 max_d=1.916 avg_d=0.738 std_dev=0.503
O3' B 0, 0.207, 0.844, 1.481, 2.016 max_d=2.016 avg_d=0.844 std_dev=0.637
OP2 B 0, 0.241, 0.949, 1.657, 2.266 max_d=2.266 avg_d=0.949 std_dev=0.708
OP2 A 0, -0.117, 0.740, 1.596, 2.447 max_d=2.447 avg_d=0.740 std_dev=0.857
OP1 A 0, 0.140, 1.118, 2.097, 3.510 max_d=3.510 avg_d=1.118 std_dev=0.978

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.02 0.04 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.07 0.01 0.02 0.04 0.00 0.07 0.22 0.42 0.12
C2 0.03 0.00 0.11 0.11 0.02 0.05 0.02 0.08 0.02 0.01 0.01 0.01 0.10 0.14 0.03 0.02 0.13 0.48 0.59 0.22
C2' 0.00 0.11 0.00 0.01 0.05 0.02 0.03 0.01 0.05 0.02 0.09 0.19 0.01 0.02 0.06 0.01 0.10 0.13 0.29 0.08
C3' 0.02 0.11 0.01 0.00 0.08 0.01 0.11 0.01 0.11 0.05 0.11 0.18 0.02 0.01 0.09 0.02 0.19 0.20 0.23 0.11
C4 0.04 0.02 0.05 0.08 0.00 0.07 0.01 0.16 0.01 0.03 0.01 0.02 0.06 0.10 0.01 0.03 0.24 0.76 0.77 0.34
C4' 0.01 0.05 0.02 0.01 0.07 0.00 0.10 0.01 0.10 0.03 0.06 0.11 0.04 0.02 0.08 0.01 0.02 0.17 0.22 0.02
C5 0.02 0.02 0.03 0.11 0.01 0.10 0.00 0.19 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.12 0.01 0.04 0.24 0.72 0.79 0.31
C5' 0.02 0.08 0.01 0.01 0.16 0.01 0.19 0.00 0.15 0.07 0.12 0.10 0.05 0.05 0.18 0.02 0.01 0.25 0.27 0.01
C6 0.02 0.02 0.05 0.11 0.01 0.10 0.01 0.15 0.00 0.00 0.03 0.03 0.04 0.12 0.01 0.04 0.18 0.52 0.68 0.22
N1 0.01 0.01 0.02 0.05 0.03 0.03 0.02 0.07 0.00 0.00 0.02 0.03 0.02 0.05 0.03 0.01 0.11 0.40 0.57 0.19
N3 0.03 0.01 0.09 0.11 0.01 0.06 0.02 0.12 0.03 0.02 0.00 0.02 0.10 0.13 0.02 0.02 0.20 0.64 0.69 0.30
O2 0.07 0.01 0.19 0.18 0.02 0.11 0.03 0.10 0.03 0.03 0.02 0.00 0.19 0.23 0.03 0.07 0.10 0.40 0.51 0.19
O2' 0.01 0.10 0.01 0.02 0.06 0.04 0.03 0.05 0.04 0.02 0.10 0.19 0.00 0.04 0.07 0.04 0.05 0.16 0.23 0.05
O3' 0.02 0.14 0.02 0.01 0.10 0.02 0.12 0.05 0.12 0.05 0.13 0.23 0.04 0.00 0.11 0.02 0.25 0.41 0.30 0.20
O4 0.04 0.03 0.06 0.09 0.01 0.08 0.01 0.18 0.01 0.03 0.02 0.03 0.07 0.11 0.00 0.03 0.27 0.85 0.80 0.37
O4' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.04 0.02 0.04 0.01 0.02 0.07 0.04 0.02 0.03 0.00 0.19 0.25 0.36 0.15
O5' 0.07 0.13 0.10 0.19 0.24 0.02 0.24 0.01 0.18 0.11 0.20 0.10 0.05 0.25 0.27 0.19 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.22 0.48 0.13 0.20 0.76 0.17 0.72 0.25 0.52 0.40 0.64 0.40 0.16 0.41 0.85 0.25 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.42 0.59 0.29 0.23 0.77 0.22 0.79 0.27 0.68 0.57 0.69 0.51 0.23 0.30 0.80 0.36 0.01 0.02 0.00 0.01
P 0.12 0.22 0.08 0.11 0.34 0.02 0.31 0.01 0.22 0.19 0.30 0.19 0.05 0.20 0.37 0.15 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.19 0.11 0.27 0.30 0.20 0.21 0.17 0.20 0.11 0.11 0.15 0.29 0.17 0.29 0.35 0.16 0.24 0.24 0.35 0.30
C2 0.19 0.12 0.26 0.29 0.17 0.20 0.14 0.20 0.09 0.12 0.12 0.27 0.22 0.29 0.34 0.16 0.24 0.25 0.36 0.30
C2' 0.26 0.21 0.30 0.31 0.28 0.27 0.25 0.25 0.21 0.21 0.25 0.33 0.22 0.33 0.32 0.25 0.27 0.28 0.38 0.33
C3' 0.32 0.23 0.32 0.31 0.21 0.32 0.21 0.29 0.22 0.24 0.21 0.24 0.27 0.38 0.32 0.32 0.27 0.28 0.37 0.32
C4 0.17 0.16 0.21 0.25 0.15 0.14 0.15 0.14 0.12 0.13 0.11 0.23 0.24 0.24 0.31 0.14 0.22 0.32 0.44 0.33
C4' 0.23 0.16 0.26 0.27 0.18 0.23 0.17 0.21 0.15 0.17 0.16 0.23 0.20 0.29 0.30 0.23 0.23 0.24 0.36 0.30
C5 0.16 0.14 0.22 0.26 0.14 0.14 0.15 0.14 0.11 0.12 0.10 0.23 0.23 0.25 0.33 0.14 0.22 0.31 0.43 0.33
C5' 0.29 0.21 0.29 0.30 0.16 0.27 0.17 0.25 0.20 0.22 0.17 0.18 0.26 0.33 0.32 0.29 0.25 0.26 0.39 0.32
C6 0.18 0.12 0.25 0.28 0.14 0.17 0.13 0.16 0.09 0.11 0.08 0.24 0.22 0.28 0.34 0.14 0.22 0.28 0.40 0.31
N1 0.19 0.11 0.26 0.29 0.17 0.19 0.14 0.19 0.09 0.11 0.11 0.27 0.21 0.29 0.35 0.15 0.23 0.25 0.37 0.30
N3 0.17 0.13 0.23 0.26 0.16 0.16 0.14 0.16 0.09 0.12 0.10 0.25 0.24 0.26 0.32 0.13 0.23 0.28 0.40 0.32
O2 0.24 0.15 0.30 0.33 0.19 0.26 0.15 0.26 0.13 0.16 0.16 0.26 0.23 0.33 0.37 0.22 0.28 0.23 0.34 0.31
O2' 0.28 0.25 0.33 0.34 0.33 0.29 0.30 0.29 0.25 0.24 0.31 0.38 0.24 0.31 0.34 0.27 0.31 0.32 0.40 0.36
O3' 0.39 0.30 0.40 0.39 0.26 0.42 0.26 0.39 0.28 0.31 0.27 0.26 0.34 0.47 0.39 0.41 0.34 0.36 0.41 0.38
O4 0.18 0.18 0.19 0.23 0.16 0.14 0.18 0.14 0.16 0.16 0.15 0.21 0.23 0.22 0.30 0.18 0.23 0.35 0.47 0.35
O4' 0.18 0.10 0.27 0.30 0.17 0.20 0.15 0.19 0.09 0.11 0.12 0.26 0.17 0.29 0.36 0.15 0.24 0.25 0.36 0.30
O5' 0.36 0.29 0.35 0.34 0.17 0.33 0.19 0.31 0.24 0.30 0.21 0.15 0.36 0.39 0.36 0.36 0.27 0.26 0.40 0.35
OP1 0.80 0.77 0.72 0.72 0.80 0.79 0.82 0.80 0.82 0.79 0.77 0.83 0.74 0.72 0.69 0.83 0.75 0.74 0.80 0.80
OP2 0.69 0.71 0.81 0.88 0.73 0.71 0.72 0.75 0.70 0.70 0.72 0.74 0.71 0.70 0.94 0.63 0.86 0.95 1.15 1.01
P 0.47 0.43 0.45 0.45 0.35 0.44 0.36 0.43 0.40 0.43 0.38 0.33 0.47 0.48 0.47 0.47 0.40 0.41 0.55 0.48

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.03 0.04 0.01 0.02 0.01 0.05 0.12 0.12 0.08
C2 0.02 0.00 0.08 0.14 0.02 0.06 0.03 0.09 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.04 0.15 0.03 0.15 0.16 0.25 0.21
C2' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.06 0.01 0.04 0.01 0.04 0.03 0.08 0.07 0.11 0.01 0.02 0.01 0.05 0.21 0.14 0.07
C3' 0.01 0.14 0.00 0.00 0.16 0.01 0.14 0.01 0.10 0.10 0.17 0.18 0.14 0.01 0.01 0.02 0.09 0.25 0.15 0.11
C4 0.02 0.02 0.06 0.16 0.00 0.10 0.00 0.16 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.03 0.20 0.04 0.23 0.29 0.40 0.33
C4' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.10 0.00 0.11 0.01 0.09 0.05 0.07 0.11 0.05 0.05 0.02 0.01 0.02 0.14 0.07 0.04
C5 0.03 0.03 0.04 0.14 0.00 0.11 0.00 0.18 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.17 0.06 0.23 0.30 0.38 0.33
C5' 0.01 0.09 0.01 0.01 0.16 0.01 0.18 0.00 0.14 0.08 0.12 0.19 0.06 0.05 0.02 0.02 0.01 0.09 0.03 0.02
C6 0.03 0.01 0.04 0.10 0.01 0.09 0.00 0.14 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.12 0.07 0.17 0.20 0.26 0.24
N1 0.01 0.01 0.03 0.10 0.01 0.05 0.01 0.08 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.09 0.02 0.12 0.14 0.20 0.17
N3 0.02 0.01 0.08 0.17 0.01 0.07 0.01 0.12 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.04 0.19 0.03 0.19 0.22 0.34 0.27
N4 0.03 0.03 0.07 0.18 0.01 0.11 0.02 0.19 0.01 0.02 0.02 0.00 0.04 0.03 0.23 0.04 0.26 0.36 0.47 0.38
O2 0.04 0.01 0.11 0.14 0.03 0.05 0.03 0.06 0.02 0.02 0.02 0.04 0.00 0.06 0.14 0.05 0.12 0.14 0.23 0.17
O2' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.03 0.05 0.02 0.05 0.03 0.02 0.04 0.03 0.06 0.00 0.06 0.06 0.03 0.22 0.11 0.06
O3' 0.02 0.15 0.02 0.01 0.20 0.02 0.17 0.02 0.12 0.09 0.19 0.23 0.14 0.06 0.00 0.03 0.12 0.33 0.19 0.16
O4' 0.01 0.03 0.01 0.02 0.04 0.01 0.06 0.02 0.07 0.02 0.03 0.04 0.05 0.06 0.03 0.00 0.11 0.11 0.14 0.10
O5' 0.05 0.15 0.05 0.09 0.23 0.02 0.23 0.01 0.17 0.12 0.19 0.26 0.12 0.03 0.12 0.11 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.12 0.16 0.21 0.25 0.29 0.14 0.30 0.09 0.20 0.14 0.22 0.36 0.14 0.22 0.33 0.11 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.12 0.25 0.14 0.15 0.40 0.07 0.38 0.03 0.26 0.20 0.34 0.47 0.23 0.11 0.19 0.14 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.08 0.21 0.07 0.11 0.33 0.04 0.33 0.02 0.24 0.17 0.27 0.38 0.17 0.06 0.16 0.10 0.01 0.01 0.01 0.00