Doublet Group distance statistics: 50558

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 1, 2, 2, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
C6	A	0, 0.007, 0.017, 0.026, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.017 std_dev=0.009
C5	A	0, 0.004, 0.013, 0.023, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.013 std_dev=0.009
N1	A	0, 0.006, 0.018, 0.030, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.018 std_dev=0.012
C4	A	0, 0.005, 0.018, 0.030, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.018 std_dev=0.013
N3	A	0, 0.010, 0.024, 0.038, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.024 std_dev=0.014
C2	A	0, 0.004, 0.022, 0.041, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.022 std_dev=0.018
C1'	A	0, 0.001, 0.020, 0.039, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.020 std_dev=0.019
O4	A	0, 0.028, 0.055, 0.082, 0.103 max_d=0.103 avg_d=0.055 std_dev=0.027
O2	A	0, 0.024, 0.070, 0.117, 0.177 max_d=0.177 avg_d=0.070 std_dev=0.046
O4'	A	0, 0.067, 0.167, 0.268, 0.282 max_d=0.282 avg_d=0.167 std_dev=0.101
C2'	A	0, 0.071, 0.198, 0.324, 0.386 max_d=0.386 avg_d=0.198 std_dev=0.127
C4'	A	0, 0.102, 0.252, 0.403, 0.463 max_d=0.463 avg_d=0.252 std_dev=0.151
O2'	A	0, 0.112, 0.277, 0.441, 0.513 max_d=0.513 avg_d=0.277 std_dev=0.165
C3'	A	0, 0.136, 0.319, 0.502, 0.544 max_d=0.544 avg_d=0.319 std_dev=0.183
O2	B	0, 0.213, 0.410, 0.607, 0.582 max_d=0.582 avg_d=0.410 std_dev=0.197
C2	B	0, 0.183, 0.387, 0.591, 0.583 max_d=0.583 avg_d=0.387 std_dev=0.204
N3	B	0, 0.167, 0.373, 0.579, 0.590 max_d=0.590 avg_d=0.373 std_dev=0.206
C4	B	0, 0.172, 0.380, 0.589, 0.610 max_d=0.610 avg_d=0.380 std_dev=0.209
OP2	A	0, 0.242, 0.455, 0.667, 0.652 max_d=0.652 avg_d=0.455 std_dev=0.212
N4	B	0, 0.181, 0.399, 0.617, 0.619 max_d=0.619 avg_d=0.399 std_dev=0.218
C5	B	0, 0.214, 0.446, 0.679, 0.688 max_d=0.688 avg_d=0.446 std_dev=0.233
N1	B	0, 0.211, 0.446, 0.681, 0.678 max_d=0.678 avg_d=0.446 std_dev=0.235
C6	B	0, 0.226, 0.473, 0.720, 0.773 max_d=0.773 avg_d=0.473 std_dev=0.247
C1'	B	0, 0.230, 0.481, 0.732, 0.736 max_d=0.736 avg_d=0.481 std_dev=0.251
C2'	B	0, 0.233, 0.495, 0.757, 0.796 max_d=0.796 avg_d=0.495 std_dev=0.262
C5'	A	0, 0.171, 0.439, 0.706, 0.785 max_d=0.785 avg_d=0.439 std_dev=0.268
O5'	A	0, 0.205, 0.476, 0.747, 0.767 max_d=0.767 avg_d=0.476 std_dev=0.271
O3'	A	0, 0.202, 0.478, 0.754, 0.812 max_d=0.812 avg_d=0.478 std_dev=0.276
P	A	0, 0.286, 0.564, 0.842, 0.805 max_d=0.805 avg_d=0.564 std_dev=0.278
O4'	B	0, 0.256, 0.543, 0.830, 0.793 max_d=0.793 avg_d=0.543 std_dev=0.287
O2'	B	0, 0.191, 0.482, 0.772, 0.879 max_d=0.879 avg_d=0.482 std_dev=0.291
C3'	B	0, 0.299, 0.609, 0.920, 0.875 max_d=0.875 avg_d=0.609 std_dev=0.311
OP1	A	0, 0.373, 0.697, 1.021, 0.948 max_d=0.948 avg_d=0.697 std_dev=0.324
C4'	B	0, 0.309, 0.640, 0.971, 0.896 max_d=0.896 avg_d=0.640 std_dev=0.331
O5'	B	0, 0.278, 0.619, 0.960, 1.013 max_d=1.013 avg_d=0.619 std_dev=0.341
C5'	B	0, 0.333, 0.693, 1.053, 1.016 max_d=1.016 avg_d=0.693 std_dev=0.360
O3'	B	0, 0.359, 0.733, 1.107, 1.120 max_d=1.120 avg_d=0.733 std_dev=0.374
P	B	0, 0.262, 0.662, 1.062, 1.138 max_d=1.138 avg_d=0.662 std_dev=0.400
OP2	B	0, 0.200, 0.645, 1.090, 1.158 max_d=1.158 avg_d=0.645 std_dev=0.445
OP1	B	0, 0.309, 0.771, 1.234, 1.284 max_d=1.284 avg_d=0.771 std_dev=0.462

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	O2	O2'	O3'	O4	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.04	0.01	0.01	0.03	0.01	0.01	0.03	0.01	0.01	0.04	0.09	0.02	0.02	0.04	0.01	0.08	0.15	0.12	0.08
C2	0.04	0.00	0.07	0.08	0.02	0.06	0.02	0.08	0.02	0.02	0.01	0.01	0.05	0.09	0.03	0.04	0.14	0.18	0.18	0.14
C2'	0.01	0.07	0.00	0.01	0.04	0.01	0.04	0.02	0.05	0.02	0.06	0.13	0.01	0.02	0.05	0.01	0.06	0.20	0.16	0.10
C3'	0.01	0.08	0.01	0.00	0.08	0.01	0.09	0.01	0.09	0.05	0.08	0.13	0.01	0.01	0.08	0.01	0.06	0.22	0.17	0.11
C4	0.03	0.02	0.04	0.08	0.00	0.05	0.01	0.09	0.02	0.02	0.01	0.02	0.04	0.09	0.01	0.02	0.16	0.19	0.19	0.16
C4'	0.01	0.06	0.01	0.01	0.05	0.00	0.05	0.01	0.05	0.04	0.05	0.10	0.03	0.01	0.05	0.01	0.01	0.13	0.05	0.03
C5	0.01	0.02	0.04	0.09	0.01	0.05	0.00	0.10	0.01	0.02	0.02	0.03	0.03	0.10	0.02	0.03	0.17	0.19	0.18	0.16
C5'	0.03	0.08	0.02	0.01	0.09	0.01	0.10	0.00	0.09	0.07	0.08	0.11	0.04	0.03	0.10	0.02	0.01	0.10	0.02	0.02
C6	0.01	0.02	0.05	0.09	0.02	0.05	0.01	0.09	0.00	0.01	0.03	0.04	0.04	0.10	0.02	0.03	0.16	0.18	0.16	0.14
N1	0.01	0.02	0.02	0.05	0.02	0.04	0.02	0.07	0.01	0.00	0.02	0.04	0.02	0.05	0.03	0.02	0.13	0.17	0.16	0.13
N3	0.04	0.01	0.06	0.08	0.01	0.05	0.02	0.08	0.03	0.02	0.00	0.01	0.05	0.09	0.02	0.03	0.15	0.19	0.19	0.15
O2	0.09	0.01	0.13	0.13	0.02	0.10	0.03	0.11	0.04	0.04	0.01	0.00	0.11	0.14	0.03	0.09	0.15	0.20	0.19	0.16
O2'	0.02	0.05	0.01	0.01	0.04	0.03	0.03	0.04	0.04	0.02	0.05	0.11	0.00	0.03	0.05	0.04	0.05	0.19	0.14	0.08
O3'	0.02	0.09	0.02	0.01	0.09	0.01	0.10	0.03	0.10	0.05	0.09	0.14	0.03	0.00	0.10	0.01	0.09	0.25	0.19	0.11
O4	0.04	0.03	0.05	0.08	0.01	0.05	0.02	0.10	0.02	0.03	0.02	0.03	0.05	0.10	0.00	0.03	0.17	0.20	0.20	0.18
O4'	0.01	0.04	0.01	0.01	0.02	0.01	0.03	0.02	0.03	0.02	0.03	0.09	0.04	0.01	0.03	0.00	0.08	0.10	0.10	0.08
O5'	0.08	0.14	0.06	0.06	0.16	0.01	0.17	0.01	0.16	0.13	0.15	0.15	0.05	0.09	0.17	0.08	0.00	0.03	0.02	0.01
OP1	0.15	0.18	0.20	0.22	0.19	0.13	0.19	0.10	0.18	0.17	0.19	0.20	0.19	0.25	0.20	0.10	0.03	0.00	0.02	0.02
OP2	0.12	0.18	0.16	0.17	0.19	0.05	0.18	0.02	0.16	0.16	0.19	0.19	0.14	0.19	0.20	0.10	0.02	0.02	0.00	0.02
P	0.08	0.14	0.10	0.11	0.16	0.03	0.16	0.02	0.14	0.13	0.15	0.16	0.08	0.11	0.18	0.08	0.01	0.02	0.02	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	N4	O2	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.14	0.11	0.11	0.10	0.14	0.13	0.13	0.12	0.13	0.13	0.13	0.19	0.13	0.12	0.10	0.15	0.10	0.13	0.11	0.10
C2	0.13	0.13	0.08	0.09	0.15	0.10	0.13	0.10	0.14	0.14	0.14	0.19	0.13	0.06	0.08	0.13	0.09	0.10	0.07	0.08
C2'	0.13	0.09	0.10	0.10	0.13	0.12	0.11	0.12	0.11	0.11	0.12	0.20	0.10	0.10	0.10	0.14	0.10	0.13	0.11	0.10
C3'	0.13	0.09	0.10	0.09	0.14	0.12	0.12	0.12	0.11	0.11	0.12	0.22	0.11	0.11	0.10	0.14	0.09	0.13	0.11	0.10
C4	0.09	0.07	0.10	0.10	0.11	0.09	0.09	0.09	0.07	0.08	0.07	0.18	0.11	0.09	0.12	0.09	0.07	0.06	0.07	0.06
C4'	0.13	0.09	0.10	0.10	0.13	0.12	0.11	0.11	0.11	0.11	0.11	0.19	0.11	0.12	0.11	0.13	0.09	0.12	0.09	0.09
C5	0.08	0.07	0.09	0.10	0.10	0.08	0.08	0.08	0.06	0.07	0.06	0.18	0.10	0.08	0.12	0.08	0.08	0.07	0.09	0.07
C5'	0.14	0.12	0.13	0.14	0.16	0.14	0.15	0.13	0.14	0.13	0.13	0.22	0.13	0.16	0.15	0.14	0.12	0.15	0.12	0.11
C6	0.09	0.07	0.08	0.09	0.10	0.08	0.09	0.08	0.08	0.08	0.08	0.17	0.10	0.06	0.10	0.09	0.06	0.07	0.07	0.06
N1	0.11	0.10	0.08	0.09	0.13	0.10	0.11	0.09	0.11	0.11	0.11	0.18	0.11	0.07	0.08	0.12	0.07	0.09	0.07	0.07
N3	0.10	0.10	0.07	0.08	0.15	0.08	0.12	0.08	0.11	0.11	0.13	0.20	0.11	0.07	0.08	0.10	0.07	0.07	0.06	0.06
O2	0.18	0.17	0.13	0.13	0.17	0.14	0.17	0.14	0.18	0.19	0.17	0.19	0.17	0.10	0.10	0.18	0.13	0.13	0.09	0.12
O2'	0.14	0.12	0.11	0.11	0.15	0.13	0.13	0.13	0.13	0.13	0.14	0.21	0.12	0.10	0.11	0.16	0.11	0.15	0.12	0.11
O3'	0.14	0.10	0.11	0.11	0.15	0.14	0.13	0.13	0.11	0.11	0.12	0.23	0.11	0.11	0.11	0.15	0.11	0.14	0.13	0.11
O4	0.12	0.11	0.15	0.14	0.10	0.12	0.08	0.11	0.07	0.10	0.07	0.18	0.16	0.15	0.15	0.11	0.10	0.09	0.09	0.09
O4'	0.14	0.11	0.12	0.12	0.12	0.13	0.11	0.12	0.12	0.13	0.11	0.17	0.12	0.15	0.13	0.14	0.10	0.13	0.09	0.09
O5'	0.19	0.17	0.18	0.19	0.21	0.19	0.21	0.18	0.20	0.18	0.18	0.26	0.18	0.20	0.20	0.18	0.17	0.20	0.16	0.17
OP1	0.19	0.17	0.19	0.18	0.22	0.19	0.21	0.17	0.19	0.18	0.18	0.28	0.19	0.22	0.20	0.19	0.15	0.19	0.16	0.16
OP2	0.16	0.15	0.18	0.17	0.22	0.16	0.21	0.14	0.18	0.15	0.17	0.29	0.15	0.21	0.19	0.15	0.14	0.18	0.18	0.15
P	0.15	0.14	0.15	0.15	0.20	0.15	0.20	0.14	0.17	0.14	0.16	0.27	0.14	0.19	0.16	0.15	0.13	0.17	0.15	0.14

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	N4	O2	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.03	0.01	0.01	0.02	0.01	0.04	0.02	0.04	0.01	0.02	0.03	0.05	0.01	0.02	0.01	0.07	0.09	0.13	0.08
C2	0.03	0.00	0.07	0.05	0.02	0.03	0.03	0.03	0.03	0.01	0.01	0.03	0.01	0.10	0.06	0.02	0.05	0.07	0.11	0.06
C2'	0.01	0.07	0.00	0.01	0.03	0.02	0.05	0.02	0.06	0.02	0.06	0.03	0.11	0.01	0.02	0.02	0.05	0.11	0.15	0.08
C3'	0.01	0.05	0.01	0.00	0.07	0.01	0.11	0.03	0.11	0.04	0.05	0.08	0.09	0.03	0.01	0.02	0.05	0.12	0.13	0.08
C4	0.02	0.02	0.03	0.07	0.00	0.09	0.01	0.12	0.02	0.02	0.01	0.01	0.04	0.05	0.07	0.06	0.12	0.10	0.11	0.11
C4'	0.01	0.03	0.02	0.01	0.09	0.00	0.13	0.01	0.11	0.03	0.04	0.10	0.06	0.04	0.03	0.01	0.03	0.07	0.08	0.04
C5	0.04	0.03	0.05	0.11	0.01	0.13	0.00	0.15	0.01	0.02	0.02	0.02	0.04	0.03	0.12	0.08	0.14	0.11	0.11	0.12
C5'	0.02	0.03	0.02	0.03	0.12	0.01	0.15	0.00	0.12	0.03	0.06	0.15	0.06	0.04	0.04	0.02	0.01	0.06	0.05	0.02
C6	0.04	0.03	0.06	0.11	0.02	0.11	0.01	0.12	0.00	0.01	0.02	0.02	0.04	0.05	0.11	0.07	0.09	0.06	0.11	0.07
N1	0.01	0.01	0.02	0.04	0.02	0.03	0.02	0.03	0.01	0.00	0.02	0.02	0.03	0.02	0.04	0.02	0.05	0.07	0.13	0.07
N3	0.02	0.01	0.06	0.05	0.01	0.04	0.02	0.06	0.02	0.02	0.00	0.03	0.03	0.10	0.06	0.03	0.06	0.05	0.09	0.06
N4	0.03	0.03	0.03	0.08	0.01	0.10	0.02	0.15	0.02	0.02	0.03	0.00	0.05	0.05	0.09	0.07	0.16	0.16	0.18	0.17
O2	0.05	0.01	0.11	0.09	0.04	0.06	0.04	0.06	0.04	0.03	0.03	0.05	0.00	0.16	0.12	0.05	0.08	0.11	0.13	0.09
O2'	0.01	0.10	0.01	0.03	0.05	0.04	0.03	0.04	0.05	0.02	0.10	0.05	0.16	0.00	0.04	0.04	0.04	0.09	0.13	0.06
O3'	0.02	0.06	0.02	0.01	0.07	0.03	0.12	0.04	0.11	0.04	0.06	0.09	0.12	0.04	0.00	0.02	0.06	0.13	0.14	0.09
O4'	0.01	0.02	0.02	0.02	0.06	0.01	0.08	0.02	0.07	0.02	0.03	0.07	0.05	0.04	0.02	0.00	0.08	0.09	0.11	0.08
O5'	0.07	0.05	0.05	0.05	0.12	0.03	0.14	0.01	0.09	0.05	0.06	0.16	0.08	0.04	0.06	0.08	0.00	0.04	0.03	0.02
OP1	0.09	0.07	0.11	0.12	0.10	0.07	0.11	0.06	0.06	0.07	0.05	0.16	0.11	0.09	0.13	0.09	0.04	0.00	0.03	0.01
OP2	0.13	0.11	0.15	0.13	0.11	0.08	0.11	0.05	0.11	0.13	0.09	0.18	0.13	0.13	0.14	0.11	0.03	0.03	0.00	0.02
P	0.08	0.06	0.08	0.08	0.11	0.04	0.12	0.02	0.07	0.07	0.06	0.17	0.09	0.06	0.09	0.08	0.02	0.01	0.02	0.00