ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50560

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 1, 1, 2, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.004, 0.011, 0.018, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.011 std_dev=0.007
N3 A 0, 0.002, 0.020, 0.037, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.020 std_dev=0.017
C2 A 0, 0.007, 0.027, 0.047, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.027 std_dev=0.020
C4 A 0, 0.006, 0.027, 0.048, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.027 std_dev=0.021
N1 A 0, 0.008, 0.029, 0.051, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.029 std_dev=0.022
C6 A 0, 0.006, 0.029, 0.051, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.029 std_dev=0.022
C1' A 0, 0.004, 0.030, 0.055, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.030 std_dev=0.025
O2 A 0, 0.019, 0.066, 0.113, 0.144 max_d=0.144 avg_d=0.066 std_dev=0.047
O4 A 0, -0.043, 0.083, 0.208, 0.432 max_d=0.432 avg_d=0.083 std_dev=0.125
N3 B 0, 0.107, 0.278, 0.449, 0.553 max_d=0.553 avg_d=0.278 std_dev=0.171
C4 B 0, 0.141, 0.316, 0.490, 0.533 max_d=0.533 avg_d=0.316 std_dev=0.175
N4 B 0, 0.176, 0.356, 0.537, 0.497 max_d=0.497 avg_d=0.356 std_dev=0.181
C5 B 0, 0.157, 0.346, 0.535, 0.541 max_d=0.541 avg_d=0.346 std_dev=0.189
C2 B 0, 0.110, 0.300, 0.490, 0.606 max_d=0.606 avg_d=0.300 std_dev=0.190
O2 B 0, 0.120, 0.319, 0.518, 0.616 max_d=0.616 avg_d=0.319 std_dev=0.199
O5' A 0, 0.170, 0.384, 0.598, 0.623 max_d=0.623 avg_d=0.384 std_dev=0.214
C6 B 0, 0.131, 0.346, 0.562, 0.618 max_d=0.618 avg_d=0.346 std_dev=0.216
N1 B 0, 0.133, 0.349, 0.564, 0.623 max_d=0.623 avg_d=0.349 std_dev=0.216
O2' A 0, 0.036, 0.277, 0.518, 0.713 max_d=0.713 avg_d=0.277 std_dev=0.241
P A 0, 0.180, 0.427, 0.673, 0.764 max_d=0.764 avg_d=0.427 std_dev=0.247
C2' A 0, -0.017, 0.254, 0.524, 0.717 max_d=0.717 avg_d=0.254 std_dev=0.271
O4' A 0, -0.040, 0.236, 0.511, 0.684 max_d=0.684 avg_d=0.236 std_dev=0.275
C1' B 0, 0.188, 0.477, 0.767, 0.860 max_d=0.860 avg_d=0.477 std_dev=0.289
C2' B 0, 0.211, 0.556, 0.901, 1.039 max_d=1.039 avg_d=0.556 std_dev=0.345
OP2 B 0, 0.176, 0.530, 0.884, 1.122 max_d=1.122 avg_d=0.530 std_dev=0.354
P B 0, 0.187, 0.546, 0.904, 1.053 max_d=1.053 avg_d=0.546 std_dev=0.358
O4' B 0, 0.176, 0.555, 0.935, 1.066 max_d=1.066 avg_d=0.555 std_dev=0.380
O2' B 0, 0.267, 0.673, 1.079, 1.278 max_d=1.278 avg_d=0.673 std_dev=0.406
C4' A 0, 0.004, 0.418, 0.833, 1.101 max_d=1.101 avg_d=0.418 std_dev=0.414
C3' A 0, -0.019, 0.415, 0.849, 1.143 max_d=1.143 avg_d=0.415 std_dev=0.434
O5' B 0, 0.148, 0.591, 1.033, 1.360 max_d=1.360 avg_d=0.591 std_dev=0.442
C3' B 0, 0.188, 0.658, 1.128, 1.346 max_d=1.346 avg_d=0.658 std_dev=0.470
C4' B 0, 0.168, 0.673, 1.178, 1.379 max_d=1.379 avg_d=0.673 std_dev=0.505
OP1 B 0, 0.153, 0.700, 1.248, 1.478 max_d=1.478 avg_d=0.700 std_dev=0.548
C5' B 0, 0.118, 0.683, 1.248, 1.569 max_d=1.569 avg_d=0.683 std_dev=0.565
C5' A 0, 0.066, 0.633, 1.201, 1.623 max_d=1.623 avg_d=0.633 std_dev=0.567
O3' B 0, 0.149, 0.810, 1.471, 1.932 max_d=1.932 avg_d=0.810 std_dev=0.661
O3' A 0, -0.027, 0.655, 1.337, 1.753 max_d=1.753 avg_d=0.655 std_dev=0.682
OP1 A 0, 0.131, 1.190, 2.248, 2.876 max_d=2.876 avg_d=1.190 std_dev=1.058
OP2 A 0, 0.104, 1.174, 2.243, 2.726 max_d=2.726 avg_d=1.174 std_dev=1.069

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.07 0.02 0.02 0.04 0.01 0.04 0.25 0.25 0.05
C2 0.04 0.00 0.18 0.21 0.02 0.09 0.02 0.07 0.02 0.01 0.01 0.01 0.13 0.25 0.02 0.03 0.09 0.67 0.55 0.10
C2' 0.01 0.18 0.00 0.01 0.10 0.01 0.03 0.03 0.06 0.03 0.16 0.28 0.01 0.02 0.12 0.01 0.15 0.16 0.41 0.13
C3' 0.01 0.21 0.01 0.00 0.15 0.01 0.07 0.03 0.07 0.07 0.21 0.29 0.02 0.01 0.19 0.01 0.22 0.37 0.37 0.18
C4 0.03 0.02 0.10 0.15 0.00 0.07 0.01 0.11 0.02 0.03 0.01 0.02 0.08 0.19 0.01 0.03 0.17 1.04 0.80 0.14
C4' 0.01 0.09 0.01 0.01 0.07 0.00 0.08 0.01 0.08 0.04 0.09 0.15 0.03 0.03 0.09 0.01 0.03 0.26 0.09 0.03
C5 0.01 0.02 0.03 0.07 0.01 0.08 0.00 0.15 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.09 0.02 0.02 0.18 1.00 0.76 0.12
C5' 0.02 0.07 0.03 0.03 0.11 0.01 0.15 0.00 0.13 0.06 0.09 0.11 0.02 0.03 0.13 0.02 0.01 0.37 0.27 0.02
C6 0.01 0.02 0.06 0.07 0.02 0.08 0.01 0.13 0.00 0.01 0.03 0.03 0.04 0.07 0.02 0.02 0.14 0.75 0.57 0.07
N1 0.01 0.01 0.03 0.07 0.03 0.04 0.02 0.06 0.01 0.00 0.02 0.03 0.03 0.07 0.03 0.01 0.08 0.57 0.46 0.07
N3 0.04 0.01 0.16 0.21 0.01 0.09 0.02 0.09 0.03 0.02 0.00 0.02 0.13 0.27 0.02 0.03 0.13 0.87 0.71 0.12
O2 0.07 0.01 0.28 0.29 0.02 0.15 0.03 0.11 0.03 0.03 0.02 0.00 0.22 0.35 0.03 0.05 0.08 0.56 0.48 0.11
O2' 0.02 0.13 0.01 0.02 0.08 0.03 0.03 0.02 0.04 0.03 0.13 0.22 0.00 0.07 0.10 0.03 0.09 0.27 0.23 0.10
O3' 0.02 0.25 0.02 0.01 0.19 0.03 0.09 0.03 0.07 0.07 0.27 0.35 0.07 0.00 0.25 0.03 0.26 0.70 0.33 0.25
O4 0.04 0.02 0.12 0.19 0.01 0.09 0.02 0.13 0.02 0.03 0.02 0.03 0.10 0.25 0.00 0.02 0.20 1.17 0.87 0.19
O4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.05 0.03 0.03 0.02 0.00 0.15 0.23 0.15 0.14
O5' 0.04 0.09 0.15 0.22 0.17 0.03 0.18 0.01 0.14 0.08 0.13 0.08 0.09 0.26 0.20 0.15 0.00 0.02 0.03 0.01
OP1 0.25 0.67 0.16 0.37 1.04 0.26 1.00 0.37 0.75 0.57 0.87 0.56 0.27 0.70 1.17 0.23 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.25 0.55 0.41 0.37 0.80 0.09 0.76 0.27 0.57 0.46 0.71 0.48 0.23 0.33 0.87 0.15 0.03 0.02 0.00 0.01
P 0.05 0.10 0.13 0.18 0.14 0.03 0.12 0.02 0.07 0.07 0.12 0.11 0.10 0.25 0.19 0.14 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.12 0.10 0.15 0.20 0.09 0.13 0.10 0.14 0.10 0.11 0.09 0.09 0.10 0.12 0.24 0.12 0.20 0.16 0.26 0.23
C2 0.12 0.11 0.15 0.21 0.10 0.13 0.10 0.16 0.11 0.11 0.10 0.09 0.10 0.09 0.24 0.12 0.22 0.19 0.28 0.25
C2' 0.29 0.28 0.25 0.22 0.26 0.29 0.27 0.27 0.28 0.28 0.27 0.23 0.28 0.35 0.21 0.32 0.19 0.23 0.19 0.18
C3' 0.41 0.38 0.33 0.29 0.34 0.42 0.36 0.39 0.38 0.39 0.35 0.30 0.38 0.46 0.27 0.47 0.27 0.29 0.19 0.21
C4 0.09 0.07 0.08 0.15 0.10 0.09 0.10 0.12 0.09 0.08 0.08 0.11 0.06 0.06 0.19 0.11 0.19 0.22 0.32 0.27
C4' 0.21 0.18 0.14 0.13 0.15 0.19 0.16 0.17 0.18 0.19 0.16 0.13 0.19 0.24 0.15 0.26 0.11 0.11 0.21 0.14
C5 0.09 0.07 0.10 0.17 0.09 0.09 0.10 0.12 0.09 0.08 0.08 0.11 0.06 0.06 0.21 0.11 0.19 0.23 0.33 0.27
C5' 0.21 0.16 0.12 0.12 0.13 0.19 0.14 0.16 0.16 0.17 0.13 0.13 0.17 0.23 0.15 0.26 0.10 0.12 0.27 0.16
C6 0.10 0.08 0.13 0.20 0.09 0.11 0.09 0.14 0.09 0.09 0.08 0.10 0.08 0.09 0.23 0.11 0.21 0.22 0.32 0.27
N1 0.12 0.10 0.15 0.21 0.09 0.13 0.09 0.15 0.10 0.10 0.09 0.09 0.10 0.10 0.24 0.12 0.21 0.19 0.29 0.25
N3 0.09 0.09 0.10 0.17 0.10 0.11 0.10 0.13 0.10 0.09 0.09 0.10 0.07 0.06 0.20 0.11 0.20 0.19 0.29 0.25
O2 0.16 0.15 0.20 0.25 0.12 0.18 0.13 0.20 0.15 0.15 0.14 0.11 0.15 0.13 0.27 0.15 0.26 0.20 0.29 0.27
O2' 0.26 0.24 0.25 0.25 0.22 0.26 0.23 0.25 0.25 0.25 0.22 0.19 0.25 0.32 0.25 0.27 0.22 0.25 0.24 0.22
O3' 0.59 0.52 0.50 0.47 0.45 0.62 0.49 0.59 0.53 0.54 0.47 0.39 0.54 0.64 0.46 0.65 0.45 0.48 0.31 0.38
O4 0.09 0.07 0.06 0.13 0.11 0.09 0.11 0.11 0.10 0.08 0.08 0.13 0.06 0.07 0.17 0.13 0.18 0.25 0.35 0.28
O4' 0.11 0.10 0.18 0.25 0.09 0.13 0.09 0.16 0.10 0.10 0.09 0.09 0.10 0.11 0.31 0.11 0.24 0.22 0.33 0.28
O5' 0.17 0.13 0.14 0.17 0.17 0.16 0.18 0.16 0.17 0.16 0.14 0.21 0.11 0.17 0.19 0.21 0.18 0.19 0.32 0.24
OP1 0.94 0.96 0.79 0.80 1.19 0.97 1.21 1.02 1.12 1.01 1.06 1.28 0.81 0.80 0.71 1.05 0.94 0.90 0.84 0.88
OP2 0.73 0.73 0.75 0.84 0.77 0.75 0.80 0.81 0.79 0.76 0.74 0.78 0.69 0.60 0.84 0.71 0.96 1.02 1.19 1.10
P 0.21 0.17 0.10 0.07 0.22 0.20 0.23 0.19 0.22 0.20 0.19 0.24 0.15 0.21 0.07 0.28 0.08 0.08 0.22 0.12

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.06 0.07 0.06 0.08
C2 0.01 0.00 0.06 0.13 0.01 0.05 0.01 0.08 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.04 0.14 0.03 0.15 0.12 0.19 0.18
C2' 0.00 0.06 0.00 0.01 0.06 0.02 0.04 0.02 0.04 0.02 0.07 0.07 0.09 0.01 0.01 0.01 0.02 0.17 0.15 0.08
C3' 0.02 0.13 0.01 0.00 0.17 0.01 0.14 0.02 0.11 0.09 0.16 0.19 0.12 0.02 0.01 0.02 0.05 0.22 0.19 0.14
C4 0.02 0.01 0.06 0.17 0.00 0.08 0.01 0.13 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.21 0.04 0.23 0.29 0.37 0.31
C4' 0.01 0.05 0.02 0.01 0.08 0.00 0.08 0.01 0.07 0.04 0.07 0.09 0.04 0.08 0.02 0.01 0.02 0.10 0.06 0.03
C5 0.02 0.01 0.04 0.14 0.01 0.08 0.00 0.14 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.18 0.04 0.23 0.32 0.38 0.33
C5' 0.02 0.08 0.02 0.02 0.13 0.01 0.14 0.00 0.11 0.07 0.11 0.15 0.06 0.08 0.04 0.03 0.01 0.08 0.02 0.02
C6 0.03 0.02 0.04 0.11 0.02 0.07 0.01 0.11 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.13 0.04 0.19 0.22 0.26 0.25
N1 0.01 0.01 0.02 0.09 0.01 0.04 0.01 0.07 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.02 0.09 0.02 0.13 0.10 0.15 0.16
N3 0.02 0.01 0.07 0.16 0.01 0.07 0.01 0.11 0.02 0.02 0.00 0.03 0.02 0.03 0.19 0.03 0.20 0.21 0.29 0.25
N4 0.02 0.02 0.07 0.19 0.01 0.09 0.02 0.15 0.02 0.02 0.03 0.00 0.03 0.03 0.25 0.04 0.25 0.36 0.44 0.36
O2 0.03 0.02 0.09 0.12 0.02 0.04 0.02 0.06 0.03 0.03 0.02 0.03 0.00 0.07 0.12 0.04 0.12 0.06 0.15 0.14
O2' 0.01 0.04 0.01 0.02 0.02 0.08 0.03 0.08 0.03 0.02 0.03 0.03 0.07 0.00 0.03 0.07 0.04 0.16 0.13 0.07
O3' 0.02 0.14 0.01 0.01 0.21 0.02 0.18 0.04 0.13 0.09 0.19 0.25 0.12 0.03 0.00 0.02 0.08 0.32 0.26 0.21
O4' 0.01 0.03 0.01 0.02 0.04 0.01 0.04 0.03 0.04 0.02 0.03 0.04 0.04 0.07 0.02 0.00 0.10 0.12 0.10 0.13
O5' 0.06 0.15 0.02 0.05 0.23 0.02 0.23 0.01 0.19 0.13 0.20 0.25 0.12 0.04 0.08 0.10 0.00 0.03 0.02 0.00
OP1 0.07 0.12 0.17 0.22 0.29 0.10 0.32 0.08 0.22 0.10 0.21 0.36 0.06 0.16 0.32 0.12 0.03 0.00 0.02 0.01
OP2 0.06 0.19 0.15 0.19 0.37 0.06 0.38 0.02 0.26 0.15 0.29 0.44 0.15 0.13 0.26 0.10 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.08 0.18 0.08 0.14 0.31 0.03 0.33 0.02 0.25 0.16 0.25 0.36 0.14 0.07 0.21 0.13 0.00 0.01 0.01 0.00