ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50562

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 0, 0, 2, 2, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.010, 0.021, 0.033, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.021 std_dev=0.012
C6 A 0, 0.018, 0.032, 0.045, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.032 std_dev=0.014
N1 A 0, 0.012, 0.026, 0.040, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.026 std_dev=0.014
N3 A 0, 0.002, 0.019, 0.036, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.019 std_dev=0.017
C4 A 0, 0.018, 0.036, 0.054, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.036 std_dev=0.018
C2 A 0, 0.021, 0.039, 0.057, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.039 std_dev=0.018
C1' A 0, 0.019, 0.038, 0.057, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.038 std_dev=0.019
O2 A 0, 0.057, 0.097, 0.138, 0.140 max_d=0.140 avg_d=0.097 std_dev=0.040
O4 A 0, 0.047, 0.096, 0.144, 0.144 max_d=0.144 avg_d=0.096 std_dev=0.049
N3 B 0, 0.101, 0.300, 0.500, 0.718 max_d=0.718 avg_d=0.300 std_dev=0.199
C4 B 0, 0.208, 0.453, 0.699, 0.773 max_d=0.773 avg_d=0.453 std_dev=0.245
C2 B 0, 0.153, 0.401, 0.649, 0.862 max_d=0.862 avg_d=0.401 std_dev=0.248
N1 B 0, 0.252, 0.566, 0.880, 1.059 max_d=1.059 avg_d=0.566 std_dev=0.314
N4 B 0, 0.173, 0.503, 0.833, 1.080 max_d=1.080 avg_d=0.503 std_dev=0.330
C6 B 0, 0.373, 0.753, 1.133, 1.219 max_d=1.219 avg_d=0.753 std_dev=0.380
O2 B 0, 0.172, 0.556, 0.941, 1.259 max_d=1.259 avg_d=0.556 std_dev=0.384
C5 B 0, 0.340, 0.730, 1.121, 1.121 max_d=1.121 avg_d=0.730 std_dev=0.390
O4' A 0, -0.141, 0.296, 0.734, 1.405 max_d=1.405 avg_d=0.296 std_dev=0.437
C2' A 0, -0.169, 0.270, 0.708, 1.404 max_d=1.404 avg_d=0.270 std_dev=0.438
C1' B 0, 0.250, 0.698, 1.145, 1.514 max_d=1.514 avg_d=0.698 std_dev=0.448
C2' B 0, 0.289, 0.849, 1.409, 1.833 max_d=1.833 avg_d=0.849 std_dev=0.560
O4' B 0, 0.278, 0.858, 1.439, 1.948 max_d=1.948 avg_d=0.858 std_dev=0.580
O2' A 0, -0.153, 0.467, 1.088, 2.075 max_d=2.075 avg_d=0.467 std_dev=0.621
C3' A 0, -0.184, 0.485, 1.155, 2.183 max_d=2.183 avg_d=0.485 std_dev=0.669
C3' B 0, 0.466, 1.180, 1.894, 2.214 max_d=2.214 avg_d=1.180 std_dev=0.714
C4' A 0, -0.205, 0.511, 1.228, 2.329 max_d=2.329 avg_d=0.511 std_dev=0.717
C4' B 0, 0.391, 1.117, 1.844, 2.484 max_d=2.484 avg_d=1.117 std_dev=0.726
O2' B 0, 0.308, 1.090, 1.872, 2.152 max_d=2.152 avg_d=1.090 std_dev=0.782
C5' B 0, 0.523, 1.343, 2.163, 2.907 max_d=2.907 avg_d=1.343 std_dev=0.820
O3' A 0, -0.183, 0.667, 1.518, 2.798 max_d=2.798 avg_d=0.667 std_dev=0.850
O5' A 0, -0.316, 0.700, 1.716, 3.269 max_d=3.269 avg_d=0.700 std_dev=1.016
C5' A 0, -0.254, 0.773, 1.799, 3.340 max_d=3.340 avg_d=0.773 std_dev=1.027
O3' B 0, 0.499, 1.537, 2.576, 3.249 max_d=3.249 avg_d=1.537 std_dev=1.039
O5' B 0, 0.446, 1.518, 2.589, 3.608 max_d=3.608 avg_d=1.518 std_dev=1.071
P B 0, 0.330, 1.641, 2.953, 4.454 max_d=4.454 avg_d=1.641 std_dev=1.311
OP1 B 0, 0.390, 1.704, 3.019, 4.422 max_d=4.422 avg_d=1.704 std_dev=1.315
P A 0, -0.244, 1.084, 2.411, 4.317 max_d=4.317 avg_d=1.084 std_dev=1.328
OP2 B 0, 0.240, 1.634, 3.028, 4.762 max_d=4.762 avg_d=1.634 std_dev=1.394
OP1 A 0, 0.402, 1.812, 3.222, 3.488 max_d=3.488 avg_d=1.812 std_dev=1.410
OP2 A 0, -0.129, 1.560, 3.249, 5.319 max_d=5.319 avg_d=1.560 std_dev=1.689

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.02 0.04 0.01 0.04 0.04 0.04 0.01 0.03 0.08 0.02 0.20 0.04 0.00 0.14 0.37 0.21 0.13
C2 0.03 0.00 0.18 0.25 0.02 0.05 0.02 0.09 0.02 0.01 0.01 0.01 0.09 0.13 0.03 0.12 0.14 0.65 0.47 0.13
C2' 0.00 0.18 0.00 0.01 0.07 0.03 0.09 0.11 0.14 0.02 0.15 0.29 0.01 0.02 0.07 0.01 0.29 0.53 0.26 0.34
C3' 0.02 0.25 0.01 0.00 0.38 0.01 0.35 0.02 0.27 0.21 0.33 0.20 0.03 0.01 0.40 0.02 0.16 0.19 0.24 0.15
C4 0.04 0.02 0.07 0.38 0.00 0.21 0.01 0.27 0.03 0.03 0.01 0.04 0.25 0.27 0.01 0.08 0.32 1.02 0.71 0.34
C4' 0.01 0.05 0.03 0.01 0.21 0.00 0.27 0.01 0.25 0.10 0.11 0.11 0.26 0.01 0.22 0.00 0.02 0.12 0.25 0.04
C5 0.04 0.02 0.09 0.35 0.01 0.27 0.00 0.34 0.01 0.01 0.01 0.04 0.34 0.27 0.02 0.15 0.37 1.00 0.73 0.37
C5' 0.04 0.09 0.11 0.02 0.27 0.01 0.34 0.00 0.28 0.10 0.17 0.13 0.14 0.15 0.31 0.01 0.01 0.29 0.42 0.02
C6 0.04 0.02 0.14 0.27 0.03 0.25 0.01 0.28 0.00 0.01 0.03 0.03 0.32 0.18 0.04 0.17 0.27 0.75 0.56 0.23
N1 0.01 0.01 0.02 0.21 0.03 0.10 0.01 0.10 0.01 0.00 0.03 0.02 0.15 0.07 0.04 0.02 0.13 0.58 0.41 0.12
N3 0.03 0.01 0.15 0.33 0.01 0.11 0.01 0.17 0.03 0.03 0.00 0.04 0.15 0.19 0.02 0.08 0.22 0.85 0.59 0.23
O2 0.08 0.01 0.29 0.20 0.04 0.11 0.04 0.13 0.03 0.02 0.04 0.00 0.20 0.19 0.05 0.22 0.13 0.54 0.44 0.12
O2' 0.02 0.09 0.01 0.03 0.25 0.26 0.34 0.14 0.32 0.15 0.15 0.20 0.00 0.05 0.27 0.18 0.14 0.48 0.18 0.23
O3' 0.20 0.13 0.02 0.01 0.27 0.01 0.27 0.15 0.18 0.07 0.19 0.19 0.05 0.00 0.31 0.12 0.26 0.39 0.47 0.27
O4 0.04 0.03 0.07 0.40 0.01 0.22 0.02 0.31 0.04 0.04 0.02 0.05 0.27 0.31 0.00 0.08 0.37 1.14 0.78 0.42
O4' 0.00 0.12 0.01 0.02 0.08 0.00 0.15 0.01 0.17 0.02 0.08 0.22 0.18 0.12 0.08 0.00 0.15 0.23 0.16 0.12
O5' 0.14 0.14 0.29 0.16 0.32 0.02 0.37 0.01 0.27 0.13 0.22 0.13 0.14 0.26 0.37 0.15 0.00 0.02 0.03 0.02
OP1 0.37 0.65 0.53 0.19 1.02 0.12 1.00 0.29 0.75 0.58 0.85 0.54 0.48 0.39 1.14 0.23 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.21 0.47 0.26 0.24 0.71 0.25 0.73 0.42 0.56 0.41 0.59 0.44 0.18 0.47 0.78 0.16 0.03 0.02 0.00 0.01
P 0.13 0.13 0.34 0.15 0.34 0.04 0.37 0.02 0.23 0.12 0.23 0.12 0.23 0.27 0.42 0.12 0.02 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.36 0.25 0.49 0.47 0.13 0.40 0.15 0.38 0.20 0.26 0.15 0.17 0.34 0.52 0.63 0.39 0.32 0.32 0.37 0.35
C2 0.26 0.19 0.37 0.38 0.11 0.28 0.12 0.27 0.15 0.19 0.12 0.16 0.28 0.39 0.48 0.29 0.26 0.27 0.34 0.30
C2' 0.39 0.29 0.44 0.40 0.19 0.45 0.21 0.44 0.25 0.30 0.22 0.19 0.36 0.49 0.62 0.48 0.37 0.38 0.35 0.39
C3' 0.33 0.32 0.35 0.29 0.30 0.37 0.29 0.38 0.28 0.30 0.31 0.34 0.36 0.39 0.54 0.46 0.31 0.32 0.33 0.35
C4 0.18 0.17 0.29 0.33 0.15 0.19 0.15 0.22 0.15 0.16 0.15 0.18 0.21 0.32 0.36 0.18 0.26 0.29 0.37 0.30
C4' 0.30 0.18 0.50 0.48 0.05 0.36 0.07 0.33 0.13 0.19 0.09 0.13 0.28 0.51 0.68 0.35 0.27 0.28 0.34 0.30
C5 0.20 0.19 0.32 0.33 0.14 0.21 0.15 0.23 0.15 0.18 0.16 0.18 0.25 0.35 0.40 0.21 0.23 0.27 0.36 0.28
C5' 0.23 0.16 0.43 0.42 0.12 0.29 0.12 0.26 0.13 0.16 0.11 0.19 0.25 0.44 0.62 0.31 0.19 0.21 0.31 0.23
C6 0.25 0.20 0.37 0.36 0.13 0.26 0.13 0.25 0.15 0.19 0.15 0.17 0.28 0.40 0.47 0.27 0.22 0.25 0.33 0.27
N1 0.28 0.21 0.40 0.39 0.11 0.30 0.12 0.29 0.15 0.20 0.13 0.16 0.30 0.43 0.51 0.31 0.25 0.26 0.33 0.29
N3 0.20 0.17 0.32 0.35 0.13 0.22 0.13 0.23 0.15 0.17 0.13 0.17 0.23 0.34 0.40 0.21 0.26 0.29 0.36 0.31
O2 0.30 0.20 0.40 0.39 0.10 0.33 0.13 0.32 0.17 0.21 0.10 0.16 0.32 0.43 0.52 0.34 0.28 0.27 0.33 0.31
O2' 0.48 0.35 0.60 0.57 0.29 0.55 0.30 0.54 0.33 0.37 0.30 0.29 0.41 0.64 0.76 0.53 0.47 0.47 0.46 0.50
O3' 0.31 0.22 0.50 0.43 0.16 0.39 0.17 0.38 0.21 0.24 0.17 0.19 0.28 0.54 0.67 0.42 0.34 0.33 0.38 0.39
O4 0.15 0.15 0.25 0.33 0.17 0.17 0.18 0.22 0.17 0.16 0.15 0.20 0.16 0.28 0.30 0.15 0.30 0.31 0.39 0.33
O4' 0.41 0.28 0.60 0.61 0.18 0.48 0.23 0.45 0.28 0.32 0.18 0.19 0.36 0.62 0.76 0.41 0.42 0.44 0.49 0.45
O5' 0.21 0.18 0.33 0.32 0.25 0.25 0.25 0.28 0.21 0.18 0.20 0.32 0.21 0.36 0.53 0.33 0.20 0.22 0.32 0.23
OP1 0.62 0.70 0.60 0.63 1.01 0.63 1.03 0.74 0.91 0.75 0.85 1.15 0.55 0.38 0.46 0.69 0.82 0.82 0.94 0.84
OP2 0.69 0.72 0.73 0.77 0.74 0.74 0.73 0.79 0.72 0.71 0.73 0.75 0.70 0.76 0.98 0.76 0.78 0.84 0.98 0.87
P 0.15 0.18 0.23 0.22 0.29 0.18 0.30 0.27 0.25 0.19 0.23 0.35 0.18 0.24 0.43 0.32 0.22 0.23 0.36 0.23

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.01 0.01 0.04 0.01 0.02 0.07 0.02 0.01 0.05 0.04 0.10 0.01 0.23 0.01 0.11 0.11 0.08 0.10
C2 0.06 0.00 0.15 0.20 0.01 0.06 0.03 0.06 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.12 0.13 0.06 0.21 0.17 0.14 0.18
C2' 0.01 0.15 0.00 0.01 0.07 0.01 0.09 0.16 0.11 0.03 0.13 0.08 0.25 0.01 0.02 0.01 0.13 0.16 0.10 0.09
C3' 0.01 0.20 0.01 0.00 0.28 0.01 0.27 0.02 0.23 0.17 0.25 0.30 0.17 0.02 0.01 0.01 0.30 0.27 0.27 0.28
C4 0.04 0.01 0.07 0.28 0.00 0.10 0.01 0.10 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.24 0.15 0.03 0.37 0.29 0.32 0.35
C4' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.10 0.00 0.12 0.01 0.12 0.06 0.07 0.11 0.10 0.23 0.02 0.01 0.02 0.10 0.11 0.04
C5 0.02 0.03 0.09 0.27 0.01 0.12 0.00 0.12 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.27 0.19 0.08 0.45 0.32 0.35 0.42
C5' 0.07 0.06 0.16 0.02 0.10 0.01 0.12 0.00 0.08 0.05 0.07 0.12 0.10 0.08 0.17 0.02 0.01 0.09 0.17 0.03
C6 0.02 0.02 0.11 0.23 0.02 0.12 0.00 0.08 0.00 0.01 0.02 0.03 0.03 0.24 0.14 0.09 0.40 0.25 0.23 0.35
N1 0.01 0.01 0.03 0.17 0.03 0.06 0.02 0.05 0.01 0.00 0.02 0.03 0.03 0.14 0.07 0.02 0.24 0.17 0.12 0.21
N3 0.05 0.01 0.13 0.25 0.01 0.07 0.01 0.07 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.18 0.11 0.04 0.28 0.22 0.23 0.25
N4 0.04 0.02 0.08 0.30 0.01 0.11 0.02 0.12 0.03 0.03 0.02 0.00 0.01 0.26 0.19 0.04 0.41 0.34 0.40 0.40
O2 0.10 0.01 0.25 0.17 0.01 0.10 0.03 0.10 0.03 0.03 0.02 0.01 0.00 0.16 0.23 0.12 0.15 0.17 0.11 0.14
O2' 0.01 0.12 0.01 0.02 0.24 0.23 0.27 0.08 0.24 0.14 0.18 0.26 0.16 0.00 0.04 0.15 0.25 0.24 0.10 0.20
O3' 0.23 0.13 0.02 0.01 0.15 0.02 0.19 0.17 0.14 0.07 0.11 0.19 0.23 0.04 0.00 0.17 0.36 0.53 0.43 0.43
O4' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.03 0.01 0.08 0.02 0.09 0.02 0.04 0.04 0.12 0.15 0.17 0.00 0.10 0.12 0.17 0.10
O5' 0.11 0.21 0.13 0.30 0.37 0.02 0.45 0.01 0.40 0.24 0.28 0.41 0.15 0.25 0.36 0.10 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.11 0.17 0.16 0.27 0.29 0.10 0.32 0.09 0.25 0.17 0.22 0.34 0.17 0.24 0.53 0.12 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.08 0.14 0.10 0.27 0.32 0.11 0.35 0.17 0.23 0.12 0.23 0.40 0.11 0.10 0.43 0.17 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.10 0.18 0.09 0.28 0.35 0.04 0.42 0.03 0.35 0.21 0.25 0.40 0.14 0.20 0.43 0.10 0.01 0.01 0.01 0.00