ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50564

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 2, 3, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.002, 0.003, 0.005, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.003 std_dev=0.002
N3 A 0, 0.003, 0.007, 0.010, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.007 std_dev=0.003
N1 A 0, 0.002, 0.006, 0.009, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.006 std_dev=0.004
C2 A 0, 0.003, 0.008, 0.013, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.008 std_dev=0.005
C1' A 0, 0.002, 0.007, 0.012, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.007 std_dev=0.005
C4 A 0, 0.001, 0.007, 0.012, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.007 std_dev=0.005
C6 A 0, 0.001, 0.006, 0.011, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.006 std_dev=0.005
O2 A 0, 0.005, 0.018, 0.031, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.018 std_dev=0.013
O4 A 0, 0.017, 0.057, 0.096, 0.117 max_d=0.117 avg_d=0.057 std_dev=0.039
O3' A 0, 0.051, 0.099, 0.146, 0.154 max_d=0.154 avg_d=0.099 std_dev=0.048
C2' A 0, 0.035, 0.099, 0.164, 0.204 max_d=0.204 avg_d=0.099 std_dev=0.065
C3' A 0, 0.049, 0.116, 0.184, 0.211 max_d=0.211 avg_d=0.116 std_dev=0.067
O4' A 0, 0.032, 0.101, 0.169, 0.194 max_d=0.194 avg_d=0.101 std_dev=0.069
C4' A 0, 0.035, 0.130, 0.226, 0.280 max_d=0.280 avg_d=0.130 std_dev=0.096
O2' A 0, 0.091, 0.189, 0.288, 0.335 max_d=0.335 avg_d=0.189 std_dev=0.098
N3 B 0, 0.142, 0.269, 0.396, 0.430 max_d=0.430 avg_d=0.269 std_dev=0.127
C4 B 0, 0.178, 0.307, 0.436, 0.468 max_d=0.468 avg_d=0.307 std_dev=0.129
N4 B 0, 0.166, 0.301, 0.437, 0.465 max_d=0.465 avg_d=0.301 std_dev=0.135
C2 B 0, 0.150, 0.296, 0.441, 0.501 max_d=0.501 avg_d=0.296 std_dev=0.146
C5' A 0, 0.070, 0.216, 0.361, 0.412 max_d=0.412 avg_d=0.216 std_dev=0.146
O2 B 0, 0.125, 0.276, 0.427, 0.486 max_d=0.486 avg_d=0.276 std_dev=0.151
C5 B 0, 0.212, 0.376, 0.541, 0.604 max_d=0.604 avg_d=0.376 std_dev=0.164
O5' A 0, 0.119, 0.287, 0.455, 0.494 max_d=0.494 avg_d=0.287 std_dev=0.168
N1 B 0, 0.188, 0.368, 0.548, 0.623 max_d=0.623 avg_d=0.368 std_dev=0.180
C6 B 0, 0.210, 0.408, 0.606, 0.687 max_d=0.687 avg_d=0.408 std_dev=0.198
C1' B 0, 0.203, 0.408, 0.612, 0.680 max_d=0.680 avg_d=0.408 std_dev=0.204
C2' B 0, 0.222, 0.436, 0.650, 0.707 max_d=0.707 avg_d=0.436 std_dev=0.214
O4' B 0, 0.196, 0.420, 0.643, 0.718 max_d=0.718 avg_d=0.420 std_dev=0.224
O2' B 0, 0.253, 0.478, 0.704, 0.723 max_d=0.723 avg_d=0.478 std_dev=0.225
P A 0, 0.130, 0.360, 0.590, 0.684 max_d=0.684 avg_d=0.360 std_dev=0.230
C3' B 0, 0.242, 0.477, 0.712, 0.776 max_d=0.776 avg_d=0.477 std_dev=0.235
OP1 A 0, 0.179, 0.415, 0.651, 0.733 max_d=0.733 avg_d=0.415 std_dev=0.236
C4' B 0, 0.232, 0.478, 0.723, 0.799 max_d=0.799 avg_d=0.478 std_dev=0.246
O5' B 0, 0.251, 0.511, 0.771, 0.863 max_d=0.863 avg_d=0.511 std_dev=0.260
C5' B 0, 0.240, 0.501, 0.762, 0.852 max_d=0.852 avg_d=0.501 std_dev=0.261
O3' B 0, 0.278, 0.544, 0.810, 0.872 max_d=0.872 avg_d=0.544 std_dev=0.266
OP2 A 0, 0.146, 0.426, 0.706, 0.796 max_d=0.796 avg_d=0.426 std_dev=0.280
P B 0, 0.326, 0.654, 0.982, 1.050 max_d=1.050 avg_d=0.654 std_dev=0.328
OP2 B 0, 0.345, 0.674, 1.003, 1.060 max_d=1.060 avg_d=0.674 std_dev=0.329
OP1 B 0, 0.367, 0.764, 1.160, 1.240 max_d=1.240 avg_d=0.764 std_dev=0.397

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.06 0.04 0.03
C2 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.03 0.00 0.02 0.04 0.06 0.06 0.04
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.02 0.03 0.02 0.03 0.04 0.01 0.01 0.04 0.00 0.03 0.09 0.04 0.05
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.07 0.02 0.03
C4 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.03 0.00 0.01 0.05 0.08 0.10 0.06
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.04 0.02 0.02
C5 0.00 0.00 0.04 0.03 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.03 0.01 0.02 0.05 0.08 0.11 0.06
C5' 0.00 0.02 0.02 0.02 0.05 0.00 0.05 0.00 0.05 0.02 0.03 0.01 0.02 0.02 0.05 0.01 0.01 0.05 0.02 0.01
C6 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.03 0.01 0.02 0.04 0.07 0.09 0.05
N1 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.04 0.06 0.06 0.04
N3 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.03 0.00 0.02 0.04 0.07 0.08 0.05
O2 0.01 0.00 0.04 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.06 0.04 0.00 0.03 0.04 0.06 0.05 0.04
O2' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.06 0.01 0.06 0.02 0.05 0.03 0.05 0.06 0.00 0.03 0.07 0.01 0.03 0.10 0.04 0.05
O3' 0.02 0.03 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.04 0.03 0.00 0.03 0.02 0.02 0.05 0.04 0.02
O4 0.01 0.00 0.04 0.03 0.00 0.02 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.07 0.03 0.00 0.02 0.05 0.09 0.11 0.06
O4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.02 0.00 0.03 0.04 0.04 0.03
O5' 0.03 0.04 0.03 0.01 0.05 0.01 0.05 0.01 0.04 0.04 0.04 0.04 0.03 0.02 0.05 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.06 0.06 0.09 0.07 0.08 0.04 0.08 0.05 0.07 0.06 0.07 0.06 0.10 0.05 0.09 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.04 0.06 0.04 0.02 0.10 0.02 0.11 0.02 0.09 0.06 0.08 0.05 0.04 0.04 0.11 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.03 0.04 0.05 0.03 0.06 0.02 0.06 0.01 0.05 0.04 0.05 0.04 0.05 0.02 0.06 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.06 0.04 0.06 0.07 0.08 0.06 0.07 0.06 0.05 0.05 0.06 0.11 0.05 0.08 0.08 0.06 0.05 0.06 0.05 0.05
C2 0.07 0.05 0.07 0.07 0.08 0.07 0.07 0.06 0.06 0.06 0.07 0.12 0.07 0.08 0.07 0.07 0.06 0.06 0.04 0.04
C2' 0.08 0.07 0.09 0.09 0.10 0.08 0.09 0.08 0.08 0.07 0.09 0.12 0.07 0.10 0.10 0.08 0.08 0.09 0.06 0.07
C3' 0.06 0.06 0.07 0.07 0.09 0.07 0.08 0.06 0.06 0.06 0.08 0.11 0.06 0.09 0.09 0.06 0.06 0.07 0.05 0.05
C4 0.10 0.09 0.09 0.09 0.05 0.09 0.05 0.09 0.06 0.08 0.07 0.08 0.12 0.09 0.10 0.09 0.09 0.07 0.04 0.06
C4' 0.05 0.04 0.05 0.05 0.07 0.05 0.06 0.05 0.05 0.04 0.06 0.10 0.04 0.08 0.07 0.05 0.04 0.05 0.04 0.03
C5 0.09 0.08 0.08 0.09 0.05 0.08 0.06 0.09 0.06 0.08 0.06 0.07 0.11 0.08 0.09 0.09 0.09 0.07 0.04 0.06
C5' 0.06 0.05 0.06 0.06 0.08 0.06 0.07 0.05 0.06 0.05 0.07 0.11 0.06 0.08 0.07 0.06 0.05 0.06 0.04 0.04
C6 0.08 0.06 0.07 0.08 0.06 0.07 0.06 0.07 0.06 0.06 0.05 0.08 0.08 0.08 0.08 0.08 0.07 0.07 0.04 0.05
N1 0.07 0.05 0.07 0.07 0.07 0.07 0.07 0.06 0.05 0.05 0.05 0.10 0.07 0.08 0.07 0.07 0.06 0.06 0.04 0.05
N3 0.09 0.07 0.08 0.08 0.07 0.08 0.06 0.08 0.05 0.07 0.05 0.11 0.11 0.09 0.08 0.08 0.07 0.07 0.03 0.05
O2 0.06 0.06 0.06 0.06 0.11 0.06 0.09 0.06 0.07 0.06 0.10 0.13 0.06 0.08 0.07 0.06 0.05 0.06 0.06 0.05
O2' 0.10 0.09 0.11 0.11 0.11 0.10 0.10 0.10 0.09 0.09 0.11 0.13 0.09 0.12 0.12 0.10 0.10 0.11 0.08 0.09
O3' 0.04 0.05 0.06 0.06 0.09 0.05 0.07 0.05 0.05 0.04 0.08 0.11 0.04 0.09 0.08 0.04 0.04 0.05 0.05 0.04
O4 0.11 0.12 0.10 0.11 0.06 0.10 0.06 0.11 0.08 0.10 0.10 0.06 0.14 0.10 0.12 0.10 0.11 0.09 0.06 0.08
O4' 0.05 0.03 0.05 0.05 0.07 0.04 0.06 0.04 0.04 0.03 0.05 0.10 0.04 0.08 0.06 0.04 0.03 0.04 0.04 0.03
O5' 0.08 0.06 0.06 0.05 0.06 0.06 0.06 0.06 0.06 0.06 0.05 0.08 0.07 0.08 0.06 0.07 0.06 0.06 0.04 0.04
OP1 0.07 0.07 0.04 0.04 0.09 0.05 0.09 0.06 0.08 0.07 0.08 0.12 0.08 0.07 0.03 0.07 0.06 0.07 0.07 0.06
OP2 0.09 0.10 0.06 0.06 0.13 0.08 0.13 0.09 0.12 0.10 0.11 0.15 0.10 0.06 0.05 0.10 0.09 0.10 0.08 0.09
P 0.07 0.06 0.04 0.04 0.08 0.05 0.08 0.06 0.07 0.07 0.07 0.10 0.07 0.07 0.04 0.07 0.06 0.06 0.04 0.04

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.05 0.02
C2 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.05 0.03 0.01 0.04 0.03 0.05 0.02
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.05 0.04 0.02
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.05 0.00 0.05 0.01 0.05 0.03 0.04 0.06 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.06 0.03 0.03
C4 0.01 0.01 0.02 0.05 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.06 0.01 0.07 0.05 0.05 0.04
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.03 0.02 0.02 0.03 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.05 0.02 0.01
C5 0.01 0.00 0.02 0.05 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.07 0.02 0.07 0.04 0.05 0.04
C5' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.05 0.00 0.05 0.00 0.04 0.02 0.04 0.05 0.02 0.04 0.02 0.01 0.00 0.04 0.01 0.01
C6 0.00 0.00 0.02 0.05 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.02 0.06 0.04 0.05 0.03
N1 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.03 0.03 0.05 0.02
N3 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.04 0.01 0.05 0.04 0.05 0.03
N4 0.01 0.01 0.03 0.06 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.08 0.02 0.08 0.06 0.06 0.06
O2 0.01 0.00 0.03 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.07 0.03 0.01 0.03 0.03 0.05 0.02
O2' 0.01 0.05 0.00 0.02 0.04 0.04 0.02 0.04 0.01 0.02 0.05 0.04 0.07 0.00 0.03 0.03 0.03 0.09 0.03 0.03
O3' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.06 0.01 0.07 0.02 0.06 0.03 0.04 0.08 0.03 0.03 0.00 0.01 0.02 0.10 0.06 0.05
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.02 0.06 0.03
O5' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.07 0.01 0.07 0.00 0.06 0.03 0.05 0.08 0.03 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.03 0.03 0.05 0.06 0.05 0.05 0.04 0.04 0.04 0.03 0.04 0.06 0.03 0.09 0.10 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.05 0.05 0.04 0.03 0.05 0.02 0.05 0.01 0.05 0.05 0.05 0.06 0.05 0.03 0.06 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.02 0.02 0.02 0.03 0.04 0.01 0.04 0.01 0.03 0.02 0.03 0.06 0.02 0.03 0.05 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00