Doublet Group distance statistics: 50565

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 3, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
C5	A	0, 0.003, 0.009, 0.014, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.009 std_dev=0.005
C4	A	0, 0.004, 0.009, 0.015, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.009 std_dev=0.006
N1	A	0, 0.003, 0.009, 0.016, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.009 std_dev=0.006
C6	A	0, 0.004, 0.010, 0.017, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.010 std_dev=0.006
N3	A	0, 0.006, 0.013, 0.020, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.013 std_dev=0.007
C1'	A	0, 0.005, 0.013, 0.022, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.013 std_dev=0.008
C2	A	0, 0.003, 0.014, 0.026, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.014 std_dev=0.012
O2	A	0, 0.011, 0.033, 0.054, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.033 std_dev=0.021
O4	A	0, 0.030, 0.070, 0.109, 0.113 max_d=0.113 avg_d=0.070 std_dev=0.040
C4	B	0, 0.170, 0.338, 0.506, 0.537 max_d=0.537 avg_d=0.338 std_dev=0.168
C5	B	0, 0.197, 0.372, 0.547, 0.542 max_d=0.542 avg_d=0.372 std_dev=0.175
N3	B	0, 0.156, 0.337, 0.518, 0.528 max_d=0.528 avg_d=0.337 std_dev=0.181
C2	B	0, 0.194, 0.376, 0.558, 0.589 max_d=0.589 avg_d=0.376 std_dev=0.182
N4	B	0, 0.197, 0.383, 0.570, 0.618 max_d=0.618 avg_d=0.383 std_dev=0.187
C6	B	0, 0.196, 0.389, 0.583, 0.649 max_d=0.649 avg_d=0.389 std_dev=0.193
N1	B	0, 0.186, 0.383, 0.580, 0.664 max_d=0.664 avg_d=0.383 std_dev=0.197
O2	B	0, 0.251, 0.450, 0.648, 0.638 max_d=0.638 avg_d=0.450 std_dev=0.199
O3'	A	0, -0.062, 0.151, 0.364, 0.658 max_d=0.658 avg_d=0.151 std_dev=0.213
C1'	B	0, 0.203, 0.418, 0.633, 0.747 max_d=0.747 avg_d=0.418 std_dev=0.215
O2'	B	0, 0.189, 0.405, 0.622, 0.734 max_d=0.734 avg_d=0.405 std_dev=0.216
C2'	B	0, 0.201, 0.432, 0.662, 0.721 max_d=0.721 avg_d=0.432 std_dev=0.230
O4'	B	0, 0.201, 0.435, 0.670, 0.848 max_d=0.848 avg_d=0.435 std_dev=0.235
C3'	B	0, 0.216, 0.494, 0.773, 0.862 max_d=0.862 avg_d=0.494 std_dev=0.279
C4'	B	0, 0.221, 0.501, 0.781, 0.944 max_d=0.944 avg_d=0.501 std_dev=0.280
C5'	B	0, 0.219, 0.531, 0.844, 1.000 max_d=1.000 avg_d=0.531 std_dev=0.313
O3'	B	0, 0.206, 0.539, 0.871, 0.928 max_d=0.928 avg_d=0.539 std_dev=0.333
OP1	B	0, 0.251, 0.614, 0.978, 1.116 max_d=1.116 avg_d=0.614 std_dev=0.363
P	B	0, 0.163, 0.569, 0.974, 1.325 max_d=1.325 avg_d=0.569 std_dev=0.406
O5'	B	0, 0.195, 0.629, 1.064, 1.463 max_d=1.463 avg_d=0.629 std_dev=0.435
OP2	B	0, 0.143, 0.610, 1.076, 1.532 max_d=1.532 avg_d=0.610 std_dev=0.466
C3'	A	0, -0.228, 0.265, 0.758, 1.466 max_d=1.466 avg_d=0.265 std_dev=0.493
O4'	A	0, -0.280, 0.316, 0.913, 1.772 max_d=1.772 avg_d=0.316 std_dev=0.596
C2'	A	0, -0.304, 0.307, 0.917, 1.800 max_d=1.800 avg_d=0.307 std_dev=0.611
C4'	A	0, -0.396, 0.376, 1.148, 2.264 max_d=2.264 avg_d=0.376 std_dev=0.772
O2'	A	0, -0.467, 0.530, 1.527, 2.967 max_d=2.967 avg_d=0.530 std_dev=0.997
O5'	A	0, -0.600, 0.683, 1.965, 3.816 max_d=3.816 avg_d=0.683 std_dev=1.283
C5'	A	0, -0.752, 0.730, 2.212, 4.356 max_d=4.356 avg_d=0.730 std_dev=1.482
P	A	0, -0.636, 0.888, 2.413, 4.603 max_d=4.603 avg_d=0.888 std_dev=1.525
OP2	A	0, -0.538, 1.003, 2.544, 4.740 max_d=4.740 avg_d=1.003 std_dev=1.541
OP1	A	0, -0.598, 1.236, 3.071, 5.684 max_d=5.684 avg_d=1.236 std_dev=1.835

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	O2	O2'	O3'	O4	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.02	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.03	0.01	0.00	0.01	0.03	0.02	0.05	0.01	0.00	0.04	0.09	0.10	0.05
C2	0.02	0.00	0.18	0.05	0.01	0.14	0.01	0.12	0.01	0.01	0.00	0.01	0.33	0.02	0.01	0.22	0.04	0.04	0.07	0.04
C2'	0.00	0.18	0.00	0.01	0.05	0.00	0.09	0.03	0.14	0.02	0.15	0.27	0.00	0.02	0.07	0.02	0.30	0.24	0.52	0.32
C3'	0.01	0.05	0.01	0.00	0.05	0.00	0.03	0.01	0.02	0.02	0.05	0.05	0.02	0.00	0.06	0.01	0.31	0.22	0.46	0.28
C4	0.01	0.01	0.05	0.05	0.00	0.05	0.01	0.14	0.01	0.01	0.01	0.01	0.06	0.05	0.01	0.01	0.29	0.28	0.33	0.29
C4'	0.01	0.14	0.00	0.00	0.05	0.00	0.17	0.01	0.20	0.02	0.08	0.29	0.01	0.02	0.05	0.00	0.02	0.11	0.03	0.07
C5	0.01	0.01	0.09	0.03	0.01	0.17	0.00	0.31	0.01	0.01	0.01	0.01	0.26	0.08	0.02	0.18	0.43	0.43	0.43	0.44
C5'	0.03	0.12	0.03	0.01	0.14	0.01	0.31	0.00	0.32	0.08	0.06	0.30	0.02	0.02	0.15	0.01	0.00	0.05	0.03	0.01
C6	0.01	0.01	0.14	0.02	0.01	0.20	0.01	0.32	0.00	0.00	0.01	0.02	0.33	0.09	0.01	0.24	0.40	0.40	0.32	0.39
N1	0.00	0.01	0.02	0.02	0.01	0.02	0.01	0.08	0.00	0.00	0.01	0.02	0.03	0.05	0.01	0.01	0.14	0.16	0.11	0.15
N3	0.01	0.00	0.15	0.05	0.01	0.08	0.01	0.06	0.01	0.01	0.00	0.01	0.26	0.02	0.02	0.15	0.12	0.10	0.16	0.12
O2	0.03	0.01	0.27	0.05	0.01	0.29	0.01	0.30	0.02	0.02	0.01	0.00	0.59	0.04	0.02	0.39	0.15	0.17	0.14	0.14
O2'	0.02	0.33	0.00	0.02	0.06	0.01	0.26	0.02	0.33	0.03	0.26	0.59	0.00	0.04	0.08	0.02	0.35	0.32	0.67	0.40
O3'	0.05	0.02	0.02	0.00	0.05	0.02	0.08	0.02	0.09	0.05	0.02	0.04	0.04	0.00	0.04	0.02	0.24	0.12	0.37	0.17
O4	0.01	0.01	0.07	0.06	0.01	0.05	0.02	0.15	0.01	0.01	0.02	0.02	0.08	0.04	0.00	0.02	0.32	0.30	0.39	0.32
O4'	0.00	0.22	0.02	0.01	0.01	0.00	0.18	0.01	0.24	0.01	0.15	0.39	0.02	0.02	0.02	0.00	0.16	0.23	0.17	0.23
O5'	0.04	0.04	0.30	0.31	0.29	0.02	0.43	0.00	0.40	0.14	0.12	0.15	0.35	0.24	0.32	0.16	0.00	0.02	0.02	0.00
OP1	0.09	0.04	0.24	0.22	0.28	0.11	0.43	0.05	0.40	0.16	0.10	0.17	0.32	0.12	0.30	0.23	0.02	0.00	0.01	0.01
OP2	0.10	0.07	0.52	0.46	0.33	0.03	0.43	0.03	0.32	0.11	0.16	0.14	0.67	0.37	0.39	0.17	0.02	0.01	0.00	0.00
P	0.05	0.04	0.32	0.28	0.29	0.07	0.44	0.01	0.39	0.15	0.12	0.14	0.40	0.17	0.32	0.23	0.00	0.01	0.00	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	N4	O2	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.08	0.09	0.12	0.18	0.06	0.11	0.06	0.14	0.05	0.07	0.06	0.10	0.15	0.09	0.24	0.07	0.12	0.06	0.20	0.06
C2	0.09	0.10	0.13	0.19	0.06	0.12	0.06	0.16	0.06	0.08	0.07	0.10	0.16	0.10	0.25	0.08	0.10	0.07	0.23	0.08
C2'	0.37	0.37	0.40	0.43	0.19	0.38	0.18	0.38	0.25	0.34	0.30	0.10	0.48	0.36	0.47	0.34	0.15	0.26	0.37	0.27
C3'	0.21	0.21	0.22	0.26	0.09	0.22	0.09	0.24	0.13	0.18	0.15	0.06	0.29	0.17	0.30	0.19	0.05	0.16	0.29	0.18
C4	0.07	0.07	0.05	0.12	0.09	0.07	0.10	0.11	0.08	0.07	0.07	0.12	0.11	0.09	0.18	0.07	0.19	0.06	0.16	0.06
C4'	0.17	0.14	0.17	0.09	0.14	0.12	0.14	0.06	0.14	0.15	0.13	0.14	0.14	0.30	0.07	0.15	0.26	0.09	0.13	0.07
C5	0.07	0.07	0.05	0.11	0.09	0.06	0.10	0.10	0.08	0.06	0.07	0.11	0.11	0.08	0.18	0.07	0.21	0.07	0.14	0.07
C5'	0.18	0.14	0.24	0.15	0.09	0.13	0.10	0.07	0.12	0.14	0.11	0.07	0.15	0.37	0.16	0.13	0.25	0.08	0.16	0.06
C6	0.06	0.07	0.07	0.13	0.07	0.07	0.09	0.11	0.06	0.05	0.06	0.11	0.12	0.07	0.21	0.06	0.18	0.06	0.15	0.05
N1	0.07	0.08	0.10	0.17	0.06	0.10	0.07	0.14	0.05	0.06	0.06	0.10	0.15	0.08	0.24	0.07	0.13	0.06	0.19	0.06
N3	0.07	0.08	0.09	0.16	0.06	0.10	0.07	0.14	0.06	0.07	0.06	0.10	0.13	0.08	0.23	0.07	0.13	0.07	0.22	0.07
O2	0.13	0.13	0.18	0.23	0.06	0.16	0.07	0.20	0.09	0.12	0.09	0.10	0.20	0.14	0.29	0.12	0.07	0.10	0.28	0.12
O2'	0.66	0.64	0.74	0.73	0.35	0.64	0.34	0.60	0.46	0.59	0.52	0.19	0.80	0.73	0.80	0.59	0.38	0.44	0.50	0.44
O3'	0.15	0.15	0.22	0.26	0.06	0.18	0.06	0.19	0.08	0.13	0.09	0.11	0.23	0.18	0.32	0.13	0.07	0.10	0.23	0.11
O4	0.09	0.09	0.06	0.09	0.11	0.06	0.12	0.09	0.11	0.09	0.09	0.13	0.10	0.11	0.15	0.09	0.23	0.07	0.14	0.07
O4'	0.26	0.23	0.25	0.14	0.22	0.19	0.22	0.11	0.23	0.24	0.22	0.21	0.22	0.37	0.10	0.24	0.35	0.16	0.09	0.14
O5'	0.11	0.13	0.06	0.12	0.13	0.14	0.13	0.22	0.12	0.12	0.14	0.15	0.16	0.14	0.12	0.14	0.05	0.18	0.33	0.20
OP1	0.07	0.07	0.13	0.03	0.08	0.04	0.07	0.13	0.06	0.06	0.08	0.11	0.08	0.26	0.08	0.07	0.14	0.09	0.25	0.12
OP2	0.19	0.22	0.13	0.21	0.24	0.25	0.24	0.35	0.23	0.22	0.24	0.26	0.23	0.12	0.22	0.24	0.11	0.31	0.42	0.31
P	0.08	0.11	0.08	0.06	0.11	0.09	0.10	0.19	0.09	0.09	0.12	0.14	0.13	0.19	0.08	0.11	0.10	0.13	0.27	0.15

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	N4	O2	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.02	0.00	0.02	0.01	0.00	0.01	0.02	0.02	0.01	0.01	0.01	0.05	0.02	0.01	0.00	0.03	0.05	0.28	0.09
C2	0.02	0.00	0.07	0.11	0.00	0.03	0.01	0.06	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.04	0.14	0.03	0.07	0.05	0.28	0.07
C2'	0.00	0.07	0.00	0.01	0.04	0.02	0.04	0.03	0.05	0.02	0.06	0.04	0.10	0.00	0.01	0.01	0.13	0.12	0.17	0.05
C3'	0.02	0.11	0.01	0.00	0.12	0.01	0.09	0.03	0.08	0.06	0.13	0.14	0.12	0.03	0.01	0.01	0.24	0.20	0.13	0.12
C4	0.01	0.00	0.04	0.12	0.00	0.08	0.01	0.15	0.01	0.01	0.00	0.00	0.01	0.03	0.16	0.03	0.10	0.10	0.29	0.11
C4'	0.00	0.03	0.02	0.01	0.08	0.00	0.09	0.01	0.07	0.04	0.06	0.10	0.03	0.07	0.02	0.00	0.02	0.07	0.25	0.04
C5	0.01	0.01	0.04	0.09	0.01	0.09	0.00	0.15	0.00	0.00	0.01	0.02	0.01	0.04	0.12	0.05	0.12	0.10	0.28	0.10
C5'	0.02	0.06	0.03	0.03	0.15	0.01	0.15	0.00	0.11	0.06	0.11	0.17	0.03	0.08	0.05	0.01	0.01	0.07	0.26	0.02
C6	0.02	0.01	0.05	0.08	0.01	0.07	0.00	0.11	0.00	0.00	0.01	0.02	0.02	0.04	0.09	0.05	0.11	0.07	0.28	0.08
N1	0.01	0.01	0.02	0.06	0.01	0.04	0.00	0.06	0.00	0.00	0.01	0.01	0.02	0.03	0.07	0.01	0.07	0.05	0.27	0.07
N3	0.01	0.00	0.06	0.13	0.00	0.06	0.01	0.11	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.04	0.17	0.01	0.08	0.07	0.29	0.09
N4	0.01	0.01	0.04	0.14	0.00	0.10	0.02	0.17	0.02	0.01	0.01	0.00	0.01	0.03	0.19	0.04	0.11	0.13	0.29	0.12
O2	0.05	0.01	0.10	0.12	0.01	0.03	0.01	0.03	0.02	0.02	0.01	0.01	0.00	0.09	0.14	0.07	0.07	0.05	0.26	0.06
O2'	0.02	0.04	0.00	0.03	0.03	0.07	0.04	0.08	0.04	0.03	0.04	0.03	0.09	0.00	0.04	0.05	0.03	0.07	0.23	0.06
O3'	0.01	0.14	0.01	0.01	0.16	0.02	0.12	0.05	0.09	0.07	0.17	0.19	0.14	0.04	0.00	0.02	0.27	0.27	0.13	0.18
O4'	0.00	0.03	0.01	0.01	0.03	0.00	0.05	0.01	0.05	0.01	0.01	0.04	0.07	0.05	0.02	0.00	0.14	0.10	0.33	0.15
O5'	0.03	0.07	0.13	0.24	0.10	0.02	0.12	0.01	0.11	0.07	0.08	0.11	0.07	0.03	0.27	0.14	0.00	0.02	0.02	0.01
OP1	0.05	0.05	0.12	0.20	0.10	0.07	0.10	0.07	0.07	0.05	0.07	0.13	0.05	0.07	0.27	0.10	0.02	0.00	0.01	0.01
OP2	0.28	0.28	0.17	0.13	0.29	0.25	0.28	0.26	0.28	0.27	0.29	0.29	0.26	0.23	0.13	0.33	0.02	0.01	0.00	0.01
P	0.09	0.07	0.05	0.12	0.11	0.04	0.10	0.02	0.08	0.07	0.09	0.12	0.06	0.06	0.18	0.15	0.01	0.01	0.01	0.00