Doublet Group distance statistics: 50566

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 3, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
C4	A	0, 0.002, 0.004, 0.006, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.004 std_dev=0.002
N1	A	0, -0.001, 0.005, 0.010, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.005 std_dev=0.005
C2	A	0, 0.000, 0.009, 0.017, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.009 std_dev=0.009
N3	A	0, -0.002, 0.007, 0.016, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.007 std_dev=0.009
C1'	A	0, 0.000, 0.010, 0.021, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.010 std_dev=0.010
C5	A	0, -0.001, 0.010, 0.020, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.010 std_dev=0.011
C6	A	0, -0.002, 0.010, 0.022, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.010 std_dev=0.012
O4	A	0, 0.000, 0.018, 0.036, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.018 std_dev=0.018
O2	A	0, -0.002, 0.022, 0.046, 0.079 max_d=0.079 avg_d=0.022 std_dev=0.024
O3'	A	0, 0.066, 0.136, 0.206, 0.246 max_d=0.246 avg_d=0.136 std_dev=0.070
N3	B	0, 0.090, 0.240, 0.391, 0.482 max_d=0.482 avg_d=0.240 std_dev=0.150
C2	B	0, 0.071, 0.234, 0.397, 0.586 max_d=0.586 avg_d=0.234 std_dev=0.163
C6	B	0, 0.104, 0.267, 0.430, 0.504 max_d=0.504 avg_d=0.267 std_dev=0.163
N1	B	0, 0.085, 0.254, 0.423, 0.586 max_d=0.586 avg_d=0.254 std_dev=0.169
C4	B	0, 0.095, 0.266, 0.438, 0.585 max_d=0.585 avg_d=0.266 std_dev=0.171
C5	B	0, 0.104, 0.280, 0.455, 0.613 max_d=0.613 avg_d=0.280 std_dev=0.176
O5'	B	0, 0.082, 0.266, 0.450, 0.531 max_d=0.531 avg_d=0.266 std_dev=0.184
O2	B	0, 0.058, 0.250, 0.441, 0.680 max_d=0.680 avg_d=0.250 std_dev=0.191
N4	B	0, 0.079, 0.303, 0.526, 0.789 max_d=0.789 avg_d=0.303 std_dev=0.224
C1'	B	0, 0.084, 0.310, 0.536, 0.705 max_d=0.705 avg_d=0.310 std_dev=0.226
P	B	0, 0.038, 0.269, 0.500, 0.692 max_d=0.692 avg_d=0.269 std_dev=0.231
O4'	B	0, 0.094, 0.332, 0.570, 0.703 max_d=0.703 avg_d=0.332 std_dev=0.238
C5'	B	0, 0.063, 0.302, 0.541, 0.689 max_d=0.689 avg_d=0.302 std_dev=0.239
C3'	A	0, 0.031, 0.272, 0.513, 0.806 max_d=0.806 avg_d=0.272 std_dev=0.241
C4'	B	0, 0.066, 0.347, 0.627, 0.843 max_d=0.843 avg_d=0.347 std_dev=0.281
C2'	B	0, 0.066, 0.352, 0.639, 0.850 max_d=0.850 avg_d=0.352 std_dev=0.287
C2'	A	0, 0.003, 0.294, 0.584, 0.953 max_d=0.953 avg_d=0.294 std_dev=0.290
C3'	B	0, 0.040, 0.352, 0.664, 0.977 max_d=0.977 avg_d=0.352 std_dev=0.312
OP1	B	0, 0.028, 0.340, 0.652, 0.980 max_d=0.980 avg_d=0.340 std_dev=0.312
O4'	A	0, 0.036, 0.356, 0.676, 1.062 max_d=1.062 avg_d=0.356 std_dev=0.320
O2'	B	0, 0.085, 0.423, 0.762, 1.003 max_d=1.003 avg_d=0.423 std_dev=0.339
OP2	B	0, -0.052, 0.302, 0.657, 1.129 max_d=1.129 avg_d=0.302 std_dev=0.355
O5'	A	0, 0.091, 0.502, 0.912, 1.403 max_d=1.403 avg_d=0.502 std_dev=0.411
P	A	0, 0.068, 0.490, 0.912, 1.441 max_d=1.441 avg_d=0.490 std_dev=0.422
O3'	B	0, -0.011, 0.418, 0.847, 1.366 max_d=1.366 avg_d=0.418 std_dev=0.429
C4'	A	0, -0.063, 0.388, 0.838, 1.450 max_d=1.450 avg_d=0.388 std_dev=0.450
OP1	A	0, 0.160, 0.613, 1.066, 1.567 max_d=1.567 avg_d=0.613 std_dev=0.453
O2'	A	0, 0.002, 0.485, 0.968, 1.586 max_d=1.586 avg_d=0.485 std_dev=0.483
OP2	A	0, -0.010, 0.478, 0.967, 1.626 max_d=1.626 avg_d=0.478 std_dev=0.488
C5'	A	0, -0.136, 0.725, 1.586, 2.769 max_d=2.769 avg_d=0.725 std_dev=0.861

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	O2	O2'	O3'	O4	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.02	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.05	0.01	0.00	0.02	0.03	0.01	0.05	0.01	0.00	0.07	0.07	0.30	0.09
C2	0.02	0.00	0.08	0.03	0.01	0.05	0.01	0.06	0.01	0.00	0.00	0.00	0.13	0.05	0.00	0.09	0.04	0.03	0.38	0.13
C2'	0.00	0.08	0.00	0.00	0.01	0.02	0.05	0.09	0.08	0.01	0.06	0.13	0.00	0.02	0.02	0.01	0.26	0.10	0.44	0.25
C3'	0.01	0.03	0.00	0.00	0.02	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.03	0.03	0.01	0.00	0.02	0.00	0.25	0.06	0.28	0.15
C4	0.00	0.01	0.01	0.02	0.00	0.05	0.00	0.19	0.00	0.00	0.00	0.01	0.03	0.04	0.00	0.01	0.10	0.08	0.38	0.13
C4'	0.01	0.05	0.02	0.00	0.05	0.00	0.11	0.00	0.12	0.02	0.03	0.14	0.00	0.01	0.05	0.00	0.00	0.25	0.03	0.08
C5	0.01	0.01	0.05	0.01	0.00	0.11	0.00	0.26	0.00	0.01	0.00	0.01	0.12	0.04	0.00	0.08	0.15	0.10	0.37	0.12
C5'	0.05	0.06	0.09	0.01	0.19	0.00	0.26	0.00	0.24	0.12	0.10	0.08	0.08	0.05	0.20	0.01	0.01	0.11	0.05	0.00
C6	0.01	0.01	0.08	0.01	0.00	0.12	0.00	0.24	0.00	0.01	0.00	0.01	0.14	0.04	0.00	0.11	0.11	0.08	0.36	0.12
N1	0.00	0.00	0.01	0.01	0.00	0.02	0.01	0.12	0.01	0.00	0.01	0.01	0.02	0.05	0.00	0.00	0.03	0.05	0.36	0.12
N3	0.02	0.00	0.06	0.03	0.00	0.03	0.00	0.10	0.00	0.01	0.00	0.01	0.09	0.05	0.00	0.06	0.04	0.05	0.39	0.14
O2	0.03	0.00	0.13	0.03	0.01	0.14	0.01	0.08	0.01	0.01	0.01	0.00	0.26	0.05	0.01	0.16	0.09	0.03	0.38	0.16
O2'	0.01	0.13	0.00	0.01	0.03	0.00	0.12	0.08	0.14	0.02	0.09	0.26	0.00	0.02	0.02	0.01	0.28	0.14	0.50	0.27
O3'	0.05	0.05	0.02	0.00	0.04	0.01	0.04	0.05	0.04	0.05	0.05	0.05	0.02	0.00	0.04	0.07	0.17	0.16	0.17	0.04
O4	0.01	0.00	0.02	0.02	0.00	0.05	0.00	0.20	0.00	0.00	0.00	0.01	0.02	0.04	0.00	0.01	0.13	0.10	0.38	0.13
O4'	0.00	0.09	0.01	0.00	0.01	0.00	0.08	0.01	0.11	0.00	0.06	0.16	0.01	0.07	0.01	0.00	0.06	0.18	0.17	0.07
O5'	0.07	0.04	0.26	0.25	0.10	0.00	0.15	0.01	0.11	0.03	0.04	0.09	0.28	0.17	0.13	0.06	0.00	0.02	0.01	0.00
OP1	0.07	0.03	0.10	0.06	0.08	0.25	0.10	0.11	0.08	0.05	0.05	0.03	0.14	0.16	0.10	0.18	0.02	0.00	0.00	0.00
OP2	0.30	0.38	0.44	0.28	0.38	0.03	0.37	0.05	0.36	0.36	0.39	0.38	0.50	0.17	0.38	0.17	0.01	0.00	0.00	0.00
P	0.09	0.13	0.25	0.15	0.13	0.08	0.12	0.00	0.12	0.12	0.14	0.16	0.27	0.04	0.13	0.07	0.00	0.00	0.00	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	N4	O2	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.05	0.06	0.07	0.08	0.15	0.05	0.16	0.05	0.10	0.06	0.10	0.19	0.06	0.05	0.11	0.05	0.06	0.05	0.05	0.05
C2	0.06	0.08	0.09	0.09	0.17	0.06	0.17	0.05	0.12	0.08	0.12	0.21	0.05	0.07	0.12	0.06	0.06	0.06	0.05	0.05
C2'	0.15	0.18	0.19	0.18	0.25	0.15	0.25	0.12	0.21	0.17	0.22	0.27	0.14	0.17	0.21	0.14	0.09	0.10	0.12	0.12
C3'	0.09	0.12	0.11	0.12	0.21	0.10	0.22	0.07	0.17	0.12	0.17	0.25	0.08	0.09	0.14	0.09	0.06	0.07	0.09	0.09
C4	0.05	0.05	0.10	0.12	0.14	0.06	0.16	0.04	0.11	0.06	0.07	0.18	0.04	0.08	0.16	0.04	0.04	0.05	0.06	0.05
C4'	0.04	0.04	0.05	0.06	0.16	0.04	0.17	0.04	0.11	0.05	0.09	0.22	0.08	0.07	0.07	0.04	0.06	0.05	0.06	0.05
C5	0.04	0.04	0.10	0.12	0.13	0.06	0.15	0.04	0.11	0.06	0.07	0.17	0.05	0.08	0.16	0.04	0.04	0.05	0.07	0.06
C5'	0.16	0.17	0.14	0.17	0.31	0.17	0.34	0.16	0.27	0.20	0.23	0.37	0.10	0.10	0.17	0.18	0.15	0.18	0.22	0.21
C6	0.04	0.05	0.09	0.11	0.14	0.06	0.16	0.04	0.11	0.06	0.08	0.19	0.05	0.07	0.15	0.04	0.05	0.05	0.06	0.05
N1	0.05	0.06	0.08	0.09	0.16	0.05	0.16	0.04	0.11	0.07	0.10	0.20	0.05	0.06	0.13	0.05	0.05	0.05	0.05	0.05
N3	0.06	0.07	0.10	0.11	0.16	0.07	0.17	0.05	0.12	0.08	0.11	0.20	0.04	0.07	0.14	0.06	0.05	0.05	0.05	0.05
O2	0.09	0.11	0.09	0.10	0.19	0.08	0.18	0.07	0.14	0.10	0.15	0.21	0.08	0.08	0.12	0.09	0.06	0.07	0.05	0.05
O2'	0.20	0.23	0.25	0.24	0.27	0.20	0.26	0.15	0.23	0.21	0.26	0.28	0.21	0.24	0.27	0.18	0.12	0.13	0.13	0.14
O3'	0.04	0.07	0.08	0.09	0.18	0.05	0.18	0.03	0.12	0.07	0.13	0.22	0.03	0.04	0.12	0.03	0.04	0.05	0.07	0.06
O4	0.05	0.04	0.11	0.12	0.12	0.06	0.15	0.04	0.10	0.06	0.05	0.17	0.06	0.08	0.16	0.04	0.04	0.05	0.06	0.05
O4'	0.07	0.05	0.06	0.06	0.11	0.05	0.12	0.07	0.07	0.04	0.05	0.16	0.11	0.08	0.08	0.06	0.09	0.08	0.07	0.06
O5'	0.09	0.10	0.12	0.15	0.24	0.12	0.27	0.10	0.21	0.13	0.15	0.29	0.05	0.07	0.18	0.11	0.10	0.13	0.16	0.14
OP1	0.08	0.08	0.08	0.08	0.16	0.07	0.18	0.07	0.14	0.10	0.11	0.18	0.06	0.06	0.11	0.09	0.08	0.06	0.06	0.06
OP2	0.35	0.35	0.30	0.27	0.29	0.33	0.27	0.35	0.30	0.34	0.33	0.28	0.39	0.33	0.23	0.36	0.36	0.32	0.30	0.32
P	0.11	0.12	0.06	0.05	0.12	0.09	0.14	0.11	0.12	0.11	0.11	0.15	0.15	0.09	0.04	0.12	0.13	0.10	0.08	0.09

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	N4	O2	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.01	0.00	0.00	0.02	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.02	0.02	0.01	0.01	0.01	0.00	0.03	0.04	0.02	0.02
C2	0.01	0.00	0.01	0.02	0.01	0.03	0.03	0.06	0.01	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.02	0.02	0.09	0.09	0.08	0.07
C2'	0.00	0.01	0.00	0.00	0.02	0.00	0.02	0.01	0.01	0.01	0.02	0.02	0.02	0.00	0.01	0.00	0.04	0.10	0.05	0.03
C3'	0.00	0.02	0.00	0.00	0.04	0.00	0.04	0.01	0.03	0.02	0.04	0.05	0.02	0.01	0.00	0.00	0.03	0.12	0.06	0.05
C4	0.02	0.01	0.02	0.04	0.00	0.06	0.00	0.13	0.02	0.01	0.00	0.00	0.02	0.01	0.04	0.04	0.17	0.17	0.16	0.16
C4'	0.00	0.03	0.00	0.00	0.06	0.00	0.07	0.00	0.06	0.03	0.05	0.06	0.02	0.03	0.01	0.00	0.00	0.05	0.01	0.01
C5	0.01	0.03	0.02	0.04	0.00	0.07	0.00	0.14	0.00	0.01	0.01	0.00	0.03	0.02	0.04	0.04	0.17	0.16	0.14	0.16
C5'	0.01	0.06	0.01	0.01	0.13	0.00	0.14	0.00	0.11	0.06	0.10	0.13	0.03	0.03	0.01	0.00	0.01	0.03	0.00	0.00
C6	0.01	0.01	0.01	0.03	0.02	0.06	0.00	0.11	0.00	0.00	0.02	0.01	0.01	0.01	0.03	0.03	0.12	0.10	0.06	0.09
N1	0.01	0.01	0.01	0.02	0.01	0.03	0.01	0.06	0.00	0.00	0.02	0.01	0.01	0.00	0.02	0.01	0.08	0.07	0.04	0.05
N3	0.02	0.00	0.02	0.04	0.00	0.05	0.01	0.10	0.02	0.02	0.00	0.00	0.01	0.01	0.03	0.04	0.14	0.14	0.14	0.13
N4	0.02	0.01	0.02	0.05	0.00	0.06	0.00	0.13	0.01	0.01	0.00	0.00	0.01	0.01	0.04	0.04	0.17	0.18	0.19	0.18
O2	0.01	0.00	0.02	0.02	0.02	0.02	0.03	0.03	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.03	0.02	0.01	0.06	0.07	0.06	0.05
O2'	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.03	0.02	0.03	0.01	0.00	0.01	0.01	0.03	0.00	0.01	0.02	0.01	0.07	0.03	0.01
O3'	0.01	0.02	0.01	0.00	0.04	0.01	0.04	0.01	0.03	0.02	0.03	0.04	0.02	0.01	0.00	0.01	0.03	0.18	0.10	0.09
O4'	0.00	0.02	0.00	0.00	0.04	0.00	0.04	0.00	0.03	0.01	0.04	0.04	0.01	0.02	0.01	0.00	0.02	0.02	0.07	0.07
O5'	0.03	0.09	0.04	0.03	0.17	0.00	0.17	0.01	0.12	0.08	0.14	0.17	0.06	0.01	0.03	0.02	0.00	0.00	0.01	0.00
OP1	0.04	0.09	0.10	0.12	0.17	0.05	0.16	0.03	0.10	0.07	0.14	0.18	0.07	0.07	0.18	0.02	0.00	0.00	0.00	0.00
OP2	0.02	0.08	0.05	0.06	0.16	0.01	0.14	0.00	0.06	0.04	0.14	0.19	0.06	0.03	0.10	0.07	0.01	0.00	0.00	0.00
P	0.02	0.07	0.03	0.05	0.16	0.01	0.16	0.00	0.09	0.05	0.13	0.18	0.05	0.01	0.09	0.07	0.00	0.00	0.00	0.00