ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50567

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.006, 0.013, 0.019, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.013 std_dev=0.006
C5 A 0, 0.010, 0.019, 0.029, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.019 std_dev=0.010
C6 A 0, 0.005, 0.015, 0.025, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.015 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.012, 0.024, 0.036, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.024 std_dev=0.012
C4 A 0, 0.013, 0.026, 0.038, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.026 std_dev=0.013
C1' A 0, 0.014, 0.030, 0.045, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.030 std_dev=0.015
N1 A 0, 0.010, 0.025, 0.041, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.025 std_dev=0.016
O4 A 0, 0.027, 0.053, 0.080, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.053 std_dev=0.026
O2 A 0, 0.024, 0.053, 0.082, 0.093 max_d=0.093 avg_d=0.053 std_dev=0.029
C2' A 0, 0.036, 0.092, 0.148, 0.177 max_d=0.177 avg_d=0.092 std_dev=0.056
O4' A 0, 0.031, 0.114, 0.197, 0.241 max_d=0.241 avg_d=0.114 std_dev=0.083
C4' A 0, 0.038, 0.134, 0.231, 0.315 max_d=0.315 avg_d=0.134 std_dev=0.097
C3' A 0, 0.070, 0.205, 0.341, 0.409 max_d=0.409 avg_d=0.205 std_dev=0.135
C5' A 0, 0.118, 0.258, 0.399, 0.417 max_d=0.417 avg_d=0.258 std_dev=0.141
O2' A 0, 0.143, 0.330, 0.516, 0.592 max_d=0.592 avg_d=0.330 std_dev=0.186
N1 B 0, 0.181, 0.422, 0.664, 0.799 max_d=0.799 avg_d=0.422 std_dev=0.241
C4 B 0, 0.287, 0.549, 0.810, 0.835 max_d=0.835 avg_d=0.549 std_dev=0.262
C6 B 0, 0.056, 0.319, 0.582, 0.801 max_d=0.801 avg_d=0.319 std_dev=0.263
O5' A 0, 0.162, 0.441, 0.721, 0.848 max_d=0.848 avg_d=0.441 std_dev=0.279
N3 B 0, 0.348, 0.655, 0.961, 0.961 max_d=0.961 avg_d=0.655 std_dev=0.307
O3' A 0, 0.141, 0.451, 0.761, 0.933 max_d=0.933 avg_d=0.451 std_dev=0.310
C5 B 0, 0.197, 0.517, 0.837, 1.041 max_d=1.041 avg_d=0.517 std_dev=0.320
P A 0, 0.182, 0.508, 0.835, 0.948 max_d=0.948 avg_d=0.508 std_dev=0.327
C2 B 0, 0.368, 0.701, 1.033, 1.070 max_d=1.070 avg_d=0.701 std_dev=0.332
C1' B 0, 0.330, 0.695, 1.061, 1.101 max_d=1.101 avg_d=0.695 std_dev=0.366
N4 B 0, 0.404, 0.799, 1.194, 1.306 max_d=1.306 avg_d=0.799 std_dev=0.395
C2' B 0, 0.269, 0.684, 1.099, 1.294 max_d=1.294 avg_d=0.684 std_dev=0.415
C3' B 0, 0.459, 0.965, 1.471, 1.512 max_d=1.512 avg_d=0.965 std_dev=0.506
O2 B 0, 0.580, 1.090, 1.600, 1.620 max_d=1.620 avg_d=1.090 std_dev=0.510
O2' B 0, 0.436, 1.027, 1.618, 1.857 max_d=1.857 avg_d=1.027 std_dev=0.591
C4' B 0, 0.449, 1.052, 1.655, 1.804 max_d=1.804 avg_d=1.052 std_dev=0.603
O4' B 0, 0.374, 0.980, 1.585, 1.675 max_d=1.675 avg_d=0.980 std_dev=0.606
C5' B 0, 0.584, 1.307, 2.030, 2.192 max_d=2.192 avg_d=1.307 std_dev=0.723
OP2 A 0, 0.200, 0.927, 1.654, 2.274 max_d=2.274 avg_d=0.927 std_dev=0.727
O3' B 0, 0.326, 1.164, 2.002, 2.689 max_d=2.689 avg_d=1.164 std_dev=0.838
OP1 A 0, 0.073, 1.008, 1.943, 2.940 max_d=2.940 avg_d=1.008 std_dev=0.935
O5' B 0, 0.218, 1.480, 2.743, 4.095 max_d=4.095 avg_d=1.480 std_dev=1.262
P B 0, 0.239, 1.723, 3.208, 4.819 max_d=4.819 avg_d=1.723 std_dev=1.485
OP1 B 0, 0.434, 1.953, 3.472, 5.040 max_d=5.040 avg_d=1.953 std_dev=1.519
OP2 B 0, 0.230, 1.790, 3.351, 5.026 max_d=5.026 avg_d=1.790 std_dev=1.560

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.02 0.05 0.01 0.03 0.02 0.03 0.01 0.03 0.03 0.02 0.02 0.06 0.01 0.08 0.29 0.17 0.08
C2 0.01 0.00 0.03 0.10 0.01 0.05 0.03 0.10 0.02 0.00 0.00 0.02 0.13 0.12 0.03 0.02 0.19 0.71 0.40 0.24
C2' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.04 0.03 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.03 0.00 0.02 0.05 0.03 0.04 0.13 0.15 0.07
C3' 0.02 0.10 0.01 0.00 0.14 0.00 0.14 0.01 0.13 0.10 0.13 0.07 0.05 0.01 0.14 0.01 0.06 0.07 0.10 0.09
C4 0.05 0.01 0.04 0.14 0.00 0.09 0.01 0.16 0.02 0.04 0.01 0.02 0.09 0.19 0.01 0.07 0.25 1.06 0.55 0.34
C4' 0.01 0.05 0.03 0.00 0.09 0.00 0.10 0.01 0.09 0.06 0.07 0.03 0.14 0.03 0.09 0.01 0.02 0.11 0.13 0.03
C5 0.03 0.03 0.02 0.14 0.01 0.10 0.00 0.17 0.00 0.01 0.02 0.04 0.03 0.20 0.03 0.06 0.26 1.04 0.53 0.33
C5' 0.02 0.10 0.02 0.01 0.16 0.01 0.17 0.00 0.15 0.11 0.13 0.07 0.14 0.03 0.16 0.02 0.01 0.28 0.27 0.01
C6 0.03 0.02 0.02 0.13 0.02 0.09 0.00 0.15 0.00 0.00 0.01 0.04 0.02 0.16 0.04 0.06 0.24 0.79 0.40 0.26
N1 0.01 0.00 0.01 0.10 0.04 0.06 0.01 0.11 0.00 0.00 0.02 0.03 0.04 0.11 0.05 0.04 0.18 0.61 0.32 0.21
N3 0.03 0.00 0.03 0.13 0.01 0.07 0.02 0.13 0.01 0.02 0.00 0.02 0.12 0.16 0.03 0.04 0.23 0.91 0.49 0.30
O2 0.03 0.02 0.03 0.07 0.02 0.03 0.04 0.07 0.04 0.03 0.02 0.00 0.18 0.09 0.03 0.03 0.16 0.61 0.36 0.21
O2' 0.02 0.13 0.00 0.05 0.09 0.14 0.03 0.14 0.02 0.04 0.12 0.18 0.00 0.03 0.10 0.12 0.10 0.10 0.13 0.15
O3' 0.02 0.12 0.02 0.01 0.19 0.03 0.20 0.03 0.16 0.11 0.16 0.09 0.03 0.00 0.21 0.03 0.10 0.23 0.13 0.10
O4 0.06 0.03 0.05 0.14 0.01 0.09 0.03 0.16 0.04 0.05 0.03 0.03 0.10 0.21 0.00 0.08 0.25 1.15 0.61 0.35
O4' 0.01 0.02 0.03 0.01 0.07 0.01 0.06 0.02 0.06 0.04 0.04 0.03 0.12 0.03 0.08 0.00 0.09 0.16 0.06 0.04
O5' 0.08 0.19 0.04 0.06 0.25 0.02 0.26 0.01 0.24 0.18 0.23 0.16 0.10 0.10 0.25 0.09 0.00 0.03 0.01 0.01
OP1 0.29 0.71 0.13 0.07 1.06 0.11 1.04 0.28 0.79 0.61 0.91 0.61 0.10 0.23 1.15 0.16 0.03 0.00 0.02 0.01
OP2 0.17 0.40 0.15 0.10 0.55 0.13 0.53 0.27 0.40 0.32 0.49 0.36 0.13 0.13 0.61 0.06 0.01 0.02 0.00 0.01
P 0.08 0.24 0.07 0.09 0.34 0.03 0.33 0.01 0.26 0.21 0.30 0.21 0.15 0.10 0.35 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.31 0.24 0.32 0.32 0.18 0.32 0.16 0.32 0.18 0.24 0.17 0.29 0.35 0.36 0.56 0.38 0.27 0.29 0.36 0.31
C2 0.28 0.26 0.28 0.29 0.18 0.28 0.16 0.29 0.18 0.24 0.18 0.27 0.36 0.34 0.43 0.33 0.30 0.32 0.39 0.35
C2' 0.31 0.23 0.36 0.31 0.19 0.34 0.17 0.34 0.20 0.24 0.18 0.27 0.31 0.33 0.59 0.41 0.25 0.22 0.31 0.30
C3' 0.21 0.12 0.29 0.22 0.14 0.26 0.11 0.28 0.09 0.13 0.09 0.26 0.21 0.25 0.55 0.34 0.17 0.15 0.23 0.21
C4 0.20 0.21 0.18 0.22 0.15 0.20 0.15 0.22 0.15 0.18 0.18 0.21 0.28 0.30 0.30 0.23 0.25 0.32 0.42 0.36
C4' 0.27 0.19 0.32 0.29 0.15 0.30 0.13 0.30 0.13 0.19 0.12 0.27 0.28 0.32 0.57 0.35 0.22 0.23 0.31 0.26
C5 0.21 0.22 0.20 0.22 0.15 0.21 0.15 0.24 0.15 0.19 0.17 0.22 0.29 0.30 0.36 0.26 0.22 0.30 0.41 0.33
C5' 0.22 0.15 0.27 0.26 0.13 0.26 0.11 0.27 0.09 0.15 0.07 0.25 0.25 0.29 0.55 0.32 0.18 0.22 0.29 0.23
C6 0.25 0.23 0.25 0.26 0.16 0.25 0.16 0.27 0.16 0.21 0.17 0.25 0.32 0.32 0.43 0.31 0.24 0.29 0.40 0.33
N1 0.29 0.25 0.29 0.29 0.18 0.29 0.17 0.30 0.19 0.24 0.18 0.28 0.35 0.34 0.47 0.34 0.27 0.30 0.39 0.34
N3 0.24 0.25 0.22 0.25 0.17 0.24 0.16 0.26 0.17 0.22 0.19 0.25 0.32 0.33 0.34 0.28 0.29 0.33 0.42 0.37
O2 0.32 0.26 0.33 0.33 0.18 0.31 0.16 0.32 0.20 0.26 0.17 0.27 0.38 0.36 0.47 0.36 0.33 0.34 0.39 0.36
O2' 0.53 0.43 0.59 0.54 0.32 0.55 0.33 0.53 0.40 0.45 0.34 0.34 0.52 0.60 0.73 0.59 0.46 0.38 0.46 0.48
O3' 0.20 0.11 0.31 0.19 0.17 0.26 0.14 0.29 0.10 0.12 0.12 0.28 0.17 0.29 0.55 0.35 0.22 0.19 0.24 0.25
O4 0.14 0.18 0.13 0.21 0.13 0.14 0.14 0.18 0.12 0.14 0.16 0.18 0.22 0.28 0.21 0.16 0.26 0.34 0.44 0.37
O4' 0.30 0.24 0.32 0.32 0.18 0.32 0.16 0.32 0.18 0.23 0.16 0.29 0.34 0.38 0.56 0.37 0.28 0.32 0.39 0.33
O5' 0.18 0.12 0.20 0.20 0.17 0.23 0.15 0.26 0.09 0.12 0.08 0.30 0.22 0.25 0.53 0.30 0.17 0.19 0.24 0.19
OP1 0.59 0.65 0.56 0.59 0.93 0.62 0.94 0.70 0.82 0.68 0.78 1.08 0.50 0.36 0.62 0.66 0.79 0.76 0.73 0.72
OP2 0.62 0.63 0.59 0.61 0.62 0.66 0.63 0.71 0.63 0.63 0.62 0.62 0.63 0.65 0.82 0.68 0.65 0.71 0.82 0.76
P 0.13 0.12 0.13 0.14 0.24 0.20 0.24 0.25 0.17 0.13 0.16 0.35 0.16 0.17 0.48 0.27 0.20 0.19 0.20 0.13

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.08 0.02 0.01 0.03 0.02 0.04 0.02 0.25 0.01 0.15 0.16 0.10 0.12
C2 0.03 0.00 0.12 0.16 0.01 0.03 0.02 0.10 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.13 0.15 0.07 0.24 0.20 0.19 0.21
C2' 0.00 0.12 0.00 0.01 0.05 0.02 0.13 0.17 0.15 0.03 0.09 0.05 0.21 0.00 0.06 0.01 0.17 0.26 0.22 0.16
C3' 0.01 0.16 0.01 0.00 0.24 0.00 0.25 0.02 0.22 0.16 0.21 0.25 0.12 0.04 0.01 0.02 0.34 0.40 0.39 0.36
C4 0.02 0.01 0.05 0.24 0.00 0.06 0.00 0.10 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.28 0.09 0.02 0.40 0.35 0.40 0.41
C4' 0.01 0.03 0.02 0.00 0.06 0.00 0.09 0.01 0.10 0.05 0.04 0.07 0.06 0.24 0.02 0.00 0.03 0.18 0.13 0.05
C5 0.02 0.02 0.13 0.25 0.00 0.09 0.00 0.11 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.33 0.16 0.06 0.50 0.42 0.47 0.51
C5' 0.08 0.10 0.17 0.02 0.10 0.01 0.11 0.00 0.10 0.08 0.10 0.11 0.12 0.10 0.22 0.02 0.01 0.13 0.21 0.01
C6 0.02 0.02 0.15 0.22 0.01 0.10 0.00 0.10 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.28 0.13 0.09 0.47 0.34 0.34 0.43
N1 0.01 0.01 0.03 0.16 0.01 0.05 0.01 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.15 0.09 0.01 0.29 0.22 0.19 0.25
N3 0.03 0.01 0.09 0.21 0.01 0.04 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.20 0.08 0.05 0.31 0.26 0.29 0.30
N4 0.02 0.01 0.05 0.25 0.00 0.07 0.01 0.11 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.31 0.12 0.02 0.42 0.40 0.46 0.45
O2 0.04 0.01 0.21 0.12 0.01 0.06 0.02 0.12 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.14 0.29 0.13 0.14 0.16 0.13 0.11
O2' 0.02 0.13 0.00 0.04 0.28 0.24 0.33 0.10 0.28 0.15 0.20 0.31 0.14 0.00 0.11 0.17 0.28 0.39 0.24 0.26
O3' 0.25 0.15 0.06 0.01 0.09 0.02 0.16 0.22 0.13 0.09 0.08 0.12 0.29 0.11 0.00 0.18 0.40 0.67 0.57 0.52
O4' 0.01 0.07 0.01 0.02 0.02 0.00 0.06 0.02 0.09 0.01 0.05 0.02 0.13 0.17 0.18 0.00 0.09 0.10 0.13 0.06
O5' 0.15 0.24 0.17 0.34 0.40 0.03 0.50 0.01 0.47 0.29 0.31 0.42 0.14 0.28 0.40 0.09 0.00 0.01 0.03 0.01
OP1 0.16 0.20 0.26 0.40 0.35 0.18 0.42 0.13 0.34 0.22 0.26 0.40 0.16 0.39 0.67 0.10 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.10 0.19 0.22 0.39 0.40 0.13 0.47 0.21 0.34 0.19 0.29 0.46 0.13 0.24 0.57 0.13 0.03 0.01 0.00 0.01
P 0.12 0.21 0.16 0.36 0.41 0.05 0.51 0.01 0.43 0.25 0.30 0.45 0.11 0.26 0.52 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00