ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50568

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.005, 0.014, 0.023, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.014 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.000, 0.011, 0.022, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.011 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.006, 0.018, 0.030, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.018 std_dev=0.012
C5 A 0, 0.008, 0.022, 0.035, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.022 std_dev=0.013
C6 A 0, 0.008, 0.022, 0.036, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.022 std_dev=0.014
C1' A 0, 0.008, 0.023, 0.038, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.023 std_dev=0.015
C2 A 0, 0.006, 0.021, 0.037, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.021 std_dev=0.015
O2 A 0, 0.020, 0.051, 0.082, 0.085 max_d=0.085 avg_d=0.051 std_dev=0.031
C2' A 0, 0.016, 0.055, 0.094, 0.099 max_d=0.099 avg_d=0.055 std_dev=0.039
O4' A 0, 0.013, 0.055, 0.097, 0.127 max_d=0.127 avg_d=0.055 std_dev=0.042
O4 A 0, 0.013, 0.071, 0.128, 0.176 max_d=0.176 avg_d=0.071 std_dev=0.057
O2' A 0, 0.071, 0.151, 0.231, 0.221 max_d=0.221 avg_d=0.151 std_dev=0.080
C4' A 0, 0.014, 0.102, 0.191, 0.268 max_d=0.268 avg_d=0.102 std_dev=0.089
C3' A 0, 0.015, 0.104, 0.193, 0.263 max_d=0.263 avg_d=0.104 std_dev=0.089
O5' A 0, 0.025, 0.124, 0.223, 0.297 max_d=0.297 avg_d=0.124 std_dev=0.099
C5' A 0, 0.015, 0.116, 0.216, 0.303 max_d=0.303 avg_d=0.116 std_dev=0.100
P A 0, 0.017, 0.129, 0.241, 0.332 max_d=0.332 avg_d=0.129 std_dev=0.112
O3' A 0, 0.023, 0.153, 0.283, 0.379 max_d=0.379 avg_d=0.153 std_dev=0.130
OP1 A 0, 0.009, 0.164, 0.319, 0.430 max_d=0.430 avg_d=0.164 std_dev=0.155
OP2 A 0, 0.073, 0.240, 0.407, 0.480 max_d=0.480 avg_d=0.240 std_dev=0.167
N4 B 0, 0.097, 0.265, 0.432, 0.517 max_d=0.517 avg_d=0.265 std_dev=0.168
C5 B 0, 0.141, 0.328, 0.515, 0.561 max_d=0.561 avg_d=0.328 std_dev=0.187
C4 B 0, 0.109, 0.298, 0.487, 0.587 max_d=0.587 avg_d=0.298 std_dev=0.189
C6 B 0, 0.182, 0.404, 0.625, 0.642 max_d=0.642 avg_d=0.404 std_dev=0.222
N3 B 0, 0.131, 0.364, 0.596, 0.701 max_d=0.701 avg_d=0.364 std_dev=0.232
N1 B 0, 0.157, 0.412, 0.667, 0.714 max_d=0.714 avg_d=0.412 std_dev=0.255
C2 B 0, 0.132, 0.407, 0.681, 0.769 max_d=0.769 avg_d=0.407 std_dev=0.275
C1' B 0, 0.212, 0.503, 0.794, 0.795 max_d=0.795 avg_d=0.503 std_dev=0.291
C2' B 0, 0.257, 0.562, 0.867, 0.910 max_d=0.910 avg_d=0.562 std_dev=0.305
O4' B 0, 0.285, 0.604, 0.923, 0.913 max_d=0.913 avg_d=0.604 std_dev=0.319
O2 B 0, 0.147, 0.482, 0.817, 0.885 max_d=0.885 avg_d=0.482 std_dev=0.335
O5' B 0, 0.346, 0.711, 1.075, 1.014 max_d=1.014 avg_d=0.711 std_dev=0.365
C3' B 0, 0.302, 0.667, 1.032, 1.049 max_d=1.049 avg_d=0.667 std_dev=0.365
OP2 B 0, 0.338, 0.717, 1.095, 1.014 max_d=1.014 avg_d=0.717 std_dev=0.378
P B 0, 0.364, 0.757, 1.150, 1.059 max_d=1.059 avg_d=0.757 std_dev=0.393
C4' B 0, 0.342, 0.738, 1.134, 1.093 max_d=1.093 avg_d=0.738 std_dev=0.396
OP1 B 0, 0.365, 0.774, 1.183, 1.209 max_d=1.209 avg_d=0.774 std_dev=0.409
O2' B 0, 0.272, 0.689, 1.106, 1.251 max_d=1.251 avg_d=0.689 std_dev=0.417
C5' B 0, 0.378, 0.832, 1.286, 1.301 max_d=1.301 avg_d=0.832 std_dev=0.454
O3' B 0, 0.360, 0.850, 1.340, 1.430 max_d=1.430 avg_d=0.850 std_dev=0.490

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.03 0.01 0.00 0.03 0.06 0.06 0.04
C2 0.01 0.00 0.02 0.04 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.05 0.01 0.01 0.04 0.05 0.04 0.02
C2' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.05 0.01 0.02 0.03 0.00 0.04 0.06 0.07 0.04
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.06 0.00 0.06 0.01 0.04 0.03 0.05 0.05 0.02 0.01 0.06 0.01 0.05 0.05 0.05 0.03
C4 0.01 0.01 0.02 0.06 0.00 0.05 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.06 0.00 0.03 0.06 0.05 0.07 0.05
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.05 0.00 0.06 0.00 0.04 0.02 0.03 0.03 0.05 0.02 0.05 0.01 0.01 0.06 0.03 0.02
C5 0.02 0.01 0.03 0.06 0.01 0.06 0.00 0.06 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.07 0.01 0.04 0.07 0.05 0.07 0.05
C5' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.05 0.00 0.06 0.00 0.04 0.02 0.04 0.03 0.05 0.02 0.06 0.01 0.01 0.05 0.02 0.01
C6 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.04 0.01 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.05 0.01 0.03 0.05 0.03 0.05 0.02
N1 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.01 0.04 0.05 0.05 0.02
N3 0.01 0.00 0.01 0.05 0.01 0.03 0.02 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.01 0.02 0.05 0.04 0.04 0.03
O2 0.02 0.01 0.05 0.05 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.07 0.01 0.02 0.04 0.07 0.05 0.03
O2' 0.03 0.02 0.01 0.02 0.01 0.05 0.02 0.05 0.02 0.02 0.01 0.04 0.00 0.02 0.02 0.05 0.05 0.09 0.07 0.05
O3' 0.03 0.05 0.02 0.01 0.06 0.02 0.07 0.02 0.05 0.04 0.05 0.07 0.02 0.00 0.08 0.03 0.07 0.05 0.04 0.01
O4 0.01 0.01 0.03 0.06 0.00 0.05 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.08 0.00 0.03 0.07 0.08 0.10 0.07
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.05 0.03 0.03 0.00 0.04 0.06 0.05 0.03
O5' 0.03 0.04 0.04 0.05 0.06 0.01 0.07 0.01 0.05 0.04 0.05 0.04 0.05 0.07 0.07 0.04 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.06 0.05 0.06 0.05 0.05 0.06 0.05 0.05 0.03 0.05 0.04 0.07 0.09 0.05 0.08 0.06 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.06 0.04 0.07 0.05 0.07 0.03 0.07 0.02 0.05 0.05 0.04 0.05 0.07 0.04 0.10 0.05 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.04 0.02 0.04 0.03 0.05 0.02 0.05 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.05 0.01 0.07 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.29 0.28 0.39 0.37 0.18 0.28 0.17 0.20 0.20 0.25 0.23 0.15 0.34 0.45 0.46 0.25 0.17 0.16 0.22 0.18
C2 0.30 0.29 0.39 0.36 0.18 0.28 0.17 0.19 0.21 0.26 0.24 0.15 0.35 0.45 0.44 0.26 0.15 0.14 0.20 0.16
C2' 0.29 0.28 0.37 0.34 0.17 0.26 0.17 0.17 0.20 0.25 0.23 0.15 0.35 0.44 0.42 0.24 0.12 0.12 0.20 0.14
C3' 0.29 0.29 0.36 0.32 0.18 0.25 0.16 0.16 0.20 0.25 0.25 0.14 0.36 0.42 0.40 0.25 0.12 0.15 0.23 0.16
C4 0.25 0.26 0.32 0.30 0.19 0.23 0.17 0.15 0.19 0.23 0.24 0.16 0.30 0.36 0.36 0.21 0.16 0.16 0.22 0.18
C4' 0.29 0.29 0.38 0.35 0.19 0.27 0.17 0.18 0.20 0.25 0.25 0.15 0.35 0.44 0.44 0.25 0.16 0.17 0.24 0.18
C5 0.25 0.26 0.34 0.32 0.19 0.23 0.18 0.16 0.19 0.23 0.25 0.17 0.31 0.37 0.39 0.21 0.19 0.20 0.26 0.22
C5' 0.28 0.29 0.36 0.33 0.19 0.25 0.17 0.16 0.19 0.25 0.26 0.15 0.34 0.42 0.42 0.24 0.16 0.19 0.26 0.20
C6 0.28 0.28 0.36 0.34 0.19 0.25 0.18 0.17 0.20 0.25 0.25 0.17 0.33 0.41 0.42 0.23 0.18 0.18 0.25 0.20
N1 0.29 0.29 0.38 0.36 0.18 0.28 0.18 0.19 0.21 0.25 0.25 0.15 0.35 0.44 0.44 0.25 0.17 0.16 0.22 0.18
N3 0.28 0.28 0.36 0.33 0.18 0.26 0.17 0.17 0.21 0.25 0.25 0.15 0.33 0.41 0.40 0.24 0.15 0.13 0.20 0.16
O2 0.32 0.29 0.42 0.38 0.17 0.31 0.17 0.23 0.22 0.27 0.23 0.14 0.36 0.49 0.47 0.28 0.16 0.14 0.18 0.15
O2' 0.30 0.27 0.39 0.36 0.17 0.28 0.16 0.19 0.20 0.25 0.22 0.14 0.34 0.47 0.45 0.26 0.13 0.12 0.18 0.14
O3' 0.28 0.28 0.35 0.30 0.17 0.24 0.15 0.15 0.19 0.24 0.24 0.13 0.35 0.41 0.38 0.24 0.12 0.15 0.24 0.16
O4 0.22 0.23 0.28 0.26 0.19 0.20 0.17 0.13 0.18 0.21 0.23 0.16 0.26 0.30 0.31 0.20 0.16 0.17 0.23 0.19
O4' 0.30 0.29 0.40 0.38 0.19 0.29 0.18 0.21 0.21 0.26 0.25 0.16 0.35 0.46 0.47 0.26 0.19 0.18 0.24 0.20
O5' 0.25 0.27 0.32 0.29 0.17 0.21 0.14 0.14 0.17 0.22 0.24 0.13 0.32 0.37 0.37 0.21 0.16 0.22 0.30 0.23
OP1 0.26 0.29 0.33 0.29 0.21 0.20 0.18 0.12 0.20 0.24 0.27 0.19 0.34 0.37 0.36 0.22 0.13 0.19 0.25 0.18
OP2 0.26 0.30 0.32 0.27 0.23 0.19 0.20 0.10 0.21 0.25 0.29 0.21 0.34 0.36 0.33 0.22 0.10 0.17 0.23 0.17
P 0.26 0.28 0.32 0.29 0.20 0.20 0.17 0.12 0.19 0.24 0.27 0.18 0.33 0.37 0.36 0.21 0.14 0.20 0.26 0.20

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.01 0.00 0.05 0.05 0.09 0.02
C2 0.02 0.00 0.09 0.08 0.01 0.04 0.01 0.08 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.09 0.10 0.03 0.13 0.12 0.17 0.12
C2' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.06 0.01 0.04 0.02 0.04 0.03 0.09 0.08 0.14 0.00 0.01 0.01 0.07 0.10 0.14 0.07
C3' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.09 0.01 0.11 0.02 0.11 0.06 0.09 0.10 0.11 0.01 0.01 0.00 0.09 0.14 0.14 0.10
C4 0.02 0.01 0.06 0.09 0.00 0.07 0.01 0.14 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.11 0.02 0.19 0.20 0.26 0.21
C4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.07 0.00 0.09 0.00 0.08 0.04 0.05 0.07 0.05 0.05 0.03 0.01 0.01 0.06 0.05 0.01
C5 0.01 0.01 0.04 0.11 0.01 0.09 0.00 0.16 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.12 0.02 0.21 0.22 0.26 0.22
C5' 0.03 0.08 0.02 0.02 0.14 0.00 0.16 0.00 0.15 0.09 0.10 0.14 0.05 0.04 0.04 0.02 0.00 0.08 0.02 0.01
C6 0.01 0.01 0.04 0.11 0.01 0.08 0.00 0.15 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.12 0.02 0.19 0.16 0.19 0.16
N1 0.01 0.02 0.03 0.06 0.01 0.04 0.01 0.09 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.05 0.02 0.13 0.11 0.15 0.09
N3 0.02 0.00 0.09 0.09 0.00 0.05 0.01 0.10 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.09 0.12 0.03 0.16 0.16 0.22 0.16
N4 0.02 0.01 0.08 0.10 0.01 0.07 0.01 0.14 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.07 0.14 0.02 0.20 0.22 0.29 0.23
O2 0.03 0.01 0.14 0.11 0.01 0.05 0.01 0.05 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.16 0.15 0.04 0.11 0.10 0.14 0.09
O2' 0.03 0.09 0.00 0.01 0.05 0.05 0.02 0.04 0.04 0.02 0.09 0.07 0.16 0.00 0.03 0.07 0.08 0.09 0.12 0.06
O3' 0.01 0.10 0.01 0.01 0.11 0.03 0.12 0.04 0.12 0.05 0.12 0.14 0.15 0.03 0.00 0.02 0.13 0.21 0.17 0.14
O4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.04 0.07 0.02 0.00 0.06 0.10 0.08 0.09
O5' 0.05 0.13 0.07 0.09 0.19 0.01 0.21 0.00 0.19 0.13 0.16 0.20 0.11 0.08 0.13 0.06 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.05 0.12 0.10 0.14 0.20 0.06 0.22 0.08 0.16 0.11 0.16 0.22 0.10 0.09 0.21 0.10 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.09 0.17 0.14 0.14 0.26 0.05 0.26 0.02 0.19 0.15 0.22 0.29 0.14 0.12 0.17 0.08 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.02 0.12 0.07 0.10 0.21 0.01 0.22 0.01 0.16 0.09 0.16 0.23 0.09 0.06 0.14 0.09 0.00 0.01 0.01 0.00